登革1型病毒广州分离株全长E基因序列测定与分析

目的对两株登革1型病毒广州分离株(DV1-GZ01/03、DV1-GZ02/03)E基因进行序列测定及分析,了解此次分离的登革病毒流行株的可能来源及其生物学特性。方法应用RT-PCR扩增两分离株E基因,克隆到pGEM-T载体进行序列测定,应用计算机软件与国内外参考株及流行株进行同源性分析,绘制系统进化树。并作毒株感染细胞及乳鼠毒力试验。结果两分离株全长E基因为1 485 bp,与登革1型Austria/83株的同源性最高,核苷酸同源性均达96.6%,氨基酸同源性分别达97.4%、97.8%;与登革1型GD23/95株次之。构建的系统进化树将19株登革1型病毒分为3个基因群。两分离株与Austria/83、GD23/95同属于基因型Ⅳ型,在同一进化分支内。两分离株颅内接种乳鼠均发病,但发病时间较晚。结论DV1-GZ01/03、DV1GZ02/03属于基因型Ⅳ型,与广东1995年流行株关系密切。乳鼠的神经毒性较弱可能与其基因变异有关。     

中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析

目的对我国广西登革3型病毒分离株桂登-1株(GD-1株)和桂登-11株(GD-11株)进行全基因组序列测定和分析,为了解其地理来源提供依据。方法根据GenBank提交的登革3型病毒基因序列设计9对引物,RT-PCR方法分段扩增GD-1和GD-11株基因序列,测序后进行拼接,得到其全基因组序列。结果两株病毒全长均为10 707nt,与国际参考株H87株核苷酸同源性为96.0%,氨基酸同源性为98.8%。GD-1株和GD-11株间仅有4个氨基酸差异,二者与H87株分别存在39和41个氨基酸差异。对3’UTR二级结构进行预测,二者与H87株存在较大差异。根据E蛋白基因序列对两株病毒进行进化分析,GD-1和GD-11均属于亚型Ⅱ,与分离自泰国的两毒株进化关系较近。结论 GD-1和GD-11均属于登革3型病毒亚型Ⅱ,二者可能是源自泰国的病原。     

2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus, DENV-1)分离株全基因组序列特征。方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析。结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源。进化分析显示,28株分离株的基因型为G-I型,与G-I型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47%~97.37%(98.78%~99.16%);3株分离株的基因型为G-IV型,与G-IV型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66%~96.86%(99.01%~99.26%);3株本地感染病例来源分离株均为G-I型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能。分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异。结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-I与G-IV两种基因型,以G-I型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-I型,存在输入性病例引起本地感染可能。     

福建省1株登革Ⅱ型病毒的鉴定

目的对2005年福建省分离的1株登革病毒(DV)进行鉴定,并从分子水平追踪其可能的传染源。方法采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测疑似登革热患者血清中DV(IgM、IgG抗体;同时应用C6/36细胞、单克隆抗体间接免疫荧光(McAb-IFA)、逆转录(套式PCR法分别进行病毒的分离和鉴定,并对分离株的部分基因进行核苷酸序列分析。结果患者血清登革病毒特异性IgM抗体阳性、IgG抗体可疑,表明该患者在近期感染过登革病毒。患者血清接种C6/36细胞,观察到登革病毒特有的CPE。受感染的C6/36细胞能与登革病毒Ⅱ型单克隆抗体反应,表明分离的病毒株为登革Ⅱ型病毒。分离株的核酸提取物经RT(PCR扩增,登革病毒通用引物可扩增出511bp的特异性条带,型特异性引物扩增出119bp的特异性条带,进一步证实分离的病毒株为登革Ⅱ型病毒。分离株RT(PCR扩增产物的核苷酸序列与30株不同地域来源的登革Ⅱ型病毒相应序列构建的系统发生树表明,此毒株与东南亚地区的毒株比较接近。此次分离株的序列与1999年登革Ⅱ型病毒福建株的对应序列在亲缘关系上有一定程度距离。结合流行病学调查资料,进一步确定此病例为输入性感染病例。结论福建省首次从输入性登革热患者血清中分离出登革Ⅱ型病毒,该病毒来源于东南亚地区。     

云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。     

深圳市登革热暴发疫情的分子病毒学分析

目的 分析深圳市2010年登革热暴发疫情的病因,从分子水平探讨流行毒株的生物学特征,追踪其地域来源.方法 采用ELISA、胶体金免疫层析法和荧光PCR检测疑似登革热患者血清中的特异性IgM、IgG抗体和病毒核酸,并用C6/36和BHK-21细胞对早期病例血清进行病毒分离,采用反转录-半套式PCR和荧光PCR方法对其进行型别鉴定.同时扩增病毒E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革病毒株进行同源性比较和进化树分析.结果 从疑似登革热患者血清中检测到登革病毒IgM、IgG抗体及登革1型病毒核酸.深圳市登革1型病毒分离株SZ1029与登革1型国际标准株HAWAII 45株、我国福建省Fj231/04株及广东省1997、1999年登革1型病毒流行株GD14/97、GD05/99在E基因上的核苷酸同源性分别为94.8％、99.6％、97.7％和98.5％.基因进化树显示,深圳市登革病毒分离株与马来西亚分离株D1/Malaysia/36000/05、新加坡分离株SG(EHI)DEDI42808和Fj231/04株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,与GZ/80、Taiwan87同属基因Ⅰ亚型.所有患者发病前1个月在深圳市某工地居住,无输血史、无外出史.结论 该次疫情的病因为登革1型病毒感染,该毒株有可能来源于东南亚一带,推测深圳可能存在登革1型病毒的疫源地.     

建国后首次登革热暴发分离的2株登革4型病毒prM和E基因序列测定及其系统发生分析

目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒（78-42、78—56）进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78—42、78—56两病毒株，RNA抽提后RT-PCR法扩增prM、E区基因，克隆至pGEM-TEasy载体后测序；利用DNASTAR软件预测其氨基酸序列并与其他国内外登革4型病毒株序列比较；运用CLUSTALX1．83和MEGA3．1软件绘制系统发生树。结果78—42、78—56两株高度同源，prM、E基因序列和氯基酸序列与其他登革4型病毒同源性很高并证实为登革4型毒株，与印度尼酉亚和马来西亚分离株同属基因ⅡA亚型，核苷酸同源性与印尼ID1973株最高。结论78-42、78—56两新分离病毒株为建国后首次分离到的登革4型毒株，其来源最可能来自印度尼西亚。     

深圳市一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究

摘 要：目的 对2007年深圳市报告的一起输入性疑似登革热病例查明病因。分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和实时荧光定量PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒。采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析。结果 从患者血清标本中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革3型病毒核酸,并首次成功分离到登革3病毒,将其命名为DEN3-SZ0739。深圳市登革3型病毒分离株SZ0739与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为94.1%、93.9%、96.9%,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为66.1%、59.1%、58.2%。进化树显示SZ0739株与2007年新加坡分离株SGEHI(D3)0235Y07亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和1416株(India 1984)、1326株(Sri Lanka 1981)、1696株(Samoa 1986)等同属基因Ⅲ亚型。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革3型病毒引起,该毒株最有可能来源于新加坡。     

2015-2016年深圳市登革Ⅲ、Ⅳ型分离病毒株E/NS1基因序列特征

目的 了解2015-2016年深圳市分离的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒E/NS1基因序列特征及登革Ⅲ、Ⅳ型病毒流行规律,探究其可能的传播来源。方法 收集2015-2016年深圳市登革热患者病例资料及急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,用FQ-PCR对其进行血清分型,分离成功的病毒株用反转录-聚合酶链反应(PCR)方法扩增E基因和NS1基因,进行序列分析,绘制系统进化树,氨基酸比对分析4个不同血清型NS1蛋白。结果 从5份Ⅲ型的登革病毒标本中成功分离4份病毒株,3份Ⅳ型登革病毒标本中成功分离2份登革病毒;BLAST分析保守E基因结果表明,与DENV-3分离株同源性最高(99%)的毒株主要是印度尼西亚2010和2015年分离株、菲律宾2015年分离株。与DENV-4分离株同源性最高(99%)的毒株主要是菲律宾2013年分离株、印度尼西亚2010分离株、意大利2009年分离株。NS1基因序列分析显示所选4株不同血清型的病毒株氨基酸相似性为77.69%,4个不同血清型的登革热NS1抗原存在5-7个氨基酸保守区域。结论 2015-2016年深圳市输入的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒可能来自印度尼西亚和菲律宾,应加强出入境人员的监测工作,避免输入引起本地感染的风险。     

云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株)。经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV-4的全基因组序列(10 661nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氨基酸。全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-I。云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低。云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异。结论首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4G-I流行株亲缘关系较近。首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区。云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究。     

Ⅱ型登革病毒非结构蛋白NS1血清型特异性单克隆抗体的制备与鉴定

目的制备并鉴定Ⅱ型登革病毒非结构蛋白NS1(DV2-NS1)的血清型特异性单克隆抗体。方法以具有良好抗原性的重组DV2-NS1蛋白与灭活的Ⅱ型登革病毒(DV2)混合免疫Balb/c小鼠,取其脾细胞与小鼠骨髓瘤细胞融合,杂交瘤细胞经间接ELISA法、IFA法筛选,ELISA、IFA及WesternBlot对mAbs的类型及亚类、交叉实验及特异性等进行鉴定。结果免疫的Balb/c小鼠经多次融合筛选,共获得14株血清型特异性抗DV2-NS1蛋白的mAbs,其亚类测定两株为IgG2b,余均为IgG1。ELISA和免疫印迹显示这些mAbs与重组DV2-NS1蛋白和DV2抗原均特异性结合,IFA结果显示这14株单抗特异结合Ⅱ型登革病毒,与其它3型登革病毒无交叉。结论成功获得了特异性针对DV2-NS1蛋白的mAb,为进一步研究NS1蛋白的结构和功能以及研制早期诊断试剂奠定基础。     

登革热病毒Ⅰ型外膜蛋白DⅢ区的克隆、表达及重组蛋白的应用

目的选取DVⅠ外膜蛋白DⅢ区基因进行克隆、表达和纯化,以获得能应用于血清学诊断的纯化重组蛋白。方法用RT-PCR和套式PCR法扩增登革病毒Hawaii株外膜蛋白DⅢ区基因,与表达载体pET-30a连接,构建重组表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,重组蛋白经Western-blot鉴定活性后用电洗脱法进行纯化。纯化的重组蛋白用间接ELISA法和捕获ELISA法应用于血清学检测,检测结果与间接免疫荧法进行比较。结果重组表达质粒在大肠杆菌中表达高产量的重组蛋白,Western-blot结果显示重组蛋白具有免疫活性。纯化的重组蛋白对登革热病毒Ⅰ型感染者具有很高的检出率,与间接免疫荧光法检测结果基本相符。结论DVⅠ外膜蛋白DⅢ区基因在大肠杆菌中成功表达,重组蛋白可应用于血清学检测。     

南海市登革病毒流行株结构基因序列测定及结构分析

目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT—PCR扩增,分别克隆到pMD18—T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98％、94％、94％、92％、92％、90％。结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株。GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国。     

Development of cross-reactive antibodies to plasminogen during the immune response to dengue virus infection.

The four serotypes of dengue virus (a mosquito-borne flavivirus) cause an acute febrile illness (dengue fever) or a more prolonged illness with plasma leakage resulting in hypovolemia (dengue hemorrhagic fever). Hemorrhage may accompany either. Epidemiologic data suggest a role for dengue antibodies in pathogenesis. Computer analysis revealed a 20-residue region of similarity in amino acid sequence between the dengue type 4 envelope glycoprotein (E) and a family of clotting factors, including plasminogen, the prime mediator of fibrinolysis. By use of synthetic peptides in ELISA, E antibodies that potentially bind plasminogen were detected in 75% of 40 Thai patients acutely infected with dengue virus type 1, 2, 3, or 4. Plasminogen cross-reactivity of dengue antibodies was shown to be specific for the related sites in E and plasminogen. The dengue E sequence with similarity to plasminogen is largely conserved within the currently known flavivirus E sequences. However, 15 Thai patients hospitalized for illness caused by Japanese encephalitis virus (a flavivirus not associated with hemorrhage) did not develop plasminogen-cross-reactive antibodies, and this finding correlated with failure of Japanese encephalitis virus antibodies to bind to the plasminogen-cross-reactive site in E.     

Isolation and partial characterization of dengue virus type 2 and 4 strains from dengue fever and dengue haemorrhagic fever patients from Mindanao, Republic of the Philippines

OBJECTIVE: Isolation of dengue virus from dengue fever and dengue haemorrhagic fever cases from Mindanao, Republic of the Philippines. METHODS: 12 patients with clinically suspected dengue fever (DF) or dengue haemorrhagic fever (DHF) presenting in four regional hospitals between August and September 1995 on Minadano were enrolled in the study. Dengue virus was isolated by inoculation of Vero/E6 or C6/36 cells with patient serum. IgM antibodies were measured using a commercial test system. Up to 454 bp of the capsid region and 240 bp of the E/NS1 gene junction of different viral isolates were sequenced and phylogenetically analyzed. RESULTS: Virus could be isolated from seven patients, five isolates were typed as dengue virus type 2 and two as dengue virus type 4 by immunostaining with monoclonal antibodies or by RT/PCR. Phylogenetic analysis confirmed a close relationship of the dengue virus type 2 isolates with viruses isolated in the Philippines in 1983 and 1988. CONCLUSION: As observed in studies from other parts of South East Asia, dengue virus type 2 was readily isolated from dengue haemorrhagic fever cases. Dengue virus type 2 and 4 circulate in Mindanao, Philippines, with dengue type 2 being responsible for most of our severe DF or DHF cases.     

西尼罗河病毒NS1的克隆、表达及抗原性分析

目的克隆和表达西尼罗河病毒（WNV）非结构蛋白1（NS1）,并分析其与登革病毒NS1的抗原交叉反应性。方法合成WNV NS1全基因序列,将NS1全基因克隆到pGEX-5X-3原核表达载体中表达GST—NS1融合蛋白,用4型登革病毒免疫血清及登革病毒NS1单克隆抗体并应用Western Blot方法分析WNV—NS1重组蛋白的抗原性。结果重组质粒pGEX-5X-3-WNV—NS1经IPTG诱导,高效表达GST-NS1融合蛋白,经变性纯化和复性获得可溶性WNV-NS1重组蛋白,经WesternBlot证实WNV—NS1重组蛋白可与各型登革病毒免疫小鼠血清及部分4型登革病毒NS1交叉单抗识别。结论成功获得可溶性WNV—NS1重组蛋白,该蛋白与登革病毒NS1具有抗原交叉反应性,其结果为建立西尼罗河病毒的血清学诊断和鉴别诊断奠定了基础。     

广州市2009年Ⅰ型登革病毒E基因序列分析

目的 测定广州市2009年Ⅰ型登革病毒的E基因序列并进行分析,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清19份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发生树,结合流行病学资料进行信息学分析.结果 19份标本中分离到4株Ⅰ型登革病毒株,测序获得其E基因序列.分析发现4株病毒来自两个不同的亚型,09/GZ/9104和09/GZ/9236两株Ⅰ型登革病毒核苷酸序列相同,属于美洲/非洲型;09/GZ/11534和09/GZ/11562两株Ⅰ型登革病毒序列同源性较高,属于亚洲型.结论 广州市2009年Ⅰ型登革病毒属输入性,分属两个基因型,推测可能来源于不同的传染源.     

基于登革病毒prME序列mRNA候选疫苗的构建与评价

目的 利用mRNA结合脂质纳米颗粒(lipid nanoparticle, LNP)包裹递送技术,设计构建mRNA疫苗,以期为登革热疫苗研发提供新思路。方法 以DENV1 Hawaii株prME序列为靶基因,体外合成D1ME-mRNA,利用流式细胞术及免疫荧光染色鉴定其在细胞内表达后,用LNP包裹mRNA,制备D1ME mRNA-LNP候选疫苗;利用C57BL/6小鼠模型,肌肉注射10μg进行二剂次免疫接种,评价疫苗的保护作用及免疫原性。结果 流式细胞术及免疫荧光检测证实D1ME-mRNA在细胞内高效表达;经颅内注射DENV1攻毒后,疫苗组小鼠体重下降幅度明显小于对照组,且无明显临床症状;疫苗组小鼠的中和抗体平均效价为1∶20,高于对照组;疫苗组小鼠的脾淋巴细胞经特异性抗原刺激可分泌高水平的Th1细胞相关的细胞因子IFN-γ、TNF-α。结论 本研究成功构建了针对DENV1的mRNA-LNP疫苗,二剂次免疫接种可诱导小鼠产生DENV1特异性的、以Th1型细胞免疫为主的免疫应答,并可为小鼠提供保护作用以抵抗DENV1的感染。     

2001-2016年广州市登革3型病毒E基因序列及系统进化树分析

目的 了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统进化树。结果2001-2016年共分离到登革3型病毒24株,从基因型上分类属于基因亚型I、II、III和V型,基因亚型III在流行年份和分离毒株数上稍占优势。流行病学调查和序列分析均显示与东南亚国家流行的登革热相关度较高。结论 广州市登革3型病毒以输入为主,随着输入压力增大、基因亚型增多和转换,可能会使广州市登革热流行传播更为复杂,流行风险进一步增高。