河豚鱼Cyt b基因部分DNA序列分析与应用

建立河豚鱼物种DNA鉴别技术,根据GenBank公布的河豚鱼细胞色素b基因序列,应用软件Primer Premier5.00版设计上游引物HT1-F与下游HT1-R,对3属9种福建省搜集的常见的河豚鱼与2种未知物种名称且外观无法进行形态学判断的河豚鱼样品的细胞色素b基因序列中的部分片段进行PCR扩增,PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳确证、纯化后,进行DNA碱基序列测定,序列长度均为423bp。应用DNA MANN软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系树状图,供试11个样品被划分为3个类群,第Ⅰ组与第Ⅱ组之间的同源率为89%,这2组与第Ⅲ组之间的同源率为85%。根据序列同源性分析结果,可推测2个未知种名的样品为腹刺鲀属或东方鲀属。     

应用PCR-RFLP和芯片生物分析系统鉴别河豚鱼品种

应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态分析和芯片生物分析系统建立5种河豚的分子生物学品种鉴定新方法。首先提取鱼的DNA进行细胞色素b基因的PCR扩增,然后用DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ三种限制性内切酶进行酶切,在Agilent DNA1000芯片上对酶切片段进行分离。该方法可成功区分5个河豚鱼品种,是一种快速、简便、有效的鱼类品种鉴定分析手段。     

半嵌套式PCR检测转几丁质酶基因烟草研究

用含卡那霉素的培养基首先对转几丁质酶基因烟草种子和烟苗进行初步筛选鉴定,再用Western Blot进一步证实抗卡那霉素的转基因烟苗中外源转几丁质酶基因的表达。然后研究半嵌套式PCR(Semi-nested PCR)检测转几丁质酶基因烟草植株及其烤后烟叶中的所转目的基因;利用限制性内切酶Hind Ⅲ对半嵌套式PCR产物进行酶切,从而验证半嵌套式PCR产物是否为真正的目的基因。研究结果表明,半嵌套式PCR是一种快速、灵敏的检测转几丁质酶基因烟草植株及烤后烟叶的方法。      

基于识别重叠序列特性的限制性内切酶的重组表达策略研究

甲基转移酶可以保护宿主基因组DNA免受限制性内切酶的消化,根据这一特性,经典的限制性内切酶制备策略是首先通过表达与其配对的甲基转移酶来保护宿主菌株,然后再共表达限制性内切酶,即“一对一”的重组表达模式。作者设计了一个新的策略：通过共表达识别重叠序列的甲基转移酶来保护宿主菌株,以制备限制性内切酶。首先将识别重叠序列的甲基转移酶转入大肠杆菌ER2566,以保护宿主基因组DNA,然后将能识别重叠序列的多个限制性内切酶分别转入该宿主菌株,以进行限制性内切酶的重组表达,即“一对多”的重组表达模式。根据这一方法,利用甲基转移酶M.Esa Dix5 I、M.Alu I和M.Hha I实现了识别重叠序列(TTAA、AGCT和GCGC)的一系列限制性内切酶的重组表达,还利用甲基转移酶M.Alu I成功实现了两个新的R.Sac I同裂酶R.Eco SP4ORF25090P和R.Gma5ORF28P的重组表达。该方法简化了对抵抗限制性内切酶消化的宿主菌株的大量筛选工作,并提供了大规模制备限制性内切酶的能力。这一方法也可用于发现其他微生物中新的同工酶或同裂酶。     

探讨《驴成分检测实时荧光PCR法》标准中检出限的合理性

目的探讨SN/T3730.4-2013《食品及饲料中常见畜类品种的鉴定方法第四部分:驴成分检测实时荧光PCR法》标准中检出限规定的合理性。方法参考SN/T 3730.4-2013提供的引物及探针序列,采用实时荧光PCR检测方法鉴别市场抽检驴肉的真伪性。结果 Ct值在25~35之间的样品按照SN/T 3730.4-2013标准规定应判为检出驴成分,但通过对上述样品用马源性引物进行扩增和测序得知样品为马肉而非驴肉。结论建议标准应根据不同的检验对象制定不同的检出限,从而降低出现假阳性的概率。     

烟草转基因检测方法的研究

通过试验研究,提出了烟草转基因检测方法和标准,首先提取样品DNA采用260－280nm波长扫描测定提取物DNA浓度和纯度,并利用叶绿体不编码蛋白基因序列PCR扩增确定模板质量,同时进行35s启动于,NOS终止子的PCR扩增,对于未出现特异性扩增的样品进行35s和NOS的巢式PCR反应,对于出现目标长度片段扩增的样品再次提取DNA重复检测,并利用限制性内切酶酶切、巢式PCR、探针杂交和目的基因序列扩增进行验证,确定所转目的基因种类。并应用竞争性PCR测定样品中转基因阳性成分含量。     

应用聚合酶链式反应和限制性内切酶酶切技术鉴别鳕鱼

大西洋鳕鱼（Gadus morhua）作为一种具有高营养价值的海洋经济鱼类,常常会被掺入劣质、价格低廉的阿拉斯加狭鳕鱼（Theragra chalcogramma）或白姑鱼（Argyrosomus argentatus）等。通过对大西洋鳕鱼、阿拉斯加狭鳕鱼和白姑鱼的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COⅠ）基因序列进行比对分析,分别设计特异性引物。结果表明：通过聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增得到大西洋鳕鱼和阿拉斯加狭鳕鱼COⅠ 基因扩增产物大小为579 bp,白姑鱼为399 bp;进一步使用BstE Ⅱ限制性内切酶对大西洋鳕鱼和阿拉斯加狭鳕鱼COⅠ 基因的PCR产物进行酶切,大西洋鳕鱼不能被酶切,而阿拉斯加狭鳕鱼被酶切为长度分别为361、218 bp的2 个片段,从而有效区分大西洋鳕鱼、阿拉斯加狭鳕鱼和白姑鱼。     

霍乱弧菌O1群和O139群基因分型方法

构建SXT整合酶基因扩增BclⅠ内切酶消化体系,建立霍乱弧菌O1群和O139群的快速检测,根据SXT基因设计合成引物,PCR扩增目的片断,对PCR产物用BclⅠ限制性内切酶酶切分析.结果显示：50株菌株的检出率为100%,扩增产物及酶切片段与预期的靶序列长度和限制酶谱分析相-致.扩增霍乱弧菌O1群和O139群的SXT整合酶基因并经过BclⅠ内切酶酶切分型的方法简易、快速、特异性好,为该病快速诊断和分子流行病学调查提供了新的技术手段.     

黑曲霉DL08内切葡聚糖酶基因的克隆表达及酶学性质研究

通过反转录PCR(RT-PCR)从黑曲霉(Aspergillus niger)DL08中提取内切葡聚糖酶基因(GeneBank No.KJ437592),PCR测序表明该基因全长999个核苷酸,编码332个氨基酸,预测相对分子质量为36.75 kDa,等电点(pI)为4.38,命名eg1。结构域分析表明,该蛋白包括18个氨基酸构成的信号肽和C末端1个糖基水解酶家族5的催化结构域。重组内切葡聚糖酶蛋白通过Ni-NTA亲和层析柱纯化,酶学性质研究表明,以羧甲基纤维素钠为底物时重组酶最适作用pH为5.0,最适作用温度为45℃。通过薄层层析法检测重组内切葡聚糖酶酶解1%羧甲基纤维素钠的产物,主要为连续寡糖。这些特性为纤维素酶酶解纤维素生产生物化学品和可再生生物燃料提供技术参考。     

冻融循环对酶切糖基化大豆蛋白稳定性的影响

为研究酶切糖基化大豆蛋白的实际应用效果,采用限制性酶切大豆分离蛋白(SPI)-葡聚糖糖基化产物,以表面吸附量、乳析指数、平均粒度、显微结构为评价指标,比较了分别由SPI、SPI与葡聚糖的糖基化产物(SPID)、酶切糖基化大豆蛋白产物作为乳化剂的乳化体系的冻融稳定性。结果表明,经3次冻融循环后,酶切糖基化大豆蛋白产物乳化体系仍保持较好的稳定性,显著高于SPI、SPI-D对照组。限制性酶切糖基化大豆蛋白可用于改善食品乳化体系的冻融稳定性,为生产冷冻产品专用大豆蛋白提供理论依据。     

河豚鱼16S rRNA基因部分DNA序列分析及应用

应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3 属13 种福建省搜集的河豚鱼样品与9 个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）碱基序列测定,各物种序列长度在611～614 bp之间。应用DNAMAN V6软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。供试13 个样品被划分为4 个类群组,群间的同源率为87%,群内同源率为94%～100%。根据序列同源性分析结果,9 个未知种名的样品被归类到3 个类群组中,推测9 个未知种名的样品为东方鲀属或腹刺鲀属。探讨了16S rRNA基因部分DNA序列测试及同源性分析技术在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

Puffer fish-based commercial fraud identification in a segment of cytochrome b region by PCR–RFLP analysis

To identify the mislabeled or fraudulently substituted toxic puffer fish in thermally processed fish products, a polymerase chain reaction (PCR) method using restriction sites and sequence analysis has been developed in this study. A 376-bp fragment of the cytochrome b gene was produced after PCR amplification. Fish tissue samples were prepared under autoclaving conditions at 121 °C for 10–90 min at 10 min intervals. DNA fragments could not be detected after 90 min of autoclaving at 121 °C. For PCR product digestion, BsaJ I, Aci I, Hinf I, Taq I, and Sap I endonucleases were used to yield species-specific profiles for the identification of puffer fish species from 60 commercial market samples. Results from this study showed that the restriction fragment length polymorphism technique can be used to identify 17 puffer fish species from commercial products even after severe thermal processing.     

DNA条形码技术在深圳鱼肉制品鉴定中的应用

以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ ）基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77 份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28 份样品与产品标签标示不符,“错贴”率高达36.36%,其中所有标示“龙俐鱼”的商品都是低价的“巴丁鱼”（Pangasianodon hypophthalmus）。DNA条形码技术可用于鱼肉制品的来源物种鉴定。     

PCR 方法检测河豚鱼的引物筛选及反应体系优化

根据Genbank 公布的河豚鱼细胞色素b 基因序列,应用软件Primer Premier 5.00 版设计了7 对引物,经过PCR 筛选,确定可以在所有8 个供试河豚鱼样品中检出目的DNA 片段的引物HT-1,用于建立河豚鱼的PCR 检测方法。对该PCR 方法中6 个因素包括退火温度、Mg2+ 终浓度、Taq DNA 聚合酶用量、dNTPs 终浓度、引物终浓度和模板DNA 用量进行优化,确定优化的PCR 扩增体系：10 × PCR 缓冲液2μL,MgCl2 终浓度1.5mmol/L,Taq DNA 聚合酶1.0U,dNTPs 终浓度300μmol/L,引物终浓度0.2μmol/L,DNA 模板400ng,加纯水至总体积20μL。扩增程序定为94℃预变性5min,94℃变性30s,62℃退火30s,72℃延伸30s,40 个循环,72℃延伸5min。据此建立河豚鱼成分PCR 检测方法,并通过河豚鱼与非河豚鱼的PCR 检测结果比较,验证了该方法的河豚鱼特异性。研究结果还表明,该方法的检出限为0.1%,含量为0.1% 的河豚鱼样品PCR 检出率至少在97.5% 以上。     

PCR-DGGE法分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性

目的：运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction- denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法：从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式和降落PCR扩增16S rRNA的V3区段,对扩增产物做变性梯度凝胶电泳,用NTsys 2.10e软件分析条带的相似性,切胶回收条带并测序,鉴定菌种并构建系统进化树、分析优势菌种。结果：19份样品中的乳酸菌菌群组成包括Lactobacillus paracasei、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus crispatus、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus buchneri、Lactococcus raffinolactis、Leuconostocmesenteroide、Lactobacillus plantarum、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis、Streptococcus thermophilus。综合样品和牧区的乳酸菌分布情况,确定Lactobacillus delbrueckii为优势菌种。结论：PCR-DGGE技术能够有效分析西藏地区发酵乳制品中乳酸菌的多样性。     

PCR-DGGE技术分析不同包装条件下鱼肉表面优势菌的菌群变化

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-deformation gradient gel electrophoresis analysis,PCR-DGGE）技术研究3 种包装（空气、真空、气调）结合钴60辐照技术对鱼肉表面优势菌菌群的影响,分别选择6 种辐照剂量（0、2、4、6、8、10 kGy）照射4 ℃贮藏18 d后的鱼肉表面优势腐败菌群进行研究。方法：采集第18天不同包装不同剂量的草鱼肉样品,洗脱鱼肉表面菌;提取DNA,扩增16S rDNA的V3可变区,用PCRDGGE技术鉴定优势菌,割胶回收测序。结果表明：不同包装鱼肉表面优势菌群数量和种类不同,在样品中共同的优势腐败菌为假单胞菌,在空气包装中优势腐败菌是假单胞菌、乳酸菌和沙雷菌,沙雷菌在辐照剂量高于8 kGy时被抑制。在真空包装中优势腐败菌是假单胞菌、沙雷菌、热死环丝菌和耶尔森菌,沙雷菌辐照剂量高于6 kGy时被抑制,而耶尔森菌在2 kGy以上即被抑制,热死环丝菌在6、8 kGy辐照条件下才出现,其具有很高的辐照抗性。在气调包装中优势腐败菌是假单胞菌和乳酸菌,但乳酸菌仅在气调包装2 kGy辐照和气调包装8 kGy两种辐照包装条件下是优势腐败菌。结果表明,PCR-DGGE技术可以很好地鉴别鱼肉表面优势腐败菌。     

生鲜家畜肉类与水产鱼虾类物流过程中微生物菌相变化的研究进展

生鲜家畜肉类及水产鱼虾类物流过程中的腐败变质主要由微生物引起。随着分子生物学技术的快速发展,分子生态技术已成为研究生鲜家畜肉类及水产鱼虾类物流过程中微生物菌相变化的主要手段。引起生鲜家畜肉类及水产鱼虾类在物流过程中腐败变质的微生物也不断被发现。本文综述了生鲜家畜肉类及水产鱼虾类物流过程中常见微生物物种,包括肉食杆菌、乳酸菌、沙门氏菌属、假单胞菌属、明串珠菌属、热杀索丝菌、单增李斯特氏菌等细菌以及酵母菌、霉菌等真菌;介绍了2010年后多用于生鲜家畜肉类和水产鱼虾类菌相研究的分子生态技术,包括变性梯度凝胶电泳技术、末端限制性片段长度多态性技术、高通量测序技术和实时定量聚合酶链式反应技术,旨在为我国生鲜家畜肉类及水产鱼虾类的菌相研究提供参考。     

食源亚历山大藻核糖体DNA分子特征及其产毒特性的遗传差异

亚历山大藻可代谢产生麻痹性贝毒素,对人类健康和食品安全造成严重威胁。以核糖体DNA为研究对象,利用生物信息学及计算机分析软件对食源亚历山大藻核糖体DNA的分子特征进行分析,并且对亚历山大藻的产毒特性进行遗传差异研究。聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增亚历山大藻核糖体18S rDNA-28S rDNA区域,利用DNAdist计算5.8S rDNA-ITS区域序列间距离值序数,同时,利用PCR-限制性片段长度多态性（restricted fragment length polymorphisms,RFLP）技术,对核糖体18S rDNA-28S rDNA进行测序分析,选择限制性内切酶MboⅡ绘制内切酶图谱。结果表明：亚历山大藻无毒株L35与产毒株在5.8S rDNA-ITS区域序列间核苷酸的差异值可达到0.201～0.488,与同属无毒亚历山大藻的核苷酸差异值＜0.004;通过酶切图谱特征条带可以准确地将不同亚历山大藻种产毒类型分3 类,酶切图谱相似的藻种产生的毒素组分相同。因此,食源亚历山大藻产毒与否以及产毒类型体现为核糖体DNA遗传信息中存在显著差异。     

中国葡萄酒产区酒酒球菌种质资源遗传多样性分析

为了解我国葡萄酒产区酒酒球菌种质资源遗传多样性,对22 株筛选自我国不同葡萄酒产区的乳酸细菌进行了种特异性聚合酶链式反应（species-specific polymerase chain reaction,PCR）分析、16S rRNA序列分析和扩增片段长度多态性分析（amplified fragment length polymorphism,AFLP）基因分型。种特异性PCR和16S rRNA序列分析表明22 株分离株为酒酒球菌（Oenococcus oeni）。建立了O. oeni基于HindⅢ和MseⅠ为内切酶的AFLP分析体系,对16 对引物组合进行了筛选,结果表明HT-MA、HT-MT、HT-MC、HG-MA、HG-MT、HC-MT为O. oeni AFLP分析的最佳引物组合,且实验重复性在98%以上。对O. oeni的AFLP分析结果显示：22 株O. oeni分为3 个簇群,且簇群间遗传相似性系数较小。所以,以HindⅢ和MseⅠ为内切酶的AFLP技术是研究O. oeni基因分型的有效方法,我国葡萄酒产区的O. oeni具有丰富的遗传多样性,O. oeni菌株间的遗传相似性系数不仅仅与其生态地理分布有关,可能还与其所处的微生态和其他因素有关。     

转基因大豆MON89788实时荧光PCR检测方法的建立

为实现转基因大豆MON89788的标识管理,针对转基因大豆MON89788的品系特异性序列设计引物和TaqMan探针,建立转基因大豆MON89788实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行检测。结果显示：建立的转基因大豆MON89788实时荧光PCR检测方法能扩增出127 bp的产物,特异性强,灵敏度达到0.1%,约为40 个单倍体基因组拷贝,检测重复性好,可成功应用于实际样品检测。因此,建立的转基因大豆MON89788实时荧光PCR检测方法可以应用于转基因大豆MON89788大豆及其制品的检测。