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相似文献
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1.
本研究旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8.2(keratin-associated protein,KAP8.2)基因mRNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆KAP8.2基因并进行两个品种间的比较分析,实时荧光定量PCR方法分析两个品种间KAP8.2基因的表达谱差异。结果表明已成功克隆出绵羊KAP8.2基因mRNA,该片段长574bp,其中ORF区192bp,编码63个氨基酸,甘氨酸(Gly)和酪氨酸(Tyr)含量依次为23.8%和20.6%,属于典型的HGT-KAP家族。多态性分析显示新吉细毛羊与小尾寒羊KAP8.2基因间存在丰富的多态性,多态位点多位于CDS区两侧,其中小尾寒羊KAP8.2基因3′UTR区c192+19-39出现一个疑似fru-let-7j的作用靶位。不同组织表达谱分析显示该基因为多组织表达基因,但两个品种羊不同组织表达谱存在较大差异,表现为小尾寒羊在脾脏、肝脏和皮肤中高表达,而新吉细毛羊则在皮肤和心脏中高表达。本研究提示小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因与毛表型性状相关。  相似文献   

2.
本研究旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8.2(keratin-associated protein,KAP8.2)基因mRNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆KAP8.2基因并进行两个品种间的比较分析,实时荧光定量PCR方法分析两个品种间KAP8.2基因的表达谱差异。结果表明已成功克隆出绵羊KAP8.2基因mRNA,该片段长574 bp,其中ORF区192 bp,编码63个氨基酸,甘氨酸(Gly)和酪氨酸(Tyr)含量依次为23.8%和20.6%,属于典型的HGT-KAP家族。多态性分析显示新吉细毛羊与小尾寒羊KAP8.2基因间存在丰富的多态性,多态位点多位于CDS区两侧,其中小尾寒羊KAP8.2基因3'UTR区c192+19-39出现一个疑似fru-let-7j的作用靶位。不同组织表达谱分析显示该基因为多组织表达基因,但两个品种羊不同组织表达谱存在较大差异,表现为小尾寒羊在脾脏、肝脏和皮肤中高表达,而新吉细毛羊则在皮肤和心脏中高表达。本研究提示小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因与毛表型性状相关。  相似文献   

3.
为了克隆小尾寒羊与新吉细毛羊血管内皮生长因子D(VEGF-D)基因,检测其多态性及组织表达分布规律,探讨两个品种绵羊毛用性状差异是否与该基因存在必然联系,试验提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,采用RT-PCR方法克隆VEGF-D基因并进行生物信息学分析,定量PCR方法分析两个品种间该基因的表达差异。结果表明:成功克隆出小尾寒羊与新吉细毛羊VEGF-D基因,该基因全长1 487 bp,含有完整的开放阅读框(ORF),长度为1 065 bp,编码354个氨基酸。绵羊VEGF-D基因无论在核苷酸还是氨基酸水平上与亲缘关系更近的牛具有较高同源性。小尾寒羊及新吉细毛羊品种间VEGF-D基因存在较多的多态位点,且相应突变位点均引起氨基酸的改变,提示该基因在品种间存在较大的选择压力,上述突变位点主要位于PDGF结构域两侧,提示其可能通过影响VEGF-D蛋白的水解过程来调控其功能。绵羊VEGF-D基因为各组织广泛表达基因,但其主要在肺脏与脾脏中高表达。不同季节绵羊皮肤组织VEGF-D基因表达模式不同,主要表现为寒冷季节高表达,而气温升高表达量逐渐降低。说明小尾寒羊与新吉细毛羊两个品种中VEGF-D基因存在较高的多态性,不同组织器官与不同季节皮肤组织表达分布相类似。  相似文献   

4.
本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2(keratin-associated protein 2,KAP2)基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463bp的KAP2基因,开放阅读框架(ORF)长414bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为谷氨酰胺(Gln),属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。  相似文献   

5.
本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2(keratin-associated protein 2,KAP2)基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463 bp的KAP2基因,开放阅读框架(ORF)长414 bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为谷氨酰胺(Gln),属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84 ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。  相似文献   

6.
为克隆绵羊血管内皮生长因子B(VEGF-B)基因,探寻该基因与毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,本文利用RT-PCR从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-B基因mRNA并对不同组织中VEGF-B基因表达进行分析。扩增显示存在2条扩增条带,克隆测序发现均为VEGF-B基因,大小为978 bp和877 bp。分析发现片段中间部位缺失导致编码氨基酸序列改变,但并未破坏PDGF功能结构域,仅引起一端蛋白酶切位点改变。不同组织器官中两突变体表达检测发现具有组成型表达的特点。定量检测发现VEGF-B在肺脏和卵巢组织中较心脏组织表达升高,脾脏、肾脏与心脏表达持平。肠道、肝脏、脑及肌肉组织则表达降低。本研究成功克隆了绵羊VEGF-B基因并对其进行了系统的鉴定分析,为进一步研究绵羊VEGF家族功能奠定基础。  相似文献   

7.
为克隆不同品种绵羊血管内皮生长因子C(VEGF-C)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的内在关系,本实验利用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-C基因mRNA并进行生物信息学分析。以皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增显示存在多个扩增条带,克隆测序结果发现所有条带均为VEGF-C基因序列。除最长片段为全长VEGF-C基因外,其他均为VEGF-C异构体,片段长度依次为1 318、1 298、1 197、890、732、604 bp。所有异构体均表现为序列中间部位的缺失,分析显示各异构体由不同类型的可变剪切方式组合加工产生。氨基酸分析发现大部分异构体造成移码突变,编码类VEGF-C蛋白小肽,推测可能参与VEGF-C蛋白成熟或功能调节。本研究首次证明VEGF-C基因在绵羊皮肤组织存在复杂的转录后加工过程,为进一步研究VEGF家族在绵羊皮肤组织中的功能奠定基础。  相似文献   

8.
为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。  相似文献   

9.
试验旨在研究不同品种绵羊皮肤毛囊中角蛋白关联蛋白8-1(keratin associated protein 8-1,KAP8-1)基因相对表达量,从而明确KAP8-1基因对绵羊皮肤毛囊发育的调控作用。采用Real-time PCR SYBR GreenⅠ染料法,测定KAP8-1基因荧光定量Ct值,所得结果采用2-△△Ct法计算相对表达量。结果表明,南非肉用美利奴羊(♂)×东北细毛羊(♀)组、南非肉用美利奴羊(♂)×小尾寒羊(♀)组、杜泊羊(♂)×小尾寒羊(♀)组3个品种羊皮肤毛囊内KAP8-1基因均有表达,且三者相对表达量的比值为7.56∶2.19∶1。说明KAP8-1基因对皮肤毛囊发育、羊毛品质差异均具有一定的调控作用,且品种之间存在一定的差异。  相似文献   

10.
为了克隆绵羊血管内皮生长因子A(VEGF-A)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,试验采用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-A基因mRNA并对其进行生物信息学分析。结果表明:以皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增出3条特异性条带;克隆测序结果显示所有条带均为VEGF-A基因序列,片段长度依次为828,825,756,624 bp。828 bp和825 bp片段属于全长VEGF-A,其中825 bp片段在3′非编码区缺失3个碱基;756 bp和624 bp片段由可变剪切产生,分别为外显子6缺失和外显子6,7双缺失,编码蛋白与人类VEGF-A165和VEGF-A121类似;核苷酸序列比对发现,VEGF-A基因mRNA仅存在3个SNP位点;蛋白结构域分析发现,三种类型VEGF-A蛋白均含有完整的血小板衍生生长因子(PDGF)结构域。说明试验成功地从绵羊皮肤组织中克隆到VEGF-A基因并证实可变剪切突变体的存在。  相似文献   

11.
为进一步验证小尾寒羊与新吉细毛羊毛用性状与毛囊性状差异。本研究选择9月龄小尾寒羊与新吉细毛羊母羊各8只,在相同饲养环境下测定毛用性状及毛囊性状并分析两者间的差异,最后用定量PCR方法检测不同月份2个品种绵羊毛囊周期分子的表达变化趋势。结果表明:小尾寒羊在主要毛用性状,包括产毛量(GFW)、毛细度(FD)、拉伸长度(SL)、卷曲度及油脂率等大部分指标均极显著低于新吉细毛羊(P0.01);组织切片法测定小尾寒羊与新吉细毛羊毛囊制表显示,小尾寒羊毛囊密度、S/P值等极显著低于新吉细毛羊(P0.01),但在皮肤厚度、初级毛囊、次级毛囊毛乳头直径等显著高于新吉细毛羊;毛囊周期标记分子定量PCR显示,不同季节小尾寒羊与新吉细毛羊LEF1和TGF-β1基因总体变化趋势相同,但小尾寒羊变化更为剧烈,说明气候等外界因素对小尾寒羊毛囊周期影响大于新吉细毛羊。本研究证明小尾寒羊与新吉细毛羊的毛用性状、毛囊性状存在极显著差异,TGF-β1为进一步探讨小尾寒羊与新吉细毛羊毛用性状表型差异分子遗传基础研究奠定基础。  相似文献   

12.
以供试羊皮肤组织中提取的总RNA为模板,根据Gen Bank中登陆的绵羊LHx2基因序列设计引物,通过PCR方法扩增RT-PCR合成的LHx2基因编码区第一链c DNA,回收、纯化反应产物,将目的基因与p MD18-T载体连接、转化,获得阳性重组质粒,成功克隆新吉细毛羊LHx2基因c DNA序列,测序长为1 215 bp。基因同源性分析结果显示各物种间同源性均在80%以上。该基因编码405个氨基酸残基,蛋白同源性分析结果显示各物种间同源性差异较大;蛋白二级结构分析显示LHx2蛋白为疏水性蛋白、柔韧性较高;蛋白结构域分析结果表明克隆的基因较为完整。研究结果为深入研究新吉细毛羊LHx2基因提供理论基础。  相似文献   

13.
为了克隆藏系绵羊KRT26基因序列,并研究其组织表达谱,试验从藏系绵羊皮肤中提取总RNA,用RT-PCR技术克隆KRT26基因,并进行了氨基酸序列测定和荧光定量PCR分析。结果表明:获得了1 407 bp的编码区序列,该序列与绵羊KRT26基因的预测序列仅有1个碱基差异,推导的氨基酸序列相同,与牛、人、小鼠KRT26的氨基酸序列相似性依次为94.44%、79.44%和73.32%。KRT26基因在藏系绵羊的心脏、肝脏、脾脏、肾脏、脂肪、皮肤中均有不同程度表达,但在皮肤的表达量远远高于其他组织,表现出极高的组织特异性。  相似文献   

14.
为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。  相似文献   

15.
根据绵羊毛囊角蛋白关联蛋白(KAP)6.1(登录号为AY483218.1)基因序列设计合成2个特异性引物,以新疆细毛羊为研究对象,从采集的皮肤组织中提取RNA进行RT-PCR反应,扩增出长度为320 bp的特异性片段,回收目的片段并连接至pMD18-T载体后转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,检测阳性克隆、测序并进行分析。结果表明:试验成功克隆了新疆细毛羊KAP6.1基因,得到的长度为320 bp序列中包含252 bp的编码区序列。新疆细毛羊与绵羊亲缘关系最近,同源性为99.2%,与山羊同源性为94.8%,有13处核苷酸差异与人和兔的同源性分别为80.8%、75.1%。  相似文献   

16.
本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、东北细毛羊、杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)、生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度(He)、纯合度(Ho)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60 bp 3个碱基(CTT)缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊的χ2值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著(P>0.05);GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型:DD,该突变为GDF9基因外显子2上477 bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ2值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。  相似文献   

17.
本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、东北细毛羊、杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)、生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度(He)、纯合度(Ho)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60bp 3个碱基(CTT)缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊的χ~2值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著(P0.05);GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型:DD,该突变为GDF9基因外显子2上477bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ~2值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。  相似文献   

18.
《中国兽医学报》2016,(2):348-352
采用RT-PCR和TA克隆方法成功克隆了南非肉用美利奴羊与东北细毛羊杂交F1代的LPL基因cDNA序列并对其进行生物信息学分析。结果表明,杂交F1代LPL基因ORF(开放阅读框)长1 437bp,共编码478个氨基酸。将杂交F1代LPL基因及氨基酸序列分别与另外8种动物进行同源性比对,发现基因序列同源性为85.1%~99.8%,氨基酸同源性为89.3%~100.0%。与普通绵羊相比,杂交F1代LPL基因存在3个位点核苷酸差异,但并未引起氨基酸改变。本试验结果将有助于进一步明确LPL基因多态性与其生物性状间的关联性,为改善肉羊肉质及其遗传育种提供分子生物学基础。  相似文献   

19.
为了解绵羊Toll样受体8(TLR8)蛋白的结构特征和进化关系。本试验采用Trizol法提取新吉细毛羊肝脏组织总RNA,设计ORF区两端兼并引物,RT-PCR方法克隆新吉细毛羊TLR8并进行了系统的生物信息学分析。RT-PCR结果显示,试验获得了大小为3 102bp的片段,包括完整的ORF区2 982bp,编码993个氨基酸(GenBank序列号为:GU936186和GU936187),含15.7%的亮氨酸。同源分析结果显示,TLR8在进化过程中具有高度保守性,与人、家牛、山羊、猪、梅花鹿和小鼠的氨基酸序列同源性分别为79.9%、96.3%、97.6%、84.7%、96.5%和74.2%。蛋白分子功能结构域预测显示,该分子由胞外区(781个氨基酸)、跨膜区(52个氨基酸)和胞内区(160个氨基酸)组成,其中胞外区具有LRR结构域,胞内区具有TIR结构域,且绵羊较人类多了LRR3和LRR12结构域。进化分析显示TLR8分子与不同物种间的进化关系符合真实物种间的进化顺序。试验结果表明新吉细毛羊TLR8分子具有病原分子模式识别作用,为其结构和功能的研究奠定了基础。  相似文献   

20.
为了探讨S100A11基因在苏博美利奴羊中不同类型细度的细毛羊中的表达模式,试验以苏博美利奴羊为研究对象,克隆了钙囊素S100A11基因,采用生物信息学方法进行遗传进化分析,对S100A11蛋白的理化性质进行分析,并对其二级蛋白结构进行预测,且通过RT-PCR相对定量方法检测S100A11基因在不同绵羊个体中的表达规律。结果表明:绵羊S100A11基因的CDS全长序列为866 bp,编码了105个氨基酸,与绵羊、山羊、牛、猪、鼠、兔、鸡、狗和斑马鱼的CDS同源性分别为96%、96%、96%、87%、24%、44%、70%、70%、60%;分别在1 bp、220~336 bp、415~864 bp有3个开放式阅读框(ORF);S100A11基因全长为4 798 bp。S100A11蛋白含有1个信号肽、19个磷酸化位点;同时S100A11基因在超细型细毛羊皮肤组织表达量极显著高于细型细毛羊的表达量(P0.01),差异倍数为2.048。  相似文献   

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