应用ITS2条形码鉴定岭南药材余甘子及其混淆中药品种

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码,建立余甘子及其混淆品分子鉴定方法。方法：收集8种共17份余甘子及其混淆品植物样本,提取基因组DNA,扩增ITS2基因并双向测序。所得序列采用Codon Code Aligner进行拼接,同时,从GenBank数据库中获3条相关ITS2序列用于比较分析。利用MEGA 6.06软件分析其种内及种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：余甘子ITS2序列长度为208bp,与其他各物种种间变异位点较多,遗传距离较大,为0.174-0.823。聚类树结果显示,余甘子基原植物独聚一支,与其他混淆品能够容易区分。结论：本研究采用ITS2序列能够有效鉴别余甘子及其混淆品基原植物,可为保证临床用药真实安全提供技术支撑。     

耳草属岭南药材DNA分子鉴定研究

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码对9种广东耳草属药材进行鉴定研究。方法：收集广东耳草属药材样本,通过植物基因组DNA提取、PCR扩增以及产物的双向测序获得ITS2序列,所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。用MEGA 6.06进行比对,分析种内和种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：9种耳草属植物65条序列长度范围为208-224bp,共有92个碱基变异位点,种内遗传距离（0.002）明显小于种间遗传距离（0.202）。NJ和ML聚类树结果基本一致,除耳草与金毛耳草关系较近难以区分外,其余7个物种种内样本分别聚在一支,表现出单系性。结论：ITS2序列基本能够准确的鉴定广东耳草属药材,可作为耳草属药材基原植物鉴定的候选条形码序列。     

基于DNA条形码的藤类药材鉴定

目的:对《中国药典》中记载的14种藤类药材进行分子鉴定。方法:以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建NJ(邻接)树。结果:14种藤类药材的ITS2序列长度为190-284 bp;各药材种内K2P遗传距离为0-0.053,远远小于种间K2P遗传距离(平均值为0.852,最小值为0.309);由所构建的系统聚类树图可以看出,本研究中具有不同产地来源样品的药材均表现出了单系性,同时又与其它药材明显分开。结论:ITS2序列作为条形码适用于鉴定《中国药典》中藤类药材,在中药材的鉴定领域具有重要的应用前景。     

基于COI条形码的市售蝉蜕及其混淆品DNA分子鉴定研究

目的 利用COI序列对中药材蝉蜕Cicadae Periostracum及其混淆品进行DNA条形码鉴定研究,为蝉蜕药材的快速准确鉴定提供新的技术手段。方法 收集全国市售蝉蜕药材、基地自采蝉蜕及其混淆品总45份样本,同时采集江苏徐州黑蚱养殖基地不同树种中蝉卵样品5份作为对照。提取DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用DNAMAN和SnapGene进行拼接校对,运用MEGA11.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离并构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统发育树。结果 黑蚱种内遗传距离远小于种间最小遗传距离,NJ树结果显示,黑蚱蝉蜕样品全部聚集为独立的一支,支持率为99%。混淆品样品分别聚集为单独的一支,支持率均大于90%,表明基于COI序列的DNA条形码技术可以有效鉴别蝉蜕药材真伪。结论 应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别蝉蜕及其混淆品。     

基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

目的：通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品。方法：对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA 提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接。应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建NJ（邻接）系统聚类树,最后分析种间ITS2序列的二级结构差异。结果：中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物。结论：ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性。     

川木通与其混伪品和近缘种的ITS2条形码分子鉴定

目的 分析川木通及其混伪品和近缘种的ITS2条形码序列,探讨川木通及其混伪品和近缘种鉴定的新方法.方法 对样品进行DNA提取,PCR扩增ITS2片段并进行双向测序,CodonCode Aligner拼接序列,MEGA5分析川木通的种内遗传距离及与混伪品和近缘物种的种间遗传距离,预测ITS2二级结构,应用BLAST方法进...     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法。方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从Gen-Bank上下载同属共15个物种37个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分。结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法.方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从GenBank上下载同属共15个物种37个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分.结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具.     

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33 份药材样本提取基因组DNA,通过PCR 扩增ITS 序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P 距离。ITS2 序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer（Hidden Markov Model）注释方法获得。结果表明,党参药材3 个基原物种ITS 序列长度为654-655 bp,ITS2 序列长度均为239 bp,ITS/ITS2 序列种内平均K2P 遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P 遗传距离,因此ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。     

基于ITS2条形码的中药材威灵仙与其易混伪品的鉴定

目的 对中药材威灵仙及其易混伪品进行分子鉴定,为控制药材质量稳定和指导临床合理用药提供科学依据.方法 以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对威灵仙基源植物及其易混品间的种内,种间序列差异进行分析比较,并构建NJ(邻接)树.通过Schultz等建立的ITS2数据库图及其网站预测ITS2二级结构.结果 威灵仙基源植物IT...     

基于ITS2序列的积雪草及其混伪品的分子鉴定

目的：快速准确的鉴别中药积雪草及其混伪品。方法：采用ITS2序列片段,对其进行PCR扩增、测序,运用Codon CodeAligner、MEGA4．1等软件进行序列拼接和分析,构建积雪草及其混伪品的NJ树。应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：积雪草及其混伪品ITS2序列之间存在明显差异,不同积雪草样品在NJ树上独立聚为一支。结论：运用ITS2序列可以准确鉴定积雪草及其伪品。     

基于ITS2序列鉴定谷物芽类药材及其混伪品

目的：应用ITS2序列对2010版《中国药典》谷物芽类药材稻芽、谷芽、麦芽及其混伪品进行分子鉴定,以保证药材质量和临床疗效。方法：提取稻芽、谷芽和麦芽药材DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序,应用CodonCode Aligner软件对测序峰图进行校对拼接,并去除低质量序列及引物区,得到ITS2序列。用MEGA6.0软件对所有10个物种74条序列计算种内和种间K2P（Kimura 2-Parameter）遗传距离,分析变异位点并构建邻接（NJ）树。结果：稻芽、谷芽和麦芽的基原植物稻、粟和大麦的种内最大K2P遗传距离均远小于其与混伪品之间的种间最小K2P遗传遗传距离;NJ树结果显示稻、粟和大麦各自聚为一支,均与混伪品明显区分开,各混伪品物种也单独聚为一支。结论：ITS2序列能准确鉴别稻芽、谷芽、麦芽药材及其混伪品,该研究为保障谷物芽类药材临床准确用药提供了新的技术手段。     

基于DNA条形码对凉山虫草及近缘物种和其混伪品的分子鉴定

目的：结合ITS基因和COI基因对《四川省中药材标准》收录的凉山虫草和近缘物种及当地市场上出现的混伪品进行分子鉴定,考察其方法的可行性。方法：对收集的28份样品通过DNA提取、PCR扩增,分别获得其ITS 序列和COI 序列。用Codon Code Aligner V3.7.1,Mega 5.0等软件进行比对分析,构建基于ITS 序列和COI 序列的样品的NJ 树,进行聚类分析。结果：凉山虫草和近缘物种及混伪品寄生真菌的ITS 序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,从而基于ITS序列的NJ 树能将凉山虫草与其他近缘物种及其混伪品很好地归属;凉山虫草和近缘物种及其混伪品寄主昆虫的COI序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,通过遗传距离及NJ树的分析能将凉山虫草与其他近缘物种其及其混伪品及其他近缘物种很好地区分。结论：结合ITS序列和COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定凉山虫草与其近缘物种及其混伪品,并对虫草属的系统学和分类研究提供了技术支持。     

基于ITS条形码的滇鸡血藤及混伪品分子鉴定

目的：基于内转录间隔区（ITS）序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法：以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取滇鸡血藤及其混伪品的总DNA,对ITS序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算Kimura2-parameter遗传距离,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果：滇鸡血藤ITS序列片段长度为675 bp,共包括19种单倍型,与其主要混伪品的差异位点为212、223、224 bp,系统发育树显示,ITS序列能够区分滇鸡血藤及其混伪品。结论：ITS条形码可以作为区分鉴定滇鸡血藤及其混伪品的分子条形码,包含19个单倍型的单倍型数据库覆盖了滇鸡血藤全部的单倍型。     

基于ITS2序列鉴定金樱子及其伪品

目的：本文选用金樱子作为研究对象验证DNA 条形码鉴定中药材的稳定性及准确性。方法：通过改良的CTAB 法提取10 份样品的基因组DNA,扩增得到ITS2 片段。将得到的片段进行双向测序,运用软件CodonCode Aligner 进行拼接,其它6 份样品来源于GenBank。将金樱子与混伪品ITS2序列应用MEGA 5.0 软件进行序列比对,计算种内、种间距离,构建邻接树（neighbor-joining tree, NJ Tree）。结果：金樱子药材ITS2 序列长度为219~221 bp,存在两个Poly C 结构。金樱子种内平均Kimura 2-parameter（K-2-P）遗传距离为0.005,远小于与混伪品的种间平均K-2-P 遗传距离0.574。NJ 树结果表明金樱子与混伪品分为两枝,Bootstrap 支持率为99%,表现出良好的单系性。结论：ITS2序列作为DNA 条形码能准确稳定的鉴别金樱子药材,本研究为保证金樱子临床用药安全提供了技术保障。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

基于ITS2条形码的五加皮基原植物及其易混品的鉴定

目的：对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法：从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCodeAligner,MEGAg．0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ（邻接）、ME（最小进化）树,并应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构辅助分析。结果：基于ITS2序列的两种系统聚类树都易于将五加皮基原植物细柱五加与其易混品鉴别开;比较与细柱五加亲缘关系较近的同属易混品二级结构可以看出,细柱五加在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面,与其易混品间具有较明显区别。结论：ITS2序列可以将五加皮基原植物及其易混品区分开,在药用植物基原鉴定方面具有重要应用价值。