2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918~2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918~2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1 (DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1 (1918~2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用Epi Info软件分析1918~2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918~2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85％,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA 4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005~2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5％~97.6％),与1930~2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。     

2009甲型H1N1流感病毒新进展

甲型猪源性流感病毒属正粘病毒科,其可引起猪、禽和人的上呼吸道感染。2009年3月在美国和墨西哥的流感样患者的呼吸道标本中检测出新的不能分型的甲型流感病毒,并经确认为甲型H1N1流感病毒（简称2009甲型H1N1流感病毒）。这种病毒在美国和墨西哥引起暴发流行,并蔓延到世界各地,引起一些感染者死亡。文中综述了2009甲型H1N1流感病毒在基因分型、抗原特征、传播特点、致病特点、治疗等方面与已知各流感病毒不同的特征。     

甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化分析

【目的】 了解季节性H1N1流感病毒与2009年新型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化关系,探讨甲型H1N1流感病毒的遗传变异规律｡【方法】 分别从2006年和2009年流感病人标本中分离并鉴定出季节性HIN1流感病毒和新型H1N1流感病毒,用RT-PCR技术扩增了病毒NA基因全序列,并对其分子进化和重要功能位点的遗传变异进行了分析｡ 【结果】 2009年新型H1N1流感病毒与2006年季节性HIN1流感病毒比较,NA基因的同源性较低(77.9% ~ 78.8 %),与世界各地不同年代代表株及WHO推荐的1979 ~ 2010年季节性流感疫苗株比较,NA基因的同源性也较低(78.1% ~ 79.3%),但与WHO推荐的2009年新型H1N1流感疫苗株比较同源性则高达99%以上;系统进化分析结果表明,2009年新型H1N1流感病毒NA基因与欧亚猪流感病毒株A/swine/Belgium/1/1983的亲缘关系最近;并发现自2005年以来季节性H1N1流感病毒NA基因的某些抗原位点和神经氨酸酶活性位点已发生了变异｡【结论】 2009年新型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒;接种季节性流感疫苗不能对本次流行的新型流感产生有效的免疫保护作用;季节性H1N1流感病毒在流行过程中NA基因已发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测病毒的变异情况｡     

2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中猪作为宿主及“混合器”的作用

不同种属流感病毒通过基因重排产生变异病毒导致了多次周期性全球流感大流行。2009年爆发流行的新型甲型H1N1流感病毒是猪H1N1流感病毒、禽H5N1流感病毒和人H1N1流感病毒的基因重排病毒,其8条基因片段均有自己的进化特点。禽类流感病毒是导致人类流感流行的流感病毒的起源,其常在猪体内进行基因重排进化为人类流感病毒。猪是流感病毒的中间宿主,也是不同种属流感病毒基因重排的“混合器”,在2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中起重要作用,是未来流感防制的重要环节。     

新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.     

2009—2019年北京市朝阳区甲型H1N1流感病毒 HA基因特征分析

目的 分析北京市朝阳区2009—2019年甲型H1N1流感病毒(H1N1)血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解朝阳区H1N1变异情况,为评估流感疫苗有效性提供依据。方法 从GenBank数据库和GISAID平台下载2009—2019年流感疫苗推荐株以及各分支主要流行株和代表株序列,与北京市朝阳区46株H1N1北京分离株的HA基因序列进行系统进化分析和氨基酸变异分析。利用MEGA 5.0软件邻接法(neighbor-joining, NJ)构建系统进化树并查看氨基酸变异位点,同时采用NetNGlyc 1.0在线软件分析HA基因潜在的糖基化位点。结果 北京市朝阳区46株H1N1分离株HA基因分别属于Clade 7、Clade 8、6B、6B.1、6B.2及6C等分支。除2009年以外,2012—2019年H1N1北京市朝阳区分离株与对应年度疫苗株比较接近,同源性为90%以上。各年份H1N1北京市朝阳区分离株在4个抗原决定簇区均有氨基酸变异发生,近年H1N1北京市朝阳区分离株所在的6B.1分支序列均有S74R(Cb区)、S164T(Sa区)共同氨基酸变异;除了6B.1A...     

2009年新型甲型H1N1流感流行特征及防控措施

自2009年3月墨西哥发现首例甲型H1N1流感病例以来,截至2009年5月29日已有53个国家和地区正式报告15 510例确诊病例,2009年4月29日,世界卫生组织（WHO）已将全球流感大流行警告级别从4级提升到5级,并且还有进一步升级的可能。引发此次疫情的病原体是一种之前从未在人和猪身上出现过的新型甲型H1N1流感病毒。该新病毒对奥司他韦（达菲）和扎那米韦较敏感,但对金刚烷胺和金刚乙胺具有抗药性。人群对该病毒普遍易感,经由人-人形式传播。甲型流感在潜伏期内有传播能力,因此必须对密切接触者进行严格检疫;民众应做到勤洗手,咳嗽、喷嚏、吐痰时使用纸巾掩住口鼻等预防措施以减少传播机会。公共场所良好的通风条件、个人良好的卫生习惯和健康状况是预防该病的关键。     

Influenza A pandemic (H1N1) 2009 virus infection

The clinical spectrum of the 2009 pandemic influenza A (H1N1) infection ranged from self-limited mild illness to progressive pneumonia, or even a fatal outcome. We summarize the clinical manifestations, risk factors for severe and fatal cases, pathologic findings and treatment of this disease in this paper based on current reports from different regions of the world.

     

Hospitalized patients with novel influenza A (H1N1) virus infection: Shanghai, June–July 2009

Background From late May 2009, sporadic imported cases of novel influenza A （HIN1） were continuously confirmed in Shanghai, but there were few reports on its clinical presentation in China. The aim of the study was to investigate the demographic and clinical features of the laboratory-confirmed cases and the treatment with oseltamivir. Method We performed a retrospective study in the Shanghai Public Health Clinical Center （SHAPHC）, reviewing the medical records of the laboratory-confirmed patients derived from June 10 to July 20, 2009. Results A total of 156 cases were enrolled, of whom 152 had a history of recent travel. The mean age was 22.6 years and 89 cases （57.1%） were males. The most common symptoms were fever, cough, and sore throat, with children more likely to run a temperature above 38.5℃ than adults. The mean leucocyte count was 5.4×10^9/L, the mean neutrophil count 3.2×10^9/L and the mean lymphocyte count 1.4×10^9/L. Other findings included a normal range or elevated level of C-reactive protein （CRP） and glutamic-pyruvic transaminase and a normal or decreased level of prealbumin; the levels of prealbumin and CRP were significantly lower in the children than in the adults. Fifty-two patients had abnormal chest CT results, with small unilateral or bilateral pulmonary infiltrates, axillary and mediastinal lymphadenopathy and local pleural thickening, while no cases showed symptoms of hypoxia. All the patients received oseltamivir and recovered without complications, but the duration of fever and virus shedding were significantly longer in the children than in the adults. Conclusions Travel-related circulation may be an important reason for the H1N1 epidemic in the non-epidemic areas, and the virus caused mild respiratory symptoms. The infection in children was more severe in terms of prealbumin levels, temperature, the duration of fever and virus shedding. Oseltamivir was effective for H1N1, but more effective in the adults than in the children.     

新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的探讨2013年新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化,及其编码蛋白重要氨基酸位点的变异情况。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)下载不同年代、不同地区甲型流感病毒N9亚型的NA基因序列,利用MEGA 5.05和BioEdit软件对基因的核苷酸序列和氨基酸序列进行分析。结果 2013年新型甲型H7N9流感病毒NA基因与2010年捷克共和国H11N9禽流感病毒的相似性达到96%;新型流感病毒存在5个氨基酸的缺失;其中1株新型病毒可能的酶活性位点发生了变异。结论 2013年新型甲型H7N9流感病毒的NA基因可能是由H11N9进化而来;氨基酸的缺失可能是造成人感染和较高病死率的原因。