一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究

以分离自宁波市市售鸡肉中的一株大肠埃希菌ECCNB12-2为研究对象,使用微量肉汤稀释法进行最小抑菌浓度(MIC)测定,结果显示,该菌株对氨苄西林、庆大霉素、大观霉素、四环素、氟苯尼考、磺胺异恶唑、复方新诺明、头孢噻夫、恩诺沙星、氧氟沙星等10种抗生素耐药。采用第三代高通量测序技术对该菌株进行全基因组测序,随后对基因组完成图进行获得性耐药基因、毒力因子、质粒水平转移元件预测。菌株ECCNB12-2染色体基因组大小为5 539 489 bp,GC含量为50.37%,同时携带有4个质粒,大小分别为147 451 bp(pTB-nb1)、139 752 bp(pTB-nb2)、82 252 bp(pTB-nb3)、253 793 bp(pTB-nb4)。获得性耐药基因预测结果显示,染色体基因组、质粒pTB-nb1及质粒pTB-nb4上共携带有40个获得性耐药基因,同时菌株基因组检测出12个毒力因子。质粒水平转移元件预测结果显示,pTB-nb4质粒包含完整的水平转移系统,理论上具有高度的自主接合转移潜力。以上研究表明,分离自市售鸡肉样品的ECCNB12-2菌株是一株高风险的多重耐药菌株,反映了市售鸡肉中细菌耐药状况的严重性,相关研究结果为食源性细菌耐药安全风险评估提供了参考。     

团头鲂养殖池塘维氏气单胞菌的致病性耐药性及在不同生态位间的差异

从江苏省常州市团头鲂养殖池塘鱼体内、外环境(内环境包括鱼体肠道、体表黏液、鳃、腹腔、肝脏、肾脏等,外环境包括水体、底泥、浮游生物等)分离鉴定了56株维氏气单胞菌(Aeromonas ueronii),分析56株维氏气单胞菌的致病性、毒力基因及耐药性,并比较了不同生态位间的差异.结果表明:(1)维氏气单胞菌具有一定的致病性,56株维氏气单胞菌中使团头鲂的48h死亡率在40％以上的菌株有26株,为团头鲂细菌性出血病的病原菌之一.(2)细胞兴奋性肠毒素基因alt、溶血索基因hly的检出率分别为26.8％、48.2％,具有2种毒力基因的菌株占19.6％;(alt+、hly+)、(alt+、hly-)、(alt-、hly+)、(alt-、hly-)4种毒力基因菌株型48h致死率分别为41.8％、35％、32.3％、29.2％,表明死亡率与这2种毒力基因可能存在一定的正相关性.(3)维氏气单胞菌对大多数抗生素耐药,对氨苄西林完全耐药,对复方新诺明、诺氟沙星、洛美沙星的耐药率也分别高达94.6％、94.6％、91.1％,只对多黏菌素、庆大霉素较为敏感,敏感率分别为64.3％、48.2％.(4)不同生态位菌株的毒力基因比较结果显示,鱼体上菌株2种毒力基因的携带率(alt30.4％、hly47.8％)大于外界环境毒力基因的携带率(alt10％、hly40％);不同生态位菌株的抗药性呈现出一个特点,即鱼体上分离到的菌株耐药率(67.2％)要明显大于外环境中菌株对药物的耐药率(40％).     

一株牦牛源产细菌素植物乳杆菌SWUN5815全基因组测序及序列分析

旨在分析一株牦牛源植物乳杆菌SWUN5815的全基因组序列测序,并对该菌株的功能特性基因进行挖掘。基于PacBio RSII测序平台对乳杆菌SWUN5815进行全基因组测序分析和GO、KEGG、COG和NR数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:1)植物乳杆菌SWUN5815的基因组大小为3.27 Mb,GC含量44.59%;2)预测到3 258个编码基因,编码基因总长度为2 814 147bp,平均长度为864bp;3)编码基因通过功能数据库对该菌株基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释得知,SWUN5815基因组中包括5个基因参与抗氧化活性过程,2个基因参与免疫过程;基因组中包含了抗生素、生物降解等代谢过程;可调控免疫和炎症的相关通路;基因组中含有18种已知细菌素基因;有4个合成ABC型细菌素转运系统的功能序列。综上,SWUN5815全基因组测序及分析挖掘其特异性功能基因有利于研究其益生特性提供基础,为菌株作为抗生素替代品的益生菌和饲料添加剂的应用研究提供了重要的参考数据。     

框镜鲤维氏气单胞菌CY0806株鞭毛flaA基因的克隆与生物信息学分析

以框镜鲤Cyprinus carpio维氏气单胞菌Aeromonas veronii CY0806株细菌基因组DNA为模板,经PCR扩增,获得flaA基因,将其克隆并测序,测序结果与气单胞菌属的不同菌株进行相似性分析,并对flaA基因编码蛋白质进行生物信息学分析.结果显示:获得框镜鲤维氏气单胞菌鞭毛flaA基因,长915 bp,编码304个氨基酸,系统进化树分析,其与其他维氏气单胞菌flaA基因处于同一分支,相关生物信息学分析显示,flaA基因编码的蛋白质相对分子质量32 098.66,等电点5.57,半衰期30 h,不稳定系数为32.31,脂肪系数81.05,不存在信号肽和跨膜区,二级结构预测:flaA基因以α螺旋和β折叠为主,同时,以同源建模法预测了flaA基因编码蛋白的三维立体结构.     

鳄鱼源气单胞菌的毒力基因与耐药特性分析

对海南地区患病暹罗鳄(Crocodylus siamensis)体内分离出的10株气单胞菌(5株嗜水气单胞菌、3株达卡气单胞菌、1株简达气单胞菌和1株维氏气单胞菌)进行了毒力基因、耐药基因的检测以及抗生素药物敏感性试验.结果 表明:气溶素、肠毒素、蛋白酶等基因检出率较高,其中,lip和ela2种毒力基因检出率高达100...     

维氏气单胞菌flrB基因敲除株构建及其生物特性鉴定

维氏气单胞菌是一种常见的人鱼共患致病菌,为研究维氏气单胞菌中的flrB基因的功能,笔者通过扩增flrB基因上下游同源臂连接至pRE112质粒中,电击转化重组质粒至大肠杆菌WM3064,接合转入野生型维氏气单胞菌,在蔗糖压力下筛选、PCR和测序验证敲除菌株.结果表明,敲除flrB基因后降低生物膜的形成,但不影响维氏气单胞...     

牛分枝杆菌CVCC68002全基因组测序与功能分析

【目的】为进一步深入研究牛分枝杆菌CVCC68002基因组特征,致病性和遗传进化关系,为牛分支杆菌感染疾病的预防和深入研究提供参考。【方法】利用Illumina和Pacbio测序技术平台对CVCC68002菌株进行全基因组测序建库,采用生物信息学和系统进化树等方法,对该菌株基因组功能注释、致病性和遗传进化关系进行了分析。【结果】通过分析发现该菌株基因组全长4 357 100 bp,GC含量为65.64%,编码基因达4 145个;在GO、KEGG、COG、NR数据库基因组特征显示其具有高氨基酸和碳水化合物代谢能力。通过PHI,VFDB,ARDC和CARD数据库对其致病性进行相关分析,得到456个毒力基因注释,主要涉及细菌黏附与定殖、细菌逃避宿主免疫防御系统、分泌系统蛋白和转录因子等。并找到相关包括万古霉素,青霉素,多胺类抗生素、异烟肼、吡嗪酰胺、氟喹诺酮等的抗药性基因,另外,外排泵的抗性蛋白注释量显著,推测牛分枝杆菌通过外排抗性蛋白从而达到抗药自我保护的目的。【结论】获得牛分枝杆菌CVCC68002株完整基因组信息,完善系统进化信息,明确了其毒力因子和有效地靶标抗药基因,为后续对该菌株分...     

鱼源维氏气单胞菌的研究进展

维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)是一种可感染包括鱼类、人类在内的多种动物的革兰阴性菌，尤以水生变温动物为甚。此病原菌中的某些菌株致病性较强,可以导致感染该菌的鱼类表现出多种病症，如败血症等，严重时会导致死亡。该菌当前已在全球包括我国在内的部分地区对水产养殖造成了较大经济损失。综述了维氏气单胞菌的研究进展和新进报道，旨在报道维氏气单胞菌的分类地位、毒力因子、耐药性等特征，为水产养殖中防治此类细菌病提供新思路，并勘正当前对维氏气单胞菌部分毒力因子的同物异名现象。     

1株抗生素耐药微小脲原体hebnu3h07的全基因组测序及序列分析

目的对1株从患者标本分离出的具有耐药性的微小脲原体hebnu3h07进行全基因组测序和生物信息学分析,为深入研究微小脲原体的基因组学特征及耐药机制提供依据。方法对从临床分离的微小脲原体hebnu3h07株进行培养鉴定并进行药敏试验,采用Ion torrent高通量测序技术对其进行全基因组测序,再使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、共线性分析、直系同源簇(COG)聚类分析、菌株分型和介导耐药的相关基因检测分析。结果微小脲原体hebnu3h07株对数种抗生素表现出不同程度的耐药性,其完整基因组大小为723 292bp,GC含量为25.4%,与现存3株微小脲原体完整序列比对发现其基因组序列较为保守,多位点序列分型属于ST1型,对介导耐药的基因检测发现数个突变位点。结论通过对此株抗生素耐药的微小脲原体的全基因组测序和导致耐药的基因位点分析,丰富了我国微小脲原体基因组数据,为微小脲原体的耐药机制研究提供了依据。     

药敏试验与比较基因组揭示嗜水气单胞菌耐药潜力

为了揭示嗜水气单胞菌的耐药潜力,运用微量肉汤稀释法和比较基因组学方法对其进行了分析。结果显示：恩诺沙星、硫酸新霉素、氟苯尼考、盐酸多西环素对3株菌株有抑制作用,而磺胺间甲氧嘧啶对3株菌株均无抑制作用。菌株的耐药表型未与耐药基因一一对应,某些菌株虽然未注释到耐药基因,也可以表现出相关耐药表型;自测的3株菌株基因组大小差异较大,亲缘关系非近缘,但耐药基因数量基本一致;经ANI（平均核苷酸一致性）计算后,基因组比较分析发现嗜水气单胞菌基因组具有较强的可变性,即使是近缘菌株,其基因组间仍有较大差异;系统发育分析显示,不同宿主来源的菌株在进化树上呈现分散分布,近缘菌株分布在不同国家和地区;所有菌株在CARD（综合抗生素耐药性数据库）中共注释到21种耐药基因,其中7种耐药基因为所有菌株共享。造成这一现象的原因,很可能是由于嗜水气单胞菌基因组较强的可变性以及其宿主分布的广泛性,菌株间进行频繁的基因交流,促进了耐药基因在整个物种的快速扩散,所以即使菌株间基因组变化较大,但耐药基因在菌株间的变化较小。     

维氏气单胞菌的smpB、tmRNA及hfq敲除菌株减毒活疫苗筛选

为筛选维氏气单胞菌减毒活疫苗,为水产重要细菌性病害的防控提供新策略,本文通过荧光实时定量PCR检测三种敲除型菌株smpB、tmRNA及hfq中毒力相关基因表达;并采取腹腔注射法对尼罗罗非鱼进行野生型及三种敲除型感染,观察染病罗非鱼症状,计算累计死亡率及LD50。结果表明,维氏气单胞菌野生型与三种敲除型菌株相比,细菌毒力相关蛋白表达均呈现显著差异,部分毒力相关基因显著下调;三种敲除型菌株LD50分别增加1.24、5.32和19倍。由此可见,三种敲除型维氏气单胞菌可作为候选减毒疫苗,下调显著的hfq菌株是制备减毒疫苗的首选。     

铁氧化菌菌株EEELCW01的基因组分析及砷转化功能

以从砷污染农田土壤中分离的1株铁氧化细菌EEELCW01为研究对象,对该菌进行全基因组分析,通过GO、KEGG、COG等数据库比对,预测该菌砷相关基因的功能;采用水培试验,验证该菌的砷转化能力。结果表明：菌株EEELCW01基因组大小为4 714 242 bp,具有2条大小分别为2 065 078 bp和2 649 164 bp的染色体,GC含量为55.99%,染色体上有4588个CDS,包含58个tRNA和12个rRNA;COG数据库注释表明该菌基因功能主要集中在氨基酸转运代谢、无机离子转运代谢等过程,GO数据库注释表明该菌主要包含膜组成部分、氧化还原过程和相关酶活性等功能,KEGG注释显示代谢相关的基因占比最高;菌株EEELCW01基因组中含有多种与砷代谢相关的基因(arsC、arsH、arsB、arsR、acr3、arrA、arxA和arsM);菌株EEELCW01将As(Ⅴ)还原为As(Ⅲ)的能力强,有氧条件下,3 d时还原率达40.1%。可见,可利用该菌株促进砷的生物还原,并联合砷超富集植物进行环境砷污染修复。     

三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验

选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。     

鲤源杀鲑气单胞菌无色亚种的分离鉴定及毒力基因检测

为了解引起鲤鱼皮肤溃疡的病原分子分型特征及其毒力基因,从患溃疡症鲤鱼体内分离到1株致病性菌株GZGY2 019,鉴定其为气单胞菌,并运用多位点序列分型(MLST)方法进行分类研究,利用PCR和测序方法分析6种毒力基因Aer、Ser、Alt、Lip、Act和Hly.通过对分离株的16S rDNA基因进行分析,确认其属于杀鲑气单胞菌.分离株对复方新诺明等9种抗菌药物耐药,毒力基因扩增结果显示:分离菌能检出气溶素基因(Aer)等6种毒力基因.基于气单胞菌6个管家基因分析,与MLST数据库中等位基因序列比对,发现其属于新的序列型(ST),隶属于杀鲑气单胞菌无色亚种.这一研究对发病鲤鱼的病因进行了准确诊断,为该病的防治与分子流行病学研究提供了依据.     

烟草青枯菌FQY_4的抗生素类抗/耐药性相关基因分析

为探明烟草青枯菌基因组中抗/耐药性基因作用机理。在烟草青枯菌FQY_4基因组测序的基础上,结合培养青枯菌的半选择性培养基中抗生素的使用,采用基因注释及同源基因比较法,分析青枯菌FQY_4基因组携带的抗/耐药性相关基因。结果显示:青枯菌FQY_4染色体上和巨大质粒上分别有6个和12个与多抗/耐药性相关的基因,包括多粘菌素耐药蛋白基因、膜融合蛋白CmeA基因、二甲基腺苷转移酶基因、膦胺霉素耐药性蛋白基因、外膜多耐药性系统相关基因和抗四环素基因序列。     

南昌市周边主要水产养殖区池塘养殖草鱼体内优势细菌调查

对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。     

CRISPR/Cas系统对金黄色葡萄球菌耐药及毒力基因的影响

【目的】了解金黄色葡萄球菌(以下简称“金葡菌”) Staphylococcus aureus中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的分布情况,分析其对抗生素耐药基因和毒力基因水平转移的影响。【方法】从公共数据库获取组装完整的金葡菌基因组575个,利用生物信息学方法,统计CRISPR结构的携带情况,菌株多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)型别分布和菌株耐药基因、毒力基因的分布情况;对CRISPR结构阳性(CRISPR+)和CRISPR结构阴性(CRISPR-)的金葡菌耐药基因和毒力基因携带数目进行差异显著性分析。同时对实验室60株金葡菌二代测序数据进行分析,验证公共数据库分析结果。对实验室60株金葡菌中原噬菌体、接合质粒的携带情况进行统计,讨论CRISPR结构对菌株原噬菌体和接合质粒的影响。【结果】基因组组装完整的575株金葡菌中,有62株携带CRISPR结构(CRISPR+),513株不携带CRISPR结构(CRISP...     

南昌市周边主要水产养殖区池塘养殖草鱼体内优势细菌调查

对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。     

一株高效降解血液蛋白的枯草芽孢杆菌NWMCC0137全基因组测序及分析

NWMCC0137是从屠宰场下水道污泥中分离获得的1株高效分解血液蛋白并具有良好生物防控特性的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。为探究枯草芽孢杆菌NWMCC0137(B.subtilis NWMCC0137)高效水解血液蛋白机制及挖掘次级代谢产物编码基因资源，利用DNBSEQ与PacBio测序平台对其进行全基因组测序并进行序列组装和基因预测、功能注释、比较基因组分析。结果表明B.subtilis NWMCC0137的基因组长度为4 215 585 bp, G+C含量为44.23%;编码基因总长度为3 711 885 bp,编码4 384个基因，编码序列占整个基因组长度的88.05%,非编码RNA中包含85个tRNA基因。在KEGG数据库中B.subtilis NWMCC0137基因组被注释到7种胞外蛋白酶编码基因，其中与丝氨酸蛋白酶相关的编码基因有8个。通过antiSMASH预测发现，菌株NWMCC0137基因组中包含7种与已知次生代谢产物合成基因簇相似度为100%的基因簇，包括产孢致死因子、聚酮类化合物、丰原素、枯草芽孢杆菌素168、儿茶酚型嗜铁素、芽孢杆菌素、杆菌...     

鳙鱼维氏气单胞菌的分离鉴定及其毒力基因检测

从患病鳙鱼中分离纯化得到一株优势菌株AH-YS,通过革兰氏染色、氧化酶试验、生化鉴定以及16S r RNA基因扩增、测序和系统进化分析等操作,结果显示,分离到的细菌为维氏气单胞菌。药敏试验显示,在使用的11种抗菌药物中,该菌株对氧氟沙星、诺氟沙星和恩诺沙星等9种药物敏感,对甲氧苄氨嘧啶和氨苄西林耐药。对9种毒力基因的扩增结果显示,可以检测到气溶素、细胞毒性肠毒素、鞭毛、弹性蛋白酶和酯酶5种。