基于网络药理学探讨赤芍抗血吸虫病及肝纤维化的作用机制

目的：通过网络药理学方法探讨赤芍有效成分治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在作用机制。方法：通过TCMSP数据库检索并收集赤芍有效成分及其对应的作用靶点,借助UniProt数据库将靶点蛋白的genename转换为genesymbol;通过GeneCards、OMIM、TTD疾病数据库搜集血吸虫病及肝纤维化相关靶点;将赤芍成分靶点和疾病靶点取交集,获得赤芍治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”和“成分-靶点-通路”网络;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用Cytoscape 3.8.2软件进行分析和可视化呈现;通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：筛选得到赤芍活性成分29种,成分靶点与血吸虫病及肝纤维化疾病的交集靶点19个,其中肿瘤抑制蛋白(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8...     

基于网络大数据研究逍遥散治疗肝纤维化的作用机制

目的通过生物信息大数据对逍遥散治疗肝纤维化的活性成分和分子作用机制进行探讨和研究。方法通过TCMSP数据库和PharmMapper服务器,以口服生物利用度和类药性为限定条件对逍遥散所含化学成分进行筛选并预测作用靶点;并通过CTD、TTD及OMIM等数据库搜集肝纤维化相关靶点,然后进行网络合并获取逍遥散治疗肝纤维化的作用靶标,利用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点-通路网络、成分靶点相互作用网络和肝纤维化相关靶点蛋白相互作用网络,通过DAVID在线分析工具和KOBAS 3.0软件对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果虚拟实验预测逍遥散有164个化合物和2492个靶点,通过网络合并最终确定了863个逍遥散治疗肝纤维化的候选靶标,其中对肝纤维化显示主要作用的包括关键靶点ALB、TOP2A、INS、HSP90AA1、EP300等以及主要成分naringenin、uteolin、sorhamnetin、kaempferol、petunidin、Gancaonin主要参与调控Tyrosine metabolism、Cysteine and methionine metabolism等信号通路。结论逍遥散抗肝纤维化的主要活性成分包括naringenin、uteolin、sorhamnetin、kaempferol、petunidin、Gancaonin;其作用机制可能与Tyrosine metabolism、Bladder cancer、Cysteine and methionine metabolism等信号通路关系密切,通过调节RNA转录和DNA复制、细胞增殖与凋亡,释放细胞因子和趋化因子等,从而影响逍遥散抗肝纤维化的作用。     

丹参有效成分抗肝纤维化作用机制的研究进展

肝纤维化是多种病因引起肝损害后经一系列连锁反应最终可进展为肝硬化的病理过程。通过大量研究现已证实肝纤维化可被逆转,而中药以其多途径的治疗特点在抗肝纤维化治疗上具有极大优势。丹参是临床常用的抗肝纤维化的中药,具有很好的疗效,主要成分有丹参酮、丹酚酸和丹参单体IH764-3。已有大量研究阐明了丹参抗肝纤维化的分子机制,其对肝纤维化形成的各个环节均有影响,如抗炎症反应、抑制炎症因子释放、抗氧自由基损伤、抑制星状细胞活化、抑制胶原过度沉积、改善微循环障碍等。本文即对丹参有效成分在肝纤维化治疗中的多种作用及机制做一综述。     

基于网络药理学探讨丹参-檀香治疗冠心病的作用机制

目的：应用网络药理学相应原理探讨丹参-檀香药对治疗冠心病（CHD）的作用机制。方法：在网络药理学的相应原理基础上,首先分别用“丹参”和“檀香”为关键词,在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取其活性成分和相应的靶点蛋白,在数据库检索“冠心病”,筛选出潜在的、可治疗CHD的“丹参-檀香”药对的靶点,然后在DAVID数据库和Matescape数据库中进行GO分析、KEGG的富集分析。结果：通过使用TCMSP进行检索,可得到檀香的有效成分有3个,丹参的有效成分有65个。在韦恩图中,筛选出的CHD与药对共有靶点27个。KEGG和GO富集分析表明丹参-檀香药对改善CHD可能与脂质与动脉粥样硬化途径、流体切应力和动脉粥样硬化途径有关。分子对接结果表明丹参-檀香能够与CHD相关靶点紧密结合。分析表明,丹参-檀香配伍后可能存在针对CHD的协同作用。结论：丹参-檀香药对治疗CHD的过程涉及多种有效成分、靶点和通路,该结果可进一步为研究丹参-檀香药对治疗CHD的作用机制提供相应参考。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学的丹参治疗哮喘作用机制初探

目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体4（TLR4）等蛋白抑制核转录因子-κB（NF-κB）通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮Ⅱ_A主要通过核转录因子-κB抑制剂α（NFKBIA）等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）和信号传导与转录激活因子3（STAT3）等介导磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子（JAK-STAT）通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。     

丹参抗肝纤维化作用机制的研究进展

肝纤维化是各种慢性肝病的共同病理过程,表现为肝脏细胞外基质的合成与降解失衡而导致其过度沉积,肝星状细胞是细胞外基质沉积的主要细胞来源。近年来,丹参及其有效成分在抗肝纤维化研究中取得了许多进展,笔者就丹参抗肝纤维化的作用机制进行综述。     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

基于网络药理学的丹参治疗视网膜静脉阻塞作用机制研究

目的:探讨丹参治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参的有效化学成分,并收集其对应的作用靶点;使用GeneCards数据库检索与RVO相关的靶点;采用ClusterProfiler R软件绘制交集靶点的韦恩图;采用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶蛋白"相互作用网络;采用ClusterProfiler R软件对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:得到丹参有效成分41个、药物靶点70个、RVO靶点1705个,最终获得丹参治疗RVO的潜在作用靶点46个,KEGG通路76条。结论:丹参可能通过调控炎症反应、血管生成、凝血过程和细胞凋亡等对RVO发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨化肝煎抗肝纤维化的物质基础及作用机制研究

目的 基于网络药理学探究化肝煎抗肝纤维化的多成分、多靶点的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),筛选化肝煎口服生物利用度(OB) ≥30％和药物相似性(DL) ≥0.18的化学成分;基于比较毒物基因组学数据库(CTD)筛选肝纤维化靶点,通过DAVID数据库对靶点进行通路富集GO功能分析和KE...     

基于网络药理学探讨丹参治疗妊娠期高血压的作用机制

目的:采用网络药理学探讨丹参治疗妊娠期高血压的作用机制.方法:运用中药系统药理学技术平台挖掘丹参的主要活性成分以及作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库检索妊娠期高血压的相关靶基因;将丹参主要活性成分的分子靶基因与妊娠期高血压相关靶基因进行映射分析,运用Venn图获得两者作用的交集靶点;通过STRING数据库...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学探究丹参治疗慢性肝炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释。结果：获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个（P<0.05）,其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路（P<0.05）。结论：丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。     

基于网络药理学预测荜茇抗肝纤维化作用及验证研究

基于网络药理学及肝纤维化(liver fibrosis,LF)体外模型方法探讨荜茇及其主要活性成分抗肝纤维化的作用机制.通过TCMSP及TCMIP数据库,结合口服生物利用度(oral bioavailability,OB)、类药性(drug-likeness,DL)、肠上皮通透性(Caco-2)和drug-likene...     

“丹参-三七”药对作用机制的网络药理学探讨

目的:探讨"丹参-三七"药对的物质基础,预测其作用方向。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索"丹参"和"三七"所有的分子、靶点和相关疾病,使用cytoscape 3.2.1软件构建"活性成分-作用靶点"和"作用靶点-相关疾病"的网络模型,对药对物质基础和机制进行预测和研究。结果:通过口服利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选得到73个活性成分,145个靶点和325中相关疾病。自由度(degree)值较高的活性成分有槲皮素(87),β-谷固醇(51)和1,2,5,6-四氢丹参酮(46)等,degree值较高的靶点有雌激素受体(63),雄激素受体(59),前列腺素G/H合成酶2(56)等,Degree值较高的疾病有癌(16),肺转移性骨肉瘤(12),心血管疾病(10),乳腺癌(9)和胰腺癌(9)等。结论:该文对"丹参-三七"药对的物质基础和机制进行初步预测,为更深层次的研究和临床提供思考方向。     

基于网络药理学的茵陈五苓散防治肝纤维化机制研究

目的:通过网络药理学方法探索茵陈五苓散防治肝纤维化的作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索茵陈五苓散的主要活性成分;通过检索CTD数据库选肝纤维化的疾病靶点;匹配药物-疾病靶点,应用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;运用STRING软件构建蛋白质互作用(PPI)网络,并将结果可视化;使用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:获取茵陈五苓散防治肝纤维化主要活性成分46个,作用靶点84个;网络数据表明,茵陈的活性成分具有最大的总度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析获取GO条目35个,信号通路14条。结论:茵陈五苓散可能是通过Fc epsilon RI等信号通路调控IL6、TNF与PTGS2等靶点减轻炎性反应并减少细胞外基质沉积发挥抗肝纤维化作用的,而中药茵陈与活性成分槲皮素可能在这之中发挥主要作用。     

基于网络药理学探究丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛机制

目的:探讨丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参-桃仁的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点”网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互作用网络,在Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化学成分-靶点网络包含88个化合物和1 071个相应靶点,药物活性成分主要为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷固醇、隐丹参酮、鼠尾草酚酮等。蛋白质-蛋白质相互作用网络关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6)、 MYC原癌基因(MYC Proto-Oncogene, MYC)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)。GO分析主要为对激素的反应、细胞体、膜...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。     

基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制

目的 基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制.方法 基于TCMSP数据库获取温胆汤中主要药物的化学成分及其对应靶点,基于OMIM、Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点,利用Cytoscape3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI),应用R语言软件对关键靶点进行GO富集...