宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值

目的：评估宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值。方法：回顾性收集2017年9月至2019年9月在复旦大学附属中山医院感染病科住院的疑似慢性肺曲霉病患者,并同步采集标本进行传统培养、血清烟曲霉特异性抗体IgG检测及mNGS检测,分析mNGS在慢性肺曲霉病诊断中的价值。 结果：共有78例疑似慢性肺曲霉病的患者纳入分析,根据诊断标准,最终诊断CPA 35例,non-CPA 43例。送检的的78例样本中,痰标本55例、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本17例、肺组织标本6例。与最终诊断相比,mNGS诊断CPA的敏感度和特异度分别为65.7%和86.0%,烟曲霉特异性抗体IgG的敏感度和特异度分别为48.6%和90.7%,传统培养的敏感度和特异度分别为28.6%和93.0%,其中mNGS的敏感度显著高于传统培养方法(P=0.001)。对于临床诊断的CPA患者,mNGS检测的阳性率为50.0%。mNGS、烟曲霉特异性抗体IgG和传统培养方法的ROC曲线下面积(Area Under Curve, AUC)分别为0.759、0.696和0.608。在所有最终诊断为CPA的35例患者的样本中,痰标本、BALF标本和肺组织标本的mNGS阳性率分别为56.5%(13/23)、77.8%(7/9)和100%(3/3),但三组之间的差异无统计学意义。结论：在CPA的诊断中,mNGS的敏感度显著高于传统培养方法,在传统诊断方法无法确诊的患者中,mNGS仍有较高的阳性率,同时在检测时间上具有明显优势。     

宏基因二代测序技术对脊柱感染病原学诊断的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对脊柱感染病原学诊断的价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月复旦大学附属中山医院收治的24例疑似脊柱感染患者的病例资料,采用常规微生物培养法和mNGS技术检测脊柱组织标本。结果:mNGS总体检测阳性率高于常规培养法(62.5%vs 35.0%),mNGS平均耗时36～48 h,明显短于常规培养法的平均天数21.8 d。脊柱感染主要检出病原体为结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌。结论:mNGS能够快速检测脊柱感染病原体,为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据。     

宏基因二代测序技术对非结核分枝杆菌感染病原学诊断的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对非结核分枝杆菌(non-tuberculosis mycobacteria,NTM)感染病原学诊断的价值。方法:回顾性选取2018年9月至2019年12月复旦大学附属中山医院感染病科收治的疑似NTM感染患者183例,共计样本388例,比较常规微生物培养法和mNGS技术对NTM病原体的检出率差异及不同样本类型的亚组分析。结果:常规微生物培养法和mNGS总体检测阳性率差异无统计学意义(21.9%vs 24.7%)。痰液样本培养法的阳性率明显高于mNGS(56.6%vs 22.9%,P0.000 1),而组织样本却低于mNGS(7.8%vs 27.8%,P0.000 1)。另外,mNGS对患者抗菌药物调整频率低于培养法(20.3%vs 40.2%,P0.05)。结论:mNGS对NTM灵敏度较低,需重点改进以促进此技术更好地应用于临床。     

宏基因组二代测序技术在临床病原学诊断中的应用

感染性疾病是威胁人类生命健康的主要疾病,病原学诊断是感染性疾病诊治的关键环节.近年来,宏基因组二代测序技术(mNGS)迅速发展.与传统病原学检测技术相比,mNGS能无偏倚性直接分析出标本中的病原体谱、丰度和分布情况,改变传统病原学诊断模式,具有良好的应用前景.该文对mNGS在病原体检测、感染性疾病诊断、检测影响因素和结...     

外周血宏基因组二代测序技术在脓毒症患者中的临床诊断价值

目的 探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在脓毒症患者中的临床诊断价值。方法 回顾性分析首都医科大学大兴医院ICU 2021年10月至2023年2月采用mNGS技术对脓毒症患者感染灶和外周血样本配对进行检测的病例资料42例,同时进行感染灶和外周血样本常规培养,评价配对感染灶和外周血样本mNGS检测在脓毒症患者中的诊断效能。结果 脓毒症患者感染灶和外周血样本常规培养检出率分别为61.90%(26/42)和23.81%(10/42),感染灶和外周血样本mNGS检出率分别为95.24%(40/42)和76.19%(32/42)。感染灶和外周血mNGS结果与感染灶培养结果一致性较高(84.62%vs.57.69%)。如以感染灶培养结果为金标准,外周血标本mNGS较感染灶标本mNGS而言,仍表现出了较高的敏感度(84.62%vs. 100%),且二者有相似的阳性预测能力(68.75%vs. 65.00%);外周血mNGS较外周血培养有更高的敏感度(84.62%vs. 11.54%)和阳性预测值(68.75%vs. 30.00%),差异均有统计学意义(χ²=27.810...     

脑脊液宏基因组二代测序对结核性脑膜炎诊断价值

目的 分析比较结核性脑膜炎患者应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)、脑脊液抗酸染色、结核分枝杆菌培养、结核分枝杆菌/利福平耐药实时荧光定量核酸扩增(Xpert MTB/RIF)检测结核分枝杆菌的结果,探讨mNGS对结核性脑膜炎的诊断价值。方法 临床确诊的结核性脑膜炎患者34例,收集患者临床特征及脑脊液mNGS、常规检测、生化检测、抗酸染色、结核分枝杆菌培养、Xpert MTB/RIF检测等结果,比较脑脊液mNGS与病原学检测结核分枝杆菌检出率。结果 34例结核性脑膜炎患者发热29例,头痛27例,颈项强直14例,精神行为异常9例,意识障碍11例,认知功能障碍4例,继发性癫痫5例。脑脊液压力升高26例[240(150,330)mm H₂O],白细胞计数升高32例[194.0(92.5,453.5)×10⁶/L],均以单核细胞为主,蛋白质水平升高32例[1.58(0.95,2.57)g/L],葡萄糖水平降低20例[1.93(1.19,2.95)mmol/L],氯离子水平降低...     

宏基因二代测序技术对肝脓肿病原学诊断的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)技术对肝脓肿病原学诊断的价值。方法:前瞻性纳入2020年2月至2021年4月复旦大学附属中山医院急诊科收治的35例肝脓肿患者,采用常规微生物培养法和mNGS技术分别检测血液和脓肿引流液样本。并将患者按是否出现休克分为两组,采用SPSS 25.0进行统计学分析,对比分析两组患者之间的差异。结果:mNGS技术在血液样本和引流液样本中总体检测阳性率显著高于常规培养法(血液：67.6% vs. 15.2%, P<0.05;引流液：100% vs. 55.2%, P<0.05)。35例肝脓肿病例中71.4%检出致病病原体为肺炎克雷伯菌。休克组患者脓肿引流液样本中mNGS检测出的致病病原体序列数显著高于非休克组( P<0.05)。 结论:mNGS能够快速准确的检测出肝脓肿的致病病原体,为临床精准治疗提供重要的病原学依据。     

宏基因组二代测序在重症肺炎患者病原学中的应用

目的 探究重症肺炎患者肺泡灌洗液（BALF）宏基因组二代测序（mNGS）与传统培养病原学诊断的差异以及mNGS结果对抗生素方案调整的影响。方法 回顾性分析2019年8月至2021年4月于贵州医科大学附属医院重症医学科住院期间,同时送检BALF传统培养和mNGS的重症肺炎患者。比较两种病原学检测结果的差异,分析mNGS与传统培养诊断的阳性率、一致性及抗生素方案的调整。结果研究期间共纳入患者75例,其中mNGS的阳性率为97.3%,传统培养阳性率为41.3%;mNGS细菌的检出率为94.7%,传统培养细菌检出率为38.7%;mNGS真菌检出次数最多的为耶氏肺孢子菌24.0%。mNGS对于罕见菌、不典型菌、真菌以及病毒的阳性率远高于传统培养。两组病原学检测结果一致性差（Kappa=0.038,P=0.229）,mNGS较传统培养检出更多种类的微生物。基于mNGS检测结果,临床医生对于69%的患者进行抗生素方案的调整。结论 mNGS在重症肺炎患者病原学诊断中敏感性高,对于免疫抑制重症肺炎患者尤为适用。同时,mNGS可以指导临床医师调整抗生素策略。     

宏基因组二代测序技术在血液病合并肺孢子菌肺炎患者诊治中的应用价值

目的 探讨血液病患者宏基因组二代测序技术在耶氏肺孢子菌肺炎诊断和治疗中的应用价值,为该类感染诊治提供依据。方法 对25例病原宏基因组二代测序检出耶氏肺孢子菌并临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎的病例进行回顾性分析。结果 从2021年1月—2022年5月共25例患者检出耶氏肺孢子菌的同时临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎,其中男性18例（72.0%）,女性7例（28.0%）,中位年龄为50岁,主要基础疾病为急性淋巴细胞白血病、急性髓系白血病和骨髓增生异常综合征。其中15例（60.0%）患者肺感染发生在造血干细胞移植后,移植后中位时间为189 d。患者的常见临床症状包括发热（88.0%）、低氧血症（68.0%）和咳嗽（44.0%）,84.0%的患者在本次感染前有免疫抑制剂的使用史。肺部CT表现包括单纯磨玻璃影型（20.0%）、结节/斑片型（12.0%）、磨玻璃影为主的混合型（68.0%）。血浆是最常见的耶氏肺孢子菌检出的样本类型,其次为肺泡灌洗液和痰液。25例患者均进行了抗肺孢子菌治疗,19例（76.0%）抗感染治疗后治愈,6例（24.0%）死亡。结论 血液病患者耶氏肺孢子菌的临床感染诊断需结合临床症状、...     

宏基因二代测序技术对医院传染性疾病防控的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术对医院传染性疾病防控的价值。方法:回顾性分析2018年1月1日至2019年12月31日复旦大学附属中山医院收治的5例传染性疾病患者的病例资料,比较其常规微生物培养和mNGS结果。结果:5例患者常规微生物培养均为阴性,mNGS结果:炭疽芽孢杆菌1例,霍乱弧菌1例,结核分枝杆菌复合群1例,三日疟原虫1例,恶性疟原虫1例。根据mNGS结果,提早确诊传染性疾病并调整医院感染防控措施,随访30 d内,未出现院内传播新发病例。结论:mNGS在传染性疾病的早期识别与诊断中有重要作用,对于医院感染防控早期干预起到良好的指导效果。     

PCR检测痰曲霉菌在慢性阻塞性肺疾病合并侵袭性肺曲霉菌病中的诊断价值

目的：探讨荧光定量PCR检测痰曲霉菌在慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者侵袭性肺曲霉菌病（invasive pulmonary aspergillosis, IPA）中的诊断价值。 方法：采用前瞻性观察性研究，入组2015年4月至2017年3月因COPD急性加重入住复旦大学附属中山医院的49例患者。收集患者常规痰液真菌培养后剩余的痰液，采用荧光定量PCR检测曲霉菌。同时分析患者的一般资料，包括临床症状、影像学资料、实验室检查结果。 结果：49例患者中18例诊断为IPA，多见于全身应用糖皮质激素及广谱抗生素的患者。该病确诊较困难，多依赖临床诊断，荧光定量PCR检测痰液中曲霉菌在COPD患者合并IPA诊断中的敏感性和特异性分别为72.2%、87.1%。 结论：COPD患者发生IPA并不少见，荧光定量PCR检测痰中曲霉菌对其具有早期诊断价值。     

宏基因二代测序技术辅助诊断波氏假阿利什霉肺部感染1例报告

假阿利什霉属肺部感染影像学表现与曲霉属感染无明显差异,但药物敏感性不同,因此菌种鉴定对指导临床治疗意义重大。本研究报告1例有哮喘病史的老年女性病例,出现咳嗽、咳痰伴胸闷,影像学表现为肺部空洞,经痰微生物培养和宏基因二代测序技术诊断为波氏假阿利什霉感染。国内外尚无宏基因二代测序技术诊断此疾病相关报道,该病例旨在为其在肺部感染的诊治提供参考。     

宏基因二代测序技术指导下的皮肤炭疽院内感染防控1例报告

炭疽是一种由炭疽芽孢杆菌引起的人兽共患病,主要以皮肤炭疽为主,属于我国法定乙类传染病。本研究报告1例33岁男性病例,自述虫咬伤后出现右前臂皮疹,自行挑破后出现发红、水泡伴少量脓液,常规微生物培养结果为阴性,血宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)结果示炭疽芽孢杆菌。本研究从早期诊断和指导院内感染防控角度,探讨mNGS的临床应用价值。     

血清半乳甘露聚糖水平检测对COPD患者侵袭性肺曲霉菌感染的诊断价值

目的探究血清半乳甘露聚糖水平检测对慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者侵袭性肺曲霉菌感染（IPA）的临床意义。方法选取42例具有IPA高危因素的COPD患者,采用回顾性诊断标准进行分组：COPD确诊IPA 组、COPD可疑IPA 组和COPD排除IPA 组,比较三组的血清半乳甘露聚糖吸光度值。以确诊和排除 IPA 的患者作为阳性和阴性病例,分析血清半乳甘露聚糖水平检测在不同阳性判断临界值下的灵敏度与特异度。结果按照回顾性标准,COPD确诊IPA 组有18例、COPD可疑IPA 组有12例、COPD排除IPA 组有12例。三组患者的吸光度值分别为：1.69±0.87、1.38±0.79和0.27±0.60。 COPD确诊IPA 组与COPD可疑IPA 组的吸光度值均高于COPD排除IPA 组,差异均有统计学意义（t分别=4.92、4.01,P均＜0.05）,而COPD确诊IPA 组与COPD可疑IPA 组之间比较,差异无统计学意义（t=0.99,P＞0.05）。不同半乳甘露聚糖阳性界定值显示：当半乳甘露聚糖取0.7作为阳性界定值时,其对COPD合并 IPA 的诊断灵敏性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为87.30%、96.50%、87.20%及96.50%。结论血清半乳甘露聚糖的检测对于COPD患者侵染肺曲霉菌感染有较好的检测诊断作用,但并不能有效的区分COPD患者合并IPA患者的诊断级数,并且当血清半乳甘露聚糖临界值为0.7时,对于COPD患者侵染肺曲霉菌感染有较高的诊断价值。     

基于宏基因组二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎的流行病学特征分析

目的 基于宏基因组二代测序(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎的相关数据,分析其流行病学特征.方法 由微远基因科技有限公司和迪飞医学科技有限公司提供宏基因组二代测序数据,分别为数据集Ⅰ(2019年11月至2021年1月)和数据集Ⅱ(2019年4月至2020年12月),包括:鹦鹉热衣原体检测阳性患者的性别、年龄、所在城市、...