节瓜SCoT分析体系的建立与优化

为了获得适用于节瓜SCoT-PCR反应的反应体系以及适用于该体系的SCoT引物,首先利用正交实验的方法对节瓜SCoT-PCR反应体系的三因素(模板,2xsanTaq PCRmix预混液,引物)的工作浓度进行优化.然后利用优化的节瓜SCoT-PCR反应体系对36条SCoT引物进行筛选,首次筛选到应用于节瓜中的SCoT引物...     

彩叶芋SCoT反应体系的建立与优化

本试验通过单因子试验和正交试验的设计对‘红桃K’彩叶芋的SCoT-PCR反应体系进行研究及优化。研究结果表明,彩叶芋SCoT最佳反应体系为(20μL):引物浓度0.7μmol/L,d NTPs(10 mmol/L)浓度0.5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.25 U,DNA模板80 ng,Mg2+浓度1.5 mmol/L。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min,94℃变性45 s,50.4℃条件下退火45 s,72℃延伸90 s,35个循环后,72℃再延伸7 min,最后16℃保存。此外,利用市场上观赏价值较高的9个彩叶芋品种为材料,对确立的‘红桃K’彩叶芋SCoT-PCR扩增体系进行再验证。结果表明,扩增条带清晰,重复后稳定性高,说明该反应体系为鉴定彩叶芋多样性合适的SCoT分子标记体系,同时为后期彩叶芋遗传多样性、分子辅助育种及遗传图谱的建立提供了依据。     

北沙参SRAP分子标记体系的建立与优化

为北沙参的遗传多样性分析提供一种科学的途径。采用SRAP标记技术,以北沙参基因组DNA为模板,优化了SRAP反应体系的各主要参数。建立了稳定可靠的SRAP-PCR反应体系;20μL反应体系中,DNA的量为80ng、Mg2+ 2.5mmol/L、dNTPs 0.25mmol/L、TaqDNA聚合酶为1U、正反向Primer浓度均为0.1μmol/L。该体系适合北沙参遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究。     

茄子IRAP分子标记体系的建立与优化

为确保茄子 IRAP 反应结果的稳定性和重复性.进而为茄子遗传多样性分析和品种鉴定提供可靠的新方法,按照已报道的马铃薯和烟草的反转录转座子 LTRs 保守区域设计 IRAP 引物,以茄子品系HL-01 为试材,对影响茄子 IRAP 反应的重要因素进行了初步研究,建立并优化了茄子 IRAP 分子标记技术体系.优化的茄子 IRAP 分子标记体系为20 (1反应液中,10×反应 bufrer (100mmol/L Tris-HCl,100mmol/L KCl,80mmol/L (NH4)2SO4,pH9.0,NP-40)2μl,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTPs,Taq 酶1.0U,0.4μ mol/L 引物,DNA 模板 50ng.PCR 反应程序为94℃预变性 4min,然后按 94℃变性 30s,45℃退火 30s,72℃延伸 2min,进行32个循环,最后72℃延伸 10min.     

牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选

以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应( SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+ 2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol...     

橄榄SRAP-PCR体系的建立和优化

以橄榄品种为材料,采用L16（45）的正交试验设计,对影响PCR反应的Taq酶量、Mg2+浓度、模板DNA含量、dNTPs浓度和引物浓度5个因素进行了SRAP-PCR扩增反应条件优化研究,并利用反应体系对11个橄榄品种进行了SRAP-PCR扩增。结果表明：在20μl体系中,Taq酶1.5U、Mg2+2.5 mmol/L、模板DNA 60ng、dNTPs 0.2 mmol/L和引物0.15μmol/L时的扩增效果最好;利用该体系,SRAP标记引物对Me5- Em2在11个橄榄品种中可以扩增出7条清晰的多态性条带。     

海南油茶SCoT反应体系建立与多态性引物筛选

SCoT-PCR是一种单引物扩增分子标记。为了将SCoT分子标记应用于海南油茶的分子鉴定和遗传多样性评价中,本研究采用单因素试验和正交试验结合方法,分析模板DNA、dNTPs、Taq DNA聚合酶及引物4种因素对海南油茶SCoT-PCR扩增结果的影响,构建海南油茶SCoT-PCR体系,并筛选多态性引物。单因素试验结果表明：DNA浓度对海南油茶扩增效率影响不大,高浓度dNTPs利于扩增产物,而Taq酶和引物扩增高效率偏于中浓度。正交试验结果表明：各因素对海南油茶SCoT-PCR扩增影响大小依次为引物>Taq DNA聚合酶>dNTPs>模板DNA;总体系为20μL时,最佳反应体系中模板DNA用量为30 ng,dNTPs浓度为0.30 mmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.00 U。利用构建的SCoT-pcr体系对80条SCoT单引物进行筛选,最终筛选出16条SCoT条带清晰的多态性引物,多态性比率平均值达到76.25%。本试验结果可为海南油茶的遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究提供参考数据。     

能源植物芒的SRAP分子标记体系建立与优化

以芒总DNA为材料,利用单因素分析法对影响SRAP反应体系的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶等三个因素进行了优化。研究结果表明：最佳的10μl反应体系为1 μL 10xTaq Buffer、DNA 20 ng、Mg2+ 2 mmol/L、dNTPs 0.5 mmol/L、TaqDNA聚合酶0.6 U、正反向Primer浓度均为0.8μmol/L。SRAP-PCR反应体系的建立和优化,为今后利用SRAP标记技术开展芒的遗传多样性研究和分子标记辅助选择育种研究提供了一个技术支持。     

基于SCoT分子标记的甘薯及其野生种遗传多样性分析

为揭示甘薯及其野生种之间的遗传多样性,分析甘薯及其野生种之间的遗传关系,利用SCoT分子标记对22份甘薯及其野生种三浅裂野牵牛和三裂叶薯的PCR扩增结果、遗传多样性、进化关系、群体结构进行分析.结果表明:43条SCoT引物共检测到278条稳定条带,每条引物可检测4～12个条带;SCoT-8、SCoT-20、SCoT-2...     

绣球SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立适合绣球的SSR-PCR反应体系,采用正交设计L25(56)对影响SSR-PCR反应体系的5个主要因素(Mg2+、d NTPs、引物、DNA模板和Taq聚合酶)在5个水平上进行优化,筛选出每个因素的最佳水平,建立适合绣球的SSR-PCR反应体系。结果表明,20μL的SSR-PCR反应体系中,DNA模板用量为60 ng,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,d NTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.4μmol/L,Taq聚合酶用量为0.8 U。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,最佳温度退火40 s,72℃1 min,33个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。选用10个绣球品种对建立的SSR-PCR反应体系进行验证,结果表明该体系具有较好的稳定性和通用性。建立和优化的绣球SSR-PCR反应体系,为应用SSR分子标记技术开展绣球属植物遗传育种研究提供了理论依据和技术参考。     

金莲花ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立金莲花ISSR-PCR最佳反应体系,本研究以内蒙古自治区境内野生金莲花为试验材料,采用L₁₆(4⁵)正交实验设计,对影响ISSR-PCR扩增结果的dNTPs、Taq DNA聚合酶、DNA模板、Mg²⁺、引物5个因素进行优化筛选,对反应程序进行优化。结果显示,每个因素都具有极显著差异,影响最大的为dNTPs,其余依次为Taq DNA聚合酶、DNA模板、引物,影响最小的为Mg²⁺浓度。最佳反应体系为:DNA模板30 ng,引物0.2μmol/L,Taq DNA聚合酶0.075 U/20μL,dNTPs 0.15 mmol/L,Mg²⁺1.0 mmol/L,反应总体积20μL。最佳扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,52℃退火1 min,72℃延伸100 s,最后72℃延伸7 min,共38个循环,4℃保存。采用优化后的体系对金莲花不同居群进行验证,证明优化后体系扩增出明亮清晰的条带且重复性好,可用于后续金莲花遗传多样性分析。     

西番莲科龙珠果ISSR-PCR体系的建立和优化

为了获得适于龙珠果ISSR-PCR的反应体系,本研究以龙珠果叶片为试验材料,提取基因组DNA,采用L16(45)正交设计试验,对影响龙珠果ISSR-PCR扩增结果的Mg2+浓度、dNTPs 浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和模板DNA量进行优化,并筛选了最适退火温度.试验结果分析表明,各因素影响显著性为dNTP...     

短芒披碱草SRAP-PCR 体系的建立和优化

通过单因子和正交设计两种试验方法,对短芒披碱草SRAP-PCR体系进行优化,得到短芒披碱草20μL SRAP-PCR最优反应体系为：Mg2＋2.00 mmol/L、引物0.40μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、d NTPs250μmol/L、DNA 30 ng和10×buffer 2μL;各因素水平变化对PCR反应影响从大到小依次是：Mg2＋、引物、Taq酶、d NTPs和模板DNA。运用该优化体系对6份短芒披碱草材料进行验证,电泳结果显示扩增条带多态性高,清晰无杂带。该优化体系的建立有助于将SRAP标记技术用于短芒披碱草的遗传育种等研究。     

沙棘SCoT-PCR反应体系的优化及引物筛选

为获得沙棘SCoT-PCR最佳反应体系并筛选出适用引物,本研究采用正交试验设计与单因素试验设计的方法对其反应体系进行优化,并在此基础上对设计的80条引物进行筛选.试验结果表明:沙棘SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)为:2×Taq PCR预混试剂Ⅱ用量9.8μL,模板DNA用量25 ng,引物浓度0.9 μmol/...     

黄瓜SRAP反应体系的正交设计优化

采用正交试验设计方法,对影响黄瓜SRAP反应体系的5种因素(dNTP、模板DNA、引物、Taq聚合酶及变性剂)4个水平进行优化筛选,确立了适合黄瓜SRAP分析的优化反应体系,即在10μL PCR反应体系中含有1μL 10×PCR buffer,150μmol/L dNTP,30 ng模板DNA,0.3μmol/L引物、1.5 U Taq聚合酶,PCR产物变性时用10μL变性剂。     

新疆野生欧洲李ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立适合新疆野生欧洲李的ISSR-PCR反应体系,本研究以野生欧洲李为供试材料,采用L16(45)正交试验设计和单因素试验设计相结合的方法,对影响野生欧洲李ISSR-PCR反应体系的5个因素(DNA模板,Taq酶,dNTPs,引物,Mg2+)进行筛选与优化,对16条引物的退火温度进行筛选.结果表明,Taq酶对PCR扩...     

马铃薯SSR-PCR反应体系的建立和优化

应用L16(45)正交设计对影响马铃薯SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适于马铃薯SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。马铃薯SSR-PCR优化反应体系为:10×PCR Buffer 1.0μl、模板DNA约30 ng、dNTP 200 mol/L、SSR引物66 ng、Taq DNA聚合酶0.25 U、Mg2+2.25 mmol/L,加ddH2O至终体积10.0μl。PCR扩增程序如下:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,53℃复性1 min,72℃延伸1.5 min,共35个循环;72℃延伸10 min,然后4℃保存。     

壳菜果ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立一个稳定、可重复的壳菜果ISSR-PCR反应体系,以壳菜果的总DNA为实验材料,通过单因素实验、正交试验和方差分析对模板DNA浓度、dNTPs浓度、镁离子浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度5因素进行研究,确定了壳菜果ISSR-PCR反应的最优体系为：在20 μL的反应体系中模板DNA为30 ng,dNTPs浓度为0.20 mmol/L,Mg2+浓度为2.75 mmol/L,引物浓度为0.6 μmol/L,TaqDNA聚合酶为2.2 U。方差分析表明：5个因素中只有Mg2+浓度对反应体系影响最大,达到了显著性水平。     

正交设计优化黄瓜ISSR体系

黄瓜是一种重要的蔬菜作物,品种资源较为丰富,利用分子标记进行黄瓜资源鉴定和分类、构建分子遗传图谱和基因定位方面已取得一定进展,目前应用的分子标记主要包括RAPD、AFLP和SSR,尚未见有关于ISSR标记在黄瓜上的研究报道。ISSR主要是由单一引物且以重复序列为主要引物序列的PCR标记,其反应条件受模板DNA、TaqDNA聚合酶、Mg2 、dNTPs和引物等因素的影响。正交试验设计能明确各因素间的互作效应,建立最优化的反应体系。本研究利用这一方法,从Taq酶、dNTPs、引物、Mg2 4种因素各3个水平来优化黄瓜ISSR反应体系。通过实验,在25μl反应体系中初步确定各反应成分为:1×PCRbuffer,1.5mmol/LMg2 ,25ng黄瓜模板DNA,ddH2O,1UTaq酶,200μmol/LdNTPs,0.75μmol/L引物。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行黄瓜种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。