鸟王茶转录组中SSR位点信息分析

为开发鸟王茶分子标记技术,对使用高通量测序所获得的鸟王茶转录组原始数据,经过软件Trinity拼接,共获得161 561条Unigenes,使用软件MISA进行SSR位点搜索,共得到51 453个SSR,分布于36 691条Unigenes中,总长度为554 050bp,发生频率为31.85%,平均分布频率是1/1.79kb,平均长度为10.77bp。在鸟王茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的45.05%和13.86%。鸟王茶转录组SSR种类共有223种重复基元类型,其中优势重复基元是A/T、AG/CT、AC/GT它们所占比例分别是:36%、32%、13%,这3种重复基元,占总SSRs的比例是81%。     

扁玉螺（NeveritaDidymaRoding）消化系统？…

以多种组织化学方法研究了扁玉螺的消化系统,除直肠外,其余消化道的纤毛柱状细胞呈现蛋白酶,非特异性酯酶和脂酶少 ,其游离端质膜呈现碱性磷酸 酶活性。     

扁玉螺植物消化特性的初步研究

对扁玉螺各消化器官消化酶活力测定表明，扁玉螺有一定的消化植物的能力，其中淀粉水解能力相对较高和较稳定，纤维素水解能力低，没有褐藻酸水解能力，海藻多糖水解水解能力不稳定，蛋白质和脂肪水解能力处于相对较低的水平，比较各消化器官重量和蛋白含量，表现唾液腺的肝脏的作用接近，胃，小肠和直肠作用接近，可能唾液腺和肝脏是消化酶的主要产生部位。     

湿地松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发

【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的SSR标记,其多态性和通用性较差。为解决这一问题, 笔者根据湿地松转录组测序数据开发EST-SSR位点,并揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为湿地松分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用MISA软件对转录组序列进行SSRs查找和分布特征分析。查找标准参数设置为: 单核苷酸重复>10次,二核苷酸重复>6次,三、四、五、六核苷酸重复>5次。根据SSR位点两端的保守区域,利用Primer3.0设计并随机挑选120对SSR引物,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对来自美国和吉安的113份家系个体进行遗传多样性分析,确定引物多态性。【结果】79 574条unigenes序列中搜索到3 818个SSR位点,出现频率为4.80%,平均18.27 kb出现1个SSR位点,3 373个unigenes含有SSR位点,SSR发生频率(含SSR位点的序列数/搜索序列总数)为4.24%,其中2 980条序列含1个SSR位点,含1个以上SSR位点的序列有393条。在检测到的3 818个SSR标记中,单核苷酸分布最多,其次是二核苷酸和三核苷酸,SSR数量分别占总数的63.54%、19.15%和16.27%,而四、五、六核苷酸重复类型所占比例较小,分别为0.52%、0.13%和0.31%。SSR重复单元的重复次数分布在5~22次之间,除单核苷酸重复外的1 391个SSR中,重复5次的数量最多,为498个(35.80%);重复6次和7次的次之,分别为417个(29.98%)和198个(14.23%);重复10次以上的仅有38个(2.73%)。在检测到的731个二核苷酸重复SSR中,最常出现的重复单元为AT/AT,数量为491个(12.86%),AG/CT和AC/GT两种类型的重复单元出现的次数次之,分别为156(4.09%)和81个(2.12%)。在检测到的621个三核苷酸重复中,AAT/ATT是出现频率最高的单元,共139个(3.64%),其次是AAG/CTT,共122个(3.20%)。3 818个SSR中有24.59%的位置未知,其余的SSR则分布在非编码区域(untranslated region,UTR)或者编码区(coding sequence,CDS)上,分布数量表现为3'UTR>5'UTR>CDS。参试的120对SSR引物,有92对扩增成功(76.78%),其中24对呈现多态(20%)。24对引物(13个二核苷酸重复、7个三核苷酸重复和4个四核苷酸重复)共检测出81个等位基因,每个位点的等位基因数为2~9,平均为3.38个。多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.103~0.726,平均为0.349。【结论】通过对湿地松转录组数据的挖掘,共获得 3 818个SSR位点,主要重复单元为AT/AT和AAT/ATT,可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于湿地松转录组序列的SSR标记开发是可行的。     

黄姑鱼转录组SSR的开发与验证

利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量0.5)。与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效。     

基于转录组的曼氏无针乌贼SSR与SNP位点信息分析

利用IlluminaHiseq平台对曼氏无针乌贼进行了转录组测序,采用生物信息学方法分析了转录组序列中的SSR、SNP位点信息并设计了SSR引物。利用MISA工具筛选了转录组测序获得的127 575条Unigene序列,共得到分布于50 626条序列中的SSR位点108 685个,SSR发生率39.68%,出现频率为85.19%。平均每949 bp含有1个SSR位点。在50626条含有SSR位点的Unigene序列中,有25 548条Unigene包含SSR位点数目在2个及以上。其中单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(42.84%),其次是二碱基重复(28.73%),三碱基重复(14.93%)和四碱基重复(12.79%)。在所有微卫星序列所包含的重复单元中,优势重复基元类型为A/T(占总SSRs的42.23%),其次为AT/AT (13.33%),AC/GT (9.32%),AAAG/CTTT(10.00%)。运用Primer premier 5软件共设计了46 520对SSR引物。在12 323条Unigene中发掘出SNP位点64 732个,每条Unigene平均含5.25个SNP位点。其中转换(Transition) 45 975个(71.02%),颠换(Transversion) 18 757个(28.98%)。本研究通过第二代高通量测序技术,结合生物信息学方法对曼氏无针乌贼进行了SSR位点与SNP位点的开发,为其遗传多样性分析、分子辅助育种和增殖放流效果评估等提供了有力研究工具。     

扁玉螺（NeveritadidymaRoding）消化系统的形？…

扁玉螺消化系统由消化道－口,食道,胃、肠和直肠以及消化腺－食道腺和肝脏组成,无唾液腺,消化道粘膜上皮有纤毛柱状细胞杯状细胞和颗粒细胞三种细胞。食道腺仅有一种腺细胞。肝脏由消化细胞,隐窝细胞和贮藏细胞组成,其中贮藏细胞未有其他腹足类动物肝脏中发现。     

云南松转录组SSR的分布及其序列特征

分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80000条转录组Unigene序列中,搜索到2455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25bp,其中近90%的集中在12~20bp,平均16.09bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增.云南松转录组SSR位点出现的频率较高,分布距离较近,基元类型丰富,重复次数较高,具有较高的多态性潜力.云南松转录组产生的Unigene是开发SSR的有效来源,获得的SSR引物可为云南松种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.     

扁玉螺(Neverita Didyma Roding)消化系统的组织化学研究

以多种组织化学方法研究了扁玉螺的消化系统．除直肠外,其余消化道的纤毛柱状细胞呈现蛋白酶、非特异性酯酶和脂酶活性,其游离端质膜呈现碱性磷酸酶活性．杯状细胞分泌弱硫酸化酸性粘多糖．食道腺腺细胞以及肝脏消化细胞显示蛋白酶、非特异性酯酶和脂酶活性,后者还显示酸性磷酸酶活性．隐窝细胞含有铁．贮藏细胞含有糖原     

重金属离子对扁玉螺细胞色素氧化酶的影响研究

测定子扁玉螺肝脏中细胞色素氧化酶活力,其最适温度为４４℃,最适ＰＨ值７．０研究了Ｆｅ＾３＋,Ｃｕ＾２＋,Ｚｎ＾２＋三种重金属离子在离体条件下对该酶的影响,结果显示：低浓度的Ｆｅ＾３＋Ｃｕ＾２＋对其具有激活作用,高浓度的Ｆｅ＾３＋,Ｃｕ＾２＋及低浓度的Ｚｎ＾２＋对其具有显著的抑制作用。     

青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发

为明确羊肚菌转录组SSR总体特征、开发出适用于分子育种的SSR引物,对分离自青海大通的小海绵羊肚菌M12-10菌丝体高通量转录组测序,采用MISA分析小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR位点信息,利用Primer 3.0设计引物,并选择12对引物将19株不同种、不同采集地的野生羊肚菌进行聚类分析。结果表明:高通量测序组装得到153 326个转录本,100 672个SSR位点分布在20 043条Unigenes基因上;SSR发生频率为19.9%,单核苷酸(9 268,46.0%)和三核苷酸(5 183,25.0%)是主要的重复类型,优势重复基元为A/T(33.0%)、GA/AG(12.0%)和TGC/CAG(40.0%);基序长度集中在10～20bp的比例为73.9%,具有高多态性。基于SSR的20 043条Unigene成功设计了14 894对引物,随机筛选的12对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性;遗传相似系数为0.55时,19株羊肚菌菌株分为两类;相似系数为0.84时,19株羊肚菌全部分开。故基于小海绵羊肚菌M12-10转录组数据SSR标记开发是可行有效的,筛选的4对高频率、高多态性的SSR引物将有助于开展种质资源评价和遗传多样性分析。     

扁玉螺(Neverita didyma R  ding)消化系统的形态学研究

扁玉螺消化系统由消化道——口、食道、胃、肠和直肠以及消化腺——食道腺和肝脏组成,无唾液腺．消化道粘膜上皮有纤毛柱状细胞、杯状细胞和颗粒细胞三种细胞．食道腺仅有一种腺细胞．肝脏由消化细胞、隐窝细胞和贮藏细胞组成,其中贮藏细胞未在其他腹足类动物肝脏中发现     

朱顶红转录组SSR标记的开发与遗传多样性研究

为开发朱顶红SSR标记并用于种质资源遗传特征分析,本研究从漳红2号朱顶红转录组共48 355条unigenes中搜索得到11 055个SSR位点,出现频率为25. 13%. SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的92. 80%,其中三核苷重复为主要基序类型,占总SSR的43. 73%.设计合成的50对SSR引物中有7对引物在51份朱顶红种质中得到有效性验证,表现扩增条带清晰、多态性好.基于SSR标记进行51份朱顶红种质的遗传多样性分析表明,在遗传相似系为0. 166时可将其分为6个类,来源于相同地域或亲缘种质大多成簇分布.研究结果表明,漳红2号朱顶红转录组测序产生的unigenes信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为朱顶红及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.     

温度和规格对扁玉螺耗氧率和排氨率的影响

在实验生态条件下 ,研究了温度对不同个体大小扁玉螺耗氧率和排氨率的影响。实验结果表明 ,在实验温度 ( 1 0～ 35℃ )条件下 ,扁玉螺的个体耗氧率 (R′O) [mg/个·h]和个体排氨率 (R′N) [mg/个·h]与软体部干重 (W)呈正相关 ,而耗氧率 (RO) [mg/g·h]、排氨率 (RN) [mg/g·h]与软体部干重呈负相关 ,二者之间均可用幂函数表示 ;扁玉螺的耗氧率和排氨率均随温度的升高而增加 ,但超过 30℃后 ,耗氧率则下降 ,耗氧率 (RO)、排氨率 (RN)与温度之间呈明显的指数函数关系。不同规格扁玉螺的耗氧率和排氨率的比值 (原子数O :N)在 2 0℃时最大。方差分析表明 ,温度、软体部干重对扁玉螺的耗氧率和排氨率有极显著的影响 (P 相似文献   

拟南芥花粉单细胞转录组分析

为了深入探究花粉基因表达的规律,应用单细胞技术对拟南芥花粉细胞进行了单细胞转录组测序.花粉单细胞RNA-seq结果表明,与叶片转录组相比,成熟花粉中大部分基因表达较低,可能与花粉转录沉默有关.花粉中富集果胶代谢、细胞骨架和钙信号转导等通路,与细胞壁形成和花粉管生长相关.花粉还富集组蛋白甲基化因子,说明花粉中存在表观遗传学调控.应用RT-PCR鉴定出6个花粉特异性表达且功能未知的基因,其中大多数为十字花科特有.总之,本研究精确定量了花粉细胞的基因表达谱,揭示出拟南芥花粉转录组的复杂性和独特性.     

基于高通量转录组测序技术的龙头鱼微卫星信息分析

为龙头鱼资源合理开发与保护提供有效分子标记,本研究利用IluminaHiSeq~(TM) 2500高通量测序平台对采自舟山近海的龙头鱼肌肉组织进行转录组测序,从获得的Unigenes序列中挖掘SSR位点信息并分析其分布及特征。结果显示,测序所得29 756条Unigenes中共识别出5 652个完美型SSR位点,序列总长度为86 517 bp,相对丰度为332.97个/Mb。龙头鱼转录组SSR以单碱基和二碱基重复类型居多,分别占SSR总数的67.59%和20.72%。6类完美型SSR共有重复基元148种,重复次数以10次为主,占总SSR的23.23%。SSR序列长度范围在10～92 bp之间,其中序列长度在12 bp及以上的SSR位点的含量为65.73%。综上所述,龙头鱼转录组SSR位点含量丰富、基元重复类型众多、重复次数较高,具有良好的分子标记开发潜力,获得的SSR标记可用于遗传多样性和系统发育关系研究。     

濒危树种香木莲转录组分析

为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 ...     

中华按蚊雌雄蚊转录组比较分析

【目的】对中华按蚊(Anopheles sinensis)雌、雄蚊的转录组测序数据进行差异表达分析,获得两者间差异表达基因,对它们进行功能富集分析,挖据这些基因的功能表现和参与的通路。【方法】基于已知中华按蚊雌、雄蚊转录组数据进行了RNA-Seq数据相关性检查,利用R语言DESeq包比较雌蚊和雄蚊中基因的差异表达情况,并用GOseq和KOBAS对筛选出来的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。【结果】Pearson相关系数的平方(R2)大于0.92,说明样本在3个生物学重复间具有高度相关性,可用于进一步分析;中华按蚊雌、雄蚊差异表达基因共3 298个,其中1 589个基因在雌蚊中表达上调,1 709个基因在雌蚊中表达下调;差异表达基因明显富集在酰胺生物合成、有机酸代谢、肽代谢过程等功能类别上,参与核糖体在真核生物中的生物发生、RNA转运等KEGG通路。【结论】上述结果对深入研究不同性别的中华按蚊基因表达及差异具有潜在价值。     

楚墓玉组佩的艺术形式分析

以楚墓出土的玉组佩资料为基础,对楚墓玉佩进行实际考察和图像分析,以图表对照的方式,用形式美法则探析楚国墓葬中玉组佩的艺术与实用价值。     

孝顺竹笋箨全长转录组测序分析

【目的】揭示竹子笋箨的生物学功能与其衰老的分子基础。【方法】利用PacBio Sequel 3代全长转录组测序技术结合生物信息学方法,对孝顺竹不同衰老阶段笋箨全长转录本进行分析。【结果】共获得106 148 条平均长度为3 615 bp的全长转录本。多数转录本长度分布在1.4~7.0 kb。NCBI等注释显示,97.34%的转录本具有注释结果。Mercator注释分析显示笋箨转录本覆盖了其全部34 个类别,其中与蛋白类别相关的序列最多,达到了18 224 条;与microRNA类别相关的最少,仅有9 条。在重要功能基因方面,共获得了2 489 条激素代谢及信号转导相关序列; 8 804 条转录因子序列中393 条与光合作用相关的转录本。其中,注释到的189 条共30 类NAC(NAM/ATAF/CUC)转录因子基因,93.33%的NAC基因,共计28类,其表达量与笋箨衰老呈相关性, 包括已被证实在叶片衰老中具有重要调控作用的NAC002、NAC016、NAC017、NAC029(NAP)、NAC042、NAC055与NAC083等7个NAC转录因子与NAC014等14个被报道在叶片衰老中具有潜在作用的NAC基因。NAC025、NAC028、NAC045、NAC061、NAC086、NAC103与NAC1L (NAC 1 Like) 7 个NAC转录因子表达与孝顺竹笋箨衰老呈正相关,为新发现的正调控笋箨衰老的潜在转录因子。此外,利用MISA程序在76 499 个序列中检测到简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)位点,主要以单核苷酸重复(SSRs)为主,占据了全部(SSRs)的55.2%。利用PLEK等软件共获得2 769个长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。【结论】竹子笋箨基因表达多样化,并具有完整的光合系统基因,显示其具有潜在光合功能;NAC转录因子在孝顺竹笋箨衰老中具有潜在重要调控作用。本研究首次解析了竹子笋箨的全长转录本特征,为今后深入分析竹子笋箨功能及其衰老的分子机制奠定基础。