糖酵解相关基因与肝细胞癌患者预后关系的研究

目的 探究肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)中糖酵解相关基因与肝细胞癌发生发展及预后的关系.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC的RNA表达数据和临床信息.首先采用基因富集分析预测正常组织和肿瘤组织中基因富集的相关通路,筛选HCC中糖酵解相关基因,然后构建糖酵解相关基因的...     

基于基因数据库分析GRB2在肾癌中的表达及其与患者预后的关系

目的 探讨生长因子受体结合蛋白2(GRB2)基因在肾癌中的表达及其对患者预后的影响。方法挖掘ONCOMINE数据库中肾癌GRB2基因相关数据进行基因表达分析,结合在TCGA数据库中挖掘的GRB2基因在肾癌组织和正常组织中的表达差异,获得GRB2基因的表达与患者预后的关系。并通过STRING数据库,构建GRB2基因的蛋白质-蛋白质互作网络图。采取实时荧光定量PCR的方法检测6例肾癌组织及其癌旁正常组织中GRB2基因的相对表达量。结果 与正常肾组织相比,GRB2基因在肾癌组织中的表达明显升高,差异具有统计学意义(t=8.21,P<0.05),GRB2基因在肾癌组织中的表达升高与肾癌患者预后相关(z=2.71,P<0.05)。进一步对GRB2相关的14个相互作用蛋白进行分析显示,GRB2主要参与了细胞的增殖和凋亡过程。肾癌组织中GRB2基因相对表达量显著高于其癌旁正常组织(t=6.98,P<0.001)。结论 GRB2基因在肾癌组织中高表达,且其基因表达水平与肾癌患者的预后明显相关。     

基于GEO数据库预测分析卵巢癌顺铂耐药相关基因及意义

目的:运用生物信息学方法筛选卵巢癌顺铂耐药差异表达基因,并对其进行相关生物学分析以获得卵巢癌耐药相关分子标志物.方法:从GEO数据库中寻找出3个卵巢癌顺铂耐药相关芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,并作韦恩图获取交集;通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析;对显著差异表达基因构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并获取枢纽基因(Hub基因);利用UALCAN在线分析Hub基因在卵巢癌中生存曲线.结果:筛选出3个数据集的差异共表达基因67个.富集分析表明这些基因在结构分子活性、细胞对高氧反应、细胞基质粘附、成骨细胞分化、细胞外泌体、局灶性黏连、细胞外基质受体相互作用等方面具有重要功能.通过分析获得10个Hub基因:ITGB2、VCL、ITGA2、ITGB4、GBP1、COL6A1、MT2A、UST、VCAN、DSEL.生存曲线分析表明,VCAN基因表达的升高使得卵巢癌患者总体生存率显著降低(P<0.05).结论:癌基因VCAN可作为卵巢癌顺铂耐药分子标志物,为卵巢癌顺铂耐药的诊断、治疗靶点选择及预后判断提供参考.     

脑膜瘤患者显微术后脑水肿加重风险的列线图模型构建

目的探讨脑膜瘤患者显微术后脑水肿加重的影响因素, 并构建列线图模型进行预测和验证。方法回顾性收集2012年9月至2022年9月驻马店市第一人民医院收治的180例行显微术脑膜瘤患者的临床资料, 依据术后脑水肿加重情况分为脑水肿加重组(40例)和脑水肿未加重组(140例)。采用Logistic回归分析影响脑膜瘤患者显微术后脑水肿加重的因素, 根据回归分析结果构建风险预测模型, 利用R软件构建列线图, 并绘制受试者工作特征曲线评估风险模型的预测效能。结果两组患者性别、年龄、肿瘤长径、Simpson分级、高血压、糖尿病、心脏病情况比较, 差异未见统计学意义(P>0.05);脑水肿加重组术中静脉损伤、术前癫痫、肿瘤部位与脑水肿未加重组比较差异有统计学意义(P<0.05)。Logistic回归分析结果显示, 术前癫痫、肿瘤部位、术中静脉损伤是脑膜瘤患者显微术后脑水肿加重的危险因素(OR>1, P<0.05)。绘制列线图构建脑膜瘤患者显微术后脑水肿加重风险预测模型, 验证模型的区分度显示C-index=0.824, 说明该模型具有良好的区分度;绘制标准曲线显示, 校准曲线和Y...     

子宫内膜癌中关键LincRNA的筛选及与临床预后的关系

目的:筛选子宫内膜癌(EC)中差异表达的基因间长链非编码RNA(LincRNA),并探讨其与临床预后的关系.方法:从TCGA网站下载原始数据,包括RNA-Seq、拷贝数变化(CNV)和临床数据.使用基因集富集分析软件分析EC中这些LincRNA的富集程度.选择总体生存(OS)为预后指标,在TCGA数据集中的浆液性癌样品上建立双变量回归和多元Cox回归模型.结果:在521个EC样品(包括407个内膜样癌组织和114个浆液性癌组织)和35个正常组织样品中分析LincRNA的表达.与正常组织相比,肿瘤组织中LincRNA和其它LncRNA均过表达,反义LncRNA低表达(均P<0.05).LincRNAs在浆液性癌中的表达高于内膜样癌(P<0.05).有39个差异表达的LincRNA仅在浆液性癌中过表达,这39种LincRNA在EC和浆液性癌中富集(P<0.05).这些LincRNA的CNV主要在浆液性癌中扩增.这39种LincRNA中,膀胱癌相关转录本1(BLACAT1)的表达差异性最大.双变量回归模型和多变量Cox模型显示这39个LincRNA都是浆液性癌的预后标志物(P<0.01).结论:这39种差异性LincRNAs可作为浆液性EC预后预测的生物标记物.     

感染性心内膜炎与钙化性主动脉瓣疾病的相关性分析

目的采用生物信息学方法分析感染性心内膜炎(infective endocarditis,IE)患者外周血和钙化性主动脉瓣疾病(calcific aortic valve disease,CAVD)瓣膜组织的基因表达谱芯片,研究两种疾病共同差异表达基因的功能及调控网络。方法采用公共数据库(GEO)中获取的IE患者外周血和CAVD患者瓣膜组织基因表达谱芯片数据,利用R软件包分析差异表达基因,采用DAVID数据库对共同差异表达基因进行基因功能和信号通路分析。通过STRING数据库进行蛋白—蛋白相互作用网络分析,Cytoscape软件筛选最关键的主效基因(Hub基因)。结果共筛选出47个共同的差异表达基因,其功能富集生物途径主要涉及免疫应答和炎症反应,主要参与金黄色葡萄球菌感染、补体和凝血级联反应、破骨细胞的分化等信号通路。构建了共同差异表达基因的蛋白互作网络,通过对互作网络的分析筛选出了4个Hub基因SYK、FPR1、S100A9和PLEK。结论利用生物信息学方法,通过整合数据分析表明IE患者外周血中存在与CAVD相关的分子物质基础。     

基于数据库筛选吸烟相关肺癌基因并探究其在肺癌中的意义

目的 筛选吸烟相关肺癌基因并探讨其在肺癌中的意义。方法基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中吸烟相关数据集(GSE18385、GSE76324和GSE11906)和肺癌相关数据集(GSE27262、GSE31210和GSE40791),分析吸烟和肺癌的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并用韦恩图取交集,基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)验证DEGs在肺癌中的表达、预后风险及诊断价值并进一步筛选DEGs,通过人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库再次验证DEGs在肺癌中的表达。基于TCGA数据库进行肺癌亚组预后风险分析,基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、免疫浸润分析和免疫检查点相关性分析。结果最终筛选到吸烟相关肺癌基因2个(SLC2A1、SLC7A5),它们在肺癌中表达均上调...     

酰胺质子转移成像技术对宫颈癌患者放化疗预后的预测价值

目的探讨磁共振-酰胺质子转移成像技术(MRI-APT)对宫颈癌患者放化疗预后的预测价值。方法回顾性分析2019年5月至2023年5月河南省第二人民医院收治的76例宫颈癌放化疗患者的临床资料和随访资料, 根据2年内复发情况将患者分为复发组(31例)和未复发组(45例)。比较两组患者放化疗前、放化疗1个疗程后APT定量参数非对称磁化转移率(MTRasym)。绘制受试者工作特征曲线, 以曲线下面积(AUC)分析MTRasym值对宫颈癌患者放化疗后预后不良的预测价值。结果放化疗前, 复发组和未复发组患者MTRasym值比较差异未见统计学意义(P>0.05);放化疗中, 两组患者MTRasym值均较放化疗前下降, 且未复发组患者MTRasym值低于复发组, 差异有统计学意义(P<0.05)。绘制受试者工作特征曲线显示, 放化疗中, MTRasym值对宫颈癌患者放化疗后复发有一定预测价值(AUC=0.725, 95%CI:0.607～0.842, P=0.001)。结论 MRI-APT可用于宫颈癌患者放化疗后的定期随访, 测量患者APT定量参数MTRasym值有助于预测复发。     

糖尿病肾病肾关键基因的分析鉴定

目的 利用生物信息学技术分析参与糖尿病肾病(DN)的关键基因及其有关的信号通路.方法 从GEO数据库下载有关DN肾小球组织与正常人肾小球组织的所有基因,利用limma软件包筛选出两者的差异表达基因(DEG),并对DEG进行GO功能和KEGG通路富集分析,通过构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出与DN相关的候选...     

甲状腺癌根治术预后的影响因素分析

目的分析甲状腺癌根治术预后的影响因素。方法抽取2020年8月至2022年6月在信阳市中心医院诊疗的78例甲状腺癌根治术患者的临床资料进行回顾性分析, 随访12个月, 收集患者的一般资料, 统计复发情况, 展开单因素分析与Logistic多因素回归分析, 总结甲状腺癌根治术患者的预后相关影响因素。结果 78例甲状腺癌根治术患者术后12个月时均存活, 其中有12例患者复发, 复发率为15.38%(12/78)。单因素分析发现, 复发患者与未复发患者中, 是否展开颈部淋巴结清扫、高龄(≥60岁)、病灶侵犯包膜外、肿瘤TNM分期Ⅲ～Ⅳ期、肿瘤最大径>2 cm、病灶远端转移、淋巴结转移等单因素比较, 差异有统计学意义(P<0.05);Logistic多因素回归分析显示, 高龄、病灶侵犯包膜外、肿瘤TNM分期Ⅲ～Ⅳ期、肿瘤最大径>2 cm、病灶远端转移、淋巴结转移是影响甲状腺癌根治术患者预后、导致疾病复发的危险因素。结论多种因素均可能对甲状腺癌根治术患者的预后水平产生影响, 导致疾病复发, 因此需重视对危险因素的及时筛查与积极预防, 展开针对性防控, 以改善患者预后水平, 防止疾...     

ZFR2与头颈部鳞癌预后和人乳头瘤病毒感染的相关性研究

目的 探究头颈部鳞癌中ZFR2的表达特征,揭示其与人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)感染的关系。方法 利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas project, TCGA)数据库中头颈部鳞癌患者的RNA表达数据集和相应的临床特征信息,依据无病间隔时间(disease-free interval, DFI)筛选差异基因ZFR2作为目标基因,将患者分为ZFR2高表达组和ZFR2低表达组,比较两组患者的总生存时间,探索ZFR2对头颈部鳞癌的预后价值;提取数据库头颈部鳞癌患者ZFR2表达最高的1/3和ZFR2表达最低的1/3患者的基因表达数据,进行差异基因分析,基线特征没有差异,每组是185例,并对差异基因进行生物信息富集分析,预测ZFR2在头颈部鳞癌的生物学功能。下载TCGA数据库头颈部鳞癌患者临床特征数据,结合ZFR2基因表达谱进行数据整合分析ZFR2与肿瘤患者HPV感染状态的关系。结果 通过头颈部鳞癌患者TCGA表达谱数据和生存时间数据分析,筛选到预后相关基因ZFR2;Kaplan-Meier生存分析显示ZFR2高表达组的患者总...     

食管鳞癌血清铁蛋白检测的临床意义研究

目的:探讨食管鳞癌患者(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)血清铁蛋白(serum ferritsn,SF)检测的临床意义。方法:回顾性分析食管鳞癌行SF检测的患者ESCC314例。先以正常值上限为界(274.66 ng/ml)统计SF与ESCC临床病理参数及手术患者预后的关系。然后,以ROC曲线分别确定SF在ESCC淋巴结转移、血行转移、5年生存期的最适临界值。根据最适临界值,分别以卡方检验及Kaplan–Meier法统计SF与ESCC临床病理参数及预后的关系。以Cox回归评价预后因素。结果:以274.66 ng/ml为界,SF与各个临床病理参数及预后均无关。SF在ESCC血行转移的最适临界值为216.835ng/ml,对应的敏感度为66.7%,特异度为58.7%。以216.835 ng/ml为界,SF仅与血行转移相关,与手术治疗的预后无关。结论:SF与ESCC血行转移相关,216.835ng/ml可以作为SF判断ESCC血行转移的参考指标。     

高b值DWI-MRI联合PWI对急性缺血性脑卒中患者静脉溶栓预后的评估价值

目的探讨高b值磁共振弥散加权成像(DWI-MRI)联合灌注加权成像(PWI)对急性缺血性脑卒中(AIS)患者静脉溶栓预后的评估价值。方法回顾性研究。抽取2020年12月至2023年11月在河南中医药大学第三附属医院接受静脉溶栓治疗的80例AIS患者, 根据患者出院后90 d内预后情况[依据改良Rankin量表(mRS)评分评估]分为良好组(mRS≤2分, 65例)与不良组(mRS>2分, 15例)。比较两组治疗前高b值DWI-MRI指标[表观扩散系数(ADC)值]、PWI指标[相对脑血容量(CBF)、达峰时间(TTP)]。分析高b值DWI-MRI、PWI及二者联合评估AIS患者静脉溶栓预后的价值。结果不良组ADC、CBF值低于良好组, TTP长于良好组, 差异有统计学意义(P<0.05)。绘制受试者工作特征曲线结果显示, 高b值DWI-MRI(ADC)、PWI(CBF、TTP)单独及联合评估AIS患者静脉溶栓预后不良风险的曲线下面积均>0.70, 均有一定的评估价值, 且以联合评估的曲线下面积更高。结论高b值DWI-MRI、PWI对AIS患者静脉溶栓预后有一定评估价值...     

重症动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者术后发生认知功能障碍的预测模型构建

目的分析重症动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aSAH)患者术后发生认知功能障碍的影响因素, 并构建影响因素预测重症aSAH患者术后发生认知功能障碍的风险模型。方法抽取2019年1月2020年8月于南阳市中心医院接受手术治疗的80例重症aSAH患者为研究对象, 术后随访6个月, 评估认知功能障碍[蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分]的发生情况并进行分组。采集纳入患者的基线资料, 经Logistic回归分析找出可能导致重症aSAH患者术后发生认知功能障碍的影响因素, 构建影响因素预测重症aSAH患者术后发生认知功能障碍的风险模型。结果随防6个月, 80例重症aSAH患者中28例发生认知功能障碍, 发生率为35.00%。认知功能障碍组合并脑血管痉挛占比高于认知功能正常组, 血清β-淀粉样蛋白1-42(Aβ1-42)水平低于认知功能正常组(P<0.05)。经多元Logistic回归分析, 结果显示, 合并脑血管痉挛、血清Aβ1-42低表达为重症aSAH患者术后发生认知功能障碍的影响因素(OR>1, P<0.05)。绘制受试者工作特征曲线结果显示, 由合并脑血管痉挛、血清β-淀粉样蛋...     

老年心房颤动住院患者入院躯体功能状态对短期不良预后的影响作用

目的 分析老年心房颤动(简称房颤)住院患者的入院躯体功能状态对出院后短期内的跌倒、非计划性再入院和死亡的预测作用,以期改善患者的预后状态。方法 采用前瞻性观察性队列研究设计,通过便利抽样法选取2018年9月至2019年2月于北京医院心内科住院的老年房颤患者为研究对象。使用简易躯体能力评估(Short Physical Performance Battery,SPPB)调查其入院时的躯体功能状态,并对入组后6个月内的预后(跌倒、非计划性再入院和死亡)情况进行随访。采用Kaplan-Meier生存分析法绘制患者预后的生存曲线,并采用Cox风险比例回归模型探究躯体功能状态对预后的影响。结果 本研究最终纳入153例老年房颤住院患者,36.6%(56例)在6个月内出现跌倒、非计划性再入院或死亡,66.0%(101例)有躯体功能障碍。Kaplan-Meier生存分析显示躯体功能障碍的患者终点事件发生时间更早(χ2=3.926,P=0.048);Cox回归显示SPPB总分是终点事件的独立危险因素(HR=0.916,95%CI:0.849～0.988,P=0.023)。另外,饮酒、合并心肌梗死或肾功能...     

基于网络药理学探讨沉香治疗腹痛的作用机制

目的:采用网络药理学方法筛选沉香的化学成分和作用靶点,分析沉香治疗腹痛相关疾病可能存在的作用机制.方法:通过中药系统药理数据库(TCMSP)检索沉香所有化学成分并筛选作用靶点,分别检索GeneCards和OMIM数据库筛选腹痛相关基因.利用Cytoscape软件进行网络合并,筛选核心网络.进一步采用蛋白互作网络(PPI)、基因GO功能富集和KEGG通路富集分析等探索可能涉及的分子机制.结果:共计筛选出符合要求的沉香有效成份8个,疾病相关靶点214个,药物相关靶点87个.最终共筛查到69个基因,分别富集于100个功能和表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌抵抗、铂抗药性、ErbB信号通路以及MAPK信号通路5条信号通路.结论:沉香可能通过EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌抵抗、铂抗药性、ErbB信号通路以及MAPK信号通路治疗腹痛.     

术前血清CA 19-9水平对原发性十二指肠癌根治术后患者肿瘤复发及预后的评估价值

目的 探讨术前血清CA19-9水平与原发性十二指肠癌(PDC)根治性切除术后患者临床病理特征、预后及肿瘤复发的关系.方法 回顾性分析2012年1月1日—2020年9月30日于我院经病理学确诊为PDC并行十二指肠癌根治性手术的209例患者的临床资料,采用Kaplan-Meier绘制患者的生存曲线,采用Pearson卡方检验及Fisher精确检验分析术前血清CA19-9水平与PDC患者临床病理特征的关系,采用Cox风险回归模型分析患者无病生存期(DFS)和总生存期(OS)的影响因素.结果 Kaplan-Meier生存曲线显示,术前血清CA19-9水平升高患者较CA19-9水平正常患者的无病生存率和总生存率显著降低(χ2=16.845、12.153,P<0.05).患者术前血清CA19-9水平与性别、肿瘤T分期、脉管癌栓有关(χ2=3.861～12.134,P<0.05).单因素分析显示,肿瘤T分期、肿瘤N分期、肿瘤TNM分期、脉管癌栓、神经侵犯、病理分化程度、病理类型、术前血清CA19-9水平与患者DFS显著相关(P<0.05);患者性别、肿瘤T分期、肿瘤N分期、肿瘤TNM分期、脉管癌栓、神经侵犯、病理分化程度、病理类型、术前血清CA19-9水平与患者OS显著相关(P<0.05).多因素分析显示,术前血清CA19-9水平、肿瘤N分期、神经侵犯、病理分化程度与患者的DFS和OS均显著相关(P<0.05).结论 术前血清CA19-9水平正常患者相较于术前血清CA19-9水平升高患者具有更好的临床预后,术前血清CA19-9水平可作为独立危险因素评估PDC患者的预后与肿瘤复发情况.     

DLC-1基因在晚期肺癌组织中的表达及与预后的相关性

目的探讨DLC-1基因在晚期肺癌组织中的表达水平及与肺癌患者预后的关联。方法对72例肺癌组织标本及癌旁组织进行DLC-1基因扩增检测,然后对患者随访1年。根据不同组别患者复发转移和生存情况,分析DLC-1基因的表达状况与预后的相关性。结果 72例肺癌标本组织中有9例的DCL-1基因表达阳性(12.5%),与之相对应的癌旁组织中有50例DCL-1基因表达阳性(66.7%),两者之间的差异有统计学意义(χ~2=48.27,P0.001)。对72例肺癌患者随访1年后发现:DLC-1基因的表达状况与患者的组织学、组织分化、复发或转移相关(χ~2=18.67,P0.001),与患者的1年生存相关(χ~2=6.81,P0.01)。结论 DLC-1基因在肺癌组织中表达缺失或者低表达,并与肺癌患者较差的临床预后相关。     

取栓术治疗急性大血管闭塞性脑梗死预后的影响因素分析

目的分析取栓术治疗急性大血管闭塞性脑梗死预后的影响因素。方法抽取2019年1月至2022年8月于聊城市第三人民医院行取栓术治疗的206例急性大血管闭塞性脑梗死患者作为研究对象, 按照3个月改良Rankin量表(mRS)评分分为预后不良组(56例, mRS评分>2分)、预后良好组(150例, mRS评分0～2分)。收集可能与取栓术相关的资料, 行单因素及多因素Logistic回归分析, 筛选影响取栓术预后的相关因素。结果行二元Logistic回归分析结果显示, 房颤(OR=3.08, 95%CI=1.597～5.939)、溶栓前美国国立卫生院卒中量表(NIHSS)评分(OR=2.78, 95%CI=1.709～4.518)、血糖(OR=1.49, 95%CI=1.316～6.022)、发病至靶血管开通时间(OR=1.74, 95%CI=1.154～2.639)、取栓术后24 h内收缩压(OR=2.82, 95%CI=1.320～4.466)、取栓术后24 h内舒张压(OR=2.43, 95%CI=0.892～6.610)均是取栓术后患者预后不良的独立危险因素(P均<0.05)...     

生物信息学分析筛选胆管癌新候选基因及其意义

目的应用综合生物信息学分析、筛选胆管癌新候选基因,并探讨其在预测患者预后方面的价值。方法从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载数据,通过与癌旁组织进行比较,筛选出差异表达基因,并通过生物信息学方法对其进行深入分析。结果共筛选出差异表达的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538个、长链非编码RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434个和微RNA(microRNA,miRNA)68个。建立一个包含127个lncRNA、15个miRNA和64个mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。生存分析发现,COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因对胆管癌预后具有预测价值,上述基因低表达患者的生存率均显著高于高表达患者。结论 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作为评估胆管癌预后的标志物,可为胆管癌的治疗提供新的潜在靶点。