衰老进程中大鼠淋巴细胞凋亡率的比较研究及淫羊藿总黄酮的干预作用

目的：比较研究衰老进程中各年龄段大鼠淋巴细胞凋亡率的差异及淫羊藿总黄酮（EF）对老年期细胞凋亡的干预作用。方法：选用SD大鼠脾脏分离的淋巴细胞为研究对象,用流式细胞方法,比较从出生后3天直到27月龄衰老进程中,各代表性年龄段的细胞凋亡率差异,并观察EF对老年过度细胞凋亡的影响作用。结果：刚出生3天组的凋亡率最低,随着增龄,细胞凋亡率逐渐升高,仅10月龄组例外,其凋亡率小于4月龄组,27月龄的细胞凋亡率最高。EF干预后,27月龄组的细胞凋亡率明显下降,介于10月龄与18月龄之间水平,以上差异均有显著统计学意义（P〈0.05～P〈0.001）。结论：在衰老进程中,大鼠淋巴细胞的凋亡率随增龄而逐渐升高,在老年大鼠存在过度凋亡现象,而EF可抑制老年淋巴细胞过度凋亡。     

淫羊藿总黄酮的药理学研究

目的 研究淫羊藿总黄酮(total flavonoids of epimedium,TFE)对人脐静脉内皮细胞损伤的保护作用.方法 将人脐静脉内皮细胞体外培养、传代后随机分为六组:空白对照组、TFE模型组、溶血性磷脂酰胆碱(LPC)损伤组、LPC+TFE(50 mg/L)组、LPC+TFE(100 mg/L) 、LPC+TFE(200mg/L)组,比较淫羊藿总黄酮对内皮细胞损伤的作用.结果 TFE模型组与空白组比较,各组数据无明显差异;LPC损伤组中MDA值、LDH值和细胞内KOS水平较空白组显著增加,而NO含量降低;在加入LPC+TFE的三组中,随着TFE的浓度增加,细胞上清液中NO含量升高,MDA和LDH含量以及ROS水平降低.结论 淫羊藿总黄酮对内皮细胞损伤具有保护作用.     

淫羊藿总黄酮(EF)对老龄大鼠Th1、Th2、Th3细胞的调节作用

目的：探讨淫羊藿总黄酮（EF）对衰老大鼠脾淋巴细胞Th1、Th2、Th3各类细胞因子的调节作用.方法：采用流式细胞仪,监测比较老龄大鼠脾脏淋巴细胞凋亡率;采用Th1、Th2、Th3 cDNA芯片,分别检测正常青年组（YC）、老龄大鼠组（OM）、EF组、NF-KB阻断剂组（PDTC）、PDTC＋EF组的Th1、Th2、Th3,各类细胞因子信号差异表达.结果：①老龄大鼠普遍存在淋巴细胞过度凋亡现象,EF可显著抑制这种过度凋亡状态.②YC组,Th1、Th2、Th3类细胞因子之间处于平衡状态（P＞0.05）;OM组Th1、Th2、Th3类细胞因子表达比YC组增高,呈Th2、Th3类细胞因子优势应答（P＜0.05）.③EF组Th1、Th2、Th3类细胞因子均较OM组明显降低（P＜0.05）,其趋势与YC组近似,并且Th1、Th2、Th3类细胞恢复平衡.④NFKB通路抑制后（PDTC组）,Th1、Th2、Th3类细胞因子平衡失调,Th2优势更加明显（P＜0.05）;而PDTC＋EF组,Th1、Th2、Th3各组表达值则较PDTC组下调,其组内Th1和Th2也重新达到一种相对平衡状态.结论：老龄大鼠脾淋巴细胞过度凋亡,Th1、Th2、Th3类细胞因子分泌增高,Th2、Th3类细胞因子优势应答;EF可以抑制淋巴细胞过度凋亡,校正老龄大鼠Th1、Th2、Th3类细胞因子之间的比例失衡,重塑Th1-Th2-Th3细胞免疫调节网络的良性平衡.     

鼻咽癌组织基因表达谱的研究

目的和方法：用Ｃｌｏｎｔｅｃｈ公司的Ａｔｌａｓ＾ＴＭＨｕｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ ｃＤＮＡ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｒｒａｙ对人胚鼻咽、正常成人鼻咽、ＨＮＥ１细胞、鼻咽低分化鳞癌、肺癌和头颈部其它３种肿瘤５８８个与肿瘤相关基因的表达谱进行了研究。结果：在选定的９１个基因中,有３６个基因的鼻咽癌组织中表达加强,５１个基因鼻咽癌组织中表达下调,在鼻咽癌组织中表达下调的基因相对较多。周期素依赖性刺酶抑制子－     

EF调控老年大鼠淋巴细胞基因表达谱中凋亡相关信号分子表达的研究

目的：揭示EF对老年大鼠淋巴细胞凋亡相关信号分子及通路的调节机制。方法：利用基因芯片技术，并比较老年大鼠、青年大鼠、EF干预后的淋巴细胞基因表达。结果：老年大鼠与青年大鼠比较，促进细胞凋亡作用的基因表达显著上调，具有抗凋亡作用的基因表达显著下调；具有抗增殖作用的基因表达显著上调，具有促进细胞增殖作用的基因表达显著下调；参与淋巴细胞活化增殖及免疫反应等基本信号通路的组成元件中，多个重要信号分子的表达显著下调。EF组抗淋巴细胞凋亡的几个上游因子如CD28、TGFβ及c-Jun、c-Fos、c-Myc等癌基因显著上调；促细胞凋亡基因Caspasel、Caspase2、Caspase3、Caspase6、CalpainⅡ、Cathepsins、Dnaseγ、PKCdelta等表达显著下调；Cathepsin B、Mtal、NF-kappa B、Notch等抗凋亡基因表达显著上调。显著上调促细胞增殖基因PCNA、A-raf、CyclinG-associated kinase等的转录，显著下调抗增殖的Rb等基因的转录。显著上调免疫细胞效应及功能的基本调节因子CD2、CD3、CD5、TCR、IL-2、IL-2R(CD25)、CD28、CTLA4的表达。结论：EF能上调老年大鼠淋巴细胞抗凋亡基因表达的同时，下调抗增殖基因的表达；上调促增殖基因表达的同时，下调抗增殖基因的表达，重塑基因表达良性平衡；还协同调节TCR／CD3、CD28、CTLA4、TGFβ、IL-2R等介导的信号转导通路，发挥抗凋亡效应。     

基因表达的系统分析在基因组转录谱研究中的应用

基因表达的系统分析技术 (SAGE)是一种全面分析基因表达模式的实验方法。该方法的原理是基于分离出每一m RNA所特有的长 9bp～ 14 bp的标签并将其串联起来进行克隆和测序。该方法不仅可以给出我们一个全面的特定细胞或组织的基因表达谱 ,而且还可以通过对两组处于不同环境中的同一类型细胞的基因表达谱进行比较 ,帮助我们发现那些由于环境的变化而表达发生改变的基因。本文拟就这一高通量方法的原理、应用、不足及其改进等方面的研究情况作以综述     

基因表达谱的数据分析

基因表达谱分析是基因芯片技术的一个重要应用。对基因表达谱分析的一般流程,数据的早期处理包括矩阵转换和标准化过程,后期的矩阵数据分析包括无监督分析方法如层次聚类、K-均值聚类和自组织映射,和有监督分析方法如线性判别、决策树和支持向量机等的研究,将为更好的开发运用这种方法提供方向性的指导。     

淫羊藿甙抑制肿瘤细胞端粒酶活性及其调节机制的研究

目的 :探讨中药单体淫羊藿甙 (ICA)抑制肿瘤HL 6 0细胞端粒酶活性及作用机制。方法 :采用MTT法 ,NBT染色法 ,TRAP PCR ,RT PCR法和流式细胞术。结果 :ICA显著抑制HL 6 0细胞端粒酶活性 ,且端粒酶活性下降与细胞表面粒细胞分化抗原CD11b表达率呈负相关 ;诱导HL 6 0细胞向粒细胞方向分化 ;改变HL 6 0细胞周期各时相的分布 ,表现为G0 /G1期细胞逐渐增多 ,S期细胞逐渐减少 ;上调分化相关基因p2 1、下调增殖相关基因c mycmRNA和蛋白表达水平。结论 :阐明了ICA显著抑制HL 6 0细胞端粒酶活性 ,并从基因 蛋白 细胞效应水平揭示了其调节端粒酶活性的可能机制。     

基因芯片研究与衰老相关免疫基因的表达

目的:利用基因表达谱芯片,研究免疫相关基因在衰老过程中表达水平的改变。方法:分别提取20只20月龄SD大鼠和20只4月龄SD大鼠的脾脏mRNA,并通过逆转录制备成杂交探针;老年大鼠用Cy5d-UTP标记,青年大鼠用Cy3 d-UTP标记。将两种探针等量混合后与包含416个免疫相关基因的cDNA芯片进行杂交。通过扫描仪扫描芯片荧光信号和计算机分析,比较老年组和青年组大鼠脾脏的基因表达水平的差异。同步检测老年组大鼠和青年组大鼠的心、肝、肾和血液中的与自由基相关的生化指标。结果:生化指标检测证实20月龄老年大鼠与4月龄青年大鼠清除自由基的能力有显著的差异,说明其生理机能有显著差异,适用于芯片的研究。而芯片结果显示在所研究与免疫相关的基因中,13个基因在老年大鼠脾脏中表达下调,其中包括参与应激和免疫应答的基因,部分参与细胞增殖、分化的调节基因和参与DNA/RNA修复基因;只有1个基因,即编码良性肿瘤淀粉酶的基因在老年大鼠脾脏中表达特异增高。结论:运用基因表达谱芯片可以帮助我们了解免疫系统在衰老过程中的变化,深入理解衰老的发生和发展机制。     

基因表达的系统分析在基因组转录谱研究中的应用

基因表达的系统分析技术(SAGE)是一种全面分析基因表达模式的实验方法。该方法的原理是基于分离出每一mRNA所特有的长9bp-14bp的标签并将其串联起来进行克隆和测序。该方法不仅可以给出我们一个全面的特定细胞或组织的基因表达谱，而且还可以通过对两组处于不同环境中的同一类型细胞的基因表达谱进行比较，帮助我们发现那些由于环境的变化而表达发生改变的基因。本文拟就这一高通量方法的原理、应用、不足及其改进等方面的研究情况作以综述。     

Gene expression profile class prediction using linear Bayesian classifiers

Due to recent advances in DNA microarray technology, using gene expression profiles, diagnostic category of tissue samples can be predicted with high accuracy. In this study, we discuss shortcomings of some existing gene expression profile classification methods and propose a new approach based on linear Bayesian classifiers. In our approach, we first construct gene-level linear classifiers to identify genes that provide high class-prediction accuracies, i.e., low error rates. After this screening phase, starting with the gene that offers the lowest error rate, we construct a multi-dimensional linear classifier by incorporating next best-performing genes, until the prediction error becomes minimum or 0, if possible. When we compared classification performance of our approach against prediction analysis of microarrays (PAM) and support vector machines (SVM) based approaches, we found that our method outperforms PAM and produces comparable results with SVM. In addition, we observed that the gene selection scheme of PAM could be misleading. Albeit SVM achieves relatively higher prediction performance, it has two major disadvantages: Complexity and lack of insight about important genes. Our intuitive approach offers competing performance and also an efficient means for finding important genes.     

高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异

目的:应用Illumina高通量测序技术研究肺结核患者和健康人群PBMC基因表达谱差异,以寻找与肺结核发病相关的基因.方法:分离肺结核患者和健康人群PBMC,提取总RNA,并制备cDNA文库,通过接头序列固定在Flow cell上进行桥式PCR扩增,再用Illumina测序仪进行深度测序,结合生物信息方法分析两类人群基因表达谱的差异情况.结果:测序产生的原始数据经过滤、比对、注释后得到肺结核样本36 390类标签12 270个基因,正常对照样本35 009类标签12 244个基因.按照FDR≤0.001,l log2 Ratiol≥1筛选标准,筛选出3 097个差异基因,其中上调基因1 601个,下调基因1 469个.增大筛选标准至4倍,并对表达量进行控制,筛选出33个差异极显著基因,其中上调基因16个,下调基因17个.结论:差异基因大部分位于细胞内,起着连接功能(蛋白质连接),具有酶催化活性,在代谢中起着重要作用,并主要位于MAPK信号通路和趋化因子信号通路中.这些差异基因可以为今后肺结核领域筛选诊断标识和药物作用靶点做参考.     

病毒性心肌炎小鼠心肌组织中趋化因子表达谱的改变及其意义

目的：研究病毒性心肌炎（VMC）小鼠心肌组织趋化因子（ChKs)表达谱变化，探讨ChKs在VMC发病中的可能作用及意义。方法：B3型柯萨奇病毒（CVB3）腹腔注射雄性BALB／c小鼠；RTPCR定性和定时定量分析心肌组织MCP－1、IP－10、Ltn和FKN等12种ChKs表达。病理切片和血清CKMB分析判定病变和病程程度。结果：（1）在所检测的12种ChKs中，VMC组呈阳性表达的有9种，显著多于正常组心肌组织的6种，有3种ChKs(BLC、Eot和LARC）两组均未检出；（2）VMC组9种阳性表达的ChKs中CVB3诱导性表达的为MIP－2、MIG和IP－10，6种组成性表达的ChKs在VMC时上调表达的有MIP－1β、MCP－1、MCP－2、Ltn等4种，下调表达的有RANTES，与正常对照组比未呈现明显差异的为FKN。（3）ChKs的表达消长存在一定的差异，感染4d后MIP－2等达高峰，随后下降；9d后出现MCP－1和RANTES表达上升峰；FKN在感染9d内表达较稳定。（4）亚急性早期、中期、中后期和晚期心肌组织ChKs表达谱有明显区别，各期ChKs表达谱中优势表达的ChKs分别为IP－10、IP－10、MCP－1、MCP－1。结论：VMC心肌组织ChKs呈成簇性方式改变，表达谱改变的复杂性可能与发病机制的复杂性有关，优势表达的ChKs可能在病毒性心肌炎发病中扮演着更重要的角色。     

芍甘多苷对四氯化碳亚急性肝损伤大鼠肝脏基因表达谱的影响

目的 研究芍药甘草汤提取物芍甘多苷对四氯化碳(CC14)亚急性肝损伤大鼠血清转氨酶、肝脏病理及肝脏基因表达谱的影响.方法 60只SD大鼠完全随机分6组(n=10),即正常组、模型组、阳性对照组(联苯双酯100 mg/kg)和芍甘多苷低、中、高3个剂量组(88、264、528 mg/kg).采用CCl4诱发大鼠亚急性肝损伤,然后给予不同剂量的芍甘多苷灌胃,观察药物对血清丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、肝脏组织病理的影响;并运用基因表达谱芯片技术,研究其对肝脏基因表达谱的影响.结果 与模型组比较,芍甘多苷高、中剂量灌胃给药均能显著降低CCl4亚急性肝损伤大鼠血清ALT[ (218.37± 114.59,234.59± 109.33) U/L比(389.12±142.57) U/L,P＜0.05];且高剂量芍甘多苷可以显著降低肝脏组织学评分(2.42±0.52比3.92±0.84,P＜0.05).芍甘多苷能上调和(或)下调与肝损伤相关的多种基因的表达.结论 芍甘多苷有明显的肝脏保护作用,其机制与调节与肝损伤相关的多种基因的表达有关,是多靶点作用药物.     

人胎脑动脉发育相关基因表达谱的研究

目的:比较人胎儿脑动脉与成人脑动脉基因表达谱的差异，筛选与人胎脑动脉发育相关的差异表达基因。 方法:收集3例意外流产的胎儿（胎龄18-20周）及3例成人Willis脑动脉环及主要分支，抽提组织中的总RNA，制备成生物素标记的cRNA探针后分别与Affymetrix U133A基因芯片杂交，扫描杂交信号并用专用软件分析杂交结果，筛选出在两种组织中差异表达的基因。随机选择3个差异表达基因，用荧光定量RT-PCR验证。 结果:在所检测的总共 22 215 个基因中，胎儿脑动脉与成人脑动脉相比，表达水平相差2倍、3倍、4倍、5倍以上的基因分别有935个、302个、177个、110个；在表达水平相差5倍以上的基因中，32个基因在胎儿脑动脉中高表达，78个基因在胎儿脑动脉中低表达。基因功能分类显示：25个基因与细胞信号转导和通讯有关，16个基因与细胞外基质和细胞骨架有关，与细胞防御反应有关的基因有14个，转录因子10个，另外有45个为未分类或功能未知的基因或表达序列标签（EST）片段。 结论:人胎脑动脉的正常发育受到众多基因的调控，研究这些基因的功能可能有助于认清脑动脉瘤等脑动脉发育相关性疾病的发病机制。     

大鼠急性肝衰竭肝脏的基因表达分析

目的 从基因转录水平了解急性肝衰竭( AHF)发生的基因组学基础. 方法 36只SD成年大鼠分为模型组和对照组,模型组采用CCl4(4ml/kg)一次性灌胃法建立大鼠AHF模型,于建模3、6、12、24、48和72h时采集血清,检测谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、碱性磷酸酶(ALP)、总蛋白(TP)、总胆红素(TBIL)等生化指标,并固定肝脏组织制作成石蜡切片,进行HE染色分析.用大鼠Genome 230 2.0芯片检测上述时间点肝脏细胞的基因表达谱,用系统生物学方法分析基因表达谱预示的生理活动. 结果 发现1 022个基因与大鼠AHF发生相关.其中,建模3、6、12、24、48、72h时有意义表达的基因数分别为131、302、350、539、349、177,有意义表达上调、下调和上下调的基因总数分别为634、382和6.用生物信息学和系统生物学等方法分析肝脏细胞基因表达谱与AHF发生的相关性,结果表明,AHF发生共涉及23种生理活动变化.其中,基因转录、糖类、脂类等代谢、内环境稳定、细胞增殖、生长、建成、迁移等8种生理活动增强.信号转导、核酸、有机酸、毒物等代谢、氧化还原、细胞黏附等6种生理活动减弱.炎症反应、细胞分化、发育等生理活动在AHF发生前期增强,后期减弱. 结论 AHF发生与多种基因表达变化和多种生理活动改变密切相关.     

人脑星形细胞瘤纤溶酶原激活抑制因子1基因表达研究

目的研究人脑星形细胞瘤纤溶酶原激活抑制因子１（ＰＡＩ１）基因表达及其临床意义。方法采用Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交和免疫组化ＡＢＣ方法检测３６例人脑星形细胞瘤ＰＡＩ１ｍＲＮＡ和蛋白表达，分析其与临床病理因素之间的关系。结果所有星形细胞瘤组织均可表达３．０ｋｂ和２．２ｋｂ的ＰＡＩ１ｍＲＮＡ转录物；高分级星形细胞瘤ＰＡＩ１ｍＲＮＡ表达水平显著高于低分级星形细胞瘤（Ｐ＜００１）；正常脑组织未检测出ＰＡＩ１ｍＲＮＡ表达。ＰＡＩ１ｍＲＮＡ表达水平与星形细胞瘤的坏死（ｒ＝０．５１，Ｐ＜０．０１）、微血管数（ｒ＝０．３３，Ｐ＜０．０１）及脑水肿（ｒ＝０．２７，Ｐ＜０．０１）呈显著正相关，与患者性别、年龄及瘤体大小无显著相关性。免疫组化染色显示，ＰＡＩ１蛋白主要分布在高分级星形细胞瘤的瘤细胞和内皮细胞，尤以血管增殖部位和坏死灶周围较为显著，低分级星形细胞瘤呈低水平表达。结论ＰＡＩ１基因表达与人脑星形细胞瘤的分级、坏死、血管生成及脑水肿密切相关，可作为星形细胞瘤恶性程度的分子标记。     

Microarray-based identification of age-dependent differences in gene expression of human dermal fibroblasts

Senescence is thought to play an important role in the progressive age-related decline in tissue integrity and concomitant diseases, but not much is known about the complex interplay between upstream regulators and downstream effectors. We profiled whole genome gene expression of non-stressed and rotenone-stressed human fibroblast strains from young and oldest old subjects, and measured senescence associated β-gal activity. Microarray results identified gene sets involved in carbohydrate metabolism, Wnt/β-catenin signaling, the cell cycle, glutamate signaling, RNA-processing and mitochondrial function as being differentially regulated with chronological age. The most significantly differentially regulated mRNA corresponded to the p16 gene. p16 was then investigated using qPCR, Western blotting and immunocytochemistry. In conclusion, we have identified cellular pathways that are differentially expressed between fibroblast strains from young and old subjects.