肝硬化患者与健康人群唾液菌群的对比分析

目的 分析肝硬化患者（LC组）与健康人群（N组）唾液菌群丰度及多样性的差异，为后续研究提供参考。方法 收集45例肝硬化患者和44例健康人群唾液样本，应用高通量测序技术进行测序分析，对有效序列进行物种注释及多样性分析。结果 共获得7 729 352条有效序列，平均每个样本获得有效序列86 847条。两组人群唾液样本内菌群丰度及多样性差异无统计学意义（均P>0.05）；而唾液菌群结构差异有统计学意义（F=20.13,P<0.01）。肝硬化患者口腔中厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）、梭杆菌门（Fusobacteriota）相对丰度较高，而在健康人群口腔中变形菌门（Proteobacteria）相对丰度较高（均P<0.05）。结论 肝硬化患者与健康人群唾液菌群结构有差异，肝硬化患者相较于健康人群可能更易患龋病、牙周炎。重视口腔健康，防治口腔菌群失调对肝硬化的治疗具有重要意义。     

幽门螺杆菌感染对舌苔菌群的影响

目的 探讨慢性萎缩性胃炎患者和慢性浅表性胃炎患者胃内幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染与舌苔菌群的关系。方法 根据61名患者内镜、病理和H.pylori检测结果,将其分成慢性萎缩性胃炎H.pylori阳性组(12名)、慢性萎缩性胃炎H.pylori阴性组(16名)、慢性浅表性胃炎H.pylori阳性组(8名)和慢性浅表性胃炎H.pylori阴性组(25名)。采集舌苔样本进行16S rRNA基因测序,分析各组患者舌苔菌群结构。结果 16S rRNA基因测序结果显示,此次测序样本数据量足够,样本所含物种的丰富程度和均匀程度合理。4组舌苔菌群样本中Observed species指数差异有统计学意义(H=10.023 3,P<0.05)。门水平上,舌苔菌群由拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门3大优势菌门组成。属水平上,4组间共有11种菌属的丰度差异有统计学意义(均P<0.05)。在慢性萎缩性胃炎患者中,H.pylori阳性的患者拟普雷沃菌属相对丰度显著低于H.pylori阴性患者,而罗氏菌属的相对丰度则显著升高。此外,61例舌苔菌群样本中,仅1例...     

胃微生物菌群与幽门螺杆菌感染的胃贲门腺癌发病相关性分析

目的研究胃微生物菌群与胃贲门腺癌发病的相关性。方法选择2016年4月-2018年4月在本院就诊的胃贲门腺癌(GCA)患者109例。患者均经病理科组织病理确诊为GCA。对照组为健康人群100例,根据有无H.pylori检出将对照组和GCA组患者分为有H.pylori和无H.pylori感染,其中对照组H.pylori检出19例,未检出81例,GCA组H.pylori检出53例,未检出56例。用胃镜采集贲门胃黏膜,置于无菌冻存管放入液氮中保存,使用16SrRNA的方法进行胃黏膜微生物检测。结果 GCA组患者幽门螺杆菌(H.pylori)感染例数明显高于对照组,无论有无H.pylori感染的对照组人群中,丰度较高的菌属是不动杆菌(Acinetobacter),罗斯氏菌(Rothia),嗜血杆菌(Haemophi-lus),拟杆菌(Bacteroides),链球菌(Streptococcus),韦荣球菌(Veillonella),普氏菌(Prevotella)。无H.pylori组内,GCA组样本中普氏菌(Prevotella)、瓦氏菌(Shewanella)、盐单胞菌(Halomonas)丰度明显高于对照组,有H.pylori组内,GCA组样本中普氏菌(Prevotella)、瓦氏菌(Shewanella)、盐单胞菌(Halomonas)、卟啉单胞菌(Porphyromonas)、梭杆菌(Fusobacterium)丰度明显高于对照组,不动杆菌(Acinetobacter)明显低于对照组。有H.pylori的GCA组样本中普氏菌(Prevotella)、瓦氏菌(Shewanella)、盐单胞菌(Halomonas)、卟啉单胞菌(Porphyromonas)、梭杆菌(Fusobacterium)丰度明显高于无H.pylori的GCA组,不动杆菌(Acinetobacter)明显低于无H.py-lori的GCA组。结果还发现GCA与普氏菌(Prevotella)、瓦氏菌(Shewanella)、盐单胞菌(Halomonas)、卟啉单胞菌(Porphyromonas)、梭杆菌(Fusobacterium)正相关,与不动杆菌(Acineto-bacter)负相关。结论 GCA患者胃内菌群数量和分布与健康人群存在明显差异,H.pylori可能影响胃内菌群结构在GCA发病中发挥作用。     

首发抑郁症患者肠道菌群特征及其与健康人群肠道菌群结构的差异

目的 比较首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群的差异,探讨抑郁症患者肠道菌群和抑郁症状间的关系,为抑郁症的发病机制研究及治疗提供一定的理论依据。方法 选择2019年10月至2020年9月我院收治的首发抑郁症患者及健康人群为研究对象,分为抑郁组（n=23）和健康组（n=31）。对研究对象肠道菌群16S rRNA基因中V4-V5区域片段进行基因测序,使用汉密尔顿抑郁量表对两组对象抑郁症状进行评估。检测两组对象肠道菌群α多样性、β多样性和组间差异。结果 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性差异无统计学意义（均P>0.05）。两组对象肠道拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。两组对象芽胞杆菌目等的相对丰度差异有统计学意义（P<0.05）。在属水平和种水平上,两组对象分别有28个菌属和40个菌种的丰度差异有统计学意义（均P<0.05）。LEfSe分析显示,拟杆菌科、艾克曼菌科等10种菌科是造成两组对象肠道菌群差异的主要细菌。结论 首发抑郁症患者与健康人群肠道菌群多样性未发现显著差异,但抑郁症患者肠道菌群结构与健康人群相比发生了改变,主要体现在拟杆菌...     

幽门螺杆菌感染对正常胃部菌群多样性和组成的影响

目的通过高通量测序分析,探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)感染在正常胃部菌群多样性和组成中的差异。方法选择2017年10月-2018年1月在本院就诊的胃镜体检受试者40例,其中H.pylori阳性20例,阴性20例,均无阳性体征,收集胃液样本行胃部菌群MiSeq高通量测序分析。结果 H.pylori感染组α-多样性指数Shannon(t=-6.690,P0.001)和Simpson(t=-3.673,P=0.002)显著改变,显示胃部菌群多样性降低;菌群丰富度指数如PD Whole tree(t=-2.282,P=0.008),Chao1(t=-2.173,P=0.036)和Observed species(t=-2.627,P=0.012)在H.pylori阳性受试者中显著降低;β-多样性指数PCA分析可显著区分两组,结果显示H.pylori感染胃部菌群显著改变。LEfSe组成差异分析发现,胃部菌群组成亦发生了显著改变,H.pylori感染阳性组中变形菌门细菌显著升高,而厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门等显著降低;在属水平上,螺杆菌属(Helicobacter)、盐单胞菌属(Halomonas)、希瓦内拉菌属(Shewanella)和葡萄球菌属(Staphylococcus)等显著富集,而普氏菌属(Prevotella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽胞杆菌属(Bacillus)等显著降低(LDA2,P0.05)。PiCRUSt菌群功能预测分析发现,H.pylori阳性的胃部菌群细菌分泌系统、脂多糖合成蛋白、脂多糖合成、细菌毒素、癌症信号通路的表达显著升高,而氨基酸代谢通路显著降低,这与胃癌的发生发展具有密切的联系。结论 H.pylori感染是影响正常胃部菌群多样性和组成的重要因素,这些改变可能与胃癌发生发展及预后密切相关。     

胃息肉患者胃液菌群结构分析

目的分析幽门螺杆菌(H.pylori)在胃息肉患者中的感染情况,利用高通量测序技术分析胃息肉患者的胃液菌群组成,探究整体菌群变化与息肉发生的关系。方法收集7例胃息肉患者的胃液(GP组),7例胃体黏膜未见异常体检者胃液为对照组(C组),统计H.pylori感染情况。提取细菌总DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因的V3-V4高变区测序,分析比较菌群结构。结果 (1)7例胃息肉患者中5例H.pylori阳性,H.pylori感染率为71.4%;对照组与胃息肉组H.pylori感染率无差异。(2)两组之间菌群α多样性差异无统计学意义,β多样性有显著区别。门水平上,两组之间菌群差异无统计学意义;属水平上,胃息肉组胃液奈瑟菌属(P0.05)、嗜血杆菌属(P0.05)、Parvimonas属(P0.05)比例显著增加。结论胃息肉患者胃液菌群发生紊乱,以奈瑟菌属、嗜血杆菌属、Parvimonas属显著增加为特征。     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

不同程度口源性口臭患者口腔菌群分析CSCD

目的收集不同程度口源性口臭(IOH)患者和健康者的唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本,探讨其口腔菌群组成差异。方法随机选取于2017年6月至2022年6月以口臭为主诉就诊于新疆医科大学第一附属医院门诊的7例IOH患者和于健康管理中心体检的3例健康者,按照口气值分为轻度IOH组(H1组)、中度IOH组(H2组)和口气正常组(C组)。采集3组人群唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本。采用16S rDNA测序对微生物群进行分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。结果仅IOH患者唾液菌群多样性明显高于健康者,且H2组高于H1组(P<0.05)。Adonis分析显示,唾液和舌苔菌群组间差异显著(P<0.05),而颊黏膜和颚黏膜菌群组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,H1组唾液和舌苔中梭杆菌属(Fusobacterium)相对丰度相比其他两组最高。LEfSe分析显示,H2组唾液中嗜血杆菌属(Haemophilus)和AF12,舌苔中奇异菌属(Atopobium)和巨球型菌属(Megasphaera)为主要优势菌。结论口腔菌群多样性增高可能是口臭加重的早期改变;唾液和舌苔菌群结构变化可能与IOH程度相关;梭杆菌属、嗜血杆菌属、AF12、奇异菌属和巨球型菌属可能是IOH加重的标志菌属。     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

目的 探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。结果 非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t=3.987、 4.000、 3.703,均P<0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种...     

基于16S rDNA测序技术分析功能性便秘患者粪便菌群

目的 运用16S rDNA测序技术分析功能性便秘（FC）患者粪便菌群特征,以期寻找FC特征菌,为FC诊治寻找新的治疗靶点。方法 收集福建中医药大学附属第二人民医院60例实验组（FC患者）和30例正常组的粪便,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群结构,并进行基因功能的预测。结果 两组在门水平上,主要由厚壁菌门和拟杆菌门组成;在属水平上,主要优势菌以粪杆菌属和拟杆菌属为主。实验组粪便菌群丰富度指数Chao1、Observed＿OTUs较正常组升高（P<0.05）,多样性指数Shannon指数和Simpson指数虽有上升趋势,但差异无统计学意义（P> 0.05）。布劳特菌属、罗氏菌属、 Ruminococcus＿gnavus＿group、Ruminococcus＿gauvreauii＿group、Eubacterium＿hallii＿group、Anaerostipes、Lachnospiraceae＿ND3007＿group、Dorea、乳球菌属在实验组中丰度均显著降低（P<0.01）。实验组特征菌为小杆菌属,正常组为布劳特菌属和埃希菌-志贺菌属。实验组蔗糖降解Ⅲ（P...     

宫颈上皮内瘤变与宫颈微生物群落结构的相关性

目的分析宫颈上皮内瘤变与宫颈微生物群落结构的相关性。方法选取2017年1月至2018年10月于我院就诊的253例女性进行回顾性分析,根据是否患有宫颈上皮内瘤变分为CIN组(86例)及对照组(167例)。采集纳入对象的宫颈菌群并提取细菌基因组DNA,对细菌16S rRNA V3、V4区片段进行PCR扩增,并采用Illuminate Miseq测序平台对PCR产物进行测序,分析两组对象宫颈微生物群落结构,并分析患者宫颈微生物群落结构与宫颈上皮内瘤变的相关性。结果两组对象宫颈微生物群落的Simpson指数及Shannon指数比较差异无统计学意义(t=1.474、1.636,P0.05),而CIN组的Chao指数及ACE指数均高于对照组(t=9.213、10.420,P0.05)。16S rRNA分析显示放线菌是宫颈部位的主要菌群。CIN组女性宫颈微生物群落中放线菌、奇异菌属、放线菌门、阴道奇异菌及奇异变形菌占主要优势(LDA4log10),对照组中杆菌、厚壁菌门等占主要优势。Spearman相关分析示卷曲乳杆菌、惰性乳杆菌、格氏乳杆菌、詹氏乳杆菌与宫颈上皮内瘤变呈负相关,而加特纳菌、阴道奇异菌、普雷沃氏菌、粪球菌与宫颈上皮内瘤变呈正相关(均P0.05)。结论 CIN女性宫颈菌群与健康女性存在明显差异,其中卷曲乳杆菌、惰性乳杆菌、格氏乳杆菌、詹氏乳杆菌与宫颈上皮内瘤变呈负相关,而加特纳菌、阴道奇异菌、普雷沃氏菌、粪球菌与宫颈上皮内瘤变呈正相关。     

应用16S rDNA测序法探讨半夏泻心汤对多囊卵巢综合征肠道菌群的影响

目的 利用16S rDNA测序技术探讨健康与痰湿壅盛型多囊卵巢综合征（PCOS）性激素水平和肠道菌群结构差异以及半夏泻心汤的干预效应。方法 选取24例痰湿壅盛型PCOS患者和同期健康女性20例,初诊留取血清和粪便标本,对PCOS患者给予半夏泻心汤治疗6个月经周期后再留取血清和粪便标本,放射免疫法检测血清性激素水平、抗苗勒管激素,采用16S rDNA扩增子测序技术对粪便标本中肠道菌群行OTUs聚类分析和物种分类分析。结果 与健康女性比较,PCOS患者存在高黄体生成素（LH）和高睾酮（T）状态,肠道的拟杆菌门和变形菌门相对丰度下降,厚壁菌门和放线菌门相对丰度升高,拟杆菌属、瘤胃球菌属、双歧杆菌属、乳酸杆菌属和阿克曼菌属相对丰度下降（P<0.05）,普氏菌属、毛螺菌属和柔嫩梭菌属升高（P<0.05）;与PCOS组比较,半夏泻心汤中药组能明显降低PCOS患者血清LH、T和LH/FSH（卵泡刺激素）比值（P<0.05）;上调拟杆菌门、变形菌门、拟杆菌属、瘤胃菌属、乳酸杆菌属、阿克曼菌属和萨特菌属相对丰度（P<0.05）,下调厚壁菌门、放线菌门、普氏菌属、毛螺菌属和柔嫩梭菌...     

幽门螺杆菌感染对过敏性紫癜患儿的影响

目的探讨幽门螺杆菌(H.pylori)感染对过敏性紫癜(henoch-schonlein purpura, HSP)患儿肠道菌群、疗效及疾病复发情况的影响。方法选取2017年1月至2018年6月我院收治的100例HSP患儿作为观察组,同时随机选取同时段于我院体检的100例健康儿童作为对照组。采用13C同位素呼吸试验法检测H.pylori感染情况,根据H.pylori感染情况进一步将观察组患儿分为感染组和非感染组。收集观察组患儿粪便样本,采用Illumina MiSeq平台对患儿肠道菌群的16S rRNA V4序列进行测序,分析肠道菌群组成,同时分析患儿疗效及疾病复发情况与H.pylori感染的关系。结果观察组患儿H.pylori感染率显著高于对照组(47.00%vs 30.00%,χ²=6.100,P=0.015)。治疗后非感染组患儿有效率明显高于感染组(92.45%vs 78.72%,χ²=3.900,P=0.048),复发率显著低于感染组(24.53%vs 44.68%,χ²=4.510,P=0.034)。感染组和非感染组患儿肠道菌群多样性差异无统计学意义,但在门、科水平上肠道菌群结构相对丰度差异有统计学意义。非感染组患儿肠道厚壁菌门、放线菌门相对丰度显著高于感染组,同时其拟杆菌科、瘤胃菌科、链球菌科、双歧杆菌科、巴斯德菌科相对丰度也显著高于感染组(均P<0.05)。结论 H.pylori感染与儿童HSP的发生存在一定相关性。H.pylori感染可影响HSP患儿肠道菌群组成,同时降低疾病治疗效果以及增加复发风险。     

基于高通量测序的缢蛏及其养殖池塘菌群结构的季节变化

为探究缢蛏养殖过程中养殖环境和缢蛏体内的细菌群落结构季节变化特征及其与环境因子的相关性,采用高通量测序技术对缢蛏养殖池塘的水体、沉积物及缢蛏内脏团细菌菌群进行了研究.结果表明: 水体中冬季的细菌菌群结构与其他3季差异显著,沉积物和缢蛏内脏团4季的细菌菌群结构均无显著差异.水体各季节细菌群落的Shannon多样性指数无明显差异,沉积物及缢蛏内脏团细菌群落Shannon多样性指数夏季最低,冬季最高.门水平上,蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门为水体的优势菌群;变形菌门、绿弯菌门和拟杆菌门为沉积物的优势菌群;柔膜菌门和变形菌门为缢蛏内脏团的优势菌群.属水平上,水体冬季的优势菌属为NS3a_marine_group,而其余3季为聚球藻属;沉积物优势菌属为厌氧绳菌科下的一类菌属norank_f_Anaerolineacea和硝化螺旋菌属;内脏团优势菌属为支原体属和弓形菌属.环境因子与菌群的相关性分析表明: 水体的优势菌属聚球藻属与水温、化学需氧量(COD)、PO₄^--P、NH₄⁺-N、pH和透明度呈正相关;沉积物的优势菌属厌氧绳菌科菌属norank_f_Anaerolineacea与COD、水温、总磷呈正相关;缢蛏内脏团的优势菌属支原体属与水温、pH、NH₄⁺-N、PO₄^--P和透明度呈正相关.这表明不同季节的缢蛏养殖池塘及缢蛏体内细菌群落结构及多样性差异较大,水体细菌菌群受养殖环境的影响明显,尤其是水温及氮磷含量.     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的改变

目的比较健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的差异,分析肺炎支原体感染对儿童口咽部菌群变化的可能影响。方法采用高通量测序技术,对30例肺炎支原体肺炎患儿及30例健康儿童16SrDNA进行测序分析,比较两组间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构差异。结果健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿在性别、年龄、抗生素使用等方面差异无统计学意义。肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低。在门水平上,Proteobacteria(变形菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)和Fusobacteria(梭杆菌门)在健康儿童中相对丰度显著高于肺炎支原体肺炎患儿组,而Firmicutes(厚壁菌门)、Tenericutes(柔膜菌门)和Actinobacteria(放线菌门)在肺炎支原体肺炎患儿组中相对丰度均显著高于健康儿童组;在属水平上,两组排在相对丰度前10位的属差异具有统计学意义,共有6个属在肺炎支原体肺炎患儿中显著增加,分别为Staphylococcus(葡萄球菌)、Actinomyces(放线菌属)、Acinetobacter(不动细菌属)、Atopobium(阿托波菌属)、Corynebacterium(棒状杆菌)和Abiotrophia(营养缺陷菌属)。结论肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群存在明显的改变,其口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低,在门、属水平肺炎支原体肺炎患儿与健康儿童差异均有统计学意义。     

慢性萎缩性胃炎患者舌苔菌群的 特异性菌属分析

目的通过对慢性萎缩性胃炎患者和正常人舌苔菌群的分析,寻找两者之间的差异菌属。方法研究分为两组:慢性萎缩性胃炎患者组(30例,CAG组,主要为薄白苔)和正常人舌苔组(30例,HC组,均为薄白苔),采用16S rRNA基因测序技术对舌苔的菌群进行研究。结果 (1)测序片段总长度约为253bp,片段有效率在90%左右。(2)正常组与慢性萎缩性胃炎组的群落组成在PCA图中各自汇聚成群,差异比较明显。(3)按照系统分类学的方法,采用LEfSe多级物种差异判别分析来寻找阶元系统(门、纲、目、科和属)上的差异菌,发现共有13种差异菌。慢性萎缩性胃炎在纤毛菌属、韦荣球菌属中的含量显著增加(P0.05);链球菌属的含量显著降低(P0.05)。(4)为了进一步寻找阶元系统中属水平的差异菌属,我们采用T-test统计分析法。结果表明慢性萎缩性胃炎组在韦荣球菌属、纤毛菌属、普氏菌属、罗思菌属、口腔杆菌属、口腔毛绒厌氧杆菌、Solobacterium和一种未确认种属的细菌其含量都显著增加(P0.05),而链球菌属的含量显著降低(P0.05)。结论从舌苔样本微生态测序中发现,慢性萎缩性胃炎患者的舌苔菌群发生变化,微生物的代谢产物可能与炎症相关,这些口腔微生物的变化可能成为某些全身疾病,尤其是消化系统疾病的微生物学指征。     

宜春温泉水体与泉底沉积物细菌多样性分析

研究宜春富硒温泉水体与泉底沉积物的细菌群落多样性。利用高通量测序技术分析泉水与沉积物中细菌群落结构与多样性。温泉水中主要的细菌类群为变形菌门和拟杆菌门,而在沉积物样品中的主要优势菌群为OP1、蓝细菌、浮霉菌门和绿弯菌门。细菌在属分类水平上,温泉水中优势菌群为不动杆菌属、假单胞菌属、水栖菌属、Thermosynechococcus、鞘脂杆菌属和金黄杆菌属等。沉积物样品细菌中优势菌群属于未知物种,在数据库中并没有相关的注释信息;其中已知的优势菌属为Candidatus acetothermum、Thermosynechococcus、亚热栖菌属、不动杆菌属。宜春温汤富硒温泉水体与沉积物中存在着丰富的微生物群落且组成差异性很大,该研究为了解与发掘温泉微生物菌种资源具有重要价值。