雌雄异株植物MADS-box基因密码子偏好性分析

为了解雌雄异株植物间MADS-box基因家族的密码子使用偏好性特点,以拟南芥为参照,利用Gen-Bank Feature Extractor,Codonw和CUSP等软件对已发表的雌雄异株植物MADS-box基因序列的密码子偏好性进行分析,发现拟南芥及雌雄异株植物中均偏好使用密码子第3位点为U和A的密码子.再运用SPSS11.5对拟南芥和雌雄异株植物的MADS-box基因密码子偏好性进行聚类分析,发现雌雄异株植物与拟南芥在MADS-box基因的密码子选择偏好方面的差异不显著.从而得出雌雄异株植物对MADS-box基因密码子偏好性不具有显著影响.     

锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析

为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、geneious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析。结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160 088 bp, GC含量为36.6%;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98%)>GC2(39.46%)>GC3(28.30%),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子。研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据。     

MUC1基因遗传多态性与密码子偏好性的生物信息学分析

为分析MUC1基因在物种间的遗传多态性和密码子偏好性, 本文运用生物信息学方法对来自普通牛、印度牛、冈比亚按蚊、褐家鼠、野猪、人这6个物种的32条MUC1完全编码区域序列进行分析. 结果表明, MUC1基因具有丰富的遗传多态性, 且它的遗传多态性在种间大于种内;MUC1基因在GCT等27个密码子的使用上具有偏好性, 尤其在GGC、CCA、TGA上偏好性较强.     

天山雪莲叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析天山雪莲叶绿体(cp)基因组密码子使用偏倚的一般模式和影响因素,为提高转基因植物外源基因的表达效率以及了解药用植物雪莲的基因功能研究提供了理论基础。利用生物信息学方法从雪莲叶绿体基因组中筛选出50条长度大于300 bp且以ATG为起始的蛋白编码基因为对象,找出导致密码子偏倚的影响因素。结果表明：第三位的GC平均含量为27.70%,有效密码子数(ENC)变化范围35.59～57.43之间;同义密码子相对使用度(RSCU)>1的密码子有30个,其中29个以A/U结尾;中性绘图显示GC₃和GC₁₂的相关系数为0.062,相关性不显著,回归曲线斜率为0.094 6;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.1～0.1区间的基因有37个,大部分基因沿抛物线轨迹分布,但也有几个低ENC的基因分布于曲线下方;奇偶偏好图(PR2-plot)分析显示,第3个碱基的密码子使用不平衡;对应分析结果表明,第1轴贡献率为17.61%,第2、3、4轴贡献率分别为11.59%、7.97%和5.8%,且第1轴与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)呈...     

牦牛INHBA基因的克隆及序列分析

根据GenBank检索到的普通牛的INHBA基因序列设计一对特异性引物,以牦牛卵巢组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术对牦牛INHBA cDNA进行克隆测序和序列分析.结果表明:扩增片段1360bp,包含1277bp的编码区,编码426个氨基酸.与普通牛相比,牦牛INHBA基因编码区存在2处碱基转化.牦牛与普通牛、绵羊、人、鼠和猪的核苷酸序列同源性分别为99.84%、97.97%、91.41%、87.79%、91.94%,氨基酸序列同源性分别为99.53%、98.82%、95.77%、93.88%、93.88%.蛋白质结构分析显示,INHBA蛋白不易形成α螺旋和跨膜结构,是相对保守的疏水性蛋白.     

人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分

在人类cDNA序列确定全长基因的过程中，必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子，在总结了这二类密码子上下文共有序列特征，周期性，密码子的碱基偏向性，以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上，从模式识别的角度出发，将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类，应用费歇线性判别法进行分类器的设计，并对分类器的错误率进行估计，表明在这些特征下，这二类密码子可以区分，以此分类器的判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子，其准确率可达75％。     

用信息论方法研究几类核酸序列的密码子使用与基因表达…

研究了Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ，Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ和Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｙｅａｓｔ三类核酸序列的密码子使用频率与基因表达水平的关系，依照每一基因中最适密码子、非最适密码子和稀有密码子出现的概率，计算其信息熵Ｅ。首先，发现Ｅ与ＣＡＩ值保持了很好的线性关系，且三类序列的线性拟合方程非常接近，因此，用信息熵Ｅ作为描述基因表达水平的物理量是合适的；其次，三类序列的Ｅ－Ｐ（Ｅ     

蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

不同基因组中同义密码子重复序列的分析与比较

以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.     

玉米同义密码子分析

利用现有的玉米基因组数据库数据,使用Codon w软件对筛选得到的29657个有效基因进行同义密码子使用的多变量分析.结果表明:在玉米中发现23个最优密码子,并且密码子第3位碱基呈现出明显的GC偏性.表明基因的GC含量直接影响玉米的密码子使用频率,同时片段长度越短,其最优密码子的使用频率越高.23个最优密码子的确定对玉米的基因改造和基因育种提供了重要的参考依据.     

人类基因组1号、X、Y染色体CDS区多态性统计分析

依托GenBank数据库资源,分别对1号、X、Y染色体上CDS区的SNPs分布、类型和密度进行了初步分析。统计结果发现,AG(GA)和CT类型占优,分别各占30%以上;类型AC、AT、GT和CG统计频率在相同的数量级上,分别各占8%左右;并且这种分布频率不会随不同的染色体而变化。但是,SNPs在不同染色体上基因内的分布差异大。SNPs在Y染色体上的密度最小,在1号染色体上的密度最大。一般来说,SNPs的分布位置主要集中在内含子区,但是,在Y染色体上,外显子区的SNPs频数明显升高。     

海外市场的中国信用违约互换息差定价实证研究

我国信用违约掉期在漫长的筹备期后于今年11月初破茧而出,但目前仅还处于试点阶段。然而海外市场上基于我国公司的信用合约发展已久而相对成熟。本文首次从实证角度探索信用违约掉期合约的行业定价标准在我国市场的适用性。本文首先应用通用的定价公式——CreditGrades结构化模型计算以我国上市公司为连结主体的信用违约互换理论息差,通过和实际息差进行对比分析,发现投资者主要通过H股信息为该类产品定价,而非A股;主权信用息差是主要定价影响因素;国际标准不适用于我国市场。     

家庭自制牦牛酸奶中脂肪酸组成的分析

用气相色谱-质谱联用仪分析了牧民家庭自制牦牛酸奶以及牦牛奶中脂肪酸的组成及共轭亚油酸的含量.结果显示:牦牛酸奶和牦牛乳中检测到14种主要的脂肪酸,相对比例高的包括豆蔻酸、棕榈酸、油酸和硬脂酸,占总脂肪酸比例的90%以上.牦牛酸奶中总不饱和脂肪酸的比例为31.7%,共轭亚油酸含量为0.981±0.481mg/g,高于普通牛乳和酸奶.牦牛酸奶与牦牛奶中各种脂肪酸的比例基本接近.提示在酸奶制作过程中对脂肪酸组成的影响不大.     

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率（RFSC），并根据RFSC值筛选出高频密码子，将高频密码子分析法筛选出的酵母Y.lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较，证实高频密码子分析法的可靠性。应用高频密码子分析法分析烟草的256个cDNA全序列，计算出同义密码子的相对使用频率，初步确定烟草的高频密码子， 为外源基因在烟草中的表达提供参考。     

碘化钠法提取牦牛基因组DNA的研究

目的,应用碘化钠法从牦牛全血中快速提取基因组DNA,并检验其效果.方法,使用碘化钠裂解血细胞,氯仿-异戊醇抽提DNA,乙醇沉淀DNA,紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳测定DNA的浓度和纯度.结果,提取DNA纯度的平均值1.58,浓度的平均值58.6 ng/μL,分子量大约23 kb,无RNA污染.结论,NaI法操作方便,所需设备简单,可从牦牛全血中快速抽提得到基因组DNA,但提取DNA的纯度偏低.     

牦牛胎盘活性因子生物学效应的研究

通过在培养基中加入不同浓度的牦牛胎盘粉饲养果蝇,研究牦牛胎盘活性因子对果蝇繁殖力和体重的生物学效应.结果表明:①牦牛胎盘活性因子对提高果蝇的繁殖力有显著作用,当牦牛胎盘粉浓度为0.6%时效果最显著;②牦牛胎盘活性因子对果蝇体重有影响.培养在牦牛胎盘粉浓度为2.4%培养基中的雄果蝇体重与对照组有显著差异,而培养在浓度为0.2%培养基中的雌果蝇体重与浓度为0.6%、1.2%、2.4%培养基中的雌果蝇体重有显著差异.     

对牦牛杂交改良的理论性研讨

通过对牦牛养殖业中现行的种间杂交种内不同亚种、品种间、品系间杂交改良的系统分析与研究,提出了适合于现行牦牛业杂交改良的发展思路及技术措施,为牦牛业的杂交与改良提供了科学依据和技术保障.     

牦牛分子育种的理论与实践

21世纪初,动物育种已迈入分子水平,朝着快速改变动物基因型的方向发展.本文在总结作者近年来对牦牛各种分子遗传标记研究成果的基础上,分析了RFLP、RAPD、AFLP、微卫星DNA、m tDNA等分子遗传标记在牦牛遗传育种研究中的应用以及牦牛功能基因的研究现状,进而探讨了牦牛分子育种的理论和实践,以便为今后在牦牛生产中进一步地开展分子育种提供理论依据.     

牦牛牛皮蝇驱避剂的合成及筛选

合成和筛选出一种对牦牛牛皮蝇有良好驱避效果化合物,它或是扰乱牛皮蝇的知感器官或是作为一种警戒信息素迫使牛皮蝇不敢靠近牛体,从而阻断牛皮蝇在牛体上产卵或攻击牛体,破坏其生活史.从而达到防治牛皮蝇蛆病的目的。我们将合成和筛选的40个芳香系列化合物,分别放入笼中,观察不同时间和次数牛皮蝇对已知驱避剂的反应,以便从中寻找对牦斗牛皮蝇驱避效果更好的化合物。     

青海环湖型牦牛脾脏的形态观测

对青海环湖型牦牛脾脏的解剖观测表明,脾脏位于左季肋部瘤胃背囊左前背侧,呈脏面略凹,壁面稍凸,背侧端略宽,腹侧端稍窄的扁平长椭圆形。脾门位于背侧端的脏面近前缘处。脾脏长、宽、厚度分别为(52 11±4 18)cm,(13 26±1 17)cm、(1 29±0 28)cm,脾脏平均重(553 31±80 25)g,占体重的0 30%。