基于网络药理学探讨甘草-枳壳活性成分抗乳腺癌作用机制

目的:基于网络药理学进行数据挖掘,探讨甘草-枳壳的抗乳腺癌的潜在活性成分和可能作用机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选的甘草-枳壳活性成分与药物数据库Therapeutic Target Databas(TTD)数据库检索的乳腺癌靶点进行了对比分析,归纳总结出甘草-枳壳中活性成分抗乳腺癌作用的主要潜在靶点,利用Cytoscape 3. 7. 1软件构建甘草-枳壳活性成分-靶点-疾病网络并进行分析。结果:根据类药性(DL)及口服生物利用度(OB)相关条件筛选获得甘草-枳壳活性成分-乳腺癌靶标网络图,该网络总共包括133个节点,化学成分116个,乳腺癌药物靶点有17个;与乳腺癌药物靶点相互作用的甘草活性成分有109个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳活性成分有6个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳、甘草共有的活性成分有1个;网络图中有400个乳腺癌靶点-相互作用靶标对。结论:甘草-枳壳抗乳腺癌作用的发挥是基于多成分、多通路和多靶点的整体药效效应,挖掘了抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学探讨甘草泻心汤复方成分治疗口腔溃疡的作用机制

目的：运用网络药理学的方法探讨“甘草泻心汤”复方成分治疗口腔溃疡的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选甘草泻心汤所含六味中药半夏、黄连、黄芩、干姜、大枣、甘草含有的活性成分及作用靶点,利用GeneCards数据库收集口腔溃疡相关靶点基因;使用VENNY 3.0软件构建韦恩图,得到甘草泻心汤治疗口腔溃疡的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建与分析;基于STRING数据库进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：获得“甘草泻心汤”复方所含六味中药共66个活性成分和256个有效靶点;口腔溃疡疾病4 182个靶点,获得191条GO生物过程和174条相关信号通路,涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、前列腺癌信号通路等。结论：“甘草泻心汤”复方可能通过调控血红素结合水平、聚合酶水平,提高信号受体激活剂活性、核受体活性、配体转录因子的相互作用等来治疗口腔溃疡...     

基于网络药理学研究覆盆子活性成分抗肿瘤作用机制

目的?采用网络药理学挖掘覆盆子抗肿瘤主要活性成分的作用靶点，探讨其多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法?通过TCMSP数据库，结合口服生物利用度（OB30%）和类药性（DL0.18）参数，筛选覆盆子的活性成分；登录PharmMapper服务器反向预测，利用Uniprot 数据库进行校正与转化，获得潜在作用靶点；比对CTD数据库筛选并整合得覆盆子抗肿瘤的潜在靶点；通过DAVID v6.8数据库进行GO富集和KEGG通路注释分析；采用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点”网络图、“核心成分-核心靶点-核心通路”网络图。结果?经筛选后得到覆盆子7个活性成分，63个潜在靶点，其中26条重要信号通路关联32个核心靶点，聚焦在5个核心成分，即谷甾醇、β-谷甾醇、覆盆子酸、鞣花酸、欧前胡素可能是覆盆子抗肿瘤的主要活性成分，而PI3K-Akt 信号通路、癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、原癌基因蛋白信号通路、胰岛素抵抗、Rap1信号通路可能是重要的通路。结论?覆盆子中富含的甾醇类、酚酸类、香豆素类等活性成分可能作用于PPP1CC、SHBG、MAP2K1、MAPK14、RXRB、ABL1、FABP7、SULT2B1、HPGDS等关键靶点，通过抑制肿瘤细胞增殖和分化、诱导肿瘤细胞凋亡，调节糖脂代谢、激素水平、炎症反应等发挥多成分-多靶点-多通路的抗肿瘤作用机制。     

基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制

目的：基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）搜索白及活性成分及药物靶点信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库查询消化性溃疡疾病的基因靶点信息。使用Perl软件、R语言、Cytoscape、STRING数据库、PMV-1.5.6软件进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,构建中药白及-活性成分-靶点-通路网络图。结果：从TCMSP数据库中筛选出9种白及活性成分,检索出223个白及靶蛋白,利用CMD分析出77个与消化性溃疡关系密切的靶蛋白。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库筛选出717个消化性溃疡靶点。利用Venny 2.1软件筛选,白及治疗消化性溃疡可能通过一氧化氮合酶2(Nitric Oxide Synthase 2,NOS2)、前列腺素氧化环化酶1(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase1,PTGS1)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、雄激素受...     

基于网络药理学的海蓬子活性成分抗糖尿病作用机制

目的利用网络药理学技术预测海蓬子抗糖尿病有效成分、潜在靶点及通路,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的抗糖尿病作用机制。方法通过查阅大量文献获取海蓬子内15种具有相关活性的化学成分信息,利用PharmMapper和Drug Bank数据库筛选海蓬子抗糖尿病的潜在靶点,采用MAS 3.0生物分子功能软件获取潜在靶点和通路的相关信息,最后采用Cytoscape软件构建海蓬子治疗糖尿病的"成分-靶点-通路"网络模型。结果海蓬子的15个成分可能是通过MAP2K1、MAPK、GSK3B、AKT等30个糖尿病相关靶点调控胰岛素、血管内皮生长因子、T细胞受体、FcεRI信号通路等72条信号通路,从而参与调节免疫、炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等过程来发挥治疗糖尿病及其并发症的作用,呈现出海蓬子"多成分-多靶点-多通路"的抗糖尿病作用机制。结论本研究为解析海蓬子复杂体系、阐释其抗糖尿病作用的科学内涵提供了新的思路和方法,为下一步其作用靶点及机制的验证实验指明了方向。     

黄芪活性成分抗衰老作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法探讨黄芪抗衰老的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得黄芪化学成分,以生物利用度(OB)、类药性(DL)为条件筛选主要活性成分;利用TCMSP和PharmMapper数据库预测黄芪活性成分靶点;在OMIM数据库和GeneCards数据库中输入关键词"aging",搜索与衰老相关的疾病靶点;借助Cytoscape 3.2.1软件构建"药物-疾病-靶点"的可视化网络;通过STRING网站构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点;通过CB-Dock网站对成分与靶点进行分子对接验证;应用DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选得到黄芪24个活性成分,对应385个作用靶点;筛选出衰老相关靶点23 997个,取交集得到黄芪与衰老相关靶点377个,其中核心靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Jun、白细胞介素-6(IL-6)、MAPK8、表皮生长因子受体(EGFR)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子(EGF)、骨髓细胞瘤病毒癌基因同源物(MYC)和白细胞介素-8(CXCL8);分子对接结果显示,黄芪活性成分与靶蛋白Akt1和MAPK1的结合能力较好;GO功能显著富集在氧化应激反应、活性氧代谢等生物过程;KEGG富集信号通路161条。结论:黄芪中黄酮和皂苷类化合物可能是其抗衰老的物质基础;黄芪可通过Akt1等靶点调节糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路发挥其抗衰老作用,为其深入研究提供参考。     

基于网络药理学探讨桔梗-甘草药对治疗咽炎的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨桔梗-甘草药对治疗咽炎的作用机制.方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)提取桔梗和甘草的有效成分及其相关作用靶...     

基于网络药理学的人参活性成分治疗阿尔茨海默病的作用机制研究

目的采用网络药理学方法探究人参治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选人参活性成分,并运用Swiss Target Prediction数据库、OMIM数据库和Disgent数据库查找人参成分的靶标蛋白,阿尔茨海默病的靶蛋白,运用Cytoscape 3.2.1软件构建并进行网络度分析,通过STRING数据库、Reactome FI和基因组百科全书(KEGG)进行通路分析。结果筛选得到人参治疗阿尔茨海默病可能通过MAPK信号通路发挥作用。结论预测出人参治疗阿尔茨海默具有多成分协同作用的特点,为其临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学的贯叶连翘抗抑郁活性成分作用机制研究

目的预测贯叶连翘主要活性成分抗抑郁作用靶点及信号通路,探讨贯叶连翘抗抑郁作用机制。方法通过文献检索等方法获取贯叶连翘主要活性成分,利用反向药效团匹配方法(DRAR-CPI)、文本挖掘工具(CooLGen)预测贯叶连翘抗抑郁的作用靶点,采用Cytoscape软件构建贯叶连翘活性成分-靶点网络并对网络进行拓扑分析;借助MAS3.0生物分子功能软件对靶点代谢通路进行分析,分析贯叶连翘抗抑郁作用机制。结果筛选得到贯叶连翘中13个活性成分,预测到29个潜在的与抑郁症相关的靶点;贯叶连翘可能通过参与调节肌动蛋白细胞骨架和轴突导向因子等起到改善神经元细胞的生长发育状况;通过调控MAPK、ErbB、VEGF、Wnt等信号通路发挥抗抑郁作用。结论初步揭示了贯叶连翘抗抑郁活性成分作用机制,为进一步的物质基础及作用机制研究提供了理论依据。     

基于网络药理学研究薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的作用机制

目的:基于网络药理学方法探究薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP数据库及文献挖掘筛选薄荷活性成分及其作用靶点,利用Genecards数据库获取慢性胆囊炎相关靶点,将慢性胆囊炎相关靶点与薄荷活性成分相关靶点进行匹配得到潜在治疗靶点。构建薄荷活性成分-潜在治疗靶点网络图、蛋白互作网络图,运用Metascape数据库对潜在治疗靶点进行生物学过程及信号通路分析,利用Dis Ge NET数据库对靶点所属的类型进行归属。结果:筛选得到薄荷15个活性成分,涉及40个潜在治疗靶点,主要参与对类固醇激素的反应、对酸性化学物质的反应、上皮细胞增殖等生物过程,共涉及13条信号通路。结论:薄荷活性活性成分可能通过调控EGFR、MYC、CASP3、CCND1、VEGFA、ERBB2、MDM2、ESR1、IL6、PPARG等靶点以及Pathways in cancer、prostate cancer、AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、PI3K-Akt signaling pathway等多个信号通路发挥薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的作用。     

基于网络药理学的半夏抗炎活性成分及作用机制研究

目的构建半夏抗炎的"成分-靶点-通路"网络,探究半夏可能活性成分及其潜在作用机制。方法通过文献和TCMSP数据库查找半夏化学成分,采用类药性(DrugLikeness,DL)以及口服生物利用度(Oral Bioactivity,OB)评估筛选活性成分;通过Drugbank、Pharmmappe数据库筛选半夏活性成分潜在靶点基因,通过GeneCards和MalaCards数据库得到炎症相关基因靶点;将活性成分的潜在靶点基因与炎症相关基因进行比对,得到半夏抗炎的潜在靶点基因;使用DAVID数据库对靶点基因功能进行GO富集,KOBAS 3.0数据库对相关通路进行KEGG通路注释;采用Cytoscape 3.6.1软件构建半夏抗炎作用的"成分-靶点-通路"网络;将筛选得到的部分活性成分和关键靶点进行分子对接。结果从半夏中共筛选出11个活性成分,涉及包括MAPK14、TEK、IGF1、AKT1等53个基因靶点,影响了与炎症相关的TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway及Ras signaling pathway等32条信号通路;分子对接试验结果显示,筛选得到的两个活性成分与关键靶点的结合能力与阳性药物接近。结论构建的"成分-靶点-通路"网络图揭示了半夏通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗炎作用,分子对接试验间接证实了网络药理学预测结果的可靠性与准确性。为进一步阐释半夏抗炎作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学的半枝莲抗肿瘤活性成分及整合作用机制研究

目的利用网络药理学方法探索半枝莲抗肿瘤的活性成分和分子作用机制。方法采用类药五原则筛选活性成分,经分子对接获得半枝莲活性成分的靶蛋白并于CTD数据库中获得靶点相对应的疾病,运用网络可视化软件,构建分子-靶点-疾病相互作用网络;同时进行蛋白质相互作用分析,通过生物学信息注释库(DAVID)对靶点进行生物代谢通路分析。结果半枝莲中有72个活性成分可与14个以上的肿瘤相关靶蛋白相互作用,半枝莲临泉生物碱D、barbatellarine E、半枝莲碱A等在内的二萜类成分是半枝莲抗肿瘤的主要活性成分。网络分析显示,半枝莲主要活性成分可作用于蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)、碳酸酐酶2(CA2)、周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、视黄酸α受体(RXRA)等关键靶蛋白,参与调控VEGF信号通路、FcεRI信号通路以及Fox O信号通路。结论半枝莲可通过抗炎、抑制肿瘤血管生成等过程发挥多靶点、多通路的协同抗肿瘤作用。     

网络药理学探讨杜仲主要活性成分及药理作用机制

目的:从网络药理学角度研究杜仲的主要活性成分及多维药理作用机制。方法:从TCMSP数据库中提取杜仲的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥20%和类药性(DL)≥0.1筛选活性成分,通过该数据库提取活性成分作用靶点,以CTD在线分析平台挖掘靶点相关疾病,最后采用DAVID分析靶点关联的主要生物通路,获取杜仲的多维药理机制。结果:通过筛选获得绿原酸甲酯、原儿茶酸、桃叶珊瑚苷、槲皮素、羟基亚甲基丹参酮、表奎尼丁、β-谷甾醇、松脂醇二葡萄糖苷等22个主要活性成分;这些成分可作用于靶点219个,其中核心靶点有ESR1、CA2、DDP4等;这些成分可治疗乳腺肿瘤、高血压、炎症等相关疾病454种,涵盖恶性肿瘤、心血管疾病、神经系统疾病等11大类疾病;这些成分可作用Pathways in cancer、Calcium signaling、Hepatitis B等30条通路。进一步发现杜仲中主要活性成分可通过"多成分-多靶点-多通路"来发挥治疗恶性肿瘤、心血管疾病、免疫系统疾病的作用。结论:本研究从网络药理学角度预测了杜仲的主要活性成分和多维药理作用机制,为进一步探讨其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法,对芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的作用机制进行研究。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）对芍药甘草汤进行活性成分的收集和筛选,在Swiss Target Prediction和TCMSP数据库中查找活性成分对应的人类靶蛋白;在Drugbank和Therapeutic Target Database数据库中获取类风湿关节炎的疾病靶点;构建韦恩图,得到芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键靶点,依据STRING数据库得到关键蛋白的蛋白互作网络;采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）和通路富集分析,使用Image GP平台制作富集结果气泡图;相关结果采用Cytoscape 3.7.2进行可视化研究及网络拓扑结构分析。结果 筛选得到芍药甘草汤中102种活性成分,对应310个潜在靶点,其中涉及类风湿关节炎靶点68个。药物-成分-关键靶点-信号通路网络图显示山柰酚、槲皮素、柚皮素、芒柄花黄素、异鼠李素等是芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键成分,前列腺素内环氧化物合成酶2、一氧化氮合酶2、丝裂原活化蛋白激酶14、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子、白细胞介素-1β等是该方治疗类风湿关节炎的关键靶点。GO富集分析显示与生物过程相关的条目28个,与细胞组成相关的条目2个,与分子功能相关的条目13个。通路富集分析显示与40条通路相关,涉及肿瘤坏死因子信号通路、破骨细胞分化、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、类固醇激素生物合成、Toll样受体信号通路等。结论 从网络药理学角度阐明了芍药甘草汤多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,初步揭示了芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的物质基础和作用机制,为后续研究提供思路与依据。     

基于网络药理学探讨甘草附子汤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的：探讨甘草附子汤治疗痛风性关节炎的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选甘草附子汤的有效成分及作用靶标。通过GeneCards数据库获得痛风性关节炎相关基因,取交集并构造有效成分-基因-疾病网络,利用STRING数据库构建基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络图,并进行富集分析。结果：甘草附子汤治疗痛风性关节炎的核心成分是槲皮素、山柰酚、异鼠李素等,核心靶点为肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor, TNF）、白细胞介素（Interleukin,IL）-1B、IL-6等,基因本体论条目681条,京都基因与基因组百科全书信号通路105条,主要为IL-17信号通路、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、TNF信号通路等。结论：甘草附子汤主要通过TNF、IL-1B、IL-6等基因由多通路发挥抗炎、止痛及免疫调节等作用治疗痛风性关节炎。     

山药活性成分抗老年痴呆症的网络药理学作用机制探

目的基于网络药理学探讨山药活性成分抗老年痴呆症的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学技 术平台（TCMSP）收集并筛选山药的活性成分及其对应靶标蛋白。利用Uniprot 数据库获取山药活性成分对应的 靶标基因,并与通过GeneCards 数据库所获得的老年痴呆症疾病基因做映射,获得山药调节老年痴呆症的潜在 作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2 软件构建山药的活性成分-作用靶点网络。通过String 平台构建作用靶点之间 的互作关系,并导入Cytoscape 3.7.2 软件构建靶蛋白互作关系网络（PPI）。通过Metascape 分析平台,对山药治 疗老年痴呆症的作用靶点进行GO 分析和KEGG 通路富集分析。结果从山药中筛选出12 个有效活性成分, 包括薯蓣皂苷元、海风藤酮、豆甾醇、荜拔明宁碱等;74 个作用靶点,与老年痴呆症有关的作用靶点48 个, 关键靶点6 个,包括AKT1、VEGFA、PTGS2、NOS3、TP53、ESR1;涉及6 条主要信号通路,包括神经活性 配体-受体相互作用、癌症途径、血清素能突触、长寿调节途径、雌激素信号途径、可卡因成瘾。这些作用通 路可能是山药活性成分防治老年痴呆症的活性依据。结论初步探讨了山药活性成分治疗老年痴呆症的作用机 制,为山药抗老年痴呆症活性成分的开发和应用提供了思路并指明了方向,为后续深入研究提供了理论基础及 参考依据。     

基于网络药理学与体外实验探讨川芎活性成分治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 运用网络药理学和体外细胞实验探究川芎活性成分治疗缺血性脑卒中的潜在作用机制。方法检索TCMSP数据库、Genecards数据库、Drugbank数据库等及相关文献,获得川芎活性成分、作用靶点及缺血性脑卒中相应疾病靶点,并将作用靶点与获得的疾病靶点的交集作为潜在靶点;利用String平台,对潜在靶点构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;采用R语言软件包对潜在靶点进行基因本体（Gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析,然后使用Cytoscape软件分析其网络拓扑结构,筛选其核心靶点,并进行分子对接验证。在此基础上,通过CCK-8法检测川芎中的活性成分对缺氧缺糖/再灌注损伤细胞模型的作用,免疫印迹法（Western blot）验证川芎单体成分对相关靶点蛋白的影响。结果 川芎治疗缺血性脑卒中的主要潜在活性成分有16个;药物-疾病靶点有53个;涉及的信号通路主要有神经元神经活性配体-受体相互作用信号通路、钙离子信号通路、血管内皮生长因子信号通路等;关键核心靶点与活性成分藁...     

基于网络药理学技术探讨药用昆虫琵琶甲的活性酚类成分与作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨药用昆虫琵琶甲中酚类成分潜在的药理作用及机制.方法:通过文献检索搜集琵琶甲主要酚类成分,运用PharmMapper平台预测酚类成分的潜在作用靶点,借助String数据库构建PPI网络,通过MAS 3.0数据库和KEGG数据库进行通路注释分析,采用Cytoscape软件构建成分—靶点—通路网络...