乳腺癌差异表达的MicroRNA的筛选研究

 【目的】 应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】 收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,应用实时定量RT-PCR方法验证miRNAs芯片结果的可靠性。【结果】 对芯片数据进行SAM分析,结果筛选获得16个乳腺癌相关miRNAs, 相对于癌旁组织,在乳腺癌组织中9个miRNAs表达上调,7个miRNAs表达下调。其中显著上调的有miR-21,miR-365,显著下调的有miR-497,miR-31。【结论】 筛选得到乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与乳腺癌的发生发展有关。     

乳腺癌差异表达的MicroRNA的筛选研究

【目的】应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,应用实时定量RT-PCR方法验证miRNAs芯片结果的可靠性。【结果】对芯片数据进行SAM分析,结果筛选获得16个乳腺癌相关miRNAs,相对于癌旁组织,在乳腺癌组织中9个miRNAs表达上调,7个miRNAs表达下调。其中显著上调的有miR-21,miR-365,显著下调的有miR-497,miR-31。【结论】筛选得到乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与乳腺癌的发生发展有关。     

肾透明细胞癌相关特异性miRNAs差异表达谱

目的研究证实肿瘤组织miRNAs表达水平较正常组织可特异性下调或上调,这一现象揭示miRNA在肿瘤发生、发展等过程中扮演重要角色。文中就肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)肿瘤相关特异性微小RNA(mi-croRNAs,miRNAs)表达谱及意义进行探讨。方法取手术切除新鲜肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,提取总RNA,进行RNA质量检测后采用微阵列基因芯片对其相关特异性miRNAs进行分析,应用荧光定量RT-PCR方法验证。结果Ⅰ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有24个差异表达miRNAs,其中12个上调,12个下调;Ⅱ级共有35个差异表达miRNAs,其中18个上调,17个下调;Ⅲ级共有34个差异表达miRNAs,其中18个上调,16个下调;Ⅰ级+Ⅱ级+Ⅲ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有81个差异表达miRNAs,其中33个上调,48个下调;以表达差异在2倍及以上为标准进行比较,ccRCC与癌旁正常肾组织共有11个差异表达的miRNAs,其中,hsa-miR-487a、hsa-miR-491-3p、hsa-miR-452表达上调,hsa-miR-142-3p、hsa-miR-22、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-29a、hsa-miR-429、hsa-miR-532-5p、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-125b表达下调。结论与癌旁正常肾组织中存在肿瘤相关特异性miRNAs表达谱,这种miRNAs差异可能导致ccRCC的发生及发展。     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

胃癌SGC7901细胞长春新碱耐药性相关miRNA的初步分析

目的 探讨胃癌SGC7901细胞对长春新碱(VCR)化疗药物耐药相关的微小RNA(miRNA),并预测异常表达miRNA的靶基因.方法 体外培养胃癌SGC7901细胞和胃癌VCR耐药细胞SGC7901/VCR;提取总RNA并质检,采用miRNA 8.0微阵列芯片检测分析miRNA表达谱;荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNA,生物信息学分析软件预测可能调控的靶基因;采用Western blot方法检测靶基因的蛋白表达水平.结果 芯片检测发现,SGC7901和SGC7901/ VCR细胞中63个异常表达的miRNA;其中miR-1267、miR-221、miR-223、miR-200c、miR-99a表达显著性上调;miR-122、miR-1246、miR-302a、miR-195、miR-124表达显著性下调.在胃癌细胞和胃癌组织中验证结果初步显示,miRNA-122和miR-302a可能分别调控靶基因IGF-IR和WDR62.结论 获得的差异表达miRNA,以及预测的靶基因IGF-IR和WDR62可能在胃癌化疗药物VCR耐药中起关键性作用.     

肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA的表达

目的通过筛选肝细胞癌及癌旁组织中microRNA差异表达谱探讨肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA。方法通过芯片分析临床收集的3例肝细胞癌与癌旁组织样本的miRNA差异表达谱,与miRNA生物信息数据库反向预测的miRNA进行比对,通过实时荧光定量PCR初步确定调控肝癌细胞CDK2基因表达的靶miRNA。利用FUNRICH软件对差异表达的miRNA进行GO富集分析和转录因子分析。结果通过比对芯片结果和反向预测结果筛选出9个miRNA与芯片结果一致,经qRT-PCR验证确定miR-18a-5p、miR-222-3p、miR-200a-3p、miR-375与临床样本的miRNA差异表达谱上/下调一致,其中miR-18a-5p、miR-222-3p表达上调,miR-200a-3p、miR-375表达下调。GO富集分析显示转录因子活性、细胞黏附分子活性、细胞核与胞质、转移酶活性富集程度高;筛选到5个与miRNA结合能力强的转录因子EGR1、SP1、POU2F1、SP4、FOXA1。结论初步确定miR-200a-3p、miR-375为肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA,与CDK...     

肾透明细胞癌相关特异miRNAs的筛选及分子网络调控机制分析

目的 miRNAs(microRNAs)是肿瘤重要的调节因子,对细胞增殖、细胞周期的控制、逃避细胞凋亡、组织侵袭及转移、血管形成、无限复制潜力均起到重要的调节作用。文中对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)与癌旁正常肾组织的差异miRNAs表达谱进行分子网络调控机制分析,找到关键miRNA并验证其靶基因。方法通过TargetScan预测得到差异miRNA调控的所有靶基因,并在筛选后利用GO显著性功能分析和KEGG Pathway显著性分析,构建差异miRNA与靶基因的调控网络。筛选关键miRNA及其靶基因,对miR-199a-5p调控的靶基因进行验证。结果 miR-22、miR-199a-5p、miR-429是调控网络的关键miRNA。转化生长因子β受体1(transforming growth factor-βreceptor 1,TGFBR1)、jun B原癌基因(jun B proto-cologene,JunB)是miR-199a-5p的靶基因。结论 miR-199a-5p通过抑制TGFBR1、JunB的表达在ccRCC进展过程中起到重要的调控作用。     

肺炎支原体肺炎患儿血液中差异表达miRNAs的筛选及鉴定

目的：筛选鉴定与肺炎支原体肺炎相关的特异性miRNAs。方法：收集肺炎支原体肺炎患儿的血液,通过miRNA芯片技术分析肺炎支原体肺炎患儿和正常人血液淋巴细胞中miRNAs的表达谱变化,通过RT-PCR方法验证芯片检测结果的准确性,确认与肺炎支原体肺炎相关的特异性miRNAs。利用靶基因软件预测各自可能的靶基因,利用RT-PCT验证mRNA表达差异。结果：肺炎支原体肺炎患儿血液淋巴细胞中筛选出表达上调的miRNA 105个,表达下调的133个。其中上调（大于5倍）的30个,上调（大于10倍）的10个,下调（小于0.5倍）的133个(P＜0.05)。选取表达差异显著的miR-20a-3p、miR-100-5p、miR-93-5p以及let-7b-5进行后续RT-PCR的验证,结果与芯片一致;Bcl-2、IGF-1R、PTEN、TGFβR1 mRNA表达有不同程度的降低。结论：miRNAs在肺炎支原体肺炎患儿血液淋巴细胞中存在差异表达,而这些差异表达的miRNAs及其潜在靶基因可能参与肺炎支原体导致的感染与免疫反应。     

探讨miRNA-193b和miRNA-100在乳腺癌中的差异表达

目的 采用已知的miRNA(microRNA)基因中选定的目标基因,筛选与乳腺癌相关miRNAs,并采用 real time-PCR方法验证基因,探讨其在乳腺癌发生发展中的作用,研究结果为探明miRNA在乳腺癌中的差异表达及乳腺癌的基因诊断和治疗提供实验依据.方法 收集乳腺癌组织及对照的癌周组织10对,分别提取RNA.对乳腺癌中的差异表达miRNA基因进行验证.从中选取表达上调明显的miRNA-193b及下调明显的miRNA-100,采用实时定量PCR技术进一步验证结果.结果 证实miRNA的real time-PCR结果与已知基因结果基本吻合,miR-193b是乳腺癌中上调的miRNA基因,miR-100是乳腺癌中明显下调的miRNA基因.结论 对miRNA基因与乳腺癌的关系有进一步深入了解,相对于癌周组织进一步验证了1个表达上调和1个表达下调的miRNA基因,表达上调基因可能为潜在的致癌基因,表达下调基因可能为潜在的抑癌基因.     

食管鳞状细胞癌转移相关miRNAs差异表达谱分析

目的应用microRNA表达谱芯片技术,选取有详细临床病理数据及随访资料的食管鳞状细胞癌组织及相应正常食管粘膜组织,分析食管鳞癌患者有淋巴结转移组和无转移组差异性表达的miRNA。方法选取10例新鲜冻存的食管鳞癌组织及其相应的正常食管粘膜组织,使用microRNA芯片(miRCURY LNAmicroRNA芯片,Exiqon公司),筛选出食管鳞状细胞癌组织中差异表达的miRNA并进行聚类分析;运用实时定量逆转录聚合酶链反应(real time RT-PCR)验证结果的可靠性;最后通过生物信息学分析预测其靶基因。结果有淋巴结转移组与无淋巴结转移组相比较,差异表达的miRNA共有40个,其中表达上调者miRNA 22个,表达下调者miRNA 18个,经过聚类和PAM分析及real-time RT-PCR技术验证,筛选出二个具有组织特异性表达的miRNAs(miRNA-612和miRNA-583)。miRNA-612的表达上调及miRNA-583的表达下调在有淋巴结转移和无淋巴结转移食管癌中差异具有显著意义。结论通过miRNA芯片发现的相关差异性表达的miR-NA,有可能成为食管鳞状细胞癌淋巴结转移特征性的分子标志物,并为进一步认识和研究miRNA在食管鳞癌发生发展中的作用,寻找并鉴定与临床诊治相关的靶分子奠定基础。     

MicroRNA参与的表观遗传学调控在白血病中的研究进展

表观遗传学异常与恶性肿瘤的发生发展密切相关,microRNA(miRNA)是一类通过转录后调控机制对基因进行调控的非编码的短链RNA,其调控机制属广义的表观遗传学范围。近年来对miRNA的研究显示,在血液病中miRNA与表观遗传学之间的相互作用与血细胞分化调控及血液肿瘤的发生、发展、诊断及治疗密切相关,从而为肿瘤的诊断和治疗提供新的思路和手段。     

不同侵袭力乳腺癌细胞miRNAs表达谱检测

目的 检测不同侵袭力乳腺癌细胞株中microRNAs(miRNAs)的表达,探讨其与乳腺癌侵袭力的关系.方法 培养人乳腺癌细胞株MCF-7(低侵袭)、MDA-MB-468(高侵袭)和MDA-MB-231(高侵袭),分别提取总RNA,利用miRNA芯片技术检测847种miRNAs在这三株细胞中的表达,分析miRNAs的差异表达与乳腺癌侵袭力的关系.结果 与MCF-7相比,MDA-MB-468和MDA-MB-231两株细胞中共有30个差异表达的miRNAs,其中18个上调,12个下调;miR-422a、miR-18a、miR-146b和miR-513b在MDA-MB-231中有差异表达而在MDA-MB-468中无明显差异表达;miR-574和 miR-99b在MDA-MB-468中有差异表达而在MDA-MB-231中无明显差异表达.结论 获得不同侵袭力乳腺癌细胞株miRNAs的差异表达谱,为研究乳腺癌侵袭和转移的分子机制提供了新的依据.     

miRNA在人类肿瘤中的研究及治疗进展

microRNA(miRNA)是一类近年来新发现的非编码小RNA分子,通常在转录后水平调控基因表达。成熟miRNA通过与mRNA完全或不完全配对,降解靶mRNA或阻遏其转录后翻译,从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动。实验证据表明,miRNA可通过调控其靶标基因参与的信号通路,影响肿瘤的发生和发展,发挥着类似于癌基因或抑癌基因的功能。本综述主要介绍近年来miRNA与肿瘤的研究及治疗的进展。     

microRNA与肿瘤的发生

miRNAs是近年发现的非蛋白编码小RNA,参与生命中一系列的重要过程,与肿瘤的发生有密切关系。笔者就miRNA作为癌基因或抑癌基因影响肿瘤形成及目前已知与人类肿瘤相关miRNAs的研究进行综述。     

miRNA在小鼠着床前胚胎的表达

目的:研究小鼠发育过程中miRNA表达水平的变化,探讨miRNA对着床前胚胎发育过程的作用。方法:建立小鼠超排、交配系统,收集着床前胚胎提取低分子量RNA;采用miRNA特异RT引物进行反转录,采用SYBR Green实时定量PCR技术,研究miR-125a、miR-295和miR-181b在小鼠着床前胚胎发育过程中表达水平的变化。结果:着床前胚胎发育的各阶段均表达miR-125a、miR-295和miR-181b;随着胚胎发育进程,miR-295的表达呈逐渐上升的趋势;miR-125a在卵母细胞到2细胞发育阶段呈下降趋势,以后随发育进程呈逐渐上升趋势。结论:小鼠着床前胚胎中表达miRNA,着床前胚胎的发育和分化过程可能受到miRNA的调控。     

microRNA在大鼠肥胖模型心肌中的变化

目的建立高脂饮食诱导肥胖易感（obesity prone，OP）大鼠模型，筛查肥胖大鼠心脏微小RNA（microRNA，或miRNA）的表达变化，寻找肥胖诱发心肌损伤及心律失常相关的miRNA。方法高脂饲料喂饲健康雄性SD大鼠10周后，筛选出肥胖大鼠动物模型。实验结束后，测量体脂肪含量，并收集血清，以检测血脂水平，同时取心脏组织常规抽提总RNA，采用含有468种miRNA的芯片检测系统进行miRNA表达谱差异分析。结果肥胖大鼠睾周脂肪、肾周脂肪、网膜脂肪、体脂肪含量均显著高于基础对照组，甘油三酯水平和总胆固醇显著高于基础对照组；与基础组相比，肥胖模型组的miRNA表达谱中明显差异表达的miRNA共有7个，其中miR-196a、miR-205、miR-369-5p表达上调，miR-206、miR-483、miR-341和miR-204表达下调。结论在大鼠肥胖模型中，部分心肌miRNA的表达发生明显变化，提示miRNA可能参与肥胖诱发心肌损伤和心律失常的调节作用。     

miRNA在脓毒症中作用研究进展

miRNA是一类内源性非编码的长约22nt的小分子RNA。近年来体内与体外实验研究均证实miRNA广泛参与和调控机体固有免疫与适应性免疫的各个环节。在脓毒症过程中,紊乱的固有免疫与适应性免疫均参与发病,本文综述了miRNA及循环miRNA在脓毒症的作用。     

let-7a在胃黏膜、慢性萎缩性胃炎、胃癌组织中的表达及其对人胃癌细胞凋亡的影响

目的研究let-7a在胃黏膜、慢性萎缩性胃炎、胃癌组织中的表达及let-7a在体外实验中对胃癌细胞凋亡的影响。方法原位杂交法检测组织芯片上11例正常胃黏膜、17例慢性萎缩性胃炎、52例胃癌组织中let-7a的表达,分析三者阳性率及表达强度差异性。并将let-7a用重组慢病毒转导入人胃癌SGC-7901细胞,采用流式细胞仪检测let-7a对胃癌细胞凋亡的影响。结果(1)let-7a在正常胃黏膜、慢性萎缩性胃炎、胃癌组织中的阳性表达率分别为90.9%、88.2%、82.7%,差异无统计学意义(P0.05),而表达强度随着胃黏膜癌变的演进逐渐减弱,采用有序分组资料的线性趋势检验分析(P0.05)。(2)流式细胞仪对凋亡分析显示,let-7a对SGC-7901的凋亡有明显的促进作用(P0.01)。结论let-7a表达的减弱与胃黏膜癌变演进过程相关;let-7a能够促进SGC-7901细胞的凋亡,提示let-7a能有效抑制胃癌细胞。