日本血吸虫尾蚴高表达基因LAMP检测方法初探

目的:应用LAMP方法对日本血吸虫尾蚴阶段高表达基因簇进行初步检测,为群体的血吸虫早期预警提供参考。方法:选择日本血吸虫尾蚴期高表达基因,利用在线软件Primer Explorer V4设计目的基因引物。纯水室温孵育感染性钉螺,收集尾蚴,并提取尾蚴和钉螺基因组DNA,用LAMP方法检测尾蚴和感染性钉螺期日本血吸虫的基因表达情况。结果:在所选择的16个基因中,CNUS0000102858.1、CNUS0000103598.1、CNUS0000103614.1等8个蛋白编码基因的LAMP检测尾蚴DNA结果为阳性;CNUS0000038.1、CNUS0000102858.1、CNUS0000103614.1等8个蛋白编码基因的LAMP扩增感染性钉螺DNA结果为阳性。其中,LAMP检测尾蚴及感染性钉螺基因组DNA结果均为阳性的基因有CNUS0000102858.1、CNUS0000103598.1、CNUS0000103614.1、CNUS0000105798.1、CNUS0000106268.1、CNUS0000106483.1、CNUS0000107429.1。结论:在16个备选基因中,这7个尾蚴及感染性钉螺基因组DNA检测结果均为阳性的基因,可考虑作为钉螺及疫水样本LAMP检测基因,为日本血吸虫流行病学调查和群体早期预警提供实验数据。     

霍乱弧菌LAMP快速检测方法的建立及应用

目的 建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测霍乱弧菌.方法 针对霍乱弧菌外膜蛋白的ompW基因设计特异引物,优化反应条件,建立霍乱弧菌的LAMP检测方法.通过对47株细菌及模拟污染现场,检测该方法的灵敏度、特异度和实用性.结果 活菌计数方法表明建立的LAMP方法检测霍乱弧菌的灵敏度为1.6×10~2 cfu/ml.在人工污染霍乱弧菌的粪便及海水标本中检测的敏感度为1.6×10~3 cfu/ml,在牛奶标本中敏感度为1.6×10~4 cfu/ml.检测21株霍乱弧菌均为阳性,26株非霍乱菌则全部阴性,特异度为100%.结论 建立的LAMP方法检测霍乱弧菌灵敏度、特异度高,可用于霍乱现场监测和流行病学调查.

Abstract：

Objective To establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for rapid diagnosis of Vibrio cholerae. Method Based on the ompW nucleic sequence of Vibrio cholerae, a pair of primers was designed for LAMP. The reaction conditions were optimized, and the specificity, sensitivity, and practicability of LAMP were tested using 47 baterial strains and simulated contaminated sites. Results The results of viable bacterium count showed that LAMP was capable of detecting Vibrio cholerae at a level as low as 1.6×10~2 cfu/ml. The minimal detectable concentration was 1.6×10~3 cfu/ml for simulated contaminated samples such as feces and seawater, and 1.6×10~4 cfu/ml for contaminated milk. All the 21 strains of Vibrio cholerae yielded positive results in LAMP, and the 26 strains of other bacteria all showed negative results, with a detection specificity of 100%. Conclusion The established LAMP method has high specificity and sensitivity for detecting Vibrio cholerae and is applicable in field monitoring and epidemiological study of Vibrio cholerae.     

建立PCR方法检测日本血吸虫感染性钉螺

目的建立灵敏及特异的PCR方法检测日本血吸虫感染性钉螺。方法根据日本血吸虫18S-rRNA基因,设计1对引物,建立检测日本血吸虫感染性钉螺的PCR方法。测定PCR扩增产物的DNA序列,并进行PCR方法的灵敏性、交叉反应以及群体检测试验。结果PCR扩增日本血吸虫感染性钉螺,得到了与靶DNA位置相同的产物,测序长度为469bp,与靶DNA相同且序列一致,并将序列登陆Genbank,注册号:DQ442999。扩增阴性钉螺无产物出现。灵敏性试验提示,PCR方法可以检测出日本血吸虫毛蚴DNA的最低浓度为40pg/μl;交叉反应试验显示,该方法不能扩增出被单尾尾蚴感染的钉螺DNA;群体检测试验表明,PCR方法可以检测出被感染钉螺提取DNA的最高稀释度为1:640。结论初步建立检测日本血吸虫感染性钉螺的PCR方法,灵敏、特异且具有良好的群体检测效果。     

LAMP在下呼吸道感染病原菌快速检测中的临床应用

目的 利用环介导等温扩增检测（loop mediated isothermal amplification,LAMP）即呼吸道病原菌核酸联合检测法（13联）分析痰标本病原菌的检出情况,为临床诊疗提供病原学循证依据。方法 选取2022年1月至12月铜仁市人民医院收治的1642例下呼吸道感染患者作为研究对象,采集痰标本/肺泡灌洗液进行LAMP（13联）检测,分析呼吸道病原菌检出情况及其与性别、年龄、季节的关系。结果 13种呼吸道病原菌的总体检出率男性明显高于女性（P<0.01）。在不同年龄组中,3~6岁患者流感嗜血杆菌和肺炎链球菌的检出率、6~18岁患者肺炎支原体的检出率、>60岁患者耐甲氧西林葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎克雷伯菌的检出率均明显高于其他组（P<0.05）。在不同季节组中,肺炎链球菌和肺炎衣原体好发于春季,肺炎支原体在秋节感染率最高,差异均具有统计学意义（P<0.05）。结论 LAMP可快速检测出病原菌,为下呼吸道感染的预防及临床诊疗提供病原学依据。     

基于环介导等温扩增技术及规则成簇间隔短回文重复序列的日本血吸虫核酸检测方法的建立及评价

目的 建立一种灵敏、特异的基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)-规则成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)的日本血吸虫核酸检测方法。方法 以日本血吸虫SjR2基因片段作为靶序列,设计LAMP引物、gRNA和ssDNA探针,建立并优化LAMPCRISPR反应体系。用LAMP-CRISPR方法检测含有SjR2靶序列的10倍梯度稀释的重组质粒,不同发育阶段日本血吸虫基因组DNA,以及肝片形吸虫、曼氏血吸虫、肥胖带绦虫、华支睾吸虫、似蚓蛔线虫、美洲钩口线虫、卫氏并殖吸虫、细粒棘球绦虫等蠕虫基因组DNA,评价其灵敏度和特异度。用LAMP-CRISPR方法分别检测15份血吸虫感染的阳性钉螺样本以及30份未感染的阴性钉螺样本,并与LAMP检测结果比较,以评价LAMP-CRISPR方法用于筛查感染性钉螺的应用效果。结果 建立的基于LAMP-CRISPR的核酸检测方法可特异性扩增并检测出日本血吸虫目的基因片段...     

基因芯片检测日本血吸虫及其现场应用

目的:建立敏感、特异的检测日本血吸虫的基因芯片并对其应用价值进行评价。方法:根据日本血吸虫高度保守的编码免疫原性毛蚴抗原5D基因,筛选、设计聚合酶链反应(PCR)的引物和基因探针,制成日本血吸虫基因芯片。采用基因芯片对江西、湖南和安徽三省现场采集的钉螺进行检测。检测时抽提待测钉螺的DNA,进行PCR扩增及不对称PCR荧光标记,然后与检测芯片杂交,最后进行扫描及分析。结果:建立的基因芯片能特异、敏感地检测出感染性钉螺,江西、湖南感染性钉螺的检出率为100％,安徽省品系的感染性钉螺检出率略低。结论:成功地建立了检测日本血吸虫的基因芯片,具有较高的实际应用价值。     

单克隆抗体检测阳性钉螺内血吸虫抗原的初探

在筛选ＭｃＡｂ与受检钉螺样本的基础上，建立了ＭｃＡｂ－ＥＬＩＳＡ，检测钉螺体内日本血吸虫抗原，每只受检钉螺，事先镜检作为对照，感血吸虫钉螺３６只，血吸虫抗原阳性检出率９７．２２％（３５／３６）。合并感其他寄生虫钉螺７只，其阳性检出率为１００％（７／７）。感染其他寄生虫钉螺８只，无感染钉螺２２只，血吸虫抗原阴性符合率为１００％。以上结果表明，ＭｃＡｂ－ＥＬＩＳＡ与镜检法所得的结果是一致的，该方法将为     

湖北钉螺人工感染、室内传代与模拟野外饲养的研究

目的:通过人工方法将湖北钉螺制备成血吸虫感染性钉螺,确定钉螺感染的最佳条件,建立钉螺人工感染传代的室内株,为研究其感染活性、遗传变异和疫苗等提供实验室依据.方法:用尼龙绢筛集卵法收集日本血吸虫成熟虫卵,常规法孵化毛蚴.将钉螺与毛蚴按不同比例进行感染,感染方式分为个体感染和集体感染.个体感染随机分6组(Ⅰ～Ⅵ组),每组2...     

环介导恒温扩增技术快速检测大肠杆菌O157特异基因的建立

目的 建立环介导的恒温扩增快速检测大肠杆菌O157的方法。方法 采用环介导的恒温扩增反应（LAMP）技术扩增大肠杆菌O157特异性基因,并与传统PCR比较。结果与传统的PCR技术相比,LAMP法更加简便快速、且在等温条件下进行,具有更高的灵敏性;特异性100%。结论 该方法具有灵敏度高,特异性强,操作简便快速,不需要复杂仪器设备、为临床检测大肠杆菌O157提供了一个快速简便的新方法。     

日本血吸虫Calpain蛋白免疫原性研究

目的：探讨日本血吸虫疫苗候选分子Calpain蛋白的抗原性及其所诱导的免疫应答类型。方法：用Genetyx—MAC9．0分析Calpain肽链的亲水性，在亲水性区域以9个氨基酸为肽链单位的固相重叠肽链库(每相邻两个肽链之间仅有一个氨基酸不同)被Auto—spot Robot制备，用Dot—ELISA在合成的肽链库上筛选B细胞表位，含有B细胞表位的肽链免疫BALB／c小鼠，ELISA鉴别特异性IgG抗体亚类的产生。结果：由758个氨基酸组成的日本血吸虫Calpain蛋白含有两个主要的亲水区，其存在区域分别在氨基酸229～375和555～613；测定合成的肽链文库，在亲水区内筛选出4个B细胞的表位，分别是氨基酸234～251(YAHISGGT)；290～297(CLMGCSIH)；338～346(PWGDSHEW)：358～364(AWCDGA PQ)；与对照组比较，免疫组鼠血清中IgG1、IgG2a和IgG2b特异性抗体有显著性意义的上升。结论：日本血吸虫Calpain是一个具有免疫原性的蛋白，能够激发宿主产生高水平的免疫球蛋白，提示Calpain可以发展成为日本血吸虫病的诊断抗原和日本血吸虫疫苗候选分子。     

LAMP与RT-PCR法检测痰结核分枝杆菌的效果比较

目的 比较环介导等温扩增技术(LAMP)和实时荧光PCR技术(RT-PCR)检测结核分枝杆菌的效果.方法 可疑肺结核患者痰标本118份,分别采用痰涂片镜检、罗氏固体培养基培养、LAMP、RT-PCR方法进行结核分枝杆菌检查.结果 结核分枝杆菌阳性检出率痰涂片镜检38%、罗氏固体培养基培养41%、LAMP 45%、RT-PCR 55%,4种方法阳性检出率比较差异有统计学意义(P＜0.05);以常规罗氏固体培养法为标准,LAMP法的灵敏性和特异性分别为92.0%(46/50)和86.8%(59/68),与罗氏培养法比较差异无统计学意义(P＞0.05),一致性强(Kappa=0.777);PCR法的灵敏性和特异性分别为86.0%(43/50)和66.2%(45/68),与罗氏培养法比较差异有统计学意义(P＜0.01).结论 RT-PCR检测法阳性率最高,但特异性低;LAMP法灵敏性和特异性较高,与传统培养法一致性好,操作简便易行、快速准确.     

环介导等温扩增检测甲型H1N1病毒核酸方法的建立

目的建立检测甲型H1N1病毒环介导等温扩增的方法(LAMP)。方法根据已公布的甲型H1N1流感病毒HA基因序列766~995bp的6个位点设计6条LAMP引物(2条内引物,2条外引物,2条环引物),优化并建立LAMP检测体系。并对36例确诊H1N1感染患者和20例健康体检者的咽式子同时采用实时荧光RT-PCR(Real-time RT-PCR)和LAMP进行H1N1病毒核酸的检测。结果所建立的甲型H1N1病毒核酸LAMP反应体系具有良好的特异性,采用该体系检测结果与Real-time RT-PCR检测结果一致,对H1N1核酸阳性的标本经LAMP扩增产物电泳图为阶梯状条带,健康对照标本未见条带产生。灵敏度试验,采用103复制的H1N1质粒进行10倍稀释后LAMP法仍能检出。特异性试验,20例体检标本经两种方法检测全阴性,对肺炎支原体和肺炎衣原体阳性标本采用该反应体系进行检测结果为阴性。结论甲型H1N1病毒核酸LAMP检测方法简便、快捷,对实验仪器设备要求不高,适合各级实验室和现场快速诊断使用。     

LAMP和PCR法检测痢疾志贺菌的特异性和灵敏性比较

目的建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测痢疾志贺菌,并对其特异性、灵敏度与传统PCR进行比较。方法以痢疾志贺菌侵袭性质粒抗原H基因(ipaH)为靶序列,设计6条特异性引物(内引物、外引物和环引物各2条),优化LAMP反应体系及反应条件,检测LAMP反应的灵敏度、特异性及模拟样品,同步与PCR进行比较。结果 LAMP法和PCR均能特异性地扩增出志贺菌靶DNA,而其他非志贺菌均未扩增出特有条带。检测细菌纯培养物和模拟食品的灵敏度LAMP法分别为5.3×101cfu/ml、6.8×101cfu/ml,PCR法分别为5.3×102cfu/ml和6.8×102cfu/ml。结论利用LAMP技术,可快速、灵敏、简便地检测痢疾志贺菌,与PCR方法比较,特异性强、操作简便、检测成本低、耗时短,有望发展成为快速检测痢疾志贺菌的有效手段。     

血吸虫全长编码基因序列获取方法概述

通常取日本血吸虫全长编码序列会面对以下三种情况：其因可能为已知序列的基因，已知部分序列的基因或不知序列的基因，本针对以上常见的每一种情况。总结从cDNA库、RNA和基因组中获取日本血吸虫全长编码序列的各种方法，为运用分子生物学方法研究日本血吸虫的学提供参考。     

实验动物金黄色葡萄球菌LAMP检测方法的建立

目的 建立一种能够应用于实验动物金黄色葡萄球菌检测及鉴定的环介导等温扩增(loop-mediatedisothermal amplification,LAMP)方法.方法 本研究针对金黄色葡萄球菌特异的nuc基因设计4条引物,对反应条件进行优化.结果 通过优化,该方法60℃、40 min、Mg2+浓度8 mmol/L、dNTP浓度2.0 mmol/L、甜菜碱浓度0.8mmol/L时,对金黄色葡萄球菌检测限为2 cfu,且与其它常见实验动物致病菌无交叉反应.反应结果可通过添加荧光染料SYBRF green Ⅰ直接肉眼观察.结论 本研究建立的金黄色葡萄球菌LAMP方法具有快速、灵敏、操作简单、设备要求低的特点,适用于基层、大批量样本、快速检测的要求.     

快速检测单核细胞增生李斯特菌LAMP方法的建立

目的:建立一种检测单核细胞增生李斯特菌核酸的快速、特异的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermalamplification,LAMP)方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌的李斯特菌溶血素hlyA基因设计4条LAMP引物,在水浴箱内65℃保温约60 min,完成对单核细胞增生李斯特菌的扩增,扩增产物经肉眼、SYBR Green I染色和电泳鉴定。利用LAMP和PCR方法同时检测1株单核细胞增生李斯特菌和10株非单核细胞增生李斯特菌(对照组)来验证LAMP方法的特异性。用LAMP和PCR方法分别检测一系列稀释后的单核细胞增生李斯特菌菌液,比较两者的敏感性。结果:经肉眼、加染料和电泳均能观察到1株单核细胞增生李斯特菌LAMP扩增阳性反应,10株非单核细胞增生李斯特菌没有出现LAMP扩增。LAMP敏感度比PCR高,LAMP检测单核细胞增生李斯特菌的检测下限为3 cfu/ml,PCR检测下限>300 cfu/ml。LAMP检测速度比PCR更快,只需要60 min。结论:建立了一种检测单核细胞增生李斯特菌的快速、特异的LAMP方法。