5种常见犬腹泻病毒基因芯片检测方法的建立

为建立一种简便、快速、高效的可同时区分犬腺病毒1型(canine adenovirus type 1,CAV-1)、犬腺病毒2型(canine adenovirus type 2,CAV-2)、犬冠状病毒(canine coronavirus,CCV)、犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)、犬细小病毒(canine parvovirus,CPV) 5种常见犬腹泻病毒的基因芯片诊断方法,本研究以CAV-1、CAV-2、CCV、CDV、CPV 5种犬腹泻病毒为靶病毒,根据NCBI上收录的病毒基因序列在其保守区域内设计引物,在此基础上根据变异区域设计针对每种病毒的探针2～3条,优化检测体系的各反应条件,确定该检测方法的特异性与敏感性,建立可同时区分5种病毒的基因芯片检测方法。结果显示,建立的基因芯片检测方法可同时检测以上述5种犬腹泻病毒,其中PCR的退火温度为55℃、延伸时间为1 min 15 s;探针与PCR产物的杂交温度40℃、杂交时间2.5 h时,该方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒标准品的检测限分别为0.2 fg/μL、2 fg/μL、2 fg/μL、20 pg/μL和0.02 fg/μL,具有较高的灵敏性;同时对犬副流感病毒进行特异性试验,发现无阳性信号出现,具有较强的特异性;对14份临床腹泻样品检测结果显示,基因芯片方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒的阳性检出率分别为28.57%、50.00%、64.28%、14.28%和85.71%,并且基因芯片检测方法的敏感性较PCR要高10～100倍。以上结果表明,本研究建立的基因芯片检测方法具有特异、敏感等特点,对临床中犬类混合感染病毒检测具有一定的诊断意义。     

5种常见犬腹泻病毒基因芯片检测方法的建立

为建立一种简便、快速、高效的可同时区分犬腺病毒1型（canine adenovirus type 1,CAV-1）、犬腺病毒2型（canine adenovirus type 2,CAV-2）、犬冠状病毒（canine coronavirus,CCV）、犬瘟热病毒（canine distemper virus,CDV）、犬细小病毒（canine parvovirus,CPV） 5种常见犬腹泻病毒的基因芯片诊断方法,本研究以CAV-1、CAV-2、CCV、CDV、CPV 5种犬腹泻病毒为靶病毒,根据NCBI上收录的病毒基因序列在其保守区域内设计引物,在此基础上根据变异区域设计针对每种病毒的探针2~3条,优化检测体系的各反应条件,确定该检测方法的特异性与敏感性,建立可同时区分5种病毒的基因芯片检测方法。结果显示,建立的基因芯片检测方法可同时检测以上述5种犬腹泻病毒,其中PCR的退火温度为55℃、延伸时间为1 min 15 s;探针与PCR产物的杂交温度40℃、杂交时间2.5 h时,该方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒标准品的检测限分别为0.2 fg/μL、2 fg/μL、2 fg/μL、20 pg/μL和0.02 fg/μL,具有较高的灵敏性;同时对犬副流感病毒进行特异性试验,发现无阳性信号出现,具有较强的特异性;对14份临床腹泻样品检测结果显示,基因芯片方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒的阳性检出率分别为28.57%、50.00%、64.28%、14.28%和85.71%,并且基因芯片检测方法的敏感性较PCR要高10~100倍。以上结果表明,本研究建立的基因芯片检测方法具有特异、敏感等特点,对临床中犬类混合感染病毒检测具有一定的诊断意义。     

可视化猪瘟病毒基因芯片鉴别检测方法的建立

为建立一种能够快速鉴别猪瘟病毒野毒和疫苗弱毒株的临床检测方法,本实验针对猪瘟病毒野毒株及疫苗弱毒株分别设计了特异性鉴别引物及探针,利用RT-PCR方法特异性扩增目的基因后进行芯片杂交反应并显色,直观判定检测结果,经反应条件优化建立了一种鉴别检测猪瘟病毒的基因芯片方法,并对该方法的特异性、敏感性及重复性进行了试验.结果显...     

猪6种常见病毒多重PCR检测方法的建立及应用

旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪细小病毒(PPV)和猪巨细胞病毒(PCMV)的多重PCR检测方法。参考相关文献及序列比对结果设计6对特异性引物,建立了可同时检测以上6种病毒的多重PCR方法并应用此方法对临床病例进行了检测。结果表明,所建立的多重PCR方法灵敏度高,对6种病毒的最低核酸检测量分别为12.8pg(PRRSV)、46pg(CSFV)、16pg(PRV)、23.5pg(PCV-2)、72pg(PPV)、8.6pg(PCMV),对猪流感病毒(SIV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)无特异性扩增。应用该方法对临床145份样品进行检测,总阳性率为83.45%,2种以上病毒混合感染阳性率为69.66%。说明所建立的多重PCR检测方法敏感,可用于猪群中上述6种猪病病原的单一感染或混合感染的鉴别诊断。     

皮毛中5种病毒基因芯片检测方法的研究

根据GenBank上蓝舌病病毒(BTV)、O型口蹄疫病毒(FMDV)、山羊痘病毒(GPV)、绵羊痘病毒(SPPV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)等5种病毒的特异性保守序列,分别设计多重荧光标记引物和相应寡核苷酸探针.使用芯片点样液稀释各探针至终浓度30μmol/L,点样制备11×11阵列芯片.核酸杂交后,建立并优化基因芯片检测方法.结果显示,使用470 mL/L甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳基因芯片杂交条件.建立的基因芯片检测方法与伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)等无交叉反应,检测敏感性可达20拷贝病毒核酸.制备的基因芯片稳定,保存6个月可用.对151份临床样品进行基因芯片和商业化PCR试剂盒平行检测,两者的符合率为100％.     

猪瘟病毒基因分型寡核苷酸芯片方法的建立

根据猪瘟病毒（CSFV）E2基因序列,设计41条针对CSFV 3个基因群共10个亚群各亚群寡核苷酸探针。利用欧盟猪瘟诊断手册推荐的CSFV E2基因套式RT-PCR方法,在内套PCR过程中进行Cy3-dCTP掺入荧光标记,制备芯片杂交样品。用标记的PCR产物与寡核苷酸探针阵列杂交,置于GenePix 4100A扫描仪中扫描,利用Ge-nePix Pro 6.0软件分析杂交图像。特异性和灵敏度试验显示,芯片方法与本室发表的CSFV real-time RT-PCR方法的灵敏度相近,芯片探针与猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪2型圆环病毒（PCV2）、猪伪狂犬病毒（PRV）样品无非特异性杂交。以包括1.1、2.1、2.2、2.3亚群的8份CSF阳性样品进行芯片的检测验证,结果表明,通过特异性的杂交图谱或杂交信号分析可准确判定样品所属的基因亚群,寡核苷酸芯片的检测结果与测序的分型结果全部符合。本研究为将寡核苷酸芯片技术用于猪瘟病毒的基因分型和分子流行病学研究奠定了基础。     

4种猪源病毒多重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立同时检测非洲猪瘟病毒(ASFV)、尼帕病毒(NiV)、猪水疱病病毒(SVDV)以及口蹄疫病毒(FMDV)等4种猪源病毒的多重PCR检测方法,根据相关文献和GenBank中登录的参考病毒株序列,针对保守区域设计特异性引物,在单一PCR基础上对多重PCR条件进行优化.通过各项反应条件优化,确定ASFV、NiV、FMD...     

猪细小病毒LAMP-LFD检测方法的建立及初步应用

为了建立一种用于猪细小病毒(Porcine parvovirus, PPV)的特异、灵敏、快速检测方法,试验根据GenBank发布的PPV基因序列保守区片段设计了一套带生物素标签的特异性引物和FITC探针,以pET28a-NS1重组质粒为阳性模板将环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)技术与侧向流动层析试纸(lateral flow dipstick, LFD)相结合,建立了PPV-LAMP-LFD检测方法,对LAMP-LFD的反应温度、反应时间及胶体金标记FITC-mAb比例进行优化,分析该方法的敏感性和特异性,并检测其早期临床应用效果。结果表明：建立的PPV-LAMP-LFD检测方法最适反应温度为64℃,最佳反应时间为50 min;标记1 mL胶体金需要14μg FITC-mAb;该检测方法的最低检测限为1×10 copies/μL,比琼脂糖凝胶电泳和荧光定量PCR灵敏度高19倍;对猪伪狂犬病毒(PRV)、蓝耳病病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)和猪瘟病毒(CSFV)检测结果...     

猪博卡病毒PCR检测方法的建立及初步应用

为建立能够检测猪博卡病毒(PBoV)所有基因型的检测方法,本研究根据PBoV每个基因群(G1、G2和G3)的保守区域设计特异性引物,建立了检测PB V的PCR方法。特异性试验结果显示除PBoV外,其它猪病病原核酸扩增均呈阴性,具有较强的特异性;对pMD-GD6、pMD-GD18和pMD-GD4的最低检测限分别为4.64×10~3拷贝/μL、5.29×10~3拷贝/μL和1.16×10~3拷贝/μL,敏感性较高;采用该方法对39头份猪的肝脏、肺脏、脾脏和小肠内容物进行检测,阳性率为74.4%(29/39)。其中G1群PBoV的检出率最高,G2群检出率最低;G1群和G3群在4种样品中均有检出,G2群只在小肠内容物中有检出;同时本研究首次在肝脏中检出该病毒。本研究结果表明,PBoV感染情况复杂,存在多基因型的混合感染。本研究为进一步对病毒进行基因分型和致病性研究提供检测依据。     

猪肺炎支原体检测芯片的研制及初步应用

本研究探索建立一种新的基因芯片方法检测和鉴定猪肺炎支原体。在猪肺炎支原体的16SrRNA、P36和P463个基因内设计3个靶基因片段,用PCR标记Cy3探针,建立了用于检测和鉴定猪肺炎支原体的检测芯片。试验结果显示,猪肺炎支原体与检测芯片的3个靶基因（Mhp-16S、Mhp-P46和Mhp-P36）杂交呈阳性,猪鼻支原体只与Mhp-16S靶基因杂交呈阳性,其它所测细菌和病毒不与检测芯片的靶基因杂交。检测芯片的检测灵敏度和PCR相同,能达到10pg基因组DNA／50μL标记体系或反应体系。用检测芯片鉴定了3株疑似猪肺炎支原体临床分离株,结果有2株为猪肺炎支原体,1株为其它猪支原体。用检测芯片、P36-PCR和分离鉴定分别对45头病猪临床样品选择混合培养物中的猪肺炎支原体进行了检测,结果它们的检出率分别为20％（9／45）、22．2％（10／45）和8．9％（4／45）。检测芯片还检出有26．7％（12／45）的病猪感染了其它猪支原体。试验结果表明,所建立的检测芯片是一种快速检测和鉴定猪肺炎支原体的敏感特异性方法。     

猪Kobu病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了对猪Kobu病毒进行快速诊断及流行病学监测,根据GenBank中公布的9条猪Kobu病毒基因组全序列,在3CD非结构蛋白保守区域设计并合成了2对特异性引物,建立了猪Kobu病毒的巢式RT-PCR检测方法,并用该方法对猪Kobu病毒DX株动物回归试验发病的25头仔猪的组织病料以及送检的72份临床样本进行检测.结果表明,使用该方法对25头发病猪内脏病料的阳性检出率为100％;对送检的72份临床样品的阳性检出率为87.5％ (63/72).该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于猪Kobu病毒的临床快速诊断及流行病学监测.     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的RT-PCR检测方法,根据GenBank中登录的PEDV M基因序列,设计并合成1对特异性检测引物,PCR产物为457 bp。结果显示:特异性试验,猪瘟病毒(CSFV)、大肠杆菌、伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均为阴性,具有好特异性;敏感性试验,最低可检测到2.3×10-3μg/μL的PEDV DNA;126份临床上疑似为PEDV感染的病料,RT-PCR检测结果与商品试剂盒符合率为100%。表明本试验建立的PEDV RT-PCR检测方法可用于临床上PEDV感染引起的传染病病原学检测。     

猪流行性腹泻病毒LAMP检测方法的建立及初步应用

猪流行性腹泻病毒是引起仔猪腹泻死亡的主要病原。为实现对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的快速检测,利用PEDV S基因设计特异性引物,通过优化各种反应条件,建立了检测PEDV的环介导等温扩增快速检测方法(LAMP)。此方法特异性好,敏感度强,将反转录后的病毒c DNA稀释到108倍仍可检出,是PCR方法的100倍。本研究建立的LAMP方法操作简便、灵敏度高、特异性强,为临床PEDV的快速检测和预防奠定基础。     

猪支原体肺炎LAMP-LFD快速检测方法的建立及初步应用

旨在采用环介导等温扩增（LAMP）和横向流动试纸条（LFD）相结合的方法,建立一种快速、特异,过程可视化的猪肺炎支原体（Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp）检测方法。针对猪肺炎支原体（Mhp）P36基因设计5套特异性引物和1条异硫氰酸荧光素（FITC）标记的探针,进行LAMP扩增反应。将生物素标记的LAMP产物与FITC标记的探针进行特异性杂交,并使用横向流动试纸条完成扩增产物的检测。经优化,LAMP最佳反应条件为65℃,反应15 min,从基因组DNA提取到LFD结果判断只需40 min左右,比常规PCR技术缩短近2 h。LAMP-LFD可特异性地检出猪肺炎支原体（Mhp）,对猪鼻支原体（Mhr）及猪圆环病毒（PCV）等常见猪病病原的检测结果为阴性。灵敏性试验表明,LAMP-LFD对Mhp的检测灵敏度为1×10⁰个拷贝DNA,是普通PCR的1 000倍。利用本方法可从采集的88份临床疑似病料样品中检测到64份阳性,国标PCR方法可检测到56份阳性,符合率可达90.9%。综上,本研究建立的LAMP-LFD方法可特异、准确地应用于Mhp的检测,而且灵敏度高、操作简单、仪器设备依赖性低、检测成本低、耗时短,适合基层实验室、应急检测或现场监测等使用,具有较高的推广价值,有望发展成为Mhp快速检测的有效手段。     

猪支原体肺炎LAMP-LFD快速检测方法的建立及初步应用

旨在采用环介导等温扩增(LAMP)和横向流动试纸条(LFD)相结合的方法,建立一种快速、特异,过程可视化的猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mhp)检测方法。针对猪肺炎支原体(Mhp)P36基因设计5套特异性引物和1条异硫氰酸荧光素(FITC)标记的探针,进行LAMP扩增反应。将生物素标记的LAMP产物与FITC标记的探针进行特异性杂交,并使用横向流动试纸条完成扩增产物的检测。经优化,LAMP最佳反应条件为65℃,反应15 min,从基因组DNA提取到LFD结果判断只需40 min左右,比常规PCR技术缩短近2 h。LAMP-LFD可特异性地检出猪肺炎支原体(Mhp),对猪鼻支原体(Mhr)及猪圆环病毒(PCV)等常见猪病病原的检测结果为阴性。灵敏性试验表明,LAMP-LFD对Mhp的检测灵敏度为1×10~0个拷贝DNA,是普通PCR的1 000倍。利用本方法可从采集的88份临床疑似病料样品中检测到64份阳性,国标PCR方法可检测到56份阳性,符合率可达90.9%。综上,本研究建立的LAMP-LFD方法可特异、准确地应用于Mhp的检测,而且灵敏度高、操作简单、仪器设备依赖性低、检测成本低、耗时短,适合基层实验室、应急检测或现场监测等使用,具有较高的推广价值,有望发展成为Mhp快速检测的有效手段。     

新疆地区4种猪病多重PCR检测方法的建立与初步应用

本试验旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mh)的多重PCR检测方法。参考相关文献合成PRRSV、PCV2、PRV、Mh的特异性引物,通过对反应条件优化、特异性、敏感性测定,建立了可同时检测以上4种猪多发传染病的PCR诊断方法。扩增的片段长度分别为424 bp (PRRSV)、490 bp (PCV2)、298 bp (PRV)和360 bp (Mh),对其他常见猪病病原无特异性扩增,采用Multiplex PCR Master Mix对PRRSV、PCV2、PRV、Mh的核酸最低检出量为3个拷贝。采用多重PCR方法对60份临床样本反复检测,与单重PCR相比,4种病原符合率均为100%。结果表明,建立的多重PCR诊断方法可用于猪群中上述4种病原的单一或混合感染的快速鉴别诊断和流行病学调查。     

小反刍兽疫病毒液相芯片检测方法的建立及初步应用

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)液相芯片检测方法,根据Gen Bank上公布的PPRV的N蛋白基因序列高度保守区设计引物与探针;对探针进行C12臂修饰后与荧光编码微球偶联,将偶联后的探针与PPRV的PCR产物进行杂交,在Bio-Plex系统上读取荧光信号,建立了小反刍兽疫病毒液相芯片检测方法,并对该方法的特异性和敏感性进行了研究,最终用建立的方法对临床样本进行检测。结果显示,该方法只与PPRV基因的PCR产物反应,而不与其他病毒基因反应,可检出的最低基因拷贝数为5. 78×104copies/m L,表明该方法具有良好的特异性与敏感性。利用该方法对25份临床样本进行检测,共检出阳性样本15份,与传统PCR方法检测结果一致。本研究建立了小反刍兽疫病毒的快速液相芯片检测方法,为进一步建立多种外来动物疫病的液相芯片检测方法奠定了基础。     

猪德尔塔冠状病毒抗体间接ELISA检测方法的建立及初步应用

通过DNAStar Protean软件对猪德尔塔冠状病毒(porcine Deltacoronavirus,PDCoV)N蛋白氨基酸序列进行分析,选取抗原性较强的区段(265～342 aa),根据大肠杆菌密码子使用的偏嗜性进行优化设计并人工合成了对应的基因片段N-Opti.利用融合表达载体pET-32a进行原核表达,获...     

猪伪狂犬病病毒直接免疫荧光检测方法的建立及初步应用

为建立一种快速、敏感、准确的猪伪狂犬病病毒(PRV)直接免疫荧光检测方法(DFM),本研究通过制备并纯化PRV gE蛋白单克隆抗体(MAb),将其标记异硫氰酸荧光素(FITC)后对荧光抗体的最佳工作条件进行摸索;并对荧光抗体的特异性、敏感性、重复性和稳定性进行测定;应用DFM对从临床收集的83份疑似病料进行检测,同时用PCR检测作为对照,计算符合率。结果显示,本研究制备FITC标记抗体的F/P比值为2.578±0.012,符合标准;荧光抗体的最佳工作条件为:使用固定剂(60%丙酮+40%乙醇)于-20℃固定20 min,抗体工作浓度为15μg/mL,抗体孵育时间为1 h;荧光抗体能在10~7病毒稀释度(1×TCID50)检出阳性信号,与PCV2、PPV、PRRSV、CSFV、PRV Bartha-K61均无交叉反应;批内和批间重复性良好,-20℃保存5个月染色后荧光强度仍稳定;83份临床样品检测结果显示,DFM与PCR的符合率为74.7%,其中淋巴结和扁桃体的符合率较高,分别为85.7%和93.3%。本研究建立的PRV直接免疫荧光检测方法为临床PRV检测和复合诊断奠定基础,适用于临床推广。