生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)

本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论Swiss-Prot数据库的组合结构,给出Swiss-Prot数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典．并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。     

基于SQL Server的蛋白质二级结构预测样本集数据库的构建

基于SQL Server数据库管理系统,将蛋白质二级结构预测的样本集CB513、CB396和RS126组织起来,建立了数据库DataSet,并配置了一个IIS服务器以方便网络查询.该数据库将蛋白质二级结构预测样本集有效地组织起来,实现了规范化、结构化统一管理,便于存储、检索和分析数据,减少错误的发生.通过该数据库可以提取供蛋白质二级结构预测研究的样本、序列转换、变换编码以及分析评价预测结果等,取代许多传统编程处理文本文件的繁琐工作,大大提高效率,促进工作的开展.     

生物序列的语义分析与第二密码规则的探索

生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。生物序列语义分析的内容包括词法与语法的分析,它们是在分子水平基础上的生物语言分析,有关的变化规则我们称之为生物序列中的第二密码规则。本文以Swiss-Prot数据库为基础,利用频率统计、组合分析与信息的度量关系等数学工具,分析蛋白质一级结构序列中的词法规则,给出了关于蛋白质一级结构序列的几种稳定性的度量指标及其相应的稳定性理论,并探讨了它们在蛋白质演变与蛋白质工程中可能产生的应用。     

基于Kriging代理模型的多点加点序列优化方法

基于Kriging 代理模型提出了一种同时考虑预测响应值及其不确定性的多点加点准则,并基于该准则发展了一套序列近似优化方法。多点加点准则基于初始样本信息和所预测的对象函数特征增加新样本集,以在寻优迭代过程中自适应地提高代理模型的精度。该文方法依据多点加点准则在一次迭代中增加多个空间无关的新样本点,适用于多机同时计算或并行计算,从而提高计算效率。以两个经典的数学函数为例,将该优化方法与期望提高准则方法进行了比较,结果表明该文提出的优化方法能够有效地提高最优解的全局性。将方法用于一盒式注塑件的成型工艺优化设计,优化结果也表明了该方法的有效性。     

基于贝叶斯法的复杂有限元模型修正研究

从概率思维角度出发,证明基于最大熵原理的贝叶斯反分析准则函数法和解不适定问题的正则化方法是一致的,提出一种基于信息融合和贝叶斯理论的模型修正方法。该方法采用试验设计构造样本,采用二次响应面作为快速运行模型,通过响应面自身的特性和精度要求进行收敛判断,在响应面迭代中确定信息融合系数（设计规范、有限元计算信息、实测信息）和待修正的设计参数值。该方法充分利用先验信息,迭代计算量较小,可推广至大型复杂非线性结构。某抽水蓄能电站地下厂房结构的有限元模型修正结果验证了该方法的有效性     

基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型

<正>确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,multi-state和mixed-state,用Jackknife验证模型,预测的折叠速率和实验验证的折叠速率相关系数分别为0.790,0.829和0.778。本文结果表明四阶局部结构信息熵和折叠速率有很高的负相关性;蛋白质的长度和蛋白质的折叠速率成反比关系;螺旋的含量会加快蛋白质的折叠过程。对two-state蛋白质β折叠的含量会减慢蛋白质的折叠过程;和其他模型相比,我们提出的线性回归模型具有输入参数少,计算简单,平均绝对误差小的优点。     

应用优化的隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构

针对3-状态隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质二级结构准确率不高的问题,提出了7-状态和15-状态HMM.研究对象为CB513数据集合中筛选出的492条蛋白质序列,将其随机均分7组.分别应用7-状态和15-状态HMM对以上数据集进行二级结构预测,对预测准确率进行了7-交叉验证,并将预测结果与应用3-状态HMM的预测结果进行了比较.结果表明,应用7-状态HMM,Q3准确率提高3.11%,SOV提高6.15%,QE提高6.49%;应用15.状态HMM,QE比7-状态HMM又提高5.74%.在15-状态:HMM预测中加入序列的同源信息后,Q3准确率比单序列15-状态HMM增加8.76%.结果表明,7-状态HMM预测能力优于3-状态HMM,15-状态HMM总体预测能力和7-状态HMM相当,但β折叠预测能力强于7-状态HMM.     

螺杆冷水机组稳态仿真

为预测螺杆冷水机组在不同结构参数下的变工况特性，提出了标准螺杆冷水机组，带经济器一级节流螺杆冷水机组和带经济器二级节流螺杆冷水机组稳态仿真模型和算法。其中，压缩机压缩过程描述为多变过程；压缩机补气过程描述为等容、绝热混合过程；电子膨胀阀膨胀描述为等焓过程；壳管式冷凝器以及满液式蒸发器用对数平均温差方法计算。模型计算结果表明，仿真模型定性合理。     

基于多传感器信息融合的结构损伤识别研究

针对结构健康监测系统中的传感器数量多、数据信息复杂的特点，从模式识别和局部控制、全局参与的思想出发，提出了多传感器信息融合方法对结构损伤进行识别。首先应用小波包变换对结构振动测试数据进行特征提取，通过不同传感器特征向量的合成完成数据层融合；然后建立三个耦合神经网络分别实现结构损伤的确认、定位及定量，并完成决策层的信息融合；最后进行了36个损伤工况的结构模型实验研究，验证了所提出的方法是可行的和有效的。从实验验证的结果来看，对损伤率在7．5％以上的结构，损伤识别精度较高；对于损伤确认和损伤定位，识别精度较高，而对于损伤程度识别有一定偏差。     

基于ARMA模型的地铁站环控系统能耗预测

本文通过对时间序列的研究分析,提出一种基于自回归移动平均(ARMA)模型来预测地铁站环控系统能耗的方法。对采集的地铁站环控系统能耗数据进行平稳性检验和白噪声检验;依据数据样本的自相关系数、偏自相关系数及AIC准则确定模型最优参数,建立可有效预测地铁站环控系统能耗的ARMA模型;采用4种方法对拟合模型的有效性进行检验;利用平均绝对误差(MAE)和均方根误差(RMSE)对模型拟合效果进行分析。结果表明,该方法能够有效提取能耗数据中有用的信息,MAE和RMSE分别可达0.101和0.470,对于地铁站环控系统能耗预测具有较高的拟合精度。     

随机输入下附属结构的位置优化

首先推导了随机输入下单个附属结构和多个附属结构的动力响应表达式,以此进一步分析了影响附属结构最优位置的各个因素,并提出了利用遗传算法进行附属结构位置优化的方法.最后用一个10层剪切结构作为算例,利用遗传算法并采用权重系数变换法进行了多个附属结构的多目标位置优化.     

一种新的预测蛋白质二级结构的模型-贝叶斯神经网络

提出了一种新的基于贝叶斯神经网络（BNN）的蛋白质二级结构预测方法。计算结果表明,BNN的性能优于反向神经网络（BPNN）,平均Q3精度在四组交叉证实数据集与测试数据集下分别提高了3．65％和4．01％;还提出了一种有效缩短马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）模拟过程中“burn in”阶段的交叉证实初值选取方法。     

一种改进型FX结构在线建模有源噪声抵消系统

次级通道等声信道的存在是ANC系统区别于自适应信号处理的最主要特征.它们的存在使得系统不再是一个单纯的电学问题,更多的涉及到声场的研究.次级通道使得控制滤波器产生的次级噪声不能立即和主输入噪声进行相消干涉,这降低了系统的性能.正是由于这一通道的存在,建模速度和建模准确性将直接影响系统的性能.文中针对水下潜艇被动声纳平台接收端有源降噪技术,提出一种新型的FX结构在线建模ANC系统,该系统增加了控制滤波器误差输出预测滤波模块,降低了控制滤波器误差输出对建模的不利影响,大大提高了建模精度和系统收敛性能.通过计算机仿真,以及对真实海试数据的处理结果可以直观的看到,该种方法使得系统的总体性能得到显著提高.     

2种碱化剂对压水堆二回路结构材料腐蚀行为的影响

为考察碱化剂抑制压水堆二回路结构材料腐蚀的情况,通过腐蚀失重法、电化学极化曲线、扫描电镜(SEM)以及小角XRD分析等方法研究了模拟压水堆二回路水化学环境中分别添加乙醇胺(ETA)和氨水(NH_3·H_2O)_2种碱化剂对A508Ⅲ钢和P22钢2种结构材料的腐蚀行为的影响。结果表明:2种结构材料腐蚀速率均在10~(-1)~10~(-2)mg/(dm~2·h)之间,但在ETA中腐蚀电流密度更小,腐蚀速率也更低。在2种结构材料表面形成的主要腐蚀产物均为Fe_3O_4,SEM观察到在ETA中生成的腐蚀产物较为致密。比较ETA与NH_3·H_2O的物化性能,可知在高温水(280℃)中ETA的挥发性能弱于NH_3·H_2O,因此添加ETA的溶液的pH值更高,pH值的不同决定了2种材料的溶液腐蚀行为的差异。综上所述,二回路结构材料在ETA环境中的耐蚀性能更好。     

利用专利资源的二次创新方法研究

创新按其始创性分为原始性创新和延伸扩展性的二次创新。本文提出了利用专利进行二次创新作为我国发挥后进优势提升企业整体创新能力的可能性和现实性,着重介绍如何有效地利用专利的流程介绍和二次创新方法,提出利用专利进行二次创新的两种方法：卡片剪纸对照法和剥离法。最后对其作了产出和效益的分析,从实例和分析中说明了创新的效益可以表现在对经济增长、生态环境和社会的总效益的贡献上。     

密度副基准的量值复现

介绍了静力称量法基本原理、测量装置及测量过程、参数控制。采用静力称量密度量值传递方法实现了从单晶硅球密度到副基准密度计组全部137只浮计的量值复现,并对不同密度段的基准浮计进行了测量不确定度评估。     

Secondary processes in the evolution of sputter-topographies

Topographies of silica glass surfaces developed by 20 keV Ar⁺ irradiation contain features which are not adequately explained by considering only the variation of sputtering yield with the ion-incidence angle. These features are sharply defined and could lead to serious misinterpretation of specimen structures when sputter-erosion is used as a microscopic sectioning technique. Three mechanisms are discussed which together could account for the observed discrepancies, the first being ion-reflection at grazing incidence, the second the phenomenon of forward-peaked emission of high-energy secondary particles under irradiation at high angles of incidence and the third being re-deposition of sputtered material onto closely adjacent planes. A general expression is derived for this latter mechanism for a cosine spatial distribution of sputtered particles.     

二次掏槽

地下掘进的掏槽,其方式及参数已有相当研究,但装药结构却未予以足够的重视。本文介绍了微差二次掏槽的装药结构,取得了良好的效果,改善了本矿多年破爆效率较低的情况。