不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。     

不同模式金刚虾养殖水体和肠道微生物菌群变化分析

为了探究不同养殖模式对金刚虾（Penaeus monodon）养殖水体菌群和虾体肠道菌群的组成及其差异,以低盐土池养殖（盐度：8.3‰,简称低盐土池组）、低盐高位池养殖（盐度：7.8‰,简称低盐高位池组）和高盐高位池（盐度：23.4‰,简称高盐组）3种养殖模式下的金刚虾为试验对象,利用高通量测序技术,对其在40 、80和120 d时养殖水体菌群和虾体肠道菌群结构及其多样性进行了研究。结果显示,不同养殖模式养殖水体和虾体肠道菌群在对虾不同阶段中的变化差异有统计学意义（P<0.05）。低盐土池、低盐高位池、高盐高位池水体中分别检测出微生物1 005、1 443、1 282种,分别隶属于26、29、29个门;肠道中分别检测出微生物1 521、877、451种,分别隶属于38、23、21个门。不同模式金刚虾养殖水体菌群的优势门分别为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝藻门（Cyanobacteria）和脱硫杆菌门（Desulfobacterota）,如虾体肠道中的优势门分别为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝藻门。分属变形菌门的红杆菌科（Rhodobacteraceae）均为水体和肠道中的优势菌,分属厚壁菌门的乳杆菌科（Lactobacillaceae）仅在金刚虾肠道中表现为优势;在金刚虾肠道中,红杆菌科是养殖前期主要的优势菌,乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）在养殖后期肠道中表现出绝对优势。结论 不同养殖模式金刚虾养殖水体和肠道菌群存在明显差异,高盐高位池中红杆菌科和乳杆菌科的相对丰度显著优于低盐土池和低盐高位池。     

右旋柠檬烯对双酚A环境下荷MCF-7乳腺癌裸鼠粪便中生物多样性的影响

目的 观察右旋柠檬烯对荷MCF-7乳腺癌的裸鼠肠道微生物的影响。方法 30只裸鼠接种MCF-7后，随机分为5组，模型组(每天给予蒸馏水),双酚A+右旋柠檬烯低、中、高剂量组(80、160、320 mg/kg),双酚A组(1 mL/kg),每组6只；每天灌胃给药1次，连续6周，接取新鲜粪便，提取粪便基因组DNA,并进行PCR扩增，构建文库后上机测序，下机数据中拆分出各样本数据，经过严格的过滤处理得到高质量的Clean Tags,删除嵌合体序列后得到有效数据(effective tags)用于微生物多样性的分析。结果 接种肿瘤后细菌种类和丰度下降，右旋柠檬烯治疗后肠道菌群种类和丰度增加，肿瘤组在门水平上厚壁菌门与拟杆菌门比例接近，双酚A组和右旋柠檬烯组的拟杆菌门菌数量增加。在属水平上，与肿瘤对照组(H组)相比，双酚A及右旋柠檬烯组的乳杆菌显著下降，异戊酸杆菌属显著增加，狄氏副拟杆菌在肿瘤组和双酚A组显著下降，而喂食右旋柠檬烯后该菌增加。结论 右旋柠檬烯显著影响了乳腺癌裸鼠肠道菌群的数量和丰度，拟杆菌门和异戊酸杆菌是优势菌群。     

铅及益生菌对发育期大鼠肠道菌群结构的影响

文章探究慢性铅暴露对发育期SD大鼠肠道菌群结构的影响,并采用益生菌定殖的手段进行稳态修复。从围产期开始对母鼠给予含醋酸铅(125 mg/L)的饮用水,暴露持续至子代鼠出生后第21天(断奶期)。益生菌摄入同期完成,摄入量为每日10~(10) CFU。铅暴露结束后收集幼鼠盲肠内容物,提取微生物总DNA,进行荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析,检测盲肠内容物中各菌的相对丰度。幼鼠体重在各组间未呈现显著差异。慢性铅暴露引起厚壁菌(Firmicutes)与拟杆菌(Bacteroidetes)的优势地位发生翻转,厚壁菌相对丰度升高,拟杆菌相对丰度下降,γ-变形菌(γ-Proteobacteria)的相对丰度升高。益生菌定殖可逆转上述菌群结构的失衡,使所述细菌相对丰度恢复到非暴露组的水平,帮助维持肠道菌群稳态。     

高脂高糖饮食对巴马小型猪肠道菌群的影响

目的 探讨高脂高糖饮食8个月对巴马小型猪血脂和粪便中肠道菌群的影响。方法 将10头巴马小型猪随机分为对照组(n=3)和实验组(n=7),对照组小型猪正常喂养，实验组给予高脂高糖饮食。各组动物分别于实验前及实验8个月后进行空腹采血，检测三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇等血脂指标。实验8个月后无菌采集各动物粪便，采用16S rRNA测序技术检测肠道菌群组成。结果 高脂高糖饮食8个月后，实验组粪便中肠道菌群物种数量未见明显改变，厚壁菌门相对丰度增加，拟杆菌门和变形菌门丰度降低(P<0.05)。实验组小型猪体质量、三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇水平均显著高于对照组(P<0.05)。结论 高脂高糖饮食可以增加巴马小型猪粪便中厚壁菌门相对丰度，降低拟杆菌门和变形菌门相对丰度，提示这些肠道菌群的失调可能参与调节了宿主高脂血症的发生。     

降血压活性卡拉胶钾的肠道菌群调节作用研究

为了研究κ-卡拉胶与钾元素结合产物的降血压作用机制,采用高通量测序和生物信息学分析了低分子质量卡拉胶钾(LCP)对肠道微生物群的调节作用。研究发现,LCP对原发性高血压大鼠有稳定且持续的降压作用,与对照组相比,最终降压幅度约为18mmHg(2.3kPa)。以盲肠内容物为研究对象,通过研究其短链脂肪酸的种类和含量变化,发现LCP组肠道内乙酸、异丁酸、丁酸的含量与空白组相比显著升高,其中异丁酸产量变化差异性尤为明显。盲肠内容物的16S rRNA测序结果显示,与空白组相比,LCP组的厚壁菌门与拟杆菌门的比值降低,菌群丰度升高,且产丁酸的瘤胃球菌的数量占明显优势。实验结果表明,LCP可能通过肠道菌群调节作用,实现促进肠道生态失调的健康恢复和治疗高血压的作用。     

太原地区健康成年人肠道菌群结构及其与BMI关系初探

以太原地区健康成年人为研究对象,根据BMI指数将其分为3组,采集粪便样本提取DNA,进行肠道菌群16S rDNA高通量测序、OUT聚类、物种注释以及生物信息分析,探讨健康成年人肠道菌群分布特点及其与BMI的关系。结果表明:太原地区健康成年人肠道菌群分12个菌门、139个菌属,在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)(占51.16%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(占33.29%)、变形菌门(Proteobacteria)(占10.95%)、放线菌门(Actinobacteria)(占2.49%)为主,占到微生物总量的98%;在属水平上以拟杆菌属(Bacteroides)(占20.65%)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)(占7.10%)、毛螺菌属(Lachnospira)(占5.52%)、普氏菌属(Prevotella)(占4.81%)、Lachnoclostridium(占3.93%)、Parasutterella(占3.86%)、[Eubacterium]rectale group(占2.95%)、杆菌属(Dialister)(占2.84%)、Subdoligranulum(占2.82%)、Phascolarctobacterium(占2.79%)为主,占微生物总量的57%;健康成人肠道菌群复杂多样,但主要菌群相对稳定,BMI与肠道菌群具有一定的相关性。     

不同摄入量小米对小鼠肠道菌群和短链脂肪酸的影响

摄入一定量杂粮可降低一些慢性代谢疾病的发病率,但目前杂粮摄入量没有统一的标准,尚不清楚杂粮摄入过多是否会对健康产生不良影响。以小米添加量为20%、40%、60%、80%的饲料喂养3周龄C57BL/6J小鼠,持续12周,采用自动血生化分析仪、16S rRNA高通量基因测序、气相色谱-质谱联用仪分析了不同摄入量小米对小鼠血脂水平、肠道菌群和粪便短链脂肪酸的影响。结果发现,80%摄入量的小米显著增加了小鼠血清的总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇的水平,同时增加了肠道丙酸、丁酸、异丁酸和戊酸的含量。肠道菌群分析结果表明,所有小米干预组的拟杆菌门(Bacteroidota)、Muribaculaceae的丰度上升,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌属 (Bifidobacterium)的丰度下降。摄入不同添加量小米的小鼠肠道菌群组成具有较大差异,其中20%小米摄入量组的小鼠菌群中显著富集了另枝菌属(Alistipes)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、肠杆菌属(Enterorhabdus),而80%摄入量小米显著降低了小鼠菌群中的粪杆菌属(Faecalibaculum)、布劳特氏菌属(Blautia)和罗氏菌属(Roseburia)的丰度。研究结果表明,20%摄入量的小米就能有效调节小鼠肠道菌群,而过高摄入量(80%)的小米使小鼠血脂水平升高,降低了肠道菌群的多样性和均匀度以及有益菌的丰度,所以要理性看待杂粮的营养价值,避免过量摄入。     

PCR-DGGE法分析海参花酶解物对小鼠肠道菌群的影响

为研究海参花酶解物对小鼠肠道微生物的影响,对灌喂生理盐水、海参花酶解物(低、中、高剂量)、抗坏血酸的小鼠粪便样品采用PCR-DGGE技术勘察其微生物的群落结构及动态变化。结果表明:小鼠粪便样品中的微生物主要有拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Probeobecteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、脱铁杆菌门(Deferribacteres)以及未鉴定的细菌克隆子等,其中拟杆菌门、变形菌门为优势类群。随着实验的进行,灌喂海参花酶解物样品的DGGE图谱逐渐聚类在一起,并与空白组分开,且未鉴定克隆子的比例增加。不同的海参花酶解物浓度对小鼠肠道微生物群落影响也不同。随着灌喂时间的延长,灌喂抗坏血酸组对小鼠肠道微生物的影响逐渐显现,并与灌喂海参花的某些样品聚在一起。说明灌喂海参花酶解物后改变了小鼠肠道菌群结构。     

苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

[目的]研究苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响。[方法]将10只自发性高血压大鼠(Spontaneously Hypertensive Rats,SHR)随机分成常规饮食对照组和苦荞饮食组,对照SHR(SHR-C)正常饮食,苦荞饮食组SHR(SHR-TBW)全荞麦饮食,第3、6和12周无菌收集SHR粪便样本,16S rDNA V3-V4区扩增,Hiseq高通量测序后进行比对和分类。[结果]SHR-C和SHR-TBW大鼠肠道菌群结构及组成多样性有显著性的差异。随时间厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteriodetes,F/B)值从0.22增加到1.89;未知不可分类的菌群从16.52%增加到50.65%;Allobaculum、丁酸弧菌属、毛螺菌属和变形菌菌属是SHR-TBW饮食的优势菌群。[结论]苦荞饮食能重构高血压肠道菌群,饮食干预可有效改善血压。     

基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群.共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属 Firmicutes(40.55％),Proteobacteria(34.60％)和 Bacteroidetes...     

An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest

The worldwide obesity epidemic is stimulating efforts to identify host and environmental factors that affect energy balance. Comparisons of the distal gut microbiota of genetically obese mice and their lean littermates, as well as those of obese and lean human volunteers have revealed that obesity is associated with changes in the relative abundance of the two dominant bacterial divisions, the Bacteroidetes and the Firmicutes. Here we demonstrate through metagenomic and biochemical analyses that these changes affect the metabolic potential of the mouse gut microbiota. Our results indicate that the obese microbiome has an increased capacity to harvest energy from the diet. Furthermore, this trait is transmissible: colonization of germ-free mice with an 'obese microbiota' results in a significantly greater increase in total body fat than colonization with a 'lean microbiota'. These results identify the gut microbiota as an additional contributing factor to the pathophysiology of obesity.     

Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity

Two groups of beneficial bacteria are dominant in the human gut, the Bacteroidetes and the Firmicutes. Here we show that the relative proportion of Bacteroidetes is decreased in obese people by comparison with lean people, and that this proportion increases with weight loss on two types of low-calorie diet. Our findings indicate that obesity has a microbial component, which might have potential therapeutic implications.     

肥胖抵抗现象及其机制研究

随着肥胖症在全球迅速蔓延,国内外学者对肥胖的研究也逐渐深入,食源性肥胖抵抗（diet-induced obesity resistance,DIO-R）表现为肥胖易感程度低,与肥胖机体相比能量代谢状况较好,是机体能量代谢研究中较新的研究方向。本研究探讨了现阶段国内外肥胖抵抗大鼠的主要筛选方法,就食源性肥胖抵抗与食源性肥胖（diet-induced obesity,DIO）机体代谢差异最新研究成果进行综述,从瘦素敏感性、胰岛素敏感性、脂联素水平、食物利用率等方面分析了肥胖抵抗现象的发生机制,并从运动生理生化的角度提出现阶段肥胖抵抗研究存在的问题,对肥胖抵抗大鼠代谢及机制差异的研究前景进行展望。     

基于高通量测序研究锦屏极深岩层微生物多样性

本研究旨在探索中国锦屏地下原始极深环境中极端微生物群落结构及功能。本研究采用高通量测序技术对锦屏极深环境中4个岩石样品和7个水样中存在的微生物群落进行了研究,共获得732 477条高质量序列(Clean tags),可聚类到1 318个有效OTUs,各样品菌群之间存在一定差异,但其优势菌门一致,为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。采用PICRUSt分析了样品菌群对应的基因功能,结果表明涉及碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等基因功能的丰度最高。结果表明锦屏地下原始极深环境中微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定。     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

复方葛根片对衰老大鼠胸主动脉损伤的保护作用

为研究复方葛根片对D-半乳糖致大鼠衰老后血清中同型半胱氨酸（Hcy）水平的影响及胸主动脉损伤的保护作用,将大鼠分为模型组,正常组,复方葛根片高、中、低剂量组。采用皮下注射D-半乳糖的方法制备大鼠衰老模型,运用AU5800全自动生化仪测定血清中Hcy的含量,运用SPSS16分析各Hcy含量和体重差异。对大鼠胸主动脉进行HE染色,在光镜下观察血管的组织病理学病变。研究结果表明,模型组与正常组以及各给药组与模型组的Hcy水平、体重均存在显著性差异(P<0.01)）。复方葛根片各剂量组对胸主动脉血管具有不同程度的保护作用,高剂量组的保护作用最明显。 研究认为复方葛根片能降低D 半乳糖致衰老大鼠血清中Hcy水平,并对胸主动脉的血管损伤具有保护作用。     

Prediction of Liquid-Liquid Equilibrium Using the Group Solubility Parameter Model

The group solubility parameter （GSP） model was used to analyze the liquid-liquid equilibrium （LLE） of ternary and quaternary systems. The GSP parameters are divided into four dimensions representing the four major intermolecular forces. The values of the parameters were determined by regression using the nonlinear SIMPLEX optimization method to fit the LLE data of 548 ternary and 26 quaternary systems selected from the literature. LLE predictions of 8 ternary systems were then made using the fit parameters. Comparison of the results with predictions using the modified UNIFAC model shows that the GSP model has less adjustable parameters to achieve a similar accuracy and that the parameter values are easily acquired by analysis of available data.     

糖基化终末产物对正常大鼠肾脏的有害作用及拟黑多刺蚁醇提物抑制糖基化作用实验研究

目的研究糖基化终末产物对正常大鼠肾脏功能和结构的有害作用及拟黑多刺蚁醇提物对糖基化的抑制作用.方法用大鼠血清蛋白在体外进行糖基化反应,将反应2个月的糖基化血清蛋白(Glycation serum protein,GSP)经尾静脉注射Wistar大鼠体内,运用病理形态学、生物化学等方法重点观察了糖基化反应产物对正常大鼠肾脏功能、结构的影响,并从整体和肾脏糖基化、自由基及肾小球病变等方面探讨肾脏病变发生机制,为糖基化在DM肾病发病机制中的作用提供更直接的证据.并在体外建立糖基化体系,应用该体系,以氨基胍为阳性对照物,研究了拟黑多刺蚁醇提物抑制糖基化的作用.结果大鼠体外GSP注射后,可使健康大鼠血浆、肾皮质AGEs明显升高,肾脏功能和结构受到明显的改变,使红细胞及肾脏发生明显自由基代谢异常,这些改变与DM的改变极为相似,提示糖基化反应在DM肾病发病机制中可能起重要的作用.结论外源性给予GSP引起正常大鼠肾脏结构和功能明显损害,拟黑多刺蚁醇提物具有明显抑制糖基化的作用.     

Alterations in cecal microbiota of Jinhua piglets fostered by a Yorkshire sow

Gut microbiota health and diseases. Several play important roles in host factors, in particular antibiot- ics, affect the gut microbiota of pigs. Cross-fostering has been applied as a regular practice to equalize litter size, reduce pre-weaning mortality and increase body weight. However, the effect of cross-fostering on cecal microbiota is unclear. In this study, we fostered three Jinhua pigs to a Yorkshire sow. The fostered Jinhua piglets grew signifi- cantly faster than their biological siblings. To explore whether the cecal microbiota of piglets will alter during fostering, we characterized the cecal microbiota of allpiglets by examining the V3 hypervariable region ot 165 rDNA. We observed altered cecal microbiota in these piglets using the Illumina HiSeq 2000 platform, and this was accompanied with an increase in growth rate after fostering. The relative abundance of Bacteroidetes in the fostered Jinhua piglets was decreased compared with their biological siblings, although still higher in comparison with their new littermates. Beta-diversity analysis also showed that the cecal microbiota of the adopted Jinhua piglets differed from their biological siblings with a shift toward their step-siblings. Our data show that cecal microbiota of piglets were altered after cross-fostering while the growth rate increased.