水貂阿留申病毒、肠炎病毒与犬瘟热病毒多重PCR检测方法的建立与应用

目的水貂阿留申病、病毒性肠炎与犬瘟热并称影响水貂健康的三大疫病,拟建立一种可同时检测三种病毒的多重PCR检测方法。方法针对三种病毒基因保守区分别设计了3对特异性引物,对貂阿留申病毒(ADV)和水貂肠炎病毒(MEV)的DNA模板和犬瘟热病毒(CDV)的RNA模板进行了多重PCR扩增和扩增条件优化。结果 PCR可同时扩增出601 bp(ADV)、205 bp(MEV)和451 bp(CDV)的特异性目的条带,敏感性试验表明最低核酸检出量为ADV每微升2.67×10~4拷贝、MEV每微升3.02×10~4拷贝和CDV每微升1.72×10~5拷贝。临床样品检测结果表明多重PCR和单一PCR检测结果一致。结论建立的多重PCR检测方法可快速地检测ADV、MEV和CDV单一或混合感染的临床样品。     

鸡胚致死孤儿病毒（CELO）和鸡减蛋综合症病毒（EDS） 多重PCR检测方法的建立及初步应用

【摘要】目的 建立鸡胚致死孤儿病毒（CELO）和鸡减蛋综合症病毒（EDS）的多重PCR检测方法并进行初步应用。方法 参照GenBank提供的基因序列,设计了2对特异性引物分别扩增CELO长纤突蛋白和EDS六邻体蛋白的基因序列,建立检测CELO和EDS的多重PCR方法,考察该方法的特异性和敏感性,并使用该方法检测流感疫苗主种子批病毒是否存在外源性禽腺病毒的污染。结果 该多重PCR方法成功扩增得到了两条特异性目的条带,并经测序验证。该方法特异性好,灵敏度显示核酸最低检测量可达10-4ug/ml。使用该方法检测12批次流感疫苗主种子批病毒,外源性禽腺病毒的检测结果均为阴性。结论 成功建立鸡胚致死孤儿病毒和鸡减蛋综合症病毒的多重PCR检测方法,灵敏度高,特异性好。在流感疫苗主种子批病毒的外源性禽腺病毒的检测中具有很高的使用价值和应用前景。     

4株蚊媒病毒多重RT-PCR快速检测方法的建立

目的建立登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒的多重RT-PCR快速检测方法。方法参照病毒核酸序列设计多重RT-PCR引物,并检索GenBank国际基因序列数据库初步验证其特异性,随后对Mg2+、dNTP及引物浓度,RT-PCR反应条件进行优化,建立稳定、特异的多重RT-PCR快速检测4株病毒方法 ,并以同属于黄病毒科的登革3型病毒、登革4型病毒及甲病毒属基孔肯亚病毒、辛德毕斯病毒为对照,验证其特异性。结果应用多重RT-PCR反应体系,对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果 ;采用多重RT-PCR引物对登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒进行扩增,分别获得574、251、879、422 bp片段,与设计相符,而对照病毒组均无非特异性扩增条带。结论实验证明,所建立的多重RT-PCR方法能够快速地检测登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒,为其检测提供了一种方便易行的方法 。     

猪伪狂犬病病毒PCR检测方法的初步建立

目的 建立猪伪狂犬病病毒(PrV)的PCR检测方法 .方法 根据PrV gB基因序列,应用primer 5.0软件自行设计、合成一对引物进行PCR反应,优化反应条件,建立检测 PrV的PCR方法 ,并应用于临床样品的检测.结果 以PrV上海株细胞培养物DNA为模板,扩增出263 bp的特异性条带,对扩增产物进行克隆测序和BLAST在线比对,与 GenBank中PrV的gB序列一致.对临床样品进行PCR检测,与病毒分离结果 一致.结论 所建立的PCR方法 敏感、特异,可用于实验用猪伪狂犬病病毒的快速检测.     

先天致畸病原体感染多重PCR检测方法的建立

目的：建立先天多种病原体（ＴＯＲＣＨ）感染的多重ＰＣＲ诊断方法。方法：选择弓形虫、巨细胞病毒、Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒特异性基因片段,按照多重ＰＣＲ引物设计的特殊要求,各设计一对引物,以四种病原体标准株为模板进行扩增。找出各病原体最佳扩增条件,再进行综合分析,最终找到一个理想的多得扩增条件,结果：各病原体扩增片段及多重ＰＣＲ扩增条带均清晰、均一,产量较高,无非特异扩增,片段长度与理论值一致;ＤＮＡ测     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

多重半巢式聚合酶链反应检测巨细胞病毒DNA多聚酶基因

目的：探讨多重半巢式聚合酶链反应（msnPCR)在研究巨细胞病毒（CMV）DNA多聚酶基因（UL-54）中的应用价值。方法：从8例心肺移植患者血标本中提取DNA,以CMV-UL54为模板,自行设计6条特异性引物,建立msnPCR扩增系统。扩增产物在DNA测序仪上自动测序。结果：msnPCR能扩增出427bp和1052bp两条目的片段,扩增产物测序表面存在导致氨基酸改变的碱基有义突变。结论：msnPCR扩增结合测序,可检测CMV-UL54的7个功能区目片段中的碱基突变,msnPCR比普通PCR更加省时和经济。     

应用单管巢式多重PCR技术检测登革病毒及分型

目的建立一种单管巢式多重RT-PCR方法,以用于临床对于不同型别登革病毒混合感染的检测并分型。方法将1~4型登革病毒RNA混合,首先用1~4型病毒通用外引物进行一步法RT-PCR,然后以混合病毒RT-PCR产物为模板,在同一反应管内同时加入4对(5条)型特异性引物进行巢式多重PCR,结果用EB染色的3%琼脂糖凝胶电泳观察;并将其检测敏感性和特异性与该方法的单一病毒模板RNA扩增进行比较。结果经反应条件的优化,混合病毒模板单管巢式多重PCR可以在同一反应管内同时扩增出4条病毒特异性目的条带,分别为482、119、290、389 bp。其敏感性和特异性与单一病毒RNA的扩增相当,对模板RNA检测的敏感性可以达到66.068 copies/μl。结论该方法简便、快速、敏感、特异,可以根据扩增目的片段的大小进行诊断和分型,对于临床登革病毒混合感染病例的诊断和快速分型有应用价值。     

鸡胚致死孤儿病毒和鸡减蛋综合症病毒多重PCR检测方法的建立及初步应用

目的 建立鸡胚致死孤儿病毒(CELO)和鸡减蛋综合症病毒(EDS)的多重PCR检测方法并进行初步应用.方法 参照GenBank提供的基因序列,设计了2对特异性引物分别扩增CELO长纤突蛋白和EDS六邻体蛋白的基因序列,建立检测CELO和EDS的多重PCR方法,考察该方法的特异性和敏感性,并使用该方法检测流感疫苗主种子批病毒是否存在外源性禽腺病毒的污染.结果 该多重PCR方法成功扩增得到了两条特异性目的条带,并经测序验证.该方法特异性好,灵敏度显示核酸最低检测量可达10^-4μg/mL.使用该方法检测12批次流感疫苗主种子批病毒,外源性禽腺病毒的检测结果均为阴性.结论 成功建立鸡胚致死孤儿病毒和鸡减蛋综合症病毒的多重PCR检测方法,灵敏度高,特异性好.在流感疫苗主种子批病毒的外源性禽腺病毒的检测中具有很高的使用价值和应用前景.     

PCR技术在猴免疫缺陷病毒(SIV)感染模型中的应用

目的(1)建立RT PCR方法,定性测定SIV感染猴血浆中病毒RNA,比较其与传统血浆病毒分离方法的敏感性;(2)建立DNA PCR方法,检测SIV感染猴外周血淋巴细胞(PBMCs)中的前病毒DNA。(3)检验DNA PCR和RNA PCR方法在猴SAIDS模型应用中的实用性和可操作性。方法用SIVmac251静脉感染恒河猴,定期采血,从血浆中提取病毒RNA,以RNA为模板通过RT PCR法扩增,凝胶电泳定性;从感染猴PBMC中提取带有整合的SIV前病毒DNA的细胞基因组DNA,巢式PCR扩增,凝胶电泳定性。结果DNA PCR和RNA PCR经两轮扩增后均得到一长度为477bp的特异条带,测序鉴定确为目的片段。9只实验猴感染SIV后7d,RNA PCR结果为79阳性,DNA PCR结果为100%阳性,而血浆病毒分离只有59阳性;此后一直到感染后的42d,RNA PCR和DNA PCR的结果一直为100%阳性,而血浆病毒分离阳性率在感染后35d下降到49,到42d时下降为零。结论PCR方法比病毒分离方法的敏感性高。尤其是DNA PCR,既可检测具有活跃病毒复制的受感染细胞,又可检测那些携带病毒处于转录休眠期的细胞,所以在感染的早期和中后期———血浆病毒水平较低的情况下或病毒处于潜伏感染的阶段,它作为猴艾滋病(SAIDS)模型病毒学指标之一有其必要性和重要性。这个指标的检测方法应该是较血浆病毒RNA检测更为敏感。     

应用多重反转录PCR技术检测病毒性呼吸道感染

目的：为了寻求呼吸道感染病毒的快速诊断并指导治疗，建立一种多重反转录PCR体系。方法：分别设计针对肠病毒、腺病毒、乙型流感病毒和甲型流感病毒标准株的特异性引物，采用多重反转录PCR检测4种病毒。结果：应用此多重反转录PCR系统可以特异的同时检测到同一模板中的肠病毒、腺病毒、甲型流感病毒和乙型流感病毒。通过用多重反转录PCR和单一PCR对36份临床标本的检测相比较，结果表明多重反转录PCR的检测与单一PCR的检测结果是一致的。结论：通过与单一的PCR对比，证明该多重反转录PCR系统可替代单一的PCR用于肠病毒、腺病毒、甲型流感病毒和乙型流感病毒引起的呼吸道感染的快速诊断。     

快速检测肺炎链球菌recA、ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法建立及应用

目的：建立快速检测肺炎链球菌recA,ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法并应用。方法：设计肺炎链球菌的特异基因recA,ply及其菌属保守序列16SrRNA基因的引物,建立多重降落PCR的反应体系及条件,通过该方法检测13株标准菌株的基因以判定recA、ply、16SrRNA基因的检测特异性;并通过对不同稀释度肺炎链球菌DNA的检测判定该方法的灵敏度。最后,应用多重降落PCR方法检测98份痰标本的肺炎链球菌,并与细胞培养法进行比较。结果：建立的多重降落PCR方法检测肺炎链球菌的特异性达100％,灵敏度达5pg／μL,该方法对98份痰标本中肺炎链球菌的检测结果与细胞培养法一致。结论：成功建立检测肺炎链球菌的多重降落PCR方法,灵敏度高,特异性强,可用于临床标本肺炎链球菌的快速检测。     

16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究

目的 :探讨 16 S- 2 3S r RNA基因区间对细菌鉴定的应用。方法 :以 16 S- 2 3S r RNA基因区间为靶序列设计引物 ,采用聚合酶链反应检测标准菌株及临床菌株 DNA。结果 :对 2 7株代表 2 7个菌种的标准菌株进行 PCR扩增 ,分别出现不同的 DNA图谱 ,该图谱能直接或经核酸内切酶处理后用于细菌分类 ,敏感性可达 2 .5 CFU/ml的细菌 ,与人外周血白细胞 DNA和真菌及病毒无交叉。 32株临床细菌标本均扩增出与相应标准菌株一致的图谱。结论 :16 S- 2 3S r RNA基因区间 PCR扩增技术检测细菌 ,具有敏感、特异、快速、准确的优点 ,为临床败血症病原的快速诊断提供了新的方法     

多重实时荧光定量PCR检测急性肝炎患者HBV和HCV方法的建立与意义分析

目的建立一种新的可以快速筛查急性肝炎患者HBV和HCV感染的多重实时荧光定量PCR方法。方法收集596例急性肝炎患者血清或血浆样本,应用自主构建的多重实时荧光定量PCR方法同时检测HBV和HCV,同时应用HBV和HCV单管检测试剂进行检测分析。结果新建立的多重实时荧光定量PCR体系,可以有效地检测HBV和HCV的阳性质控品及阳性样本。多重实时荧光定量PCR体系特异性较好,检测HBV和HCV时,两者之间无交叉反应,且以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性;多重实时荧光定量PCR体系检测HBV、HCV的灵敏度分别为20 IU/ml、50 IU/ml;多重实时荧光定量PCR体系精密度好,检测HBV、HCV的CV值分别为0.11%、0.096%。在检测临床样本时,多重复合体系检测血清或血浆中HBV和HCV的检出率与单独检测HBV和HCV具有很好的一致性,且HBV和HCV的一致率分别达到97.7%(k=0.952)、98.8%(k=0.976);同时有6例样本出现HBV和HCV共感染。结论新型多重实时荧光定量PCR方法对快速检测及筛查HBV和HCV较快捷,而且特异性好、灵敏度高、精密度好。因此多重实时荧光定量PCR方法对2种肝炎病毒的检测具有重要意义。     

汉滩型与希望山型汉坦病毒的体外重组

目的：探明汉坦病毒汉滩型与希望山型之间能否发生巧克力理排，以及发生重排的频率和特点，方法：用汉坦病毒汉滩型76－118株与希望山型PHV株混合感染VeroE6细胞，空斑形成实验挑取子代病毒克隆株，传代培养后用RTPCR方法鉴定子代病毒基因型。结果：子代病毒14／36来源于PHV株；12／36来源于76－118株；5／36汉滩型与希望山型分型引物扩增均为阳性；1株子代病毒L，S片断均来源于76－118株，而M片段两种引物扩增均为阳怀；2株子代病毒L片断来源于76－118株，S片断来源于PHV株，M片段两种引物扩增均为阳性。1株子代病毒L，S片断均来源于76－118株，而M片段来源于PHV株，结论：汉坦病毒汉滩型与希望山型之间可以发生基因片段的重排。     

儿童肺泡灌洗液肺炎支原体检出率及基因型分析

目的检测136例儿童肺泡灌洗液标本感染肺炎支原体（MP）的情况并初步了解安徽合肥地区MP基因型情况。方法采用普通PCR技术从136例儿童的肺泡灌洗液标本筛查出已感染MP的标本,并通过巢式多重PCR技术对MP阳性标本进行基因型分析,对照试验采用FH-MP标准株为DNA模版。巢式多重PCR扩增后的DNA片段构建T载体重组质粒做基因测序验证。结果普通PCR检测显示有52例MP阳性标本（136例肺泡灌洗液标本）。巢式多重PCR技术检测显示MP阳性标本基因型均为P1-Ⅰ型,而标准株FH-MP的基因型为P1-Ⅱ型。重组质粒经过测序后进行片段对比验证其扩增条带均正确。结论合肥地区儿童MP流行株基因型为P1-Ⅰ型,感染MP的阳性率为38.2%。     

超速离心浓缩对提高血液NAT筛查不确定标本鉴别率的临床研究

目的探讨超速离心浓缩（简称超浓缩）血液标本中的病毒对提高三联检核酸筛查阳性、病毒含量低不能常规鉴别标本的可鉴别率。方法30份Roche COBAS s201核酸扩增检测系统筛选出的COBAS TaqScreen MPX HIV、HCV、HBV三项联检核酸阳性,但COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV、HCV及HBV定量试剂原倍鉴别结果均阴性的标本,进行4℃、24600g超速离心1h,浓缩富集病毒后,使用Roche公司的COBASAmpliPrep/COBASTaq-ManHIV、HCV及HBV定量试剂盒进行HIV、HCV及HBV鉴别试验,鉴别阳性的标本,超浓缩处理后用Novartis（原Chiron）公司的PROCLEIX ULTRIO试剂进行相应病毒的鉴别试验加以确证。结果30份RocheMPX核酸筛查阳性、鉴别阴性的标本,经4～10倍超浓缩处理后有23份标本被鉴别为HBV阳性,可鉴别率为76.7%。结论超浓缩处理可解决绝大部分核酸检测三联检阳性但鉴别未果的标本的病毒鉴别问题。     

应用多重PCR法对广东地区HBV进行基因型(A-F)分型

目的建立乙型肝炎病毒(HBV)基因型(A-F)多重PCR分型方法,并利用该方法对广东地区HBV PCR阳性血清进行分型。方法将GenBank中114例HBV 全序列进行比较分析,找出每种基因型相对于其他五种基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出六对分别针对A-F基因型的特异引物。利用这六对引物建立HBV的多重PCR分型法。结果多重PCR与以前用PCR-限制温度长度多态型分析法的分型结果一致。对广州周边地区HBV携带者的初步分型结果显示,主要为B型和C型,分别占45.00%和38.75%,另外还有16.25%的D型。结论用多重PCR分型法准确易行,灵敏性高,便于推广应用。     

等位基因特异性多重PCR快速检测结核分枝杆菌喹诺酮耐药性的初步研究

目的建立等位基因特异性多重聚合酶链反应(multiplex allele-specific PCR,MAS-PCR)技术,以快速检测结核分枝杆菌对喹诺酮的耐药性。方法根据结核分枝杆菌gyrA基因序列,分别设计4条特异性寡聚核苷酸引物,优化PCR条件,建立针对gyrA基因90和94位点突变进行检测的MAS-PCR技术,对临床分离菌株进行喹诺酮耐药性检测,同时以比例法和DNA直接测序法做对照。结果共对144株喹诺酮敏感株和56株喹诺酮耐药株进行了MAS-PCR检测。MAS-PCR与比例法比较,敏感性为53.57%(30/56);与DNA测序比较,敏感性为71.43%(30/42),特异性均为100%(144/144)。结论 MAS-PCR技术检测结核分枝杆菌对喹诺酮耐药性简便、快速、特异性高,但敏感性需进一步提高。