转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响

为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeq~(TM)2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量转录组测序。原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释。结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1 732个差异表达基因,其中1 251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3 867个差异表达基因,其中1 946个为上调表达基因。不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同。转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like转录因子、Aur转录因子家族、B3转录因子家族、BBR-BPC转录因子家族、BES1转录因子、BUB转录因子、C2C2-CO-like转录因子等。Zm00001d035000、Zm00001d042063、Zm00001d045314等共同差异表达基因均在迪卡517和郑单1002中表达。对所有检测到的差异表达基因GO分类分析获得73个差异表达基因与水分代谢相关,推测这些基因作为外源ABA调控的下游基因起作用。     

低温胁迫对冰菜转录组水平响应分析

利用二代高通量测序技术对低温胁迫处理的冰菜进行测序,构建冰菜转录组数据库.分别得到24.13 Gb有效数据和24045条Unigene的注释,得到DEGs 1902个(T0 vs T1)和2134个(T0 vs T2).T0 vs T1组和T0 vs T2组分别有40和41个功能小类化归GO数据库;分别有20和24个功能分类注释到KOG数据库;155和272条基因注释到KEGG数据库,并分别富集在74和105条代谢通路.T0 vs T1组DEGs主要注释到植物信号转导等4个代谢通路;T0 vs T2组DEGs注释到苯丙醇类生物合成等11个代谢通路,其中正向影响代谢途径:丙酮醇类生物合成、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、脂肪酸代谢、类黄酮代谢、氨基酸的生物合成代谢途径等;负向影响代谢途径:植物-病原互作、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径.通过对淀粉和蔗糖代谢途径关键基因分析表明:低温胁迫1 h (T1),海藻糖6-磷酸合酶、海藻糖-6-磷酸酯酶、β-淀粉酶、葡萄糖-1-磷酸腺苷酰转移酶、糖原磷酸化酶等5个关键基因表现为上调表达,未见下调表达基因;低温胁迫36 h (T2),海藻糖-6-磷酸合酶、己糖激酶、β-淀粉酶等3个关键基因上调表达,葡萄糖内酯-1,3-β-葡萄糖苷酶基因下调表达.选取淀粉和蔗糖代谢途径中8个DEGs,经RT-qPCR分析,8个DEGs的相对表达量与转录组表达水平相符.     

西瓜苗期干旱胁迫下的代谢组学分析

干旱胁迫是园艺植物生产常见的危害之一,探寻干旱胁迫下西瓜苗期叶片代谢物质的变化规律,对于从代谢水平研究提高西瓜抗旱性具有重要意义。本研究以西瓜幼苗为材料,采用盆栽控水持续干旱胁迫,同时对CK和干旱胁迫4、6、8 d的植株取样,样品成对分组,组成C₁～C₅共5个处理组,采用GC-MS技术对5组样品进行代谢产物对比分析。5个处理组的差异代谢物数量分别为33、34、39、42和42种,其中上调的代谢物数量分别为12、16、35、40和41种,下调的代谢物数量分别为21、18、4、2和1种,发现西瓜幼苗在受到干旱胁迫后,在胁迫初期,西瓜通常以下调代谢物为主;而在胁迫中后期(6 d以上),通常以上调代谢物为主。通过对差异代谢物质分析,判定其中的丙氨酸、硅烷醇、苹果酸、天冬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、天冬酰胺、阿拉伯呋喃糖和甘露醇是西瓜抗干旱的关键代谢物质;通过对KEGG注释结果分析,共注释到11条不同的差异代谢途径,其中氨基酸类代谢途径占据7条,证实了氨基酸类代谢途径在西瓜抵抗干旱胁迫中占主导地位,其他代谢途径共同参与抵抗干旱胁迫,维持植物体的正常生理活动...     

盐胁迫下不同甘薯品种的转录组测序分析

为了获得甘薯耐盐转录组序列信息,挖掘差异表达基因及其相关代谢途径,本文以盐胁迫处理0 d、3 d和6d的耐盐甘薯品种‘榕薯819’以及不耐盐甘薯品种‘榕薯910’的叶片为材料,借助高通量测序技术进行转录组测序分析。结果表明, 2个品种共获得157,252条Unigenes,平均组装长度为576 bp。其中有83,264条Unigenes在七大数据库中得到注释,占总数的52.95%。NR注释分类结果显示,在牵牛花(Ipomoea nil)中比对到同源序列的Unigenes最多,共43,620条,占总数的57.05%。Unigenes在KOG数据库中的注释主要富集在普通功能预测(8752个)、信号转导机制(5067个)以及翻译后修饰、蛋白转换、分子伴侣(4471个)中。差异表达分析显示,在‘榕薯819’中,盐处理3 d和6d的样品差异表达基因数分别为323个和3752个,共参与了33个GO功能分类项和302条KEGG代谢通路。在‘榕薯910’中,差异表达基因数则分别为5554个和7395个,共参与了50个GO功能分类项,涉及了329条KEGG代谢通路。以部分差异表达基因的转录组数据为基础,...     

转录组和代谢组联合分析低温胁迫对天麻生长发育的影响

为探究不同温度对天麻生长影响的生理分子机理,本研究通过转录组和代谢组联合分析不同温度对天麻基因表达和代谢产物含量的影响,阐明其对天麻生长发育的调控。本研究以13℃母麻(NS)、23℃母麻(TB)和23℃箭麻(SS)为实验材料。转录组分析获得126 787个Unigene,注释到6大数据库的Unigene数有59 501个,占总Unigene数的46.93%;基于显著差异表达的阈值|log2(变化倍数)|≥1(P<0.05),在NS vs SS、NS vs TB和SS vs TB中分别有17 201、17 162和10 322个差异表达基因。KEGG通路富集分析表明差异表达基因主要参与代谢途径、次生代谢产物的生物合成、RNA转运等途径。代谢组共检测到437个代谢物,其中NS vs SS、NS vs TB和SS vs TB分别获得200、204和87个含量差异代谢物,其中分别有52、51和34个代谢产物含量上调,148、153和53个代谢物含量下调。这些差异物主要分布于糖醇类、氨基酸、有机酸、脂质类、核苷酸、酚酸类和维生素7类物质中。本研究结果表明不同温度通过影响天麻代谢物相关基因表...     

基于转录组测序分析的黄精种子休眠解除相关差异基因研究

旨在获得黄精转录组数据库并挖掘参与其种子发育和休眠解除相关基因,以休眠解除前后的黄精种胚为试材,利用新一代高通量测序手段对供试样品进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。黄精种子休眠解除前后样品中共得到79716个差异表达基因,上调的表达基因有60074个,下调的表达基因有19642个。休眠解除前后的黄精种胚中共有130284个差异表达基因被GO功能注释到生物进程、分子功能和细胞组分3个大类56个亚类,注释的差异表达基因与代谢过程、生物调控、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关。KEGG代谢通路结果表明,共有65038个差异表达基因,涉及138个代谢通路,主要参与碳代谢、次生代谢产物的生物合成和多糖的代谢。基于KEGG数据库中注释结果,共发现15条与黄精种胚休眠解除相关的代谢通路。黄精种子发育与休眠解除过程,大量的种胚形态建成、多糖分解及蛋白质合成差异基因参与表达,并涉及到多个代谢途径的相互作用,构成复杂的休眠解除调控网络。     

干旱胁迫下枇杷叶片的转录组分析

分析干旱胁迫下枇杷叶片的转录组,挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析,为枇杷抗旱提供理论依据。利用新一代高通量测序技术测序,对测序结果进行de novo拼接、功能注释和ORF预测,将差异表达基因在COG、GO和KEGG数据库中进行比对注释。测序结果表明,获得转录本共88 530个,平均长度为740.64 bp,ORF41 748条。COG、GO和KEGG数据库将转录本分别划分为24,54个功能类别及291条代谢通路中。25 197个差异表达的基因在30条代谢通路中显著富集,与酶活性、激素合成代谢和信号转导等相关的差异基因积极响应枇杷干旱,其中双萜类、油菜素类固醇和类胡萝卜素3条生物合成途径中的差异基因呈现出较为一致的表达。采用实时荧光定量(qRT-RCR)对选取的差异基因进行验证,其中过氧化物酶、蛋白激酶byr2、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶、脱落酸8'-羟化酶、吲哚-3-乙酰乙酸合酶相关基因上调表达,细胞色素P450 734A1基因下调表达。为枇杷提供了较为全面的基因信息和代谢途径数据,为干旱胁迫下枇杷分子调控机制的深入研究奠定了基础。     

金线莲应答高温胁迫的转录组学特征分析

为了研究高温胁迫下金线莲转录组表达特征，分析其热激响应机制。以正常培养和高温胁迫(45^oC)的金线莲(NYJ2)为材料，利用Illumina HiSeq^TM2000平台进行测序，通过Trinity软件进行De novo组装。结果共获得75688个unigene，有28323个unigene在Nr、KOG、KEGG和Swisspro数据库中得到功能注释，注释率为37.42%。其中，17532个unigene在KOG数据库中可归类到25个功能家族；10108个unigene被KEGG数据库注释到128个代谢途径中；17485个unigene被GO数据库的生物过程、分子功能和细胞组成三大功能注释到47个条目中。777个unigene在高温胁迫前后差异表达显著，其中胁迫后上调表达为362个，下调表达为415个，获得响应热胁迫的基因24个，包括热激蛋白的基因1个，PSⅠ和PSⅡ相关的基因15个、叶绿体rbcL基因3个、PLD基因2个，CAT编码基因、GAPDH基因、CYP编码基因各1个。本研究从转录组水平分析了金线莲对热胁迫的响应，这些数据将为功能基因的鉴定奠定基础，为培育耐高温金线莲品系提供了参考依据。     

银川羊角椒雄性不育两用系转录组与代谢组关联分析

为研究银川羊角椒雄性不育两用系中不育系花粉败育的不同基因表达与代谢组学差异的关系。采用RNA-Seq技术对银川羊角椒雄性不育两用系的成熟期花药进行了转录组测序分析;并在UPLCMS/MS检测平台和自建数据库的基础上,对其代谢物S进行定性定量检测分析。数据结果通过GO分类和KEGG富集分析表明:可育系(K) VS不育系(B),注释到显著上调差异基因800个,显著下调差异基因2 519个,总的差异基因数为3 319个。共检测到显著差异代谢物102个,其中下调差异代谢物34个,上调差异代谢物68个。氨基酸衍生物类17个,核苷酸及其衍生物类16个,甘油酯类13个,鞘脂类物质10个,黄酮类和酚酸类各8个,其他类中6个(主要为糖代谢相关物质)。差异代谢物与显著差异表达基因主要集中在蛋白类物质相关的氨基酸代谢通路与类黄酮类代谢通路。说明显著差异基因在以上代谢通路中起到了关键调控作用,进而使得银川羊角椒雄性不育两用系的不育系花粉产生败育。     

玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析

为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用Ampha~(TM)Z30花粉活性分析仪检测高温胁迫和正常生长条件下玉米自交系昌7-2、郑58的花粉活性。然后收集花粉提取总RNA,利用Illumina Hiseq2000~(TM)高通量测序技术分别对昌7-2、郑58花粒期高温胁迫材料和正常生长条件下的对照材料进行全转录组测序,序列结果分析后获得差异显著表达基因。通过差异基因维恩图(VENN图)重叠区域分析、GO功能分类和富集统计、KEGG pathway通路分类和富集分析以及转录因子分析,获得玉米花粒期高温胁迫相关的重要差异表达基因和蛋白质。花粉活性检测结果显示,高温胁迫后和正常生长条件下,昌7-2花粉活性分别为24. 37%,42. 89%,郑58花粉活性分别为35. 57%,64. 83%。高温胁迫后在昌7-2花粉转录组中共检测到4 176个显著差异表达基因,郑58花粉转录组中共检测到5 487个显著差异表达基因。KEGG pathway通路分类和富集分析结果显示,高温胁迫后郑58的花粉转录组中有2 062个差异表达基因富集到399个相关通路上,昌7-2的花粉转录组中有1 943个差异表达基因富集到352个相关通路上。转录因子分析结果表明,共获得55个转录因子家族,其中,有45个转录因子包含10个以上差异表达基因。研究表明,通过对玉米自交系花粒期高温胁迫后花粉转录组测序获得了大量的差异显著表达基因信息,昌7-2、郑58对高温胁迫响应机制存在明显差异,热激蛋白(Hsps)、热激转录因子(Hsfs)、生长素(IAA)基因和磷脂酰基醇-4,5-二磷酸基因家族(PIP2)在响应玉米花粒期高温胁迫过程中起着重要作用。     

烟蚜茧蜂繁育及对烟蚜的防治效果探索

653100云南省玉溪市红塔区许家湾路26号（农职院生活区）     

“小种子”何以长成“大产业”

近年来 ,山东省宁阳县立足实际 ,长远规划 ,按照区域化布局、专业化生产、社会化服务、法制化管理的基本思路 ,紧紧依靠科技进步 ,培育建设种子技术市场 ,营造良种业发展的最佳环境 ,大力发展良种产业 ,使农作物制种业迅速成长为全县农业和农村经济的一大主导产业。目前 ,全县制种已有 6大系列30多个品种 ,面积达 2 6万亩 ,年产量 4 0 0 0万公斤 ,年产值 4亿元 ,占农业总产值的 19% ,其中 ,黄瓜制种占了全国需求量的 70 %以上。 1998年 8月被国家特产经济委员会授予“中国蔬菜良种之乡”称号。1　坚持产学研结合 ,加快自主创新 ,提高制种科…     

如何保证所扦样品具有代表性

扦样是种子检验的首要环节,是开展种子检验工作的第一步,扦样技术正确与否直接影响种子检验结果.如果扦样有问题,扦取样品缺乏代表性,那么无论后来检测多么准确,都不会获得符合实际的检验结果,从而对整批种子质量作出错误的判断.因此,探讨如何才能扦到具有代表性的种子样品非常重要.那么,怎样才能保证所扦样品具有代表性呢?     

Greenhouse technique to evaluate onion resistance to pink root

Summary An assay for resistance of onion to pink root Pyrenochaeta terrestris was developed, employing infested vermiculite medium with an adequate inoculum concentration of the fungus to minimize escapes of susceptible plants.Plant material other than seed was used. Either root-excised 6–8 week-old seedlings or onion sets were planted in infested vermiculite, and kept for two successive 2-week periods of growth differing in light and temperature regimes. During the first phase a short-day regime of 10 h and 17±1°C was kept, under which a vigorous root system was obtained. For an additional 12–14 days under 26±1°C and 12 h light the prolific roots were then exposed to the optimal temperature for disease development.This technique enables one to distinguish easily between susceptible Allium cepa material and a resistant line of A. fistulosum.Contribution from the Agricultural Research Organization, The Volcani Center, Bet Dagan, Israel. No. 1022-E, 1984 series.     

关注品种维权保护农民利益

品种权是农业知识产权的一部分;品种维权要依法进行,规范操作,并注意时效性.凡<农作物品种保护名录>公布后繁殖的新品种,必需在 1年内申请保护.无论是垄断生产、独家经营,还是有偿转让的保护品种,进入市场必需要具备"三号"、"两证".销售价格要兼顾农民利益.保护品种的有偿转让,不能变相卖包装、标签、标识.     

农药对农作物的危害及预防

探讨了农药对农作物产生危害的原因,分析了农药对农作物产生危害的类型,进而提出了预防补救措施和正确使用农药的方法。     

玉米海南繁殖育种应注意的技术要点

从上个世纪60年代开始至今,每年冬季都有很多陆地区的育种单位和个人利用海南独特的自然条件进行农作物种子科研、生产,不仅使新品种、新组合的育种周期大大缩短,而且促进了我国主要农作物推广品种的更新和换代,为我国的粮食增产和"菜篮子"的丰盛做出了巨大的贡献.笔者曾多次去过海南进行玉米新品种自交系的选育和繁殖,现结合本人工作实践,浅谈玉米南繁育种应注意的技术要点,供参考.     

做好农作物新品种区域试验需要重视的问题

<正>1承试人员素质是基本要求具备德才兼备的试验责任人员,是搞好区域试验工作的可靠保证。一个好的试验责任人员,首先要具有高度事业心和责任感,要有严谨的工作态度,能够做到吃苦耐劳,勇于奉献;其次要具备优良的道德品质和