环状RNA在乳腺癌中的研究进展

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一。目前临床上乳腺癌缺乏特异性检查手段,且乳腺癌易复发、转移,给临床治疗带来巨大困难。研究发现环状RNA(circular RNA,circRNA）在乳腺癌的发生发展中起到重要作用,本文综述了近年来环状RNA在乳腺癌中的研究进展,以期为乳腺癌的诊断、治疗带来新的临床思路。     

环状RNA在乳腺癌中的研究进展

摘 要： 环状RNA(circularRNA,circRNA)是一类不同于线性RNA的新型RNA,其5′与3′端首尾相连形成共价闭合的单链环状分子。通常由基因外显子、内含子、或者两者共同组成,并且广泛存在于多种生物体中,进化上具有保守性、相对稳定、不易被核酸外切酶降解,具有组织特异性以及发展阶段特异性,在正常生理活动以及各种疾病进程中具有重要的作用,是一个潜在的疾病诊断、预后标志物,以及治疗靶点。全文主要论述环状RNA特性、作用机制、研究方法、在乳腺癌中的研究进展、潜在临床价值以及问题展望等。     

环状RNA在三阴性乳腺癌中的研究进展

三阴性乳腺癌是乳腺癌中恶性程度最高的亚型,其分子分型标志物雌激素受体、孕激素受体及人表皮生长因子2受体均为阴性。三阴性乳腺癌的治疗方案仍以化疗为主,但患者的预后较差。环状RNA（circRNA）是一类单链闭合的且在真核细胞中广泛表达的非编码RNA。近年来,circRNA逐渐成为肿瘤研究领域的新热点,但大多数circRNA在肿瘤中的作用机制仍不明朗。此外,相关研究显示circRNA在三阴性乳腺癌的发生、发展中发挥着重要作用,可作为三阴性乳腺癌早期诊断及预后的一种新兴的生物标志物。针对circRNA在肺癌发生和发展中的作用机制进行干预,能够使之成为具有潜在临床价值的三阴性乳腺癌治疗新靶点。本文系统回顾circRNA一般特征、形成机制及其功能,并对circRNA在三阴性乳腺癌发生、发展中的研究进展进行综述。本文重点关注circRNA在三阴性乳腺癌中作用机制的研究进展。     

环状RNA在肿瘤中的研究进展

摘 要：环状RNA(circular RNA,circRNA )是一类由mRNA 3′及5′末端首尾相连形成的无蛋白编码功能的RNA分子,研究发现其可通过调节肿瘤相关基因转录水平及转录后水平来促进肿瘤的发病,并与肿瘤的转移、预后等显著相关。该文通过总结环状RNA在肿瘤中的研究进展,发现其可通过与miRNA的海绵作用以及调控肿瘤信号通路因子的方式在肿瘤的发生发展中发挥相应作用。环状RNA在肿瘤发病中作用的具体分子机制研究,可为肿瘤的预防、早期诊断及精准治疗提供一种全新的理论支持。     

环状RNA在肿瘤疾病中的研究进展

环状RNA是一种新型RNA,在生物体中具有microRNA“海绵”、RNA结合蛋白及核转录调节等功能。在肿瘤疾病中,环状RNA主要以miRNA“海绵”的形式发挥调控作用,促进或抑制肿瘤的发生和发展。此外,环状RNA还可以作为肿瘤早期诊断、预后评估的生物标记物,也可作为抗肿瘤治疗的靶标,具有潜在的临床诊断治疗价值。本文就环状RNA在肿瘤疾病中的作用机制及临床应用进行综述。      

环状RNA hsa_circ_0005320在三阴性乳腺癌中的表达及其对细胞增殖的影响

背景与目的：环状RNA（circular RNA,circRNA）作为新近发现的具有重要调节潜能的非编码RNA,与多种肿瘤的发生、发展密切相关,但在三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）中罕见报道。探讨hsa_circ_0005320在TNBC中的表达变化及其对细胞增殖的影响。方法：通过RNA测序（RNA sequencing,RNA-Seq）分析4对于重庆医科大学附属第一医院行手术切除的TNBC组织和癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR）验证20对TNBC组织和癌旁组织以及正常人乳腺上皮细胞MCF-10A和TNBC细胞MDA-MB-231、BT-549中hsa_circ_0005320的表达,并通过荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization,FISH）实验进一步检测其在TNBC中的表达。采用RTFQ-PCR检测沉默hsa_circ_0005320后TNBC细胞中hsa_circ_0005320的表达;采用细胞计数试剂盒（cell counting kit-8,CCK-8）和EdU实验检测细胞增殖;采用流式细胞术、Hoechst 33342、Tunel实验检测细胞凋亡;采用流式细胞术检测细胞周期;采用蛋白质印迹法（Western blot）检测LIF-STAT3通路相关蛋白的表达情况。结果：hsa_circ_0005320在TNBC组织和细胞中显著高表达;在TNBC细胞中沉默hsa_circ_0005320后其表达量显著降低,细胞增殖能力下降,促进细胞凋亡,导致细胞周期阻滞在G₁期,且LIF、P-STAT3蛋白表达水平明显下降。结论：hsa_circ_0005320在TNBC中高表达,沉默hsa_circ_0005320可显著抑制TNBC细胞的增殖,诱导细胞凋亡。     

环状RNA hsa_circ_0058514在三阴性乳腺癌中的表达及作用研究

背景与目的：环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类具有重要调节潜能的非编码RNA，参与多种肿瘤的发生、发展，但对于三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer，TNBC）尚未见报道。该研究旨在探讨环状RNA hsa_circ_0058514在TNBC发生、发展中的作用。方法：采用RNA测序（RNA sequencing，RNA-seq）对4对TNBC组织和癌旁组织进行分析，采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction，RTFQ-PCR） 对20对TNBC组织和癌旁组织以及正常人乳腺上皮细胞MCF-10A和TNBC细胞MDA-MB-231和BT-549中hsa_circ_0058514的表达进行验证。将干扰质粒pLL3.7-sh-circ转染TNBC细胞MDA-MB-231和BT-549后，采用RTFQ-PCR检测细胞中hsa_circ_0058514的表达；采用细胞计数试剂盒（cell counting kit-8，CCK-8）和EdU实验检测细胞增殖；采用划痕和Transwell小室实验分别检测细胞迁移和侵袭；采用流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期；采用蛋白质印迹法（Western blot）检测细胞周期蛋白E1（cyclin E1，CCNE1）和细胞周期蛋白依赖性激酶2（cyclin-dependent kinase 2，CDK2）蛋白的表达。结果：环状RNA hsa_circ_0058514在TNBC组织和细胞中显著高表达（P<0.001，P<0.01）；转染pLL3.7-sh-circ后，TNBC细胞中hsa_circ_0058514的表达量显著低于对照组（P<0.001）。下调hsa_circ_0058514后，TNBC细胞增殖、迁移及侵袭能力下降，并促进细胞凋亡，导致细胞周期阻滞。Western blot结果显示，转染pLL3.7-sh-circ后，CCNE1和CDK2蛋白的表达下调（P<0.05）。结论：环状RNA hsa_circ_0058514在TNBC组织和细胞中均高表达，其在TNBC发生、发展中可能起到癌基因的作用，并有望成为TNBC治疗的新靶点。     

环状RNA在肿瘤中的研究进展

摘 要：环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是长链非编码RNAs,与线性RNAs不同,它是共价闭合环路,没有5 ′、3 ′极性和腺苷的尾巴。它们具有种类丰富、进化保守、在细胞质中相对稳定的特性。circRNAs的这些特性带来许多潜在的功能,如作为微小RNA(microRNA,miRNA)的海绵,结合RNA相关蛋白质形成RNA-蛋白质复合物,然后调节基因的转录。重要的是,circRNAs突变或异常表达与各种肿瘤的发生、发展密切相关,可以作为肿瘤的分子标志物或潜在治疗靶点,为肿瘤的早期诊断、疗效评价、预后预测和肿瘤基因治疗提供一个新的靶点。     

基于GEO数据库分析circRNAs在胃癌组织中的表达

目的 通过生物信息学分析环状RNA在胃癌中的作用及寻找新的肿瘤标志物。方法 从GEO数据库中检索并下载胃癌组织的芯片数据,利用GEO2R在线分析并筛选差异表达的环状RNA。通过数据对比,提取差异表达一致的环状RNA,然后利用miRanda 软件和 RNAhybrid 软件预测其与miRNAs之间的相互作用。通过TCGA数据库分析其亲本基因在胃癌组织中的表达。结果 通过对3个数据库进行合并分析,发现差异表达的环状RNA共有498个,上调的环状RNA共有125个,373个环状RNA下调,其中至少两个数据库都存在的环状RNA有31个,且2个环状RNA为三个数据库共同包含。通过TCGA数据库分析发现,RPL13、LPHN2和PGPEP1在胃腺癌组织中表达无明显意义。而PRKCI、LAPTM4A、PTK2和PDSS1在胃腺癌组织中表达却增高。结论 在胃癌组织中的异常表达环状RNA将可能成为胃癌新的标志物。     

基于GEO数据库筛选乳腺癌分子标志物

目的：运用生物信息学方法筛选与乳腺癌发生发展有关的差异表达基因,并对其进行相关生物学分析以获得乳腺癌 相关分子标志物。方法： 从GEO数据库中寻找出3个乳腺癌相关芯片数据集,使用 GEO2R 筛选差异表达基因并作 Venn 图 获取交集差异共表达基因。通过 DAVID 进行 GO 功能富集分析和 KEGG信号通路分析。在STRING网站中对差异表达基 因构建蛋白质-蛋白质相互用（protein-protein interaction,PPI）网络图,并通过MCODE分析PPI中最重要的模块,其中评分≥10的 鉴定为枢纽基因（Hub基因）。利用UCSC对Hub基因进行层次聚类分析,利用cBioPortal构建Hub基因的共表达网络和生存曲 线。结果：筛选出 3 个数据集的差异共表达基因 65 个。通过分析获得 CTNNB1、CDKN1A、CXCR4、RUNX3、CASP8、TNFRSF10B、CFLAR和NRG1等共8个Hub基因,这些基因在细胞黏附、细胞增殖、凋亡调控等方面有重要作用。聚类分析表明, 基 因CTNNB1、CFLAR、NRG1和CXCR4表达的改变与乳腺癌的发生有关。生存曲线分析表明,CDKN1A表达的升高使得乳腺癌 患者总体生存率显著降低（P<0.01）。结论：本研究中鉴定的Hub基因可作为乳腺癌分子标志物,为乳腺癌的诊断和治疗靶点选 择及预后判断提供参考。     

基于GEO数据库分析AURKB在膀胱癌中的表达及其临床意义#br# #br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）数据库中膀胱癌组织的极光激酶B（AURKB）基因的表达情况及其与膀胱癌临床病理特征和预后的关系。 方法收集NCBI的GEO数据库的膀胱肿瘤公共数据集,下载膀胱癌组织AURKB表达数据和临床病理参数。分析AURKB表达与膀胱癌临床病理特征（性别、年龄、侵袭性、T分期、N分期、M分期和疾病分级）及复发转移和预后的关系,利用基因富集分析（GSEA）法分析受AURKB调控的相关基因。 结果AURKB 在膀胱癌组织中的表达水平为9621±0085,高于正常膀胱组织的7691±0059,差异有统计学意义（P＜005）;膀胱癌组织AURKB表达与性别、侵袭性、T分期、疾病分级和进展有关（P＜005）,与年龄、N分期、M分期和复发无关（P＞005）;AURKB高表达组的5年总生存率和5年肿瘤特异性生存率分别为52226％和70256％,均低于低表达组的70112％和90687％,差异有统计学意义（P＜005）。GSEA结果显示AURKB高表达样本富集了有丝分裂、E2F转录因子、G2M检查点、MYC信号通路、未折叠蛋白反应和有丝分裂纺锤体相关的基因集。 结论AURKB在膀胱癌中高表达,与膀胱癌的多个临床病理特征相关,且有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗分子靶标的潜能。     

利用GEO数据集分析UBE2T在肺癌中的表达及临床意义

目的 探究UBE2T基因在肺癌中的表达情况及其与肺癌的临床病理特征和预后的关系。方法 搜索NCBI的GEO数据库中的肺癌公共数据集,下载肺癌组织中的UBE2T表达数据和临床病理信息。分析UBE2T的表达与肺癌临床病理特征（年龄、T分期、N分期、M分期和病理分型）和复发、预后的关系。运用GSEA方法分析受UBE2T调控的基因。 结果 UBE2T在肺癌组织的表达水平高于正常组织的表达水平,差异有统计学意义（肺癌组织表达水平1.222±0.1214,正常组织表达水平-1.645±0.0783,P<0.05）;肺癌组织UBE2T的表达与T分期、N分期、病理分型和复发有关（P<0.05）,与性别、年龄和M分期无关（P>0.05）。UBE2T 高表达组的5年总生存率和5年无病生存率分别为32.672%和27.513%,分别低于低表达组的66.767%和62.019%,差异有统计学意义（P＜0.05）。GSEA结果显示UBE2T 高表达样本富集了MYC信号通路、DNA修复因子、有丝分裂纺锤体、G2M检查点、mTORC1复合物、E2F转录因子和有丝分裂相关的基因集。结论 UBE2T在肺癌组织中高表达,且与肺癌的多个临床病理特征有关,有潜力作为肺癌判断预后的标志物和治疗的靶向分子。     

基于Oncomine和GEO数据库分析RCAN1基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine数据库中共收集了454项不同类型RCAN1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中RCAN1表达有统计学差异的结果有64项,其中RCAN1表达增高的有20项,表达降低的有44项。涉及到乳腺癌的研究数据集共有13项。乳腺癌中高表达的研究有0项、低表达的有13项。共有6项研究,9个乳腺癌分型数据集涉及RCAN1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2 508例样本。在数据库中综合比较9项研究成果,发现与正常组织相比,RCAN1在乳腺癌中的表达量低于正常组织（P<0.05）。不仅如此,通过挖掘GEO数据库,发现低表达RCAN1的患者总体死亡率较高,高表达RCAN1的患者预后较好（P<0.05）。结论:通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示RCAN1的mRNA水平在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌预后相关,有望成为抗乳腺癌靶向治疗药物的重要靶点。     

基于GEO数据库筛选胃癌分子标志物

目的：运用生物信息学方法结合基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）筛选参与胃癌发生发展的关键基 因,以获得用于胃癌诊断、治疗靶标选择及预后判断相关分子标志物。方法： 从GEO数据库中下载与胃癌（gastric cancer,GC）相 关芯片数据集,筛选差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）, 对DEG 做功能富集分析,构建蛋白互作网络（proteinprotein interaction network,PPI）,筛选关键基因（key gene）,进而构建共表达网络、生存曲线以及层次聚类分析。结果：共筛选出 261个GC相关DEG,通过分析获得14个关键基因,分别为PLOD1、PLOD3、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL4A1、 COL4A2、COL8A1、COL12A1、COL15A1、ITGA2、LUM、SERPINH1。关键基因主要参与胶原纤维的组织、细胞外基质的组织、 细 胞外结构的组织、皮肤形态发生、胶原的合成及血管的发育等生物学过程。生存曲线分析表明,基因COL3A1（P=0.0241）表达的 改变显著降低了胃癌患者整体生存率;基因ITGA2（P=0.0679）的表达改变也显示与GC患者的无病生存率降低有关。与正常胃 组织相比,层次聚类分析表明,GC组织中基因PLOD1、PLOD3、COL3A1、ITGA2、COL1A2、COL1A1、COL4A1、LUM、COL12A1、 SERPINH1、COL8A1表达上调。结论：经筛选获得的关键基因可作为潜在分子标志物用于GC的早期诊断、治疗靶点选择和预 后判断,并为后续的研究提供参考。     

乳腺癌冰冻和石蜡包埋样本的ＲＮＡ以及基因表达情况的比较研究

目的　比较乳腺癌新鲜冰冻和石蜡包埋样本中提取总ＲＮＡ的质量,并分析其基因表达情况。方法　收集新鲜冰冻及其石蜡包埋的人乳腺癌组织共５对,另取１０例保存时间为１～１０年不等的人乳腺癌组织石蜡样本。试剂盒提取总ＲＮＡ,用随机引物实时定量聚合酶链反应（ｑＲＴ-ＰＣＲ）分析新鲜冰冻与其石蜡样本的ｍＲＮＡ表达情况,并对不同保存时间的石蜡样本比较扩增管家基因不同产物长度的Ｃｔ值差异,以了解ＲＮＡ降解程度。结果　新鲜冰冻后的石蜡样本ＲＮＡ片段长度弥散分布在２００ｂｐ左右,扩增９０ｂｐ长度ＡＣＴＢ基因的有效ＲＮＡ模板量仅为相应冰冻样本的０.４６倍（Ｐ＜０.０５）。冰冻样本扩增９０ｂｐ产物的Ｃｔ值显著低于其扩增２０３ｂｐ的Ｃｔ值（Ｐ＝０.０２）,提示冰冻样本ＲＮＡ有一定降解。石蜡样本ｍＲＮＡ表达与相应的冰冻样本无显著差异（Ｐ＞０.０５）,两种样本目的基因△Ｃｔ值经Ｓｐｅａｒｍａｎ相关性分析有显著相关性（ｒ＝０.９５４,Ｐ＝０.０００）。扩增不同保存时间石蜡样本的３个长度片段的Ｃｔ值均有显著差异,随着扩增片段的增大,Ｃｔ值也逐渐增加。结论 冰冻样本的ＲＮＡ相对较完整,质量较好;石蜡样本的ＲＮＡ有明显降解,但能够准确反映组织ｍＲＮＡ水平表达情况;石蜡样本的Ｃｔ值随扩增片段的增大而逐渐增加,能顺利扩增１５０ｂｐ左右长度的产物,为石蜡样本的进一步研究提供实验基础。     

Familial breast cancer in the family-cancer database

We use the population-based Family-Cancer Database from Sweden to study familial breast cancer. The size of the population and the nation-wide registration of cancer offer unique possibilities for epidemiological studies of familial cancer, including complete and unbiased identification of cases in the probands and in their relatives, and complete and unbiased identification of the family relationships. Using the Database, we wanted to answer the following questions: (i) proportion of familial breast cancer among all breast cancers; (ii) familial relative risks in breast cancer alone or in combination with another cancer, defined either through the mother or the daughter; (iii) modification of familial risk by age; and (iv) effects of paternal breast cancer alone or in combination with maternal breast cancer. The proportion of familial female breast cancer among all breast cancers before 54 years of age in Sweden was 8.7%. The familial relative risk was about 1.8, but is likely to decrease to about 1.5 in the ageing population. The higher familial relative risks were evident in young women, being 4.0 when both the mothers and their daughters were diagnosed at ages <40 years. Paternal breast cancer, in combination with maternal breast cancer, caused a large (but not statistically significant) risk in the daughters. In mothers and daughters, ovarian but not colon cancer was increased in combination with breast cancer. Int. J. Cancer 77:386–391, 1998. © 1998 Wiley-Liss, Inc.