凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

红螯螯虾养殖群体遗传多样性的SSR分析

本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算.结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等...     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用

为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合.通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定.结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636.利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986.进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100％,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力.本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段.     

凡纳滨对虾全基因组SSR标记开发及不同养殖群体的遗传多样性

为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>...     

利用微卫星标记分析7个凡纳滨对虾引进群体子一代的遗传多样性

为明晰中国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体子一代的遗传多样性特征,于广东的3个对虾主产区采集7个养殖群体的种苗样品,其均为国外引进亲虾繁育的子一代。将之分别命名为TH-A1、TH-A2、THB、US-C1、US-C2、US-C3和US-C4,以微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,7个群体在12个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为3.333～6.167、0.477～0.670、0.370～0.505和0.414～0.623;44个群体位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,和文章中He大于Ho的结果对应。聚类分析显示7个群体共分为3支,其中TH-A1为一支,US-C1、US-C2和TH-A2为一支,其余的聚为一支。结果表明此次采集的养殖群体种苗样品存在一定的遗传差异。该结果可为后续挖掘种苗遗传背景与其养殖性能的关联性提供参考。     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用

为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636。利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986。进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100%,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力。本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段。     

凡纳滨对虾6个国内群体的遗传背景分析

本研究选取了来自国内6个不同育苗场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体,对8个SSR位点的基因型信息进行分析。结果显示,观察等位基因数(Na)平均值为3.67~9.33,有效等位基因数(Ne)平均值为2.20~5.67,观察杂合度(Ho)平均值为0.12~0.71,期望杂合度(He)平均值为0.41~0.81,多态性信息含量(PIC)平均值为0.36~0.76。聚类分析结果显示,来自于同一个育苗场的对虾聚在一个分支。不同品牌来源的对虾分别聚在几个不同分支。6个群体间的遗传一致度为0.4229~0.8265,遗传距离为0.1905~0.8607。遗传分化系数(FST)是0.1837,群体内近交系数(FIS)是0.2514,Ho相似文献   

基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析

为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征,于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种,分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z,以8个微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。哈迪–温伯格平衡(HWE)检验显示,4.17% (2/48)的检测结果表现为显著的偏离(0.01相似文献   

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)选育群体与杂交群体遗传多样性差异及其在低温条件下生长性能的比较

选取连续3年选育的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体作为选育群体(SP),选育群体与引进的凡纳滨对虾群体的杂交F1代群体(HP),探究了这2个群体在低温条件下的生长性能及遗传多样性的差异.结果显示,在生长性能方面,HP群体与SP群体的平均体重分别为(13.18±3.65)g和(12.20±3.14)g,变异系数(CV)分别为27.69％和25.74％.HP群体的体重和其他可测量性状的平均值均大于SP群体.单因素方差分析(One-way ANOVA)表明,2个群体体重(BW)和第3腹节宽(TASW)存在极显著差异(P＜0.01).HP群体的特定增长率(SGR)和绝对增重率(AGR)分别为(5.09±0.61) ％/d和(0.26±0.60) g/d,SP群体的SGR和AGR分别为(4.94±0.57) ％/d和(0.24±0.63) g/d,HP群体的SGR和AGR均极显著高于SP群体(P＜0.01),表明HP群体相对于SP群体有着明显的生长优势.在遗传多样性方面,HP群体的平均等位基因数(Na=7.9)略高于SP群体(Na=7.6).HP群体和SP群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.63和0.62,均为高度多态.2个群体的平均观测杂合度(Ho)分别为0.492(HP群体)和0.483(SP群体),平均期望杂合度(He)分别为0.675(HP群体)和0.663(SP群体),HP群体的He和Ho均略高于SP群体,表明HP群体相比SP群体有着更加丰富的遗传多样性.遗传分化分析表明,2个群体间遗传分化指数(Fst)为0.1556,表明群体间遗传分化水平显著.     

凡纳滨对虾亲本和子一代群体的线粒体DNA遗传特征研究

对凡纳滨对虾亲本和子一代进行线粒体控制区扩增,经测序共获得53个样本(亲虾15个,子一代38个)的线粒体D-loop区序列,长为530 bp,序列有24个变异位点,总变异为4.53%,1个插入和(或)缺失位点,共13种单倍型,13个单倍型T、C、A、G的平均含量分别为48.8%、10.6%、33.6%和7.0%,(A+T)%为82.4%,远大于(G+C)%的17.6%。亲本群体与子一代群体碱基含量相同,没有差异。凡纳滨对虾亲本15个个体有5个单倍型,单倍型多样性为0.695,核苷酸多样性为0.010 26,子一代单倍型多样性为0.772,核苷酸多样性为0.01038。凡纳滨对虾亲本群体与子一代群体的遗传距离为0.001,其中亲本群体内个体间的平均遗传距离为0.0145,子一代群体内平均遗传距离为0.0120。亲本和子一代间的遗传分化系数为-0.036 44,AMOVA分析显示,变异主要来自于群体内,亲本与子一代间无分化。     

凡纳滨对虾野生群体F1与近交群体杂交和自交子代的抗逆、生长性状比较

为了探究野生群体的引入对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)近交群体子代性状的影响,利用源自厄瓜多尔海区的野生群体群选F_1(EC)与自建的全同胞兄妹近交群体(ZG)双列杂交,构建了EC♂×EC♀(EE)、ZG♂×ZG♀(GG)、EC♂×ZG♀(EG)、ZG♂×EC♀(GE) 4个子代群体,并对4个群体的仔虾进行了急性低盐度、亚硝酸盐暴露下的存活率和急性微囊藻毒素(MC-LR)暴露下的抗氧化酶活性分析,同时进行了养殖生长性状测试。结果显示:4个群体仔虾急性低盐度暴露下的存活率、急性MC-LR暴露下的抗逆性和生长性状都表现为EEGEEGGG,急性亚硝酸盐暴露下的存活率GEEEEGGG;杂交群体GE在急性低盐度、亚硝酸盐暴露和生长性状的杂种优势率分别为31.83%、77.01%和2.77%;而EG群体的杂种优势率分别为-19.21%、-8.01%和-8.14%,性状弱于双亲中值。4个群体的抗逆、生长性状总体表现为EEGEEGGG。研究发现:凡纳滨对虾杂交群体的性状以母本遗传占主导优势,近交群体的性状衰退可能是导致以其为母本的杂交子代性状退化的主因;凡纳滨对虾选育工作可能需要每年补充外源基础群体,才能保持选育群体的优势性状。     

北方地区凡纳滨对虾亲虾越冬及幼体培育技术初探

从广西地区引进5月龄和7月龄的凡纳滨对虾10000对,从中选出健康无病的成虾作为后备亲虾8000对,放入工厂化车间培育4个月,探索亲虾在北方地区越冬培育技术和性腺发育过程,分析理化因子对亲虾性腺发育的影响.此外,总结提出凡纳滨对虾幼体生产技术.     

抗逆快长凡纳滨对虾设计育种与新品种培育技术

<正>本研究针对凡纳滨对虾的生长速度和抗逆性这两个性状进行探讨,通过选取自交传代的凡纳滨对虾群体和与另一个群体的杂交子代的仔虾幼体,然后对比这几个群体的仔虾幼体的耐低盐、低氧能力以及生长速度,旨在设计和培育抗逆快长凡纳滨对虾新品种,增加凡纳滨对虾的生长速度,提高凡纳滨对虾的存活率,从而提高养殖者     

凡纳滨对虾引进群体与养殖群体遗传多样性的AFLP分析

为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100~500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养殖群体(ZX、ZK、GDOU)的多态性位点百分率分别为65.63%,61.46%,54.17%。7个群体的平均期望杂合度为0.202,表明所检测的7个群体均具有较高的遗传多样性。AMOVA分析显示,51.79%的变异来源于群体间,群体的平均ΦST值为0.518,表明凡纳滨对虾群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。本研究可为我国凡纳滨对虾种质改良提供基础资料。     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

凡纳滨对虾幼虾耐高温性状的遗传力评估

为探明高温对凡纳滨对虾幼虾遗传变异的影响,自2018年由国外引进的4个凡纳滨对虾种群(EGDB、PRMA、API、SIS)构建的育种群中随机选取40个全同胞家系,每个家系随机取100尾个体,分成2份放入指定的试验桶中,共计4000尾仔虾,采用水浴加热法,对试验桶进行升温并记录其相应的存活时间及温度,用单性状动物模型对其耐高温性状进行遗传参数的评估。结果显示：凡纳滨对虾仔虾各家系的耐热性为782.64～2074.33℃?h,表明凡纳滨对虾仔虾家系间的耐热性存在显著性差异;家系间耐热性值的变异系数为10%～68%;当水温由28℃升至40℃时,各家系的累计存活率为58%～99%;利用单性状动物模型结合系谱信息,获得凡纳滨对虾幼虾耐高温性状的遗传力估计值0.22±0.05,属于中等遗传力。试验结果表明,凡纳滨对虾幼虾耐高温性状具有较高的遗传变异水平,遗传改良的潜力较大。本试验结果可为凡纳滨对虾夏季高温养殖和耐高温品系的选育提供数据参考。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

团头鲂3个选育群体遗传潜力的微卫星分析

为从遗传多样性的角度了解团头鲂(Megalobrama amblycephala)3个选育群体的遗传潜力,该研究以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F_0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传多样性,分析其遗传潜力。结果显示,3个选育群体平均每个位点的等位基因数(A)为7.928 6~8.785 7,有效等位基因数(A_E)为4.409 4~4.878 4,观察杂合度(H_O)为0.491 1~0.574 4,期望杂合度(HE)为0.741 3~0.751 8,多态信息含量(PIC)为0.691 2~0.705 2,近交系数(FIS)为0.229~0.352。3个选育群体的遗传多样性水平(AE、HE)均高于F0群体,但不存在显著差异(P0.05)。3个选育群体的有效群体大小(N_e)为11.0~29.3,在近期可能经历过遗传瓶颈。3个选育群体间D_A、D_(SW)遗传距离分别为0.175 4~0.358 8、0.804 7~1.054 4。该结果表明,3个选育群体的遗传多样性较高,遗传潜力较大,但因有效群体数量较少和瓶颈效应的影响,存在杂合度下降和近交衰退的风险,今后需采取科学措施来保护选育群体的遗传潜力。     

凡纳滨对虾7个引进群体的生长性能评估

为了对凡纳滨对虾7个引进群体的生长性能进行评估,通过巢式交配和人工授精的方式,用201 1年源自不同国家和地区的7个凡纳滨对虾群体建立了130个全同胞家系,包括17个杂交组合(正反交合并)和7个自交组合.各家系的仔虾、幼虾经中间暂养和标记后混合,在河北黄骅(HBHH)和青岛鳌山(QDAS)两个养殖场养殖,测定了153日龄虾体质量性状.用混合线性模型估计不同群体和家系体质量最小二乘均值,计算不同杂交组合杂种优势率,评估不同群体和杂交组合的生长性能.结果表明,凡纳滨对虾各群体体质量变异系数变化范围为13％～26％;UA5、UA4和SIN三个群体为亲本的153日龄虾体质量最小二乘均值均较高,分别比群体均值高5.34％、2.51％和1.67％,是体质量性状育种的优良亲本;杂交组合均值(18.14 g)比自交组合(17.17 g)高5.65％,杂交组合UA4×UA5体质量最小二乘均值最高(19.52 g),比杂交组合均值高7.61％;组合杂种优势率在-1.77％～ 11.72％,均值为5.45％,大部分杂交组合(＞75％)存在正向杂种优势,UA1×UA2杂交组合杂种优势率最高.研究结果有助于提高凡纳滨对虾生长性能遗传选择的准确性,并为实现良种选育奠定基础.     

凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。