基于网络药理学和分子对接探讨减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝作用机制研究

目的：基于网络药理学分析减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的关键化合物及其作用靶点和通路,以探索其治疗作用的分子机制。方法：利用GEO-Datasets搜集、筛选患病与正常情况下的差异基因,并绘制热图和火山图,通过TCMSP平台和Drugbank数据库检索减味膈下逐瘀汤中诸药的活性化合物,设定OB≥30%和DL≥0.18为阈值,筛选潜在的活性化合物及作用靶点。构建减味膈下逐瘀汤和NAFLD差异基因分子靶点图,利用STRING数据库获取PPI网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape对其进行可视化分析,筛选核心调控基因,同时使用SwissDock平台将筛选得到的主要活性成分与靶点进行分子对接。通过DAVID进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通道富集分析,确定主要通路。结果：通过筛选后得到差异基因377个（127个上调基因及250个下调基因）,减味膈下逐瘀汤活性化合物225个,308个对应靶点;筛选得到关键靶标14个,对应化合物168个,关键靶点涉及MYC、FOSL2、FOS等。GO功能富集分析结果显示减味...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集茵陈五苓散中主要化合物成分,使用TCMSP、SWISS、STICH在线靶标预测平台数据库预测和筛选茵陈五苓散中相应化合物靶点,在DisGenet、DrugBank、OMIM及疗...     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨香加皮防治牙周炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库（GeneCards）和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学的葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病的机制研究和验证

[目的] 应用网络药理学的研究方法分析葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的潜在作用靶点,并通过小分子RNA干扰（RNAi）技术在NAFLD大鼠进行验证。[方法] 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索葱白的有效成分及作用靶点,再利用GeneCards网络数据库搜索NAFLD关键靶点,运用Perl语言软件对数据进行预处理,再通过R语言软件、Cytoscape软件以及String网络数据平台进行数据分析及作图。最后以RNAi技术抑制过氧化物酶体增殖物受体γ（PPARG）辅助活化因子A（PPARGC1A）PPARGC1A的表达,在NAFLD模型大鼠中验证葱白提取物的疗效。[结果] 通过网络药理学的方法得到两个化合物,即山奈酚（kaempferol）与儿茶素（catechin）,具有潜在疗效,并得到关键作用靶点PPARGC1A和PPARG。动物实验结果证实,与模型组相比葱白提取物可以改善脂肪肝病变,同时上调PPARGC1A及PPARG的表达（P<0.01）。[结论] 运用网络药理学的方法预测了葱白治疗NAFLD的关键靶分子,并进行动物实验验证了葱白提取物通过诱导PPARGC1A治疗NAFLD的可行性。     

痛风汤作用机制的网络药理学和分子对接探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法,探究痛风汤治疗痛风的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国中药整合数据库(TCMID)、Similarity Ensemble Approach数据库(SEA),检索并收集痛风汤的活性成分及其对应的靶点.通过人类基因组注释数据库(Genecards...     

枳壳和枳实化学成分的HPLC-ESI-MS分析

目的分析比较枳壳、枳实的化学成分。方法采用HPLC-ESI-MS法,SymmetryShieldTMRP18色谱柱(150mm×3.9mm,5μm)(Waters,Milford,MA,USA)。流动相:A为0.6%醋酸水溶液,pH=2.5;B为甲醇。采用梯度洗脱:20%~40%B(0~48min),40%B(48~54min),40%~55%B(54~60min),55%~95%B(60~75min),95%B(75~85min),95%~20%B(85~90min)。体积流量:0.7mL/min。温度为室温,检测波长为283nm。Surveg质谱检测器。结果鉴定了柚皮苷、柚皮苷元、新橙皮苷、橙皮苷、辛弗林等成分,并测定了它们在枳壳、枳实中的含量。枳壳、枳实药材的主要化学成分种类相同,但含量不同。结论HPLC-ESI-MS法可用于枳壳和枳实的研究。     

高效液相色谱指纹图谱法评价市售枳实、枳壳的质量

目的 评价市售枳实、枳壳的质量.方法 建立枳实、枳壳HPLC指纹图谱,在此基础上利用不同数据处理方法评价8家药店售出的枳实（8份）与枳壳（6份）的质量.结果 个别在售的枳实药材存在质量问题,枳实与枳壳化学成分基本一致,二者可以用聚类分析和主成分分析区分开.结论 采用HPLC指纹图谱法可以对市售的枳实及枳壳进行质量评价,有效地监督和指导厂家生产出质量合格的药材.     

基于网络药理学与分子对接的蒺藜皂苷D抗肺纤维化的作用机制研究*

目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气活血方治疗糖尿病肾病的作用机制

探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病（DN）的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用     

基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

从枳壳中分离纯化新橙皮苷对照品

目的从枳壳提取物中分离纯化高纯度新橙皮苷。方法枳壳提取物经大孔树脂处理后,用正丁醇萃取分离、浓缩,将浓缩物重结晶3次。正丁醇萃取物的浓缩是关键。结果优化的枳壳提取物中分离新橙皮苷的工艺使新橙皮苷的纯化得率达48.6%,纯度达98.7%。结论该方法简单易行,为制备高纯度的新橙皮苷提供了一种经济的、可行的方法。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤（ALI）的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B（Akt）1、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学探究黄诺玛苷对非酒精性脂肪肝的降脂作用

目的 利用网络药理学探索黄诺玛苷抗非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的作用靶点和信号通路,研究黄诺玛苷治疗NAFLD的作用机理.方法 ①在Swiss Target Prediction数据库中检索黄诺玛苷活性靶点,DisGeNET数据库中搜索疾病靶点,通过...     

网络药理学和分子对接技术视角下柴胡对肝硬化的作用机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术探究柴胡治疗肝硬化的活性部位和作用靶点,并推断其作用机制。方法：使用中药系统药理学分析平台筛选柴胡的化学成分和相关靶点,使用GeneCards和DisGeNet数据库筛选肝硬化相关靶点,将获得的靶点导入Venny 2.1.0进行分析,获取柴胡与肝硬化的共同靶点集;使用Cytoscape 3.8.2软件建立“柴胡活性化合物-靶点”网状图,使用STRING数据库生成蛋白互作网络,使用PPI网络拓扑分析筛选出核心靶点;采用R程辑包（tidyr、stringr、ggpubr）对共同靶点进行GO分析,同时采用R程辑包（tidyr、ggplot2）对共同靶点集进行KEGG分析;对核心靶点与柴胡活性成分进行分子对接,验证活性成分与核心靶点的结合性能。结果：筛选出柴胡的活性成分17种,以及肝硬化相关靶点4 754个、共同靶点159个;经PPI网络拓扑分析,结合连通性、紧密度等值均高的前15个靶点,构建核心靶点网络;经GO富集分析,获得细胞表面受体信号通路等生物进程共615条、黏着斑等细胞组分共65条、氧化还原酶活性等分子功能共121条;经KEGG分析得到通路130条,其中高度相关通路包括乙型肝炎、TNF信号通路等。分子对接结果显示乙酸芳樟酯与PTGS2、EGF,山柰酚与CASP3、JUN、TNF,槲皮素与MYC、EGFR、CCND1结合较好。结论：柴胡可通过乙酸芳樟酯、山柰酚、槲皮素影响肝硬化的多个靶点,从而起到治疗肝硬化的作用。本研究可为深入阐明柴胡治疗肝硬化的机制提供理论依据。