基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因,为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA;将18 816种人类基因及LST片段PCR产物用Biorobotics公司的BG600点样仪点样于纤维膜上,制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并33P标记,同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象,ArrayGauge1.0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论在18 816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个,其中共上调58个,共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制,故进一步研究其相关基因,在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。     

TM4SF9在大肠侧向发育性肿瘤细胞株中的表达及意义

目的: 研究四分子交联体5(TM4SF9)在大肠侧向发育性肿瘤(laterally spreading turmor, LST)、SW480和Lovo细胞中的差异表达,以及TM4SF9表达差异与三个细胞株黏附能力的关系. 方法: 用基因芯片技术研究3个细胞株的共同差异表达基因,从中筛选出TM4SF9作为研究对象,用半定量RT-PCR技术验证基因芯片检查结果,用黏附实验研究3个细胞株黏附性的差异. 结果: 基因芯片检查发现TM4SF9在3个细胞株中都有表达,Lovo细胞株表达最强,LST表达最弱,半定量RT-PCR检查与基因芯片检查结果相符,黏附实验显示TM4SF9表达水平最高的细胞黏附性最强. 结论: TM4SF9在LST,SW480,LOVO 3个细胞株中存在差异表达,黏附性较强的细胞株表达较高,其与LST特性的关系值得进一步研究.     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

大肠侧向发育型肿瘤的研究进展

大肠侧向发育型肿瘤(LST)是近年来发现的一种新类型大肠肿瘤，由于其在病变形态及发生、发展上有一定的特殊性，不同于一般的腺瘤，因此，日本学者将之单独列为一类肿瘤进行研究。LST与大肠癌有关，故近年来对其研究增多，本文作者就其流行病学、肿瘤分子生物学及诊断治疗等方面的研究进展做一综述。     

C8orf4基因在大肠癌中的表达

目的：筛查大肠癌分化相关分子标志物。方法：应用美国Affymetrix HG-U133寡核苷酸芯片对不同分化程度大肠癌组织和正常大肠黏膜组织的基因表达谱进行检测。采用肿瘤样品分类法（T-class）对各样品进行基因分类。并应用实时荧光定量RT-PCR检测候选基因在不同分化程度大肠癌中的差异表达。结果：T-class分析获得分类精度100%的大肠癌分化差异表达基因＆ ESTs 8个。其中C8orf4基因（chromosome 8 open reading frame 4）经非多元统计分析，在大肠癌组较正常黏膜表达下调。实时荧光定量RT-PCR检测该基因在不同分化程度大肠癌组间表达，其标准化表达值与基因芯片该基因探针组信号值相关性分析，呈线性相关。两种方法检测C8orf4基因在不同分化程度大肠癌组表达趋势相符。结论：C8orf4基因与大肠癌分化密切相关，可作为大肠癌分化的候选分子标志物。     

肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用

目的：建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法，并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法：选择了399个已知转移相关基因克隆，经PCR扩增纯化后，以Cartesian Pixsys5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上；采用Gy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果：经ScanArrayTM4000共聚焦荧光扫描仪检测，图像背景均匀，信号清晰，效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现：两种癌的基因表达大多数相同，仅少数有差别，有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因，包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论：优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别，表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

应用GINI检出微卫星不稳定型大肠癌中新的突变基因

目的 应用GINI筛选微卫星不稳定型大肠癌中新的突变基因.方法 采用NMD抑制药物emetine(依米丁)联合actmomycin D(放线菌素D),分别处理高度微卫星不稳定型(MSI-H)大肠癌细胞株HCT116和微卫星稳定(MSS)的大肠癌细胞株HT29,以及对照的MSS乳腺癌细胞株,以全基因组cDNA芯片检测经药物处理和不经药物处理的细胞株的mRNA表达变化.经过芯片数据分析筛选在HCT116细胞中mRNA表达量特异性升高的基因,以DNA直接测序法检测突变,并在22个大肠癌细胞株及30例原发癌组织中验证.结果 在MSI-H大肠癌细胞株HCT116中筛选出新的突变基因ARV1和ZNF294,并在8个MSI-H细胞株中验证其突变率分别为37.5%和87.5%,在20例MSI-H原发大肠癌组织中突变率均为35%.结论 基于NMD抑制的新的基因筛选方法GINI,能够相对快速、有效的检出发生突变的基因.     

基因芯片技术筛选血管瘤发生相关基因

目的:利用基因芯片技术寻找血管瘤与正常组织之间差异表达的基因,初步探索血管瘤的发生机制。方法:将14112条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片,将来自同一患儿的血管瘤组织和正常组织的mRNA分别逆转录为cDNA,标记Cy3和Cy5两种荧光,制备成cDNA探针,与表达谱芯片杂交,通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因。结果:血管瘤组织与正常组织共有249个差异表达基因,其中下调基因122个,上调基因127个。上调基因主要与细胞增生、血管形成、免疫细胞的黏附、细胞周期相关蛋白等有关;下调基因主要与细胞凋亡、肿瘤抑制等有关。结论:细胞增生相关基因的上调与凋亡相关基因的下调,导致细胞增生与凋亡失调,可能是引起血管瘤发病的原因。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异，筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA，逆转录成cDNA探针，经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交．用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异，其中有104个基因的表达值有意义，包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的，高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的：应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法：按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总ＤＮＡ并纯化ｍＲＮＡ;将４０９６种人类基因ＰＣＲ产物用ＣａｒｔｅｓｉａｎＰｉｘｓｙｓ７５００点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和喉鳞癌组织ｍＲＮＡ分别逆转录合成荧光分子掺入的ｃＮＤＡ－链做探针,混合后杂交上述基因芯片,经严格洗片后用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描仪扫描芯片     

基因表达谱芯片发现36条喉鳞癌相关基因

目的：研究探讨喉鳞癌发生、发展中相关基因群的表达和初步功能。方法：按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成BioDoor4096型微矩阵表达谱芯片;采用条件优化的一步法抽提喉鳞癌及正常组织总RNA,用Qiagen公司Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和严格洗片后,用SanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析肿瘤及正常组织中差异表达的基因。对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：在4096种基因中,喉鳞状细胞癌与正常组织间存在差异表达的基因。在所检测的4对临床标本中,发现有差异表达的基因36条（0．88％）。生物信息学分析显示,该36条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论：喉鳞状细胞癌的发生、发展中存在多因素表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。     

基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达

目的：在TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型上，采用了基因芯片技术，比较TA2小鼠低转移MA737模型与高转移BCML模型基因表达的差异。以期从基因水平上揭示乳腺癌的转移机制并为进一步寻找其新的防治手段打下基础。方法：采用上海联合基因公司提供的含2048个小鼠cDNA的C57BL-6的基因芯片，研究对象为TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型。同时设TA2小鼠自发乳腺癌MA737模型为实验对照组。结果：筛选出包括与DNA结合，转录和转录因子，蛋白翻译，细胞周期，转移等相关的表达差异有基因共457个，其中210个表达上调，247个表达下调。结论：乳腺癌在转移过程中存在许多基因表达调控的改变，对于相关基因的研究有助于认识乳腺癌转移的分子机制。为进一步探讨乳腺癌的预防提供新的思路与实验依据。     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因，为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术，以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象．构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减库。随机挑取库克隆进行差异筛选．对所得的差异片段进行测序和同源性分析，利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减库分别含有235和232个白色克隆．90％以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选．共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因，GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段：5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点：筛选到的新基因片段为进一步克隆基全长、研究基因功能提供了实验基础。     

人类肺癌转移相关基因的筛选

目的:应用基因芯片研究人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C的基因表达谱的差异,并筛选肺癌转移相关基因。方法:分别提取并纯化两细胞株的mRNA,运用基因芯片技术得到95-D和95-C细胞的差异表达基因谱。用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对部分有差异表达的基因进行分析验证。结果:在95-D和95-C细胞中有表达差异2倍以上的基因共389条,其中表达上调的121条,表达下调的268条。RT-PCR的验证结果与芯片的筛查结果基本相符。结论:人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C在基因表达谱上存在显著差异,这种差异表达的意义有待进一步研究。