自由结合链末端距及其分布矩的模拟计算

本文以一种快捷的数值算法和程序模型来模拟计算各种尺度高分子自由结合链或等效自由结合链的均方末端距，以及末端距的各阶分布矩．并将计算结果与按统计力学式运算值进行了比较。该计算方法简便可靠，特别适用于长度较短的分子链或无规飞行轨道。不仅可弥补Ｇａｕｓｓ分布的偏差，而且为真实链的构象研究提出了新的途径．     

自由旋转链中任意两个链段取向关联函数的研究

自由旋转链的数学描述相对成熟,它是用于线型高分子链描述的最常用、物理基础明晰的结构模型.在自由旋转链中,任意两个链段相对于空间特定方向(如外场方向)的方向余弦的关联函数与线型分子链的介电性质密切相关.对自由旋转链中任意两个链段方向余弦的关联函数进行了细致的研究,经过理论推导得到通式.     

自由作业稠密时间表的操作链性质分析

对于自由作业加工全长问题，研究了稠密时间表操作链的两个性质。作为应用，利用此性质及有关文献的结果，给出机器数为6的稠密时间表性能比猜想的证明。     

自由边界单原子链的奇特驻波解

指出一维单原子链的格波解是由于采用了循环边界条件的结果.若采用自由边界条件,则一维单原子链将给出振动解,此解不是一种行波解,而是一种特殊的驻波解.     

一维非线性链自由能的计算

研究了一维非线性链孤立子的统计性质．引进平移模作为完备基，把系统作为无相互作用的孤立子（反孤立于）一声子组成的“理想气体”，采用巨正则系综计算了低温条件下系统的自由能密度．     

端粒G-四链体结合酞菁分子的分子模拟研究

为揭示负电性稳定剂与人端粒G-四链体的作用机制,采用分子对接和分子动力学方法对新型负电性四磺酸酞菁分子(anionic phthalocyanine 3,4′,4″,4?-tetrasulfonic acid)和人端粒平行构象G-四链体进行了系统研究.构象分析发现,酞菁分子能够单独或同时稳定结合于G-四链体的顶层和底层...     

复合材料锥柱结合壳的自由振动分析

用改进的传递矩阵法分析了变厚度的复合材料锥柱结合壳的自由振动问题，推广了传递矩阵法，导出了每一个壳元的封闭形式的传递矩阵，对于正交对称铺层的层薄壳，其一阶微分方程可以传递矩阵法表示。     

复合材料锥柱结合壳的自由振动分析

用改进的传递矩阵法分析了变厚度的复合材料锥柱结合壳的自由振动问题，推广了传递矩阵法，导出了每一个壳元的封闭形式的传递矩阵．对于正交对称铺层的层合薄壳，其一阶微分方程可以采用传递矩阵法表示．     

D矢量模型的单点自由能,单点矩及其渐近表达式

为使基于累积量展开的京茨堡－朗道理论（ＧＬＣ）能更精确地研究Ｄ矢量模型的临界特性，导出了它的单点自由能，单点矩及其直至六级近似的小宗量渐近表达式。     

HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算

HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、 ALA28/ALA28'、 GLY49、 ILE50/ ILE50'和ILE84/ ILE84'为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献.抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25/ASP25'、ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定.计算结果与实验值吻合较好.     

结构水分子对结合自由能贡献的影响

结晶水分子存在于大多数蛋白质-配体复合物中,研究其对维持复合物的结构及在蛋白质-配体的结合过程中所发挥的作用有重要的意义。先前的分子对接、药物设计等均未考虑水分子的参与,近几年考虑到水分子后获得了更加精确的结果,表明结晶水分子在理论研究上的重要性。本文引用文献39篇,以HIV-1PR与抑制剂形成的复合物为例,综述了结合部位的结晶水分子在维持复合物结构及增强蛋白质-配体的亲和力等方面所起的作用。     

FKBP12与其抑制剂作用的结合自由能计算

FKBP12(FK506-binding proteins-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.文中采用分子动力学模拟取样,运用MM-PBSA方法计算了FKBP12-TST复合物的绝对结合自由能.通过能量分解的方法考察了FKBP12分子主要残基与配体TST之间的相互作用.     

HIV-1 Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算

P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位点Ⅱ应可作为基于受体三维结构的抗HIV-1药物分子设计的起始位点.模拟计算的结果可以为进一步指导药物设计奠定基础.     

配体和受体间的结合自由能的计算方法

精确地预测配体和受体间的结合自由能是计算化学中最重要的问题之一.首先,从未知受体三维结构和已知受体三维结构2个角度出发,评述计算配体和受体间结合自由能的各种方法及其优缺点;其次,分析计算结合自由能过程中长期存在问题与挑战,包括势能函数模型和溶剂化模型的合理建立,配体与受体结合过程中平动熵、转动熵、构型熵变化的精确计算;最后,研究应用ABEEM/MM力场结合GBSA和LIECE方法进行结合自由能的计算.     

不确定网络及其度分布的马氏链数值分析

采用不确定理论的方法,基于BA模型及演化网络模型,通过在择优概率的基础上加入不确定变量,提出一个能较好描述现实复杂网络特征的不确定演化网络模型。针对该模型,运用马氏链数值方法,根据连线增加和删除数目的不同关系导出相应的度分布和幂率指数的表达式。理论、数值分析和模拟结果表明:该模型能自组织演化成无标度网络,度分布遵循幂率分布,与现实中的一些网络相吻合,由于不确定性的普遍性,该模型具有一般性。     

马氏链首达时间反问题中矩的估计及其性能分析

提出了马氏链的反向问题中，在独立加性高斯有色随机噪声背景下，估计Ｍａｒｋｏｖ链首达时间各阶矩的统计方法。利用累积量的性质，得出了带噪样本的ｋ阶矩仅与噪声的方差有关，而与噪声的其它任意阶矩无关，并证明了用该方法得到的估计值具有无偏性和强相合性的统计性能。通过一个数值例子仿真了连续时间参数Ｍａｒｋｏｖ链模型的构造过程，得到的首达时间各阶矩的估计值及其分布函数的Ｌ－Ｓ变换比去噪处理前更接近无噪声情况，在理论和实验两方面验证了该方法的有效性。     

链霉菌M1033葡萄糖异构酶的分离纯化及其性质的研究

链霉菌M1033菌株所产的葡萄糖异构酶培养液经二级(NH_4)_2SO_4沉淀、DEAE-Sephadex A50,Sephadex-G150柱层析分离纯化,可得到电泳均一的纯酶。该酶的全分子量为91000左右,由两个相同的亚基组成。其pI为4.3,经糖染色后证明并非糖蛋白;最适反应温度70℃,在该温度下分别以D-木糖和D-葡萄糖为底物,测得最适pH分别为8.0和8.3。该酶为金属激活酶。Co~(2 )和Mg~(2 )对该酶有激活作用,Ca~(2 )则使之几乎失活。金属离子的激活作用随底物而异。动力学研究表明,该酶对D-木糖有更大的亲和性。