黄连-葛根药对治疗2型糖尿病的网络药理学研究

目的:运用网络药理学研究方法对黄连-葛根药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制进行分析。方法:采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)筛选出黄连-葛根(Coptis Chinensis-Pueraria Lobata, C-P)药对的有效活性成分及作用靶点蛋白,再使用Unipro数据库将筛选出的靶点蛋白转换为基因名,通过GeneCards数据库收集T2DM疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩(Venn)分析,寻找交集靶点,用交集靶点与对应活性成分构建活性成分-靶点相互作用网络,并对交集基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:研究得到13个作用于T2DM疾病靶点的活性成分和146个作用靶点,GO功能富集分析确定了284个条目,KEGG通路分析共发现77条作用通路。结论:本研究结果初步探讨了C-P药对治疗T2MD的基本药理作用及其机制,并为进一步的试验研究奠定了良好的基础。     

于系统药理学层面以“大黄-黄连”治疗胃溃疡为例诠释中医配伍的意义

目的由于中药"多因、多效、多靶点"的特点,中药治疗疾病的具体原因难以被阐明,以"大黄-黄连"为例基于系统药理学方法从系统水平研究中药成分,一定程度上诠释了中医配伍的意义。方法检索中医系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)并根据口服生物利用度(OB)、药物相似性(DL)筛选出大黄、黄连的有效化学成分并经过DrugBank数据库确认其靶点,挖掘CTD、Genecards数据库筛选与胃溃疡相关的作用靶点,利用Cytoscape3.6.1软件构建"大黄-黄连"药对的蛋白互作网络图、化合物靶点图并通过计算拓扑学参数筛选出"大黄-黄连"药对中关键的作用靶点和化合物;利用David数据库对"大黄-黄连"药对作用靶点进行GO分析和KEGG分析。结果通过筛选得到"大黄-黄连"药对活性成分30个,活性成分靶点100个;作用于胃溃疡的靶点37个;GO分析得到11个生物学过程、5个细胞组成和5个分子功能;KEGG分析得到37条信号通路包括NF-κB信号通路、HIF-1信号通路、结直肠癌信号通路、破骨细胞分化信号通路、沙门氏菌感染信号通路。结论本研究结果一定程度上诠释了中医配伍的意义,进一步深入揭示其作用机制,为下一步合理用药提供了参考。     

基于网络药理学探讨桂芍配伍治疗骨关节炎的作用机制

目的运用网络药理学技术研究“桂枝—白芍”药对治疗骨关节炎的主要活性成分和靶点,进而探讨桂芍治疗骨关节炎的潜在作用机制。方法通过检测网络数据库平台(TTD、DrugBank和GeneCards)数据库构建骨关节炎疾病靶点;通过检测TCMSP、HIT数据库筛选桂枝—白芍药对活性成分及靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,并对靶点进行KEGG及GO富集分析。结果从“桂枝—白芍”药对中共筛选出17个有效成分,与骨关节炎相关作用靶点40个,KEGG与GO富集分析显示“桂枝—白芍”药对主要与癌症、免疫、炎症以及细胞衰老、凋亡等信号通路有关。结论本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了“桂枝—白芍”药对对于骨关节炎的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。     

基于网络药理学黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病作用机制探讨

目的探讨黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芩、黄连的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含42个化合物和相应靶点213个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、HSP90AB1、NOS2等。PPI核心网络包含15个蛋白,关键蛋白涉及TNF、IL6、INSR等。GO功能富集分析得到GO条目108个(P0.05),其中生物过程(BP)条目87个,分子功能(CC)条目9个,细胞组成(MF)条目12个。KEGG通路富集筛选得到24条信号通路(P0.05),涉及胰岛素抵抗通路、T2DM通路、胰岛素信号传递通路等。结论黄芩-黄连中的活性成分主要通过DPP4、PPARG、IL6、PPARD、TNF等靶点调节炎症细胞因子、作用于胰岛素受体协同治疗T2DM。     

基于网络药理学的丹参治疗2型糖尿病作用机制研究

目的:基于网络药理学研究丹参治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法:在中药系统药理学技术平台(TCMSP)中根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)筛选出丹参的活性成分、作用靶点,在GeneCards数据库中寻找2型糖尿病相关靶点,将丹参作用靶点与T2DM相关靶点进行映射分析,筛选出丹参治疗T2DM的活性成分和作用靶点。借助Cytoscape3.7.1软件,构建丹参活性成分-作用靶点网络。通过String平台构建靶蛋白相互作用网络,通过DAVID分析平台,对靶点基因GO富集分析和KEGG代谢通路进行分析。结果:从丹参中筛选获得65个活性成分,108个作用靶点,与T2DM有关的作用靶点96个,关键靶点15个,通路涉及炎症反应、细胞凋亡、氧化反应、激素代谢等,这些作用通路可能是丹参防治T2DM的活性依据。结论:初步研究了丹参治疗T2DM的作用机制,丹参具有多个活性成分,能通过多个靶点、多个通路来发挥治疗T2DM的作用。     

基于网络药理学探讨大黄黄连药对治疗高血压病的作用机制

目的基于网络药理学探讨大黄-黄连药对治疗高血压病的作用机制。方法利用TCMSP数据库,挖掘大黄、黄连的活性成分。利用UniProt数据库校正靶点的官方基因名称。通过OMIM、TTD、Pharmgkb及Disgenet-Gene数据库得到高血压病的相关靶点,并与大黄-黄连药对作用靶点取交集,得到其治疗高血压病的有效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,最后利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,揭示大黄-黄连药对治疗高血压病的潜在信号通路。结果共筛选出大黄-黄连药对21个药物活性成分以及67个治疗高血压病的靶点。通过PPI网络分析,大黄-黄连药对治疗高血压病可能与IL6、VEGFA、JUN、TNF、TP53、PTGS2、IL1β、EGF、EGFR、NOS3等蛋白有关。GO和KEGG分析结果显示,大黄-黄连药对治疗高血压病的靶点显著富集于HIF-1信号通路、TNF信号通路、钙信号通路、cGMP-PKG信号等通路。结论大黄-黄连药对治疗高血压病具有多靶点、多途径、多通路的特点,HIF-1信号通路、TNF信号通路、钙信号通路是其降压作用的主要通路。     

基于网络药理学探讨三芪丹治疗2型糖尿病的作用机制

目的 采用网络药理学探讨三芪丹对2型糖尿病（T2DM）治疗的潜在作用机制。方法 在中药系统药理学技术平台（TCMSP）以口服生物利用度（OB）和类药性（DL）为限定条件筛选出三芪丹的活性成分、作用靶点；在GeneCards数据库TTD数据库中寻找2型糖尿病相关靶点，将三芪丹作用靶点与T2DM相关靶点进行映射分析，筛选出三芪丹治疗T2DM的活性成分和作用靶点。借助Cytoscape3.7. 2软件，构建三芪丹活性成分-作用靶点网络；通过String平台构建靶蛋白相互作用网络；对靶点基因GO富集分析和KEGG代谢通路进行分析，并构建“成分-靶点-通路”网络图。结果 三芪丹筛选得到97个化合物，相应作用靶点371个，与2型糖尿病的共同靶点18个，涉及关键靶点有PPARG、TGFB1、PTEN、SIRT1等，通路主要涉及癌症通路、骨质疏松分化、foxo信号通路、PPAR信号通路、胰岛素抵抗等。结论 初步研究了三芪丹治疗T2DM的作用机制，三芪丹具有多个活性成分，能通过多个靶点、多个通路来发挥治疗T2DM的作用。     

基于网络药理学探讨黄连-吴茱萸治疗胃癌的作用机制

目的:筛选黄连-吴茱萸配伍对胃癌治疗的主要活性成分,预测两者共同活性成分的作用靶点,建立药物活性成分-靶基因网络,进一步探讨药对黄连-吴茱萸对胃癌治疗的潜在作用机制。方法:采用中药系统药理学技术平台(TCMSP),筛选黄连-吴茱萸的潜在活性化学物质,借助基因组注释(Genecards)数据库平台,预测和筛选胃癌的作用靶点,采用Cytoscape(3. 7. 1)软件,构建"药物-活性化学物质-疾病-作用靶点"网络图,借助String数据库平台构建蛋白质相互作用网络。最后利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果:通过筛选,得到黄连的潜在活性成分14个,吴茱萸的潜在活性成分15个,共涉及与胃癌相关作用靶点127个。黄连-吴茱萸-胃癌共同靶点33个,主要通过调控PTGS2,PTGS1,AR,RXRA,NOS2等靶基因及细胞凋亡,p53信号通路,白细胞介素(IL)-17信号通路等发挥对胃癌的治疗作用。结论:黄连-吴茱萸对胃癌的治疗作用体现了中药多成分-多靶点的特点,阐明了药对黄连-吴茱萸对胃癌治疗的作用机制与物质基础的科学内涵。     

基于网络药理学分析生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的:通过网络药理学研究方法探讨生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)的作用机制。方法:通过中药药理数据库和分析平台(TCMSP)检索药物的活性成分和靶点;在GeneCards、DrugBank和OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变相关靶点;利用Venny工具找出疾病与药物的交集靶点;通过Sting数据库对交集靶点进行分析;结果导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑异构分析;筛选出核心靶点并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。将交集靶点录入Metascape进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,得到潜在作用通路。结果:(1)药物活性成分及靶点:通过TCMSP数据库筛选出生蒲黄-墨旱莲活性成分17个、作用靶点222个。(2)疾病靶点:经GeneCards、DrugBank、OMIM数据库筛选去重后获得相关的疾病靶点4 005个,将药物靶点与疾病靶点交集后共获得108个共有靶点。(3)核心靶点:通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/T...     

基于网络药理学的泽泻-白术药对治疗血脂异常作用机制研究

目的基于网络药理学研究泽泻-白术药对治疗血脂异常的活性成分、靶点及通路机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献检索收集泽泻、白术的活性成分,基于TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库预测相关成分的作用靶点;通过OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取血脂异常相关靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,筛选关键靶点;采用DAVID6.8数据库进行GO分析和KEGG通路富集分析,Cytoscape3.8.0构建活性成分-靶点-通路网络,筛选核心活性成分;利用SwissDock数据库对核心活性成分与关键靶点进行分子对接。结果筛选出泽泻醇A、23-乙酰泽泻醇A、白术内酯Ⅲ等10个核心活性成分,VEGFA、IL6、EGFR等11个关键靶点,KEGG分析得到影响基础代谢率的HIF-1信号通路,抑制脂肪生成的AMPK信号通路,影响食欲、脂肪代谢的Toll样受体信号通路等103条信号通路(P0.05)。分子对接结果表明,泽泻-白术药对核心活性成分与治疗血脂异常的关键靶点可紧密结合。结论泽泻-白术药对的泽泻醇A、23-乙酰泽泻醇A、白术内酯Ⅲ等活性成分可能通过调控VEGFA、IL6、EGFR等靶点的表达,激活或抑制相关信号通路,发挥抑制食欲、抑制胆固醇转运及合成、抑制脂肪细胞生长等作用,从而治疗血脂异常。     

基于网络药理学探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用SwissTargetPredicti...     

基于网络药理学研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学技术研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点、建立"药对-活性成分-疾病-作用靶点"网络,探讨黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄连-黄柏药对的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎的相关靶点...     

基于网络药理学探讨党参治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨党参治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)及OMIM、TTD、Drugbank等网络数据库分别获取药物有效成分、活性靶点、疾病靶点,并取药物成分和疾病的交集靶点,构建药物活性成分与关键靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶蛋白进...     

基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。     

龙眼叶治疗2型糖尿病的网络药理学研究及实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探讨龙眼叶治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制，并通过体外实验进行初步验证。方法 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）并结合化源网数据库和相关药理活性文献筛选出龙眼叶的活性成分；通过Swiss TargetPrediction网站在线分析筛选活性成分的靶点。利用OMIM、GeneCards、DrugBank三个数据库获取T2DM的相关靶点，进而利用韦恩（VENNY）2.1筛选出活性成分与T2DM的交集靶点；然后将其导入STRING数据库以进行蛋白质互作网络（PPI）网络构建；采用Cytoscape v3.8.0软件构建“中药-化学成分-关键靶基因-疾病”网络图；通过DAVID数据库对交集靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析，GraphPad Prism 8.3软件将其可视化；运用SYBYL-X 2.0和Discovery Studio 4.5 软件对龙眼叶排名靠前的活性成分和关键靶点进行分子对接，验证其生物活性。验证实验以人肝癌细胞（HepG2）作为研究对象，高糖诱导胰岛素抵抗HepG2细胞模型，CCK8法检测细胞增殖抑制率，蛋白印迹（Western blot）检测磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K-AKT）信号通路相关蛋白的表达情况。结果 共筛选出龙眼叶有16个活性成分，活性成分和疾病的交集靶点共96个，网络拓扑分析筛选出关键靶点16个。生物学过程包括凋亡过程的负调控、细胞质膜、酶结合等。龙眼叶在改善T2DM主要作用于HIF-1信号通路、胰岛素抵抗信号通路、PI3K-AKT信号通路等。分子对接显示山柰酚和EGFR、槲皮素和PTGS2、木犀草素和PIK3R1有比较强的结合活性。细胞实验结果表明龙眼叶提取物可以上调IR模型HepG2细胞AKT-1、p-AKT-1、p-PI3Kp85蛋白表达。结论 龙眼叶抗T2DM的作用机制可能与PI3K-AKT、HIF-1、胰岛素抵抗等信号通路有关。     

基于网络药理学及分子对接研究益气养阴清热方治疗2型糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接预测益气养阴清热方治疗2型糖尿病的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取益气养阴清热方6味中药的化学成分和作用靶点.通过Gene-Cards数据库获取治疗2型糖尿病相关靶点;利用R软件获取有效成分与疾病相关靶点之交集;利用Cytos...     

赵进喜教授治疗2型糖尿病的核心处方挖掘及生物学机制探讨

[目的] 应用数据挖掘及网络药理学技术,对赵进喜教授治疗2型糖尿病（T2DM）药物的核心配伍、潜在靶点、作用机制进行探讨和研究。[方法] 收集325例赵进喜教授诊治2型糖尿病的医案,应用关联规则算法筛选核心药物配伍。使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选核心处方的活性成分,应用STITCH、TTD、DrugBank、GAD和DisGeNET数据库,筛选药物及T2DM相关靶点。采用Cytoscape中的MCODE算法识别功能模块,应用ClueGO插件进行功能分析。[结果] 通过关联分析得到黄芩、葛根、丹参、仙鹤草、荔枝核、地骨皮等6味药物的核心处方。通过网络药理学分析,得到58个药物-疾病相关靶点,识别出5个功能模块。对重要靶点进行KEGG通路分析,得到18条相关通路。[结论] 核心处方治疗T2DM是多成分、多靶点、多环节、协同作用的过程,其作用靶点可能为SLC2A2、SLC2A4、TNF,PPARA和PPARG,并可以通过调节脂肪因子信号通路和PPAR信号通路发挥作用。     

“黄连-半夏”药对治疗胃癌的网络药理学研究和实验验证

基于系统药理学采用数据挖掘和分子对接的方法分析黄连-半夏药对治疗胃癌的作用机制。通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)和中国科学院上海有机化学研究所化学专业数据库进行数据挖掘获得黄连-半夏药对的化学组分;然后通过ADME筛选得到其有效成分;采用化学计量学方法对有效成分进行靶点预测,并使用分子对接和结合自由能分析对靶点进行验证和筛选,从而获得黄连-半夏药对治疗胃癌的作用靶点;进一步分析靶点对应的生物功能、疾病及相关的信号通路,进而阐述黄连-半夏药对治疗胃癌的多成分、多靶点、多通路作用机制;最终通过MTT试验、划痕试验、Transwell小室试验和Western blot试验验证黄连-半夏对人胃癌细胞MKN-45的抑制作用。研究共筛选出黄连-半夏药对的有效成分46个,对应靶点77个,与胃癌及其并发症相关靶点共38个,相关信号通路前8条,GO分析相关度前20个靶点分子功能。细胞实验证实了黄连-半夏水提物能有效抑制MKN-45细胞的增殖、侵袭迁移,并抑制转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)诱导的Wnt/β-catenin信号通路的激活。黄连-半夏药对具有多种有效成分,能够调控神经和精神系统、细胞周期、细胞分化和转移,增强抗炎和免疫功能,在胃癌及其相关并发症发挥着多成分、多靶点、多通路协同抗癌作用,为后续临床治疗胃癌提供新的思路。