猪多杀性巴氏杆菌可视化LAMP检测方法的建立

该研究旨在建立一种快速检测猪多杀性巴氏杆菌的LAMP方法。根据GenBank中猪多杀性巴氏杆菌外膜蛋白H基因(ompH)序列,在其保守区域设计了多套LAMP引物,通过LAMP反应,评价其特异性和敏感性,并加入SYBR Green Ⅰ,对其进行肉眼判定。结果显示：建立的LAMP方法在56℃水浴中1 h可对猪多杀性巴氏杆菌核酸进行高效扩增,在反应结束后加入SYBR Green Ⅰ可肉眼进行判断;该方法具有很强的特异性,对其它相关猪病病原菌检测结果均为阴性;其DNA核酸的检测量为0.05pg,是PCR的100倍,显示出很高的敏感性;用建立的LAMP方法对5株猪多杀性巴氏杆菌阳性样品进行检测,结果表明LAMP法与PCR检测的结果是一致的。结果表明该研究建立了一种操作简便、快速、敏感、特异的可对猪多杀性巴氏杆菌进行快速检测并可肉眼判定结果的可视化LAMP方法,适合在基层使用。     

铁皮石斛灰霉病多菌灵高抗菌株的LAMP快速检测体系的建立

为了建立一种新型的能够快速、准确、高效地检测铁皮石斛灰霉病菌对多菌灵抗药性的检测技术,利用环介导的等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification)通过对临安3个铁皮石斛基地的灰霉病菌进行抗性分析发现,本地铁皮石斛灰霉病菌对多菌灵表现出高水平抗药性的菌株编码β-微管蛋白的198位氨基酸由E(GAG)突变为V(GTG)。根据高抗菌株第198位密码子的突变位点设计了特异性检测引物,对高抗灰霉菌株E198V基因型进行分子检测。结果表明:使用钙黄绿素染料作为反应指示剂,在等温条件下(65℃)进行核酸扩增反应40 min后,以抗药性菌株DNA为模板的反应液呈阳性(变为亮绿色),而敏感菌株的为阴性(仍为橙色),灵敏度试验发现最低检测限为10 pg/μL,琼脂糖凝胶电泳结果与LAMP检测结果一致。该方法的建立为快速检测铁皮石斛灰霉病菌抗多菌灵菌株及科学合理的防治铁皮石斛灰霉病奠定了基础。     

猪源2型链球菌福建株CPS2J基因PCR检测及序列分析

设计并合成一对扩增2型猪链球菌CPS基因的特异性引物,以猪2型链球菌福建株DNA为模板,筛选最佳反应条件,建立检测CPS2J基因的PCR方法,并对PCR扩增产物进行序列测定和同源性比较分析。结果如下：应用该方法对猪2型链球菌福建株和标准阳性株进行扩增,均获得与预期大小一致的675bp特异性目的片段,而对8株非2型猪链球菌的扩增结果均呈阴性;敏感性测定最低可检出100cfu细菌量或50pg 细菌DNA;SS2PFJ06CPS2J 基因部分核苷酸及其推导的氨基酸序列与猪链球菌2型不同菌株的同源性分别达98.7%-100%和97.8%~100%。上述结果表明建立并优化的猪2型链球菌CPS2J基因的PCR检测方法敏感性好、特异性高,能用于2型猪链球菌的分子流行病学调查和快速检测; 序列分析表明猪2型链球菌福建株与国内外8株标准株之间同源性高、亲缘关系密切。     

实时荧光定量RT-PCR法对志贺菌外排泵基因emrE的表达分析

测定临床耐多药志贺菌株H24的外排泵emrE基因的表达情况,尝试建立一个快速检测外排泵基因表达的方法。提取多耐药志贺菌株H24的RNA,用实时荧光定量RT-PCR方法验证H24的外排泵emrE基因mRNA表达水平和耐药的相关性。实时荧光定量RT-PCR获得H24的外排泵基因emrE的mRNA相对表达量,emrE基因的相对表达量为内参基因gapA的2万多倍;同一标本重复扩增,emrE和gapA基因相对拷贝数的平均变异系数分别为1.4%和1.3%,提示本方法可准确检测二者的相对拷贝数。由emrE基因的高表达可以推断它与志贺菌的多耐药有正相关性,这个推断结果与以前通过克隆emrE基因的方法得到的结果一致。所建立的emrE基因荧光定量RT-PCR诊断方法特异性好、敏感性高,SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR可进一步应用于志贺菌多耐药株其他外排泵的临床诊断和科学研究。     

副猪嗜血杆菌病原夹心ELISA检测方法的建立及应用

为了建立一种准确、快速的副猪嗜血杆菌病原夹心ELISA检测方法,以副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5的特异性单克隆抗体1E2作为捕获抗体,兔抗副猪嗜血杆菌多克隆抗体作为检测抗体,通过方阵滴定优化夹心ELISA检测方法最佳反应条件,并对该检测方法进行特异性、敏感性验证以及临床样品的检测应用。结果显示,该检测方法中单克隆抗体1E2最佳包被浓度为3.434μg/m L,兔抗副猪嗜血杆菌多抗的最佳稀释浓度为3.350μg/m L,用10 mg/m L明胶37℃封闭1 h优于其他封闭液,辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔多体最佳使用浓度为1∶4 000。该检测方法的特异性试验结果显示可检测出15个血清型的副猪嗜血杆菌病原,而与其他病原菌的检测结果均为阴性。敏感性试验结果显示该方法能够检测出副猪嗜血杆菌的最低菌落浓度为1×106cfu/m L。利用该检测方法对临床115份副猪嗜血杆菌可疑病料进行检测结果显示可检出83份阳性样品,检出的阳性样品数高于细菌分离及PCR鉴定方法。上述结果表明所建立的副猪嗜血杆菌病原夹心ELISA检测方法特异性强、敏感性好并可应用到临床样品的检测。     

猪源奥斯陆莫拉氏菌的分离鉴定、耐药性及大环内酯耐药基因检测

为研究奥斯陆莫拉菌的致病机制及防控措施,对疑似患有奥斯陆莫拉菌的病猪肺组织进行病原分离,得到了1株优势菌命名为ZF2。对分离菌株进行形态学观察、生化试验、分子生物学鉴定,动物回归试验和药敏试验。结果显示,分离菌株为革兰阴性杆菌且对健康仔猪具有较强的致病性,经生化试验和分子生物学分析鉴定为奥斯陆莫拉菌。该分离菌株对阿奇霉素、红霉素呈现较强的耐药性。经大环内酯耐药基因检测结果显示erm B基因为阳性。本研究对奥斯陆莫拉菌病选择合理、正确的抗菌药物提供了一定的科学依据,并为进一步研究其耐药机制奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法建立及初步应用研究

为建立一种特异、敏感的PEDV的检测方法。根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒CV777株的M基因序列,设计了一对特异性引物,扩增长度为680 bp的片段。将PCR产物进行测序,与CV777株、SH5株M基因的同源性分别为99.2%和97.6%。试验表明：该方法具有较好的特异性和敏感性,并能检测到PEDV的RNA浓度下限为100 pg/μL。从福建省的3个地区共采集58份哺乳仔猪腹泻样品,并应用此方法进行检测,其阳性检出率为87.9%。     

可视化单引物等温扩增技术检测发酵乳制品中沙门氏菌的研究

建立了可视化单引物等温扩增技术(Visual single primer isothermal amplification,Visual SPIA)检测发酵乳制品中沙门氏菌(Salmonella)的方法。针对沙门氏菌侵袭蛋白(Invasion protein A,invA)基因设计引物,验证该方法特异性,同时对人工污染发酵乳制品的检出限进行测定。分别采用国家标准方法 (GB 4789.4—2016)和可视化SPIA方法对235份发酵乳制品样品进行检测,确定可视化SPIA方法的敏感性、特异性及符合率。结果显示,12株沙门氏菌呈阳性结果,29株非沙门氏菌均呈阴性结果。荧光可视法的检出限均为3.2×101CFU/mL,沉淀可视法的检出限为3.2×102CFU/mL。可视化SPIA方法的敏感性为100.00%,特异性为98.15%,符合率为99.15%。该方法特异性强,可通过肉眼直接观察并判定结果,实现了对沙门氏菌的可视化检测,对沙门氏菌引起的食物中毒的预防和控制具有重要意义。     

水貂绿脓杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立

为了利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立水貂绿脓杆菌核酸快速检测方法。根据绿脓杆菌外毒素A基因240 bp片段保守序列设计一套LAMP特异性引物,对水貂绿脓杆菌基因组DNA进行LAMP扩增,通过浑浊度、SYBR Green荧光染料显色及电泳观察结果,并进行特异性和敏感性检验。结果表明：完成反应仅需要60 min(65℃),特异性强,最低检测限为1 ng/μL。该方法简单快捷、特异性强、灵敏度高,适合于基层使用,具有广泛的临床应用前景。     

零售鲜猪肉中肠球菌的鉴定与毒力基因检测

2007年～2008年间,分别从郑州市5个农贸市场鲜猪肉销售摊点采集了52份猪肉样品,经细菌分离得到30株疑似肠球菌,通过细菌形态学和培养特性的观察,并采用Vitek-32全自动细菌鉴定系统对其进行分析,最终鉴定为肠球菌,其中粪肠球菌(E. faecalis)16株、屎肠球菌(E. faecium)4株、铅黄肠球菌(E.casseliflavus)6株、鸟肠球菌(E.avium)2株、鹑鸡肠球菌(E. gallinarum )2株。药敏试验结果表明：肠球菌对呋喃妥因、万古霉素、替考拉宁和氨苄青霉素有较高的敏感性,对四环索、卡那霉素和红霉索的敏感性较低。经过对肠球菌6种公认的毒力基因cylA、gelE、efaA、ace、AS和esp的检测,发现分离株携带毒力基因不同,7号粪肠球菌携带6种,而12号屎肠球菌则全部为阴性,其它菌株则携带1～5种不等的毒力基因。     

鸡传染性支气管炎病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种能快速检测鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的方法,根据GenBank中IBV的基因保守序列,设计一套环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,建立了IBV RT-LAMP可视化检测方法;该法对IBV RNA最小检测限为10 fg,而常规RT-PCR为1 pg,灵敏度高于常规PCR法100倍;对其他常见鸡病原体检测结果均为阴性;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;本研究建立的IBV RT-LAMP方法简便、快捷、特异、灵敏,且只需1个可控温的水浴锅在1 h内即可完成全部反应,更适合基层业务部门及养殖场的检测,为IBV感染的快速检测提供新方法。     

结核杆菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用

针对结核杆菌CFP10基因序列设计并合成了1对引物,以构建的含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测CFP10基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法。检测结果显示,该方法线性关系好,标准曲线的相关系数达到0.997,对初始模板的检出下限为1 ×101copies/μL,比常规PCR方法高100倍。表明建立的real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于结核杆菌CFP10的病原检测及定量分析。     

道地中药材川贝母特异性PCR鉴别方法研究

为建立快速检测中药材川贝母成分的特异性PCR法,从NCBI数据库下载植物HMGR基因序列,根据同源性区域设计兼并引物,对川贝母及其易混品鳞茎基因组进行扩增。通过比对川贝母特异性DNA片段区域,设计引物扩增获得川贝母基原物种特异核酸片段。从川贝母基原鳞茎中提取DNA,设计特异引物对BMH-TF/BMH-TR,优化PCR扩增条件,通过特异性、灵敏度实验验证,建立特异性PCR检测体系。采用该方法从川贝母基原中扩增出一条120 bp左右条带,而非川贝母样品、空白对照在相同条件下无扩增条带,检测灵敏度为2 ng/μL,检测下限为4 ng。对10个市售药材的检测结果证明,该方法简便可行、重现性好。该PCR法可快速、准确鉴别川贝母基原,具有操作简便、快速、特异性高的优点。     

抗病转基因水稻M12及其产品成分的定性、定量PCR检测方法

通过定性PCR扩增了转基因水稻M12转化体特异性片段和水稻内标基因(sps)片段, 将PCR产物酶切连接后构建到T载体, 得到适于转基因水稻M12品系特异性PCR检测的质粒分子pM12, 建立了事件特异性定性、定量PCR检测方法。定性PCR结果表明, 本方法可特异性检测出M12, 检测限可达100拷贝单倍体水稻基因组; 定量PCR结果表明, M12和sps定量PCR标准曲线R ²为0.998和0.997, 扩增效率为95.3%和108.4%, 重复性分析标准偏差范围为0.043~0.276, 定量极限和检测极限可达100和10拷贝。对转基因含量为1.0%的混合样品定量结果的相对偏差在8.0%以内。本研究建立的方法可用于转基因水稻M12及其加工产品成分的检测。     

甜瓜种子中黄瓜花叶病毒和小西葫芦黄花叶病毒的RT-LAMP可视化检测方法

本研究旨在针对甜瓜种子中携带的黄瓜花叶病毒(CMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV),建立可视化环介导等温扩增检测方法。根据CMV和ZYMV外壳蛋白(CP)基因的保守序列,分别设计并筛选出2套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,通过对反应体系中主要影响因素的优化,建立适用于快速检测CMV和ZYMV的RT-LAMP检测方法。对优化后的2种LAMP检测方法进行特异性和灵敏度验证。结果表明,建立的2种LAMP检测方法分别能够特异性地检测出CMV和ZYMV,检测灵敏度较常规RT-PCR分别高出10倍和100倍,并且可通过肉眼观察直接对反应结果进行判定。该方法的建立为基层及现场快速检测甜瓜种子的带毒情况提供了新方法。     

陕西省甘薯病毒病害(SPVD)发生现状及种类鉴定

为明确陕西省甘薯病毒病害发生范围及严重程度等,以陕西省西安、咸阳、渭南、榆林、商洛、安康和宝鸡等7市采集到的98个疑似甘薯病毒病害样品,用多重RT-PCR检测方法对甘薯病毒病害(Sweet potato virus disease, SPVD)进行快速检测。结果显示,样品病毒总检出率为52.04%,38个样品检测到甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV),占38.78%;25个样品检测到甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV),占25.52%;检测到病毒的51个样品中,有38个样品为单一病毒侵染,13个样品为两种病毒复合侵染,即SPVD检出率为13.27%;除咸阳市没有检出SPFMVCH2株系外,其余6个地市均检测到SPCSV及SPFMV-CH和CH2株系。46个育种材料中,2个材料检测到SPCSV,检出率为4.35%。说明SPVD已在陕西省普遍发生,且发病情况较为严重。     

猪伪狂犬病毒Taqman-MGB荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究根据猪伪狂犬病病毒gE基因序列,设计一对特异引物和探针,通过优化反应条件,建立了可区分猪伪狂犬野毒株及基因缺失疫苗株的TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法。结果表明：TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法灵敏度可达2.23×101拷贝/μL,比常规PCR检测方法高100倍;同时检测猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒（PPV）、均为阴性,无交叉反应;对30份疑似病料的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR检测阳性率分别为40%和33%,两者符合率90%。表明该方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时检测大量样品,可适合于PRV的临床诊断和流行病学调查。     

山东地区乳房炎和非乳房炎牛奶中金黄色葡萄球菌的分离鉴定与耐药分析

为了解山东地区不同类型牛奶中金黄色葡萄球菌流行情况和耐药特征,对37个牧场的乳房炎和非乳房炎奶样进行细菌分离鉴定及MIC测定试验。采用常规方法与PCR技术进行金黄色葡萄球菌的分离鉴定,微量肉汤稀释法进行MIC测定,卡方检验进行数据差异显著性分析。①共分离到150株金黄色葡萄球菌,检出率为11.26%(150/1332),且乳房炎奶样显著高于非乳房炎(P=0.009);②12种药物的MIC与EUCAST分布趋势大致相同;③分离菌株对青霉素(91.38%)耐药最严重,且乳房炎/非乳房炎奶样差异显著(P=0.047);④116株分离菌株中多重耐药(≥3)菌株为34(29.31%)株,乳房炎/非乳房炎奶样差异不显著(P=0.611);⑤威海对6种药物的耐药率在60%以上,其他地区仅对1~2种药物的耐药率在50%以上。乳房炎奶样的金黄色葡萄球菌检出率显著高于非乳房炎;分离菌株对青霉素严重耐药且乳房炎奶样多重耐药问题突出;不同地区均呈现不同程度的耐药。     

猪圆环病毒Ⅱ型PCR检测方法的研究

【目的】建立快速、简便、特异的检测猪圆环病毒II型的PCR方法;【方法】根据已发表的猪圆环病毒II型基因序列设计合成了一对引物,用酚-氯仿法抽提可疑病料中的病毒DNA,应用PCR技术对猪圆环病毒进行基因扩增,PCR产物进行序列测定;以猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒为对照,进行特异性试验;取部分病料进行重复性试验;【结果】PCR方法扩增出了长度为702bp的片段,扩增产物经测序和序列分析表明扩增的序列为PCV2序列;猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒的PCR扩增均为阴性,与预期结果一致;部分病料PCR重复检测5次,检测结果完全一致;【结论】PCR检测方法可以对猪圆环病毒病作出敏感、特异、准确地诊断,该方法检测的基因最低模板量为2×10-5ng/ml。