2008～2011年贵州省肠道病毒71型分子流行特征分析

为研究贵州省肠道病毒71型(EV71)的基因型和分子流行特征,监测了全省报告的手足口病病例,选择2008年以来贵州全省部分EV71阳性标本进行病毒分离及VP1全基因测序(含重症病例、死亡病例和轻症病例),与国内外近年流行毒株及各亚型代表株进行基因比对,分析同源性及基因亚型。2008年、2009年及2011年贵州省流行的主要病原为EV71,获得109株参比序列毒株的同源性为95.3%～99.7%,贵州省毒株与邻省及山东省、上海市、南京市、吉林省和宁波市代表株的同源性最高,轻症与重死病例的核苷酸及氨基酸序列无明显的特征性差异,未出现不同基因亚型病毒的输入或改变,仍属C4a亚型。同地区、同年度内的核苷酸序列差异小于跨地区、跨年度差异。     

2009年广州人肠道病毒EV71型分离株重组分析

对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点。P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027bp)处存在EV71亚型C4Shanghai-FJ713137与CVA409-HQ728260型间重组。该分离株与中国大陆目前优势株流行趋势一致,是广州首例发生型间重组且由C4亚型及CVA4型发生重组。     

2010年海南省手足口病流行病学和病原学特征分析

为了探究2010年海南省手足口病(Hand-foot-and-mouth disease,HFMD)的流行病学及病原学特征,本研究对2010年海南省HFMD病例报告信息进行整理分析,并对2010年海南省18县市1346份HFMD病例临床标本进行肠道病毒(enterovirus,EV)实验室检测。核酸检测阳性标本进行EV分离和鉴定,对分离到的肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)的VP1编码区全长基因进行扩增及序列测定,用Sequencher 5.0和MEGA 5.0等生物信息学软件基于VP1编码区进行EV71的分子流行病学分析。流行病学分析表明:全省18个县市均有病例报告,尤其以东北部县市高发,同时以4岁以下的婴儿为高发人群;而与全国大多省份流行规律不同的是其发病高峰期为9和10月份。实验室结果显示:EV71和CA16是引起2010年海南省HFMD流行的主要病原,但EV71感染在重症病例和死亡病例中占绝对优势。除此之外,还存在部分由其它EV感染引起的HFMD病例。分子流行病学分析提示:2010年海南省流行的EV71均属于C4a亚型,该亚型为我国近年来流行的优势基因型,同时进化分析提示至少存在3条传播链。本研究数据对阐明海南HFMD的流行传播规律,以进一步指导HFMD防控具有重要理论价值。     

实时细胞监测技术的人肠道病毒71型感染性检测方法研究

开展基于微电子传感器技术的实时细胞监测技术(Real-time Cell Assay,RTCA)在人肠道病毒71型(HEV71)病毒诱导的细胞病变检测方法中的应用价值研究。动态观察RD细胞不同阶段的生长指数,选择合适的细胞浓度开展HEV71病毒感染力和血清中HEV71中和抗体效价测定。同时应用传统的微量试验作为方法学的比较和结果验证。细胞阻抗通过软件转换成细胞指数CI值和可视的动态变化曲线显示,在96电子孔板上,当RD细胞浓度为1.5×104个/孔时能满足HEV71病毒感染性检测的观察天数大于5d的要求。与传统显微镜观察细胞CPE的方法比较,两种方法在接种病毒后的132h(约5.5d)产生病毒致细胞病变的终点判断结果一致。在中和抗体试验中,三份感染HEV71病毒的人血清中和抗体效价CI值结果和传统的96孔微量板镜检法结果相符。实时细胞监测技术可以提示研究者,即使是终点判断结果为相同的中和抗体滴度的血清,其所含病毒诱导的细胞病变出现时间也可能有所不同。实时细胞监测技术用于HEV71病毒感染力和血清中和抗体效价检测与传统的微量板法检测相比可以节省劳力,消除人为判断的误差,可以作为传统检测方法的补充手段之一,也可以动态观察细胞病变的发生和发展,为进一步深入研究病毒感染力强弱或血清抗体消长提供更为科学的数据。     

新型人类肠道病毒的研究进展

随着人类肠道病毒(Human enteroviruses,HEVs)分子定型方法的广泛应用,越来越多的新型HEVs被发现。自1969年肠道病毒71型(EV71)首次报道后,新型HEVs已在世界范围内引起多次暴发流行,带来了严重的公共卫生问题,特别是自2007年以来在中国大陆发生的EV71所致手足口病的广泛流行,引起国内外学者的高度关注。本文对近些年有关新型HEVs分子分型、进化、流行病学特征、致病性等方面的研究进展进行了综述。     

肠道病毒71型分子流行病学研究进展

肠道病毒71型(Enterovirus type71,EV71),自1974年首次报道以来,在世界范围内引起多次爆发与流行[1].EV71感染主要引起患者手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD),在临床上与柯萨奇病毒A16(Coxsakie A16,CA16)感染所引起的手足口病难以区别,但EV71还能够引起多种与神经系统相关的疾病[2].近年来,EV71病毒的流行在亚太地区呈上升趋势[3～5],其中最令人关注的是在该地区的EV71感染引起越来越严重的中枢神经系统症状.     

人肠道病毒71型与手足口病的分子流行病学及其分子进化

人肠道病毒71血清型(Enterovirus 71, EV71)是手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)的主要病原体之一,除了引起手、足和口腔等部位出现疱疹的手足口病典型症状,还能引起无菌性脑膜炎和急性迟缓性麻痹等神经系统并发症并致死亡。EV71在历史上曾经造成多起手足口病疫情,尤其是1997年之后,在亚太地区发生了大规模的手足口病疫情,造成了大量的手足口病病例和死亡病例。手足口病尚无上市疫苗和抗病毒药物,主要依赖对症治疗,因此对EV71的分子流行病学和分子进化研究对手足口病的监测和防控具有重要意义。文章对EV71基因型的分类、时空分布、进化特征和模式以及所造成的代表性疫情进行了综述,为EV71致病机制、抗病毒药物和疫苗的研究以及对手足口病疫情的监测和防控提供启发。     

云南省2006～2010年非脊灰肠道病毒分子流行病学特征分析

为了解云南省非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(NPEV)的基因型分布及分子进化特征,对2006～2010年间从急性迟缓性麻痹(AFP)病例中分离到的105株NPEVs进行VP1区部分核苷酸扩增和序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与GenBank中选取的代表株构建基因进化关系树。结果分析显示:105株NPEVs分别属于HEV-A、HEV-B、HEV-C,其中HEV-A 18株(7个血清型)所占比例为17.1%;HEV-B 77株(22个血清型)所占比例为73.3%,表明云南省AFP病例中流行的NPEV还是以HEV-B为主;HEV-C 10株(4个血清型)所占比例为9.5%;没有分离到HEV-D组肠道病毒;基因进化树中各种血清型病毒与对应原型株及代表株聚集一起,除CA2、EV90和EV76外,云南地方株与原型株位于不同分支。相同型别的毒株在5年的流行过程中变异程度亦不同,亲缘关系远近不一,表明这些病毒在云南省存在不同的传播链。     

新乡地区2011年肠道病毒71型VP1基因特征分析及手足口病流行特点

为了解新乡地区2011年肠道病毒71型(EV71)VP1基因特征及手足口病流行特点,采用荧光RT-PCR对临床诊断的粪便标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CA16)和EV71检测;选取10例EV71阳性标本进行VPl序列扩增并测序,所得序列进行同源性分析和构建系统发生树;对2011年新乡市手足口病疫情监测数据进行分析。结果显示,重症标本的EV71阳性率(73%)显著高于CA16阳性率(19%)(P<0.01);10株新乡EV71分离株的核苷酸及氨基酸差异分别为2.8%和0.9%,属于C4亚型的C4a簇;9株VP1区第170位氨基酸为A,1株为V;与近缘的C4a型代表株相比,新乡优势株的氨基酸变异一般发生在VP1第292位氨基酸(T→A);2011年新乡市共上报手足口临床诊断病例1118例,92%的发病年龄在3岁以下,发病高峰分别出现在4和12月份,提示一定要加强手足口病预防控制,寒冷天气尤其不能忽视。     

2007年内蒙古一起手足口病暴发的流行病学和病原学分析

2007年内蒙古自治区鄂尔多斯市准格尔旗暴发了一起手足口病疫情,患者大多出现发热症状,在手、足、口腔和臀部等一个或多个部位出现斑丘疹或疱疹。患者以5岁以下散居幼儿为主,暴发过程中有一个明显的发病高峰。从28名住院儿童采集了23份粪便标本和6份咽拭子标本进行病毒分离,共分离到了15株肠道病毒,其中9株鉴定为人肠道病毒71型(HEV71,分离率为31.03%),1株鉴定为柯萨奇病毒A组16型(CVA16)。结合分析这起暴发中患者的临床表现、流行病学调查结果以及实验室检测结果,表明HEV71可能是引起这起HFMD暴发的主要病原体。9株HEV71分离株在全长VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上差异都较小,核苷酸和氨基酸同源性分别高于99.4%和99.0%,说明这起疫情是由同一个病毒传播链引起的。同源性进化分析结果表明,从这起疫情中分离到的HEV71属于C4基因亚型,而C4基因亚型自1998年首次在广东省深圳市报道以来,一直在我国持续流行,是中国大陆HEV71流行的优势基因亚型,提示C4基因亚型HEV71在中国大陆可能有较广泛的分布和传播。     

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.     

EV71通过2A蛋白酶切割Nup62而抑制核转运

为了解EV71病毒对细胞核转运机制的影响,本研究构建了具有核定位信号的绿色荧光蛋白表达载体(pG-FP-NLS)。将此表达载体转染细胞后,使用EV71病毒感染转染细胞,结果发现EV71病毒可以有效阻止绿色荧光蛋白的核转移。将EV71病毒的2A蛋白酶真核表达载体与pGFP-NLS共转染RD细胞,可以发现2A蛋白酶可阻止具有核定位信号的绿色荧光蛋白的核转移而使绿色荧光蛋白表达于细胞浆。为了进一步研究病毒阻止核转移的机制,病毒感染细胞或通过转染2A蛋白酶真核表达载体进行Nup62的Western blotting检测,结果显示病毒以及2A蛋白酶均可引起Nup62表达下降。证明EV71可通过2A蛋白酶切割Nup62从而抑制核转运。     

人类肠道病毒74型山东地方株的全基因组序列分析

人类肠道病毒(HEV)74型是人类肠道病毒B组(HEV-B)的新成员。为了解其进化和重组特性,本研究对2005年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的人类肠道病毒74型山东地方株05293/SD/CHN/2005进行了全基因组序列测定和分析。与GenBank中的另2株HEV74全基因组序列比对,发现在5’NTR和3’NTR区有核苷酸缺失和插入;核苷酸序列的同源性分别为80.8%和80.6%,氨基酸同源性为96%和95.9%。山东株与原型株USA/CA75-10213间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.5%、80.0%和79.7%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.0%和96.2%;山东株与西藏株Rikaze-136间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.9%、78.8%和79.5%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.1%和95.7%。通过系统发生树和同源重组分析,发现该病毒可能与其他HEV-B组肠道病毒间发生重组。     

肠道病毒A71型3C蛋白结构、功能及抗3C蛋白药物的研究进展

肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)可引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD),严重者伴有神经系统并发症,如无菌性脑膜炎、神经源性肺水肿等。EV-A71引起的HFMD自2007年以来在全世界,尤其是亚太地区多次暴发,已成为亚太地区公共健康的主要威胁之一。目前尚无有效的抗病毒药物或疫苗。EVA71的致病机制尚未完全研究清楚,而非结构蛋白3C在病毒的复制和抑制天然免疫方面发挥了不可替代的作用。EV-A71 3C蛋白的研究在进一步了解EV-A71的致病机制以及研制抗病毒药物方面发挥着重要的作用。本文将对EV-A71 3C蛋白的结构、功能以及抗3C蛋白病毒药物的研究进展做出综述。     

2010～2012年华中地区猪流行性腹泻病毒分子特征和遗传进化分析

2010年底开始,猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)在中国境内出现严重暴发。为探讨该病突然再次暴发的原因,对2010年10月至2012年6月于华中地区11个地市收集的12株猪流行性腹泻病毒(Porcineepidemic diarrhea virus,PEDV)S、M和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化关系、抗原位点、糖基化位点和多肽极性进行分析。结果显示,12株PEDV流行毒株S、M和ORF3基因部分核苷酸及氨基酸的改变使其关键序列明显不同于以往毒株,其中有11株流行毒株的S基因比现用疫苗毒株CV777多9个核苷酸,而且在其S1区N′端存在大量的氨基酸突变。遗传进化分析显示,12株PEDV华中地区毒株与2007～2009年韩国毒株、2007～2008年泰国毒株、2009～2010年越南毒株、2011年日本毒株及2010～2012年中国其它地区流行毒株亲缘关系均较密切,而与欧洲株(CV 777、Br1/87)、中国现用疫苗株(CV777)及2003～2007年中国分离株(LJB/03、JS-2004-2、DX、QH、LZC)亲缘关系均较远。与现用疫苗株(CV777)相比,流行毒株S蛋白的抗原位点、糖基化位点和跨膜螺旋均有明显改变,提示PEDV在近年呈现快速变异和进化的趋势,因而可能需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的暴发。     

H7亚型禽流感病毒概述

自2002年以来,全球报道的人感染H7亚型禽流感病毒病例超过100人,波及荷兰、意大利、加拿大、美国以及英国等国家。人感染H7亚型禽流感病毒的临床表现由结膜炎至轻微的上呼吸道疾病,甚至是肺炎。2013年3月31日,中国报道了上海市和安徽省两地共3例H7N9亚型禽流感病毒(AIVs)感染死亡病例。由于从家禽中分离到的H7亚型流感病毒不断增加,而且H7亚型AIVs感染人所导致的严重的临床症状,因此该亚型流感病毒对人类健康造成严重威胁,所以我们必须提高对H7亚型AIVs的认识,并要加强人群和动物中流感病毒的持续监测以及疫苗和药物的研究,以应对可能由于H7亚型AIVs引起的流感大流行。     

单纯疱疹病毒1型引起的发热出疹性疾病需要与手足口病进行鉴别

对2008年在甘肃省发生的一起疑似手足口病(HFMD)的发热出疹性疾病的流行进行病原体的实验室检测,明确引起这起传染病流行的病原体。从4名发热出疹患者采集的8份临床标本中(每个患者采集咽拭子和疱疹液标本),首先将临床标本接种到RD和HEp-2细胞上进行病毒分离,对病毒分离阳性的标本提取病毒核酸,然后使用荧光定量-逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行人肠道病毒(HEV)核酸的检测。对HEV检测结果阴性的标本采用序列非依赖的单引物扩增技术(SISPA)进行"未知病原体"的鉴定。分离到的6株病毒均鉴定为单纯疱疹病毒I型(HSV-1),结合分析这起流行中患者的临床表现、流行病学调查结果以及实验室检测结果,表明HSV-1是引起这起发热出疹性疾病流行的病原体。6株HSV-1的gG区核苷酸和氨基酸水平上差异都较小,同源性分别高达98.8%和97.9%,说明这起疫情是由同一个病毒传播链引起的。HSV-1等病毒引起的发热出疹性疾病需要与HFMD进行鉴别诊断,由于仅从临床症状和流行病学资料上判断引起发热出疹性疾病的病原体是非常困难的,因此,必须依赖于实验室的诊断。     

2010年上海部分地区440例手足口病病例的病原谱及分子流行病学分析

本文旨在对上海部分地区2010年440例临床手足口病病例进行病原谱及分子流行病学特征分析,为上海地区手足口病防治工作提供依据.采集4所哨点医院440例手足口病病例的咽拭子、粪便和脑脊液标本,进行肠道病毒核酸检测、反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序和序列分子系统发生树分析.结果显示,引起手足口病的肠道病毒主要为肠道病毒...