新型鹅星状病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

[目的]建立一种新型鹅星状病毒(New goose astrovirus,NGAstV)的RT-PCR检测方法.[方法]根据ORF2基因序列,利用Oligo 7软件设计并筛选出特异性扩增引物,通过优化扩增条件,建立检测新型鹅星状病毒的RT-PCR方法,对其进行特异性及敏感性检验,并在临床上进行初步应用.[结果]RT-P...     

新型鹅星状病毒一步法RT-PCR检测方法的建立与应用

新型鹅星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)感染引起的鹅痛风病,是近年严重危害我国养鹅业的传染病之一,给我国养鹅产业造成严重经济损失,快速准确诊断有助于更好地防控该病.为了建立一种鉴定新型GoAstV的一步法RT-PCR方法,根据新型GoAstV ORF2基因序列设计特异性引物,构建质粒标准品,并对...     

鹅星状病毒SYBR Green I荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立快速检测鹅星状病毒(GAstV)的方法,本研究根据GenBank中GAstV ORF2基因序列设计1对特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-GAstV,以其作为标准品建立了GAstV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。优化其反应条件及体系,进行特异性、敏感性和重复性试验以及临床样本检测。试验结果显示,除GAstV外,禽白血病病毒(ALV)、血清4型禽腺病毒(FAdV-4)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)和鸡传染性贫血病病毒(CIAV)等常见禽病病原利用该方法检测均呈阴性,表明其特异性良好;建立的荧光定量RT-PCR检出的最低模板含量为1μl 3.75×10~1拷贝,敏感性较高;组内和组间重复性试验变异系数均小于1%。利用该方法对来自安徽地区的32份临床样品进行检测,阳性检出率为43.75%,常规PCR方法阳性检出率为18.75%,阳性检出符合率100%,表明该方法可用于临床样品检测。该方法的建立为临床样品中GAstV的快速高效检测提供了技术支持。     

鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR检测方法的建立和应用

鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)是一种新发现可引起鸭产蛋下降的新型黄病毒,建立一种病原学检测方法对于疫病的诊断和流行病学研究具有重要意义。在对DTMUV序列的比对分析的基础上,设计了1对特异性引物,通过优化PCR反应条件,建立了DTMUV的一步法RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感、准确等特点,可以检出1.82个TCID50的病毒核酸。对2010年至2011年6月份前的106份产蛋下降鸭群临床病料进行了检测,结果显示样品阳性率为46.2%,表明DTMUV在浙江及其周边省份的产蛋鸭群具有较高的感染率。     

牛病毒性腹泻病毒通用型RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、特异、简便的检测牛病毒粘膜腹泻病病毒Ⅰ、Ⅱ型抗原的通用RT-PCR方法,根据GenBank上已发表的牛病毒性粘膜腹泻病毒(BVDV)Ⅰ、Ⅱ型5’端非编码区保守序列设计合成了两条引物,其中上游引物为兼并引物。应用一步法RT-PCR技术分别对Ⅰ(Oregon C24V)、Ⅱ型(279)标准株进行扩增,将PCR产物胶回收后连与pMD18-T载体,经PCR、酶切鉴定条带均正确(288bp),测序结果与预期一致。同时设牛疱疹病毒Ⅰ型、牛传染性鼻气管炎、猪瘟病毒、蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、MDBK细胞作对照,结果均为阴性;并对新疆各地州的样品进行检测。优化反应条件后,检测其灵敏度为10-1 TCID50/mL。经对400份临床样品检测,阳性检出率为10.75%,明显高于ELISA检测。试验表明,该方法具有特异、灵敏、高效、快速、重复性好等特点,可用于牛病毒粘膜腹泻病的临床检测及流行病学检测。     

小反刍兽疫一步法RT-PCR检测方法的建立

为储备小反刍兽疫疫情防控技术,根据GenBank公布的小反刍兽疫病毒N基因序列设计合成特异性引物,以小反刍兽疫弱毒疫苗为材料,建立小反刍兽疫病毒一步法PT-PCR检测方法,并对所建方法进行条件优化和性能评价。结果显示,建立的方法能有效扩增大小约447bp目的基因片段。该一步法RT-PCR最佳模板质量浓度为6.76×10-3 g/L,最佳退火温度60℃。该一步法RT-PCR检测方法性能评价结果显示,其最小模板检出质量浓度为6.76×10-6 g/L,且方法具良好的特异性和临床应用性,可用于小反刍兽疫多种样本的检测。     

鸭圆环病毒和鹅圆环病毒三引物鉴别检测方法的建立

【目的】建立一种可同时检测并鉴别鸭圆环病毒和鹅圆环病毒的PCR方法。【方法】根据已发布的鸭圆环病毒和鹅圆环病毒基因组分子特征设计3条引物,应用3条引物建立了一种在一个反应管中可检测并鉴别鸭圆环病毒和鹅圆环病毒的三引物PCR方法。【结果】该方法可特异性扩增鸭圆环病毒和鹅圆环病毒,并根据扩增片段大小鉴别病毒种类,检测最低限分别为110、80 pg·μL^-1。应用该方法对临床疑似病例样品进行检测,其结果与用2种病毒对应的单病毒PCR检测方法一致。【结论】建立的三引物PCR方法特异性强,敏感性高,丰富了水禽圆环病毒病的临床病例的诊断及流行病学监测的技术手段。     

新型鹅星状病毒FJ-NP株的分离鉴定

[目的] 确定福建某鹅场雏鹅以痛风为主要病征导致高死亡率的病原.[方法] 2019年8月福建省南平市某鹅场暴发一种以痛风为主要特征的疾病,该病在5～20日龄的雏鹅中发病率高达40％,死亡率为80％,对该场采集的3份样品进行实验室检测和病原分离鉴定.[结果] PCR检测结果显示3份样品新型鹅星状病毒均为阳性;细菌分离结果...     

鹅细小病毒与番鸭细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的基因序列,针对两种病毒非结构蛋白(NS)和VP1基因序列的相同区段,分别设计两对引物GPV U·L-1和MDPV U·L-1,以GPV-GZ1株的鹅胚尿囊液和MDPV的番鸭胚尿囊液提取核酸作为模板,分别建立了检测GPV和MDPV的PCR方法.特异性试验结果显示,引物GPV U·L-1仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株分子长为622 bp核酸片段,引物MDPV U·L-1仅特异性扩增出MDPV分子长为624 bp核酸片段,而对DPV、GPMV的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,建立的PCR方法能检测到0.144 Pg的GPV核酸和28.8 pg的MDPV核酸.结果表明,建立的PCR方法特异性强、敏感性高,可用于GPV或MDPV临床感染病例的鉴别诊断.     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR鉴别诊断方法的建立

【目的】 利用RT-PCR技术建立一种在临床上便于区分猪流行性腹泻病毒（PEDV）自然感染与疫苗免疫毒株的方法。【方法】根据GenBank公布的PEDV ORF3基因序列,在其存在基因缺失区两端的保守区域设计特异性引物,对近两年采集的仔猪腹泻样品进行检测,分析流行毒株的ORF3基因,选择部分阳性样品利用鉴定引物进行RT-PCR扩增,优化其反应体系、Tm值等条件,进行鉴别诊断方法的特异性、敏感性试验,并对大量临床样品进行检测验证。【结果】从新发仔猪腹泻临床样品中克隆获得了11株PEDV的ORF3基因,序列分析显示新分离的9株ORF3基因不存在缺失,属于自然感染野毒,其与疫苗株的核苷酸同源性为95.8%—97.1%。建立的鉴别诊断方法可以特异性扩增PEDV的ORF3基因,其中获得的PEDV自然感染毒株基因片段大小约300 bp ,而弱毒疫苗株则为250 bp左右;该鉴别诊断方法与其他猪源病毒无交叉扩增,其敏感性可达到100TCID50/0.1mL,对仔猪腹泻临床样品检测结果显示,PEDV自然感染的阳性率为65.4%。【结论】 初步建立了基于PEDV ORF3基因的RT-PCR鉴别诊断方法,该方法可以用于区分自然感染的野毒和弱毒疫苗免疫毒株,为PEDV的疫情诊断和流行病学监测提供了一种特异、快速的检测方法。     

鹅星状病毒capsid蛋白对细胞因子的影响

为了解鹅星状病毒(GAstV)capsid蛋白对细胞因子的影响,试验将构建的pCMV-capsid真核质粒转染293细胞,并于转染后12、24、36 h收集细胞,提取核酸检测细胞内CCL2、CCL5、IL-1β、TNF-α、IFITM1和IFITM2的转录水平。结果显示,capsid蛋白于12、36 h显著抑制CCL2转录,12 h显著促进CCL5表达,24 h显著抑制CCL5表达;capsid蛋白于24、36 h显著促进IL-1β的转录;capsid蛋白于24、36 h显著抑制IFN-α的转录;capsid蛋白于36 h显著促进TNF-α的转录;capsid蛋白于24 h显著抑制IFITM1的转录,于36 h显著促进IFITM1和IFITM2的转录。结果表明,GAstV capsid蛋白过表达能够诱导IL-1β、TNF-α和IFITM的转录,抑制CCL2和IFN-α的转录;对于CCL5,capsid蛋白早期促进CCL5的转录,后期抑制CCL5的转录;对于IFITM1,capsid蛋白早期抑制IFITM1转录,后期促进IFITM1转录。     

鹅细小病毒PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中鹅细小病毒(GPV)的7株全基因序列,在相对保守的NS区域设计了一对引物,以GPV-98E株鹅胚尿囊液的核酸提取物为模板,经优化反应条件,建立了特异性检测GPV的PCR方法。敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为4.194 pg,尿囊液的最小检出量为3.09个ELD50;特异性试验结果显示,采用该方法检测GPV能够扩增出与预期大小相符的476 bp的特异性片段,而对作为对照的鸭瘟病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)、鹅副粘病毒(GPMV)的核酸均未扩增出任何条带。在临床检测中,对52份雏鹅的心、肝、肠等组织进行PCR扩增,能够检测到相应的特异性病毒核酸片段,表明建立的鹅细小病毒PCR检测方法具有敏感性高、特异性强的特点,具有潜在的临床应用价值。     

鹅星状病毒的流行病学及研究进展

鹅星状病毒（Goose astrovirus, GAstV）是小型无包膜病毒,其基因组由单股正链 RNA 分子组成,基因组长度为 7.1~7.3 kb。GAstV 是星状病毒科禽星状病毒属的新成员,根据基因同源性及遗传距离可将其分为2 个基因群（GAstV-1、GAstV-2）,目前尚未参与官方分类系统。GAstV 感染可导致鹅腹泻、生长抑制,出现以关节尿酸盐沉积和内脏尿酸盐沉积为主的临床症状,被认为是导致鹅痛风的主要病原。目前缺少针对 GAstV的商品化疫苗或治疗药物,主要依靠生物安全措施进行防控。2017 年,我国研究人员于首次在山东省的痛风鹅群中检测并分离到 GAstV 毒株。GAstV 传播速度快,辐射地区广,同年在广东、福建、安徽等地均有相关病例报道,造成高达 12 亿 ~15 亿元的经济损失。GAstV 发病率可达 80%,死亡率可达 50%,GAstV 可导致鹅免疫抑制,在饲养过程中易感染其他病原,造成更严重的临床症状,加大了病原防控难度。GAstV 不仅感染天然宿主鹅,还具有跨越物种屏障的能力,能引起鸡和鸭腹泻、生长抑制,并引发内脏或关节尿酸盐沉积。这提示我们 GAstV 或具有人畜传播的潜力,后续应加强对 GAstV 的流行病学监测,密切关注其传播特性的变化。目前GAstV 的病原检测已取得一定研究进展,且建立了多种能够高效准确地检测 GAstV 的技术方法。但对 GAstV 致病机制的研究尚未深入,疫苗制备方面的研究较为薄弱,且 GAstV 尚无统一有效的体外培养方法,严重阻碍了病原的基础研究。为更好地了解 GAstV 对我国鹅养殖业的影响,本文从 GAstV 的病原学、流行病学、宿主免疫应答和 GAstV 与痛风的关联 4 个方面进行综述,为 GAstV 的后续研究及科学防治提供参考。     

猪乙型脑炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据猪乙型脑炎病毒(JEV)基因序列,设计合成了一对引物,以JEV疫苗株为模板,建立了检测JEV的RT PCR方法。应用该方法对JEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为430 bp的特异性目的片段;RT PCR产物测序结果与文献报道的JEV不同毒株的序列同源性达到98%~100%;敏感性测定该RT PCR可扩增到10 pg的JEV-RNA。结果表明,建立的RT PCR方法对JEV的检测敏感性高、特异性强。     

猪水泡病病毒RT-PCR检测方法的建立

根据基因库中的猪水泡病病毒(SVDV)高度保守的VP1基因的序列,设计了与SVDV互补的2对特异性引物,通过对影响PCR扩增因素的筛选,成功地扩增出251bp和366bp特异性条带,将其克隆入pMD18-T载体中,并进行序列测定,与已发表的SVDV基因比较发现,核苷酸的同源性为100%,证实为SVDV的VP1段基因。通过检测FMDV、VSV、BHK21细胞等,对照的扩增结果均为阴性,验证其特异。对SVDVRNA进行10倍系列稀释后检测,结果SVDVRNA在10-4稀释度时仍能检测到阳性,说明具有较好的敏感性。此项试验能稳定、高效、快速地检测出猪水泡病病毒。     

鹅细小病毒PCR诊断方法的初步建立

根据GeneBank上已发表的鹅细小病毒(GPV)基因序列,设计合成1对引物,以GPV阳性毒株鹅胚尿囊液及攻毒后死亡的雏鹅组织,提取DNA并进行PCR,结果产物扩增出的片段与预期片段440 bp大小相符,测定序列与GeneBank上GPV B株同源性达99%。试验结果显示用该方法可以特异性地诊断出GPV,比琼脂扩散试验(AGP)敏感性高,可检测最低浓度为102.5GELD50/0.2mL;检测攻毒后死亡的雏鹅组织,在脑、肝、肺、肾、肠等组织中均有GPV的存在,可以用于临床可疑病毒的分离鉴定。所建立的PCR方法具有高度的特异性、敏感性和可重复性。     

复合RT-PCR检测猪乙脑病毒和猪流感病毒方法的建立

根据GenBank上已发表的猪乙脑病毒(JEV)的E基因序列和猪流感病毒(SIV)的NP基因序列,设计合成了2对特异引物,分别建立了JEV和SIV的单项RT-PCR诊断方法,通过对扩增条件的筛选,最终成功地建立了JEV和SIV的复合RT-PCR诊断方法,利用一次RT-PCR反应,即可同时扩增JEV的349 bp和SIV 155 bp的特异性片段,而猪瘟病毒(HCV)、猪蓝耳病病毒(PRRSV)、正常细胞(PK-15)核酸扩增结果为阴性,对JEV和SIV的最低检出量分别为100和10 pg的cDNA. 该方法适合对JEV和SIV的联合检测和鉴别诊断.     

草鱼呼肠孤病毒RT-PCR检测方法的建立及临床应用

为了解草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)的感染流行情况及早期临床诊断的需要,研究并建立了该病毒的RT-PCR检测方法。根据GenBank中GCRV VP6蛋白基因保守序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株GCHV-892总RNA为模板,RT-PCR反应扩增出712 bp的目的条带,并对PCR反应体系和反应程序进行了优化,测定了该方法的敏感性和特异性。敏感性试验结果表明以含VP6蛋白基因的重组质粒为模板,该PCR方法的最低检测限为102copies.μL-1,特异性试验表明该引物仅能扩增GCRV核酸,而与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应性。应用所建立的RT-PCR方法检测了7份疑似出血病草鱼病样,3份病料获得了阳性扩增,随机挑选其中的1份阳性样品经克隆后测序,结果显示与GenBank中已知序列最高有99%的相似性。