基于网络药理学和分子对接法探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础和作用机制。方法:利用TCMSP和Stitch及文献资料的检索,得到黄连解毒汤的化学成分和作用靶点。通过Cytoscape 3.3.0构建化合物-靶点网络图,Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,根据结合能和药物主要成分选择最佳的结合靶点。结果:研究共筛选出66个化合物和相应靶点239个,关键化合物主要有槲皮素、豆甾醇、山柰酚、汉黄芩素、谷甾醇、黄芩素、甲基黄连碱等,靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1、PRKACA、SCN5A等。GO功能富集分析生物过程主要集中于氧化应激、脂多糖、细菌的反应和凋亡信号通路的调节等。KEGG通路富集筛选信号通路(P<0.05),涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、疱疹病毒感染、IL-17信号通路、TNF信号通路和甲型流感等。分子对接结果显示小檗碱、槲皮素、黄连碱、黄芩素主要化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶的结合能...     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索正阳汤组方中9味中药的活性成分及作用靶点.利用GeneCards数据库筛选COVID-19相关的靶点,利用R软件将药物靶点与疾病靶点取交集,将交集靶点输入STRING平台获得蛋白互作关系...     

基于网络药理学与分子对接探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的:采用网络药理学与分子对接法探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:借助中药系统药理学分析平台TCMSP检索荆芥与防风的化学成分与作用靶标,采用Uniprot数据库查询各靶标对应的基因.通过String进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,预测其作用机制.通过Omicshare...     

基于网络药理学的痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)机制研究

目的探索痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的网络调控机制。方法选取痰热清胶囊中19个主要成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction服务器和TCMSP数据库预测化合物潜在作用靶点,借助Omicsbean分析系统与String 10数据库对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和信号通路分析,利用Cytoscape 3.6.1软件进行可视化处理。结果 19个化合物可通过作用于163个相关靶点干预68条关键信号通路,如白细胞介素-17(IL-17)信号通路、T细胞受体信号通路、花生四烯酸代谢、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、甲型流感等,主要涉及抗炎、免疫调节、解热、化痰、镇咳平喘、止痛、抗菌、抗病毒、镇静等方面,构建了痰热清胶囊"化合物-靶点-通路-药理作用-功效"网络。结论痰热清胶囊中主要化学成分野黄芩苷、黄芩苷、千层纸素-7-O-葡萄糖醛酸苷、白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷、连翘苷、连翘酯苷E、连翘酯苷D、绿原酸、咖啡酸、异绿原酸A、熊去氧胆酸、鹅去氧胆酸等可能通过作用于TNF、EGFR、NOS3、PTGS2、IL2、GABBR1、MAPK14、ADRB2、REN、VCAM1、ACHE、PTPRC等关键蛋白干预了多个与清热、化痰、解毒相关的生物过程,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨河南省新型冠状病毒肺炎预防方(成人方)作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探讨河南省新冠肺炎预防方(成人方)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取河南省新冠肺炎预防方(成人方)的活性成分,使用OMIM、Gene Cards获取相关靶点。使用String数据库构建蛋白互作网络,并通过Cytoscape 3.8.2软件可视化处理。通过R 4.1.0软件进行GO富集分析及KEGG通路富集分析,运用Auto Dock 1.5.6进行分子对接预测。结果:河南省新冠肺炎预防方(成人方)的关键活性成分147个,活性成分-疾病的共同靶点165个。GO富集分析共筛选出包括活性氧生物合成过程、外源性凋亡信号通路、细胞对化学应激及药物的反应、炎症反应的调节、受体配体活性、趋化因子、内在凋亡信号通路等2443个生物过程。KEGG通路富集分析显示,可能涉及COVID-19、甲型流感、军团菌病、PI3K-Akt、MAPK、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体等179条通路。分子对接结果显示,槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、木犀草素均与3CLpro及 ACE2 受体有较好的结合活性。结论:MAPK3、MYC、VEGFA、MAPK14、CCND1、MAPK8等核心靶点可能通过COVID-19、甲型流感、PI3K-Akt、MAPK、等信号通路发挥抗炎、保护细胞损伤等作用,同时该药物通过活性氧生物合成过程、外源性凋亡信号通路等生物过程干预COVID-19,这为进一步探讨中药预防COVID-19提供相关依据。     

基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于分子对接和网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以银翘解毒合剂中成分为配体,利用分子对接技术探讨可能作用于人血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的活性成分,进而运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点(基因)网络,通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:获得银翘解毒合剂中化合物1060个,分子对接结果显示有301个化合物与ACE2具有较好的亲和作用(其中18个化合物优于参照药物洛匹那韦和瑞德西韦),进一步通过吸收、分布、代谢、排泄(ADME)参数从中优选出关键活性成分55个。关键成分靶点生物功能富集分析得到GO条目2080个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1862个,细胞组成(CC)条目88个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集分析得到152条信号通路(P0.05),主要涉及与COVID-19感染源类似(病毒感染)的疾病,以及与肺炎和免疫、炎症反应相关的信号通路。结论:银翘解毒合剂中具有潜在作用于ACE2蛋白的活性物质,其有可能通过多靶点、多通路发挥防治COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接的玉屏风散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的采用网络药理学和分子对接技术探寻玉屏风散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物,以期将其更好地应用于临床。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)网站检索玉屏风散中黄芪、白术、防风3味中药的全部有效成分及作用靶点,通过String数据库生成玉屏风散的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,用Cytoscape3.6.1软件进行数据分析提取PPI网络中的Hub网络,通过String数据库的analysis功能进行KEGG通路分析,用ChemOffice、PyMOL、Auto Dock软件进行分子对接。结果限定筛选条件为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18共得到45个活性成分,筛选得到玉屏风散的潜在靶点345个,关键靶点共15个,通过KEGG通路分析得到50条通路,筛选得到25条主要通路,包含PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路和T细胞受体信号通路等。结论玉屏风散中的活性化合物能通过抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)结合,作用于PIK3R1、IGF1R等靶点,调节多条信号通路,起到预防COVID-19的作用。     

清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的收集清肺排毒汤(QFPDT)的主要活性成分、靶标,探讨其靶标与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)之间的联系以及多成分、多靶标的治疗机制。方法从ETCM、TCMID、NPASS数据库搜索QFPDT每味中药的归经、成分和靶标,用Cytoscape软件构建和分析网络,用DAVID和STRING对靶标进行功能富集分析。结果QFPDT里的中药大多数归肺经,其790个潜在靶标中的232个与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的受体血管紧张素转化酶II(ACE2)是共表达的;靶标包含7个两两相互作用的核糖体蛋白;重要靶标富集在病毒感染和肺部损伤2大类疾病通路上,且与HIV病毒的6个蛋白具有密切的相互作用;重要靶标调控内分泌系统、免疫系统、信号转导、翻译等生物学过程的一系列信号通路。结论QFPDT通过多成分、多靶标对机体起到整体调控作用。其首要作用部位是肺,其次是脾;通过调控若干与ACE2共表达的蛋白以及与疾病发生发展密切相关的一系列信号通路,起到平衡免疫、消除炎症的作用;靶向病毒复制必需的蛋白--核糖体蛋白而抑制病毒m RNA翻译,并抑制与病毒蛋白相互作用的蛋白而起到抗病毒作用。     

基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制探寻

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索藿香正气口服液预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性化合物研究

目的采用网络药理学与分子对接法探索藿香正气口服液预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藿香正气口服液组方中苍术、陈皮、厚朴、白芷、茯苓、大腹皮、半夏、甘草、广藿香、紫苏的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cyoscape3.7.2软件构建药材-化合物-靶点(基因)网络进行可视化,通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并通过Prism软件及Omicshare数据库绘制柱状图及气泡图进行可视化。结果药材-化合物-靶点网络包含了10种药材,123个化合物和相应靶点基因257个,关键靶点基因涉及PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2、PPARG、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目278个(P0.05),其中生物过程(BP)条目178个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目64个。KEGG通路富集分析筛选得到119条信号通路(P0.05),涉及乙型肝炎、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、前列腺癌及T细胞受体通路等。分子对接结果显示槲皮素、异鼠李素、葛花苷元、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐药的亲和力相似。其中以槲皮素、异鼠李素、葛花苷元3者亲和力最强。结论藿香正气口服液中的化合物能通过与血管紧张素转化酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P<0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P<0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、...     

基于网络药理学和分子对接法探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索麻杏薏甘汤中麻黄、杏仁、薏苡仁、甘草的化学成分和作用靶点。通过String、UniProt等数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过WebGestalt数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。将主要有效成分和SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果化合物-靶点网络主要包含126个化合物和相应靶点266个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PCP4、PPARG、HSP90AA1、NCOA2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目12个、细胞组成(CC)条目20个、分子功能(MF)条目17个。KEGG通路富集筛选得到168条信号通路(P0.05),涉及干扰素-γ信号传导途径、MAP激酶级联反应、T细胞活化、趋化因子和细胞因子信号通路介导的炎症通路等。分子对接结果显示木犀草素(luteolin)、槲皮素(quercetin)等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论麻杏薏甘汤中的活性化合物可能是通过与3CL水解酶和ACE2结合作用于PTGS2、ESR1、PCP4、PPARG、HSP90AA1、NCOA2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中医药防治的思考

对2019年底于中国武汉发现并蔓延到全球的新型冠状病毒肺炎(coronavirusdisease2019,COVID-19)的疾病范畴、病邪性质和疾病发展进行阐述,鉴于中医药在历年来"瘟疫"中的应用,分析了中医药在此次COVID-19疾病中的治疗优势,即"扶正祛邪,以不变应变"和"辨证施治,以变应变",减少因激素等药物带来的后遗症,降低患者病死率等。并提出应用清热解毒类中药发挥其对COVID-19未感染者的预防优势;早期介入,通过抑制"细胞因子风暴"控制疾病向重症发展;根据"卫气营血辨证"理论指导临床辨证分型,发挥中医药防治COVID-19的个体化优势;关注COVID-19中药防治中的合理用药问题;收集临床真实世界数据,中医药为主,中西医结合,获得中西医结合防治COVID-19数据库等思路。     

各地区中医药预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)方案分析

分析湖北省武汉市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情蔓延后各地区发布的中医药预防方案,探究其规律,更好地指导临床用药。收集互联网上发布的新闻和通报,自2019年12月8日官方通报的武汉首例不明原因肺炎发病病例至2020年2月1日北京、天津等地区的13项含中药处方的中医药预防COVID-19的方案。13项预防方案中多用黄芪、玉屏风散等中药和方剂补"正气";由于疫情发于冬季,预防方案体现因时制宜的原则;北方8个地区多使用麦冬、玄参等滋阴润燥中药,南方5个地区多用苍术、藿香等芳香除湿中药,预防方案体现因地制宜的原则;根据人群体质不同采用不同处方,体现因人制宜的原则。此外,还应重视隔离病原、起居有节、调节情志、饮食营养、适当运动等预防措施。COVID-19的中医药预防应注重补正气,根据不同气候、不同地区、不同人群辨证用药,重视综合预防,灵活运用各种措施,达到最佳预防效果。     

网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的机制研究

目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune s...