基因芯片技术在结核分枝杆菌耐药检测中的效果分析

目的 比较基因芯片和比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)在检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性中的应用效果。方法 选取2013年9月至2016年12月海南医学院第二附属医院598例涂阳肺结核住院患者的痰标本,具有传统药敏结果和基因芯片结果的484例患者纳入分析。采用基因芯片法检测rpoB、katG及inhA基因耐药突变位点及频率,以比例法药敏试验结果为金标准,比较两种方法的符合率。结果 基因芯片和比例法药敏试验检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性符合率为93.8%(454/484),对异烟肼的耐药性符合率为89.0%(431/484),对耐多药的符合率为95.5%(462/484)。118株检测到rpoB基因发生突变,优势突变位点为531,占56.8%(67/118);其次突变位点是526,占19.5%(23/118);516突变位点占12.7%(15/118)。97株检测到katG和inhA基因突变,最常见的突变位点是katG315,占82.5%(80/97),inhA均为-15突变类型,占14.4%(14/97)。结论 基因芯片法与比例法具有很好的一致性,可成为筛查结核分枝杆菌对利福平和异烟肼是否耐药的快速有效的方法。     

结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药相关基因突变与耐药水平的相关性研究

目的 探究结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药基因突变谱的分布,为研发更为精准的耐药分子诊断技术和临床决策提供依据。方法 收集国家耐药监测点新疆维吾尔自治区柯坪县、岳普湖县和疏勒县193株和湖南省怀化市、永顺县、祁东县、桃江县和耒阳市592株结核分枝杆菌。采用微孔板法测定菌株的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)。根据药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果选取利福平和异烟肼耐药菌株,经CTAB/NaCl法提取核酸后进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),将所得基因组原始序列过滤后上传至TBprofiler分析工具以确定耐药基因型。结果 785株结核分枝杆菌中,124株(15.80%)为利福平和(或)异烟肼耐药,包括利福平耐药74株,异烟肼耐药111株,耐多药61株(7.77%)。97.22%(70/72)利福平耐药菌株检测出rpoB基因位点突变,其中98.57%(69/70)的突变位于利福平耐药决定区(RRDR),1株检测出RRDR区以外的与利福平耐药相关的罕见突变I491F。利福平耐药突变主要位于rpoB 450、rpoB 445及rpoB 435密码子,占81.43%(57/70),其中rpoB S450L突变出现的频率最高(45.71%,32/70), rpoB 450位点突变对应高浓度利福平耐药(MIC≥16μg/ml),rpoB 452 位点突变主要对应低浓度利福平耐药(MIC=2μg/ml)。93.58%(102/109)的异烟肼耐药菌株存在耐药相关基因突变,85.29%(87/102)的异烟肼突变位于katG 315及fabG1启动子区,katG S315T为最常见的耐药突变(57.84%,59/102),主要对应高浓度异烟肼耐药(MIC≥2μg/ml),其次为fabG1(C15T)(16.67%,17/102),主要对应低浓度异烟肼耐药(MIC=0.25~1.00μg/ml)。结论 不同耐药基因突变导致的结核分枝杆菌耐药水平不同。对于利福平,rpoB 452位点突变对应低浓度耐药,rpoB 445和450位点突变对应高浓度耐药;对于异烟肼,发病fabG1-15突变对应低浓度耐药,katG 315突变对应高浓度耐药。     

中国异烟肼耐药结核分枝杆菌基因突变特征分析

目的: 明确中国异烟肼(INH)耐药结核分枝杆菌基因突变的分子特征。方法: 在PubMed、中国知网、万方、维普数据库中检索有关中国结核分枝杆菌耐INH基因突变的研究文献,对纳入文献的突变基因的突变位点、突变类型,以及氨基酸改变数量等信息进行整合分析。结果: 共纳入69篇中英文文献,共6393株INH耐药结核分枝杆菌。95.71%(6119/6393)检测到基因突变或缺失,其中katG、inhA、aphC突变数量最多,分别占77.57%(4959/6393)、15.20%(972/6393)、3.69%(236/6393)。单基因单位点突变占87.80%(5613/6393),联合突变占12.20%(780/6393)。katG315突变占INH耐药菌株总数的56.22%(3594/6393),katG463突变占10.03%(641/6393),inhA15突变占10.10%(646/6393)。突变形式最常见的是C→T,占10.03%(641/6393)。结论:中国INH耐药结核分枝杆菌突变基因最多的是katG、inhA、ahpC,突变密码子最多的是katG315、katG463、inhA15。     

新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究

目的 设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法 于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果 通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论 本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,使之更好的满足临床需求。     

结核分枝杆菌rpoB基因突变特征的初步探讨

目的了解浙江省耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变特征。方法对65株临床分离菌株rpoB基因509-631位点分别进行PCR-SSCP检测和DNA序列测定,观察不同耐药株rpoB基因突变的规律。结果耐利福平分离株96.4%(27/28)存在rpoB基因突变,其中526位突变率64.3%(18/28),513位突变率21.4%(6/28),531位突变率7.1%(2/28),529位突变率3.6%(1/28);耐其他抗结核药18.5%(5/27)存在rpoB基因突变,突变位点具有随机性。所有敏感菌株均无突变。结论rpoB基因突变与利福平耐药密切相关,浙江省rpoB基因突变主要以526位突变为主,其次为513位,两者占总数的86%(24/28),而耐其他抗结核药菌株也存在rpoB基因的突变,但没有明显规律,且均对利福平敏感。     

重庆地区结核分枝杆菌异烟肼和丙硫异烟胺耐药及其交叉耐药相关基因突变研究

目的 研究结核分枝杆菌(MTB)对异烟肼(INH)和丙硫异烟胺(Pto)的耐药情况,分析INH耐药相关基因(katG、inhA、ahpC、kasA)及与Pto交叉耐药相关基因的突变特点。方法 对233株INH耐药MTB临床分离株(37株对Pto同时耐药)的katG、inhA、ahpC、kasA基因进行扩增及序列分析。结果 耐异烟肼菌株中未发现katG完全缺失,223株 (96.5%)耐药株katG存在点突变、插入,其中 2个突变位点未见报道。195株 (83.6%)耐药株的第 315位点突变;189株 (81.1%)耐药株第463位点突变(R463L),其中166株 (71.2%)与第 315位点联合突变;在其他位点发生突变的菌株4株,包括D448G 1株、D419H 1株和2株同义突变。 11株(4.72%) INH耐药菌株中inhA点突变,包括S94A 1株、I194T 1株,C-15T 9株。37株Pto耐药的菌株中,8株点突变且均为inhA C-15T(4株为inhA单基因点突变C-15T,4株发生katG S315T和inhA C-15T的双基因联合突变)。全部耐药菌中有1株为ahpC基因突变,未发现有kasA基因突变。结论 进一步证实katG315和inhA-15基因位点突变与MTB对INH耐药密切相关;INH与Pto存在着交叉耐药,但耐药率较低,Pto耐药的发生与inhA-15位点突变密切相关。     

耐多药和广泛耐药MTB的inhA基因突变与对丙硫异烟胺耐药的相关性分析

目的 了解耐多药(MDR)和广泛耐药(XDR)结核分枝杆菌(MTB)katG和inhA基因突变特征及其与对丙硫异烟胺(PTH)耐药的相关性。方法 选取2016年2月至2017年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的132例MDR-TB或XDR-TB患者作为研究对象。研究对象临床分离株均培养阳性且鉴定为MTB,具有异烟肼(INH)、利福平(RFP)、左氧氟沙星(Lfx)、阿米卡星(Am)、卷曲霉素(Cm)及PTH的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果,同时具有katG和inhA突变检测结果。分析MTB临床分离株katG和inhA突变特征及对PTH耐药的相关性。结果 132株临床分离菌株中MDR-MTB有89株(67.4%)、前广泛耐药结核分枝杆菌(pre-XDR-MTB)有26株(19.7%)、XDR-MTB有17株(12.9%)。菌株对PTH的总耐药率为22.7%(30/132),在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为11.2%(10/89)、30.8%(8/26)、70.6%(12/17)。XDR-MTB对PTH的耐药率明显高于MDR-MTB(χ ²=30.57,P<0.01)和pre-XDR-MTB(χ ²=6.55,P<0.05)。inhA突变率(合并及不合并katG突变)在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为19.1%(17/89)、23.1%(6/26)、17.6%(3/17)。在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB的PTH耐药株中,只有5/10、4/8、3/12发生inhA基因突变。 结论 从MDR-MTB到XDR-MTB临床分离株,对PTH的耐药率明显增加,inhA基因突变率下降,inhA突变可能不是XDR-MTB对PTH耐药的主要原因,未检测到inhA突变的菌株并不一定对PTH敏感。     

应用基因芯片直接检测结核病患者各类标本中利福平和异烟肼耐药的价值

目的 研究结核分枝杆菌(MTB)耐药基因芯片直接检测结核病患者临床标本中利福平和异烟肼耐药相关基因的临床价值。方法 回顾性分析125例通过硝基苯甲酸(PNB)和噻吩-2-羧酸肼(TCH)鉴别培养为MTB的临床标本,其中痰标本90例、支气管灌洗液12例、脓液12例、胸腔积液6例、组织标本3例、腹腔积液和尿液标本各1例,应用绝对浓度法同时进行利福平(RFP)和异烟肼(INH)药物敏感性试验(简称“绝对浓度法药敏试验”),并用基因芯片直接检测临床标本中MTB rpoB、katG和inhA基因型。以绝对浓度法药敏试验为标准,评价基因芯片检测RFP、INH耐药和耐多药(MDR)的敏感度和特异度,并且比较两种检测结果的一致性。结果 在125例结核病患者临床标本中,绝对浓度法药敏试验显示对RFP、INH的耐药率和MDR发生率分别为20.0%(25/125)[其中高耐占88.0%(22/25)、低耐占12.0%(3/25)]、17.6%(22/125)[其中高耐占18.2%(4/22)、低耐占81.8%(18/22)]、16.8%(21/125)。初治和复治结核病患者临床标本中MDR-MTB的检出率分别为7.6%(7/92)和39.4%(13/33)。以绝对浓度法药敏试验为标准,应用基因芯片直接检测临床标本中MTB rpoB、katG和inhA基因型,预示对RFP、INH耐药和MDR的敏感度分别为72.0%(18/25)、63.6%(14/22)和61.9%(13/21),特异度分别为91.0%(91/100)、86.4%(89/103)和89.4%(93/104),两种方法的一致率分别为87.2%(109/125)、82.4%(103/125)和84.8%(106/125)。 结论 应用耐药基因芯片直接检测结核病患者临床标本中MTB对 RFP和INH耐药的相关基因突变具有中等的敏感度和较高的特异度,可快速检出对RFP、INH耐药和MDR-TB患者,为临床早期开展有效化疗提供实验依据。     

958例结核病患者临床分离株耐药基因检测结果分析

目的 分析958例患者结核分枝杆菌的相关基因突变位点。方法 收集2017年1—12月西安市胸科医院对痰液、组织、胸腹腔积液等各类型临床标本进行分枝杆菌培养阳性的2718例患者的菌液,经菌种鉴定非结核分枝杆菌感染患者41例,结核分枝杆菌感染患者2677例,选择结核分枝杆菌菌种同时进行MGIT 960液体药物敏感性试验(简称“药敏试验”)和耐药基因检测的患者958例,分析不同性别、年龄组患者的结核分枝杆菌菌株间突变位点差异及突变位点与表型药敏试验检测结果的符合率。计数资料采用χ²检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 958例患者菌株的基因突变位点分析中,任一位点突变率为19.52%(187/958),5~、21~、41~、61~83岁各年龄组的菌株ropB基因位点突变率分别为7.89%(9/114)、13.52%(63/466)、18.27%(38/208)和9.41%(16/170)。不同年龄组中,中年组的ropB基因位点突变率与青少年组和老年组比较差异有统计学意义(χ²值分别为6.358和5.994,P值分别为0.013和0.018);男性任一位点突变率为19.45%(121/622),女性为19.05%(64/336),不同性别比较差异无统计学意义(χ²=0.023,P=0.932);突变位点与表型药敏试验的符合率以利福平ropB 531(C-T)(96.10%,74/77)、异烟肼katG 315(G-C)(98.45%,127/129)最高,但ropB 511(T-C)与利福平表型药敏试验结果相符率较差(0.00%,0/10)。结论 不同年龄组患者的菌株ropB基因位点突变率差异有统计学意义,中年组突变率最高;不同性别患者的突变率差异无统计学意义;应当结合表型药敏试验的检测结果进行耐药基因位点突变在诊断意义上的分析。     

结核分枝杆菌KatG-ACT271CCT(Thr271Pro)突变与异烟肼耐药关系的研究

目的 探讨结核分枝杆菌katG ACT271CCT(Thr271Pro)基因点突变对异烟肼耐药性的影响方法 应用基因克隆技术合成野生型katG、突变型katG(AGC315ACC)和katG(ACT271CCT)基因片段,分别重组至质粒pET22b(+),转入表达菌BL21(DE3)pLySs,IPTG诱导目的蛋白表达,亲和层析法对目的蛋白分离纯化。最终检测重组katG蛋白过氧化物酶及过氧化氢酶活性。此外,通过软件AutoDock4.0采用半柔性对接方式分别模拟野生型katG蛋白、Thr271Pro突变型katG蛋白与异烟肼相互作用结果 成功获得纯化katG重组蛋白。相比野生型katG蛋白(过氧化氢酶活性361.5 U/mg和过氧化物酶活性77.6 U/mg),Thr271Pro突变型katG蛋白过氧化氢酶和过氧化物酶活性分别下降56%和63%(158.8 U/mg和28.7 U/mg),而Ser315Thr突变型katG蛋白过氧化氢酶和过氧化物酶活性分别下降74%和75%(96.2 U/mg和19.7 U/mg)。分子对接结果提示,异烟肼与Thr271Pro突变型katG蛋白结合自由能较野生型升高,Thr271Pro突变蛋白与异烟肼结合的亲和性降低。271位氨基酸突变后, Thr271Pro突变型katG蛋白氧化反应活性空腔发生一定的变形结论 katG Thr271Pro基因突变引起katG蛋白酶活性部分缺失和氧化反应活性空腔发生变形,导致异烟肼耐药。     

深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

目的 利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法 对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果 447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH, 81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP, 59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm, 66.0% (198/300)]、embB-306-M/V[EMB, 35.5% (94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA, 8.9% (11/123)]、gyrA-90-A/V [Ofx, 31.5% (39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1% (25/52)]、rrs-1401-A/G [Cm, 100.0% (27/27)]、rrs-1401-A/G [Km, 84.4% (27/32)]、inhA-15-C/T[Eto, 84.2% (48/57)]、thyA-75-H/N[PAS, 31.3% (10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6% (378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型: 37.0%(140/378)、L2.3型: 61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4% (7/67)、10.4% (7/67)](χ ²值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC-43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ ²=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto) 在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2% (19/231)、61.9%(143/231)、 59.3% (137/231)、15.6% (36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9% (4/140)、49.3% (69/140)、37.9% (53/140)、3.6% (5/140);χ ²值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论 深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。     

异烟肼耐药肺结核患者对丙硫异烟胺和对氨基水杨酸的耐药情况分析

目的 分析异烟肼(INH)耐药肺结核患者对丙硫异烟胺(Pto)和对氨基水杨酸(PAS)的耐药情况,并分析inhA基因突变与Pto耐药的相关性。方法 采用回顾性分析的方法,收集2018年1月1日至2020年12月31日就诊于西安市胸科医院且符合入组标准的849例INH耐药肺结核患者对Pto和PAS的耐药资料及INH耐药基因(PCR熔解曲线法)。采用Kappa一致性检验进行inhA基因突变与Pto耐药的相关性分析。结果 849例INH耐药肺结核患者中,Pto的耐药率为3.89%(33/849),PAS的耐药率为11.90%(101/849)。518例行PCR熔解曲线检测INH耐药基因的患者中,katG基因突变率为73.75%(382/518),inhA基因突变率为15.83%(82/518),Pto耐药率为3.86%(20/518);82例inhA基因突变者中,Pto耐药7例(8.54%),与Pto耐药者中发生inhA基因突变者(35.00%,7/20)的一致性较差(Kappa=0.080)。结论 INH耐药肺结核对Pto的耐药率较低,对PAS的耐药率较高;inhA基因突变与Pto耐药的发生一致性较差。     

MTBDR plus方法快速检测北京地区临床结核分枝杆菌分离株利福平和异烟肼耐药性效果评价

目的评估MTBDR plus试剂盒在北京地区快速检测利福平和异烟肼的耐药性的效果。方法筛选169例临床结核分枝杆菌分离株,以国际标准的比例法作为对照,探讨该试剂盒在临床上应用的敏感性和特异性以及突变分布频率。结果在北京地区使用MTBDR plus检测利福平和异烟肼的敏感性和特异性分别为96.9%、85.3%和93.2%、98.1%。rpoB基因频率最高的突变位点是S531L(55.2%),其次是D516V(8.3%)、H526Y(7.3%)和H526D(3.1%)。katG基因频率最高的突变位点是S315T1(62.9%),而inhA是C15T位点(21.6%)。结论 MTBDR plus是一个敏感、特异和快速的诊断利福平、异烟肼耐药性和MDR的有效方法。     

浙江省结核分枝杆菌耐药突变特征及其与基因型相关性分析

目的: 评价全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)对浙江省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药相关基因突变特征及其与基因型相关性的耐药分析和检测效能。方法: 对2018—2019年浙江省第五次结核病耐药监测项目收集的808株MTB菌株进行14种抗结核药物的WGS分析。鉴定菌株的基因型及耐药相关基因突变,并对二者相关性,以及WGS检测异烟肼的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果与表型药敏试验结果的一致性进行分析。结果: 808株MTB菌株中,153株对11种抗结核药物(异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸)发生了耐药相关基因突变,总突变率为18.9%。主要耐药突变类型分别为katG-315-S/T[异烟肼,60.0%(45/75)]、rpoB-450-S/L[利福平,57.1%(16/28)]、embB-306-M/V[乙胺丁醇,43.8%(7/16)]、rpsL-43-K/R[链霉素,65.5%(36/55)]、gyrA-94-D/G[氟喹诺酮类,36.6%(15/41)]、rrs-1402-C/A(阿米卡星,3/3)、rrs-1402-C/A(卡那霉素,3/4)、rrs-1402-C/A(卷曲霉素,3/3)、inhA-15-C/T[乙硫异烟胺,65.0%(13/20)]、thyA-75-H/N(对氨基水杨酸,7/8)。rpsL基因和katG-315位点在北京基因型中的耐药突变率[均为6.8%(40/586)]均明显高于二者在非北京基因型中的突变率[0.0%(0/222)和3.2%(7/222)],差异均有统计学意义(χ²=15.943,P=0.000;χ²=3.964,P=0.046)。WGS耐药性分析对于异烟肼的检测敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、一致率和Kappa值分别为87.5%(49/56)、98.0%(680/694)、77.8%(49/63)、99.0%(680/687)、97.2%(729/750)和0.808。结论: 浙江省MTB菌株对11种抗结核药物耐药相关基因突变以katG、rpoB、embB、pncA、rpsL、gyrA、rrs、thyA、inhA基因上的突变为主,其中rpsL基因、katG-315和rpsL-43位点突变与北京基因型相关。WGS耐药性分析对于异烟肼具有全面的耐药检测性能,但对个别基因突变位点的检测性能较弱。     

Analysis of drug resistance mutations in pulmonary Mycobacterium tuberculosis isolates in the Southern coastal region of Andhra Pradesh,India

Purpose and objectivesDetection of drug resistance plays a crucial role in tuberculosis (TB) treatment and prevention of Mycobacterium tuberculosis (MTB) transmission. The aim of this study was to determine the levels and patterns of resistance of MTB isolates to two key anti-TB drugs (rifampicin, RIF and isoniazid, INH) and the type of mutations in drug resistance genes (rpoB, katG and inhA) of the isolates at the southern coastal region of Andhra Pradesh, India, using commercially available GenoType MTBDRplus assay under the Revised National TB Control Program.MethodsGenoType MTBDRplus assay was performed on 2859 sputum smear-positive samples and the mutations in the genes responsible for resistance (rpoB, katG and inhA) were analyzed.ResultsAmong the line probe assay (LPA) valid isolates (2894), 1990 (68.76%) were drug susceptible, 437 (15.13%) were INH monoresistant, 104 (3.59%) were RIF monoresistant, and 363 (12.54%) were multidrug resistant. Codon 531 of rpoB gene and codon 315 of katG gene were found to have the highest mutation frequency for RIF resistance (270/467; 57.81%) and INH resistance (501/800; 62.62%), respectively. The RIF resistant rpoB mutations observed in the samples were S531 L (57.81%), H526Y (8.56%), D516 V (6.42%), and H526D (6.20%). Mutations in inhA promoter were found in 24.75% INH resistant isolates with C15 T being the most common (85.85%). The turnaround times of the LPA test were from 48 to72 h.ConclusionThe frequency of mutations in MTB in the coastal region of Andhra Pradesh, India, is similar to that in retreatment cases from most settings, with close to 80% in rpoB codon 516, 526, and 531, and over 80% in codons katG 315 and/or inhA promoter. The increase in INH monoresistance underlines the need for greater enforcement of national TB control programs.