新型鸭呼肠孤病毒S组基因克隆及序列分析

采用RT-PCR方法对NDRV-QY分离株的S组基因编码区进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,QY株S组基因包含的ORF大小分别为1 517 bp、1 251 bp、1 104 bp和1 104 bp。将QY株的S组基因各节段编码区核苷酸序列及其推导氨基酸序列与正呼肠孤病毒属的呼肠孤病毒的相似性比较和遗传进化分析结果表明,QY株与ARV、TRV、MDRV、NDRV均有不同程度的同源性,其中与NDRV的同源性最高,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均达90%以上。QY株与NDRV、MDRV、ARV同在正呼肠孤病毒的第Ⅱ亚群,与NDRV处在同一个分支,与MDRV和ARV处在不同分支,建议将新型鸭呼肠孤病毒分类在正呼肠孤病毒属的第Ⅱ亚群当中。     

新型鸭呼肠孤病毒DRV-XX株全基因组序列测定及分析

本研究自广东省新兴地区疑似新型鸭呼肠孤病料样品中分离出一株病毒,命名为DRV-XX株。利用RT-PCR方法对DRV-XX株进行全基因组序列扩增,拼接获得其全基因组(23 419 bp),对其10个基因节段进行分析显示,该分离株与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性较低,而与国内新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)相似性较高(99%),表明该分离株为NDRV。对其10个RNA节段分别进行测序及遗传进化分析,其中S3基因序列分析显示,DRV-XX与MDRV共同构成一主干支,与其S1、S2、S4、M1、M3、L1基因的一致;而M2基因进化树显示,DRV-XX与ARV处于同一主干支;由L2、L3组基因分析显示,DRV-XX与ARV在同一主干支,并有MDRV参与其中,而另一主干支为MDRV。因此,推测DRV-XX株的不同基因组节段来源不同,可能是ARV和MDRV发生同义突变,也可能是基因重组的结果。该研究丰富了NDRV的基因库相关信息,也为广东地区NDRV的防制提供一定参考依据。     

广西地区一株新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定及σC基因遗传进化分析

为了解广西地区新型鸭呼肠孤病毒(novel Duck reovirus, NDRV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对某鸭场送检的病料进行病原鉴定,将鉴定为阳性的样品接种于9～10日龄SPF鸡胚尿囊腔进行病毒的分离,对分离到的毒株的σC基因进行扩增、克隆和测序,并与参考毒株σC基因序列进行比对分析,绘制系统进化树。结果表明：分离到一株NDRV毒株,命名为NDRV-GX株。该分离毒株与NDRV代表毒株高度同源,核苷酸相似性为92.5%～100%,氨基酸相似性为94.2%～100%;而与番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus, MDRV)及禽呼肠孤病毒(Avian reovirus, ARV)分离毒株的核苷酸相似性为26.7%～37.2%,氨基酸相似性为27.8%～38.1%;与MDRV、ARV分离毒株处于进化树的不同分支,而与其他NDRV代表毒株处于同一分支。说明该分离毒株为NDRV,与NDRV代表毒株具有相近的遗传演化关系,同属于基因2型。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

3种禽类呼肠孤病毒血清学相关性及致细胞病变差异分析

本研究旨在研究3种不同疾病型禽类呼肠孤病毒间的抗原性关系及病毒的培养特性。作者通过血清中和试验测定了禽呼肠孤病毒(ARV S1133株)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV 9710株)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV NP01株)3种禽类呼肠孤病毒的血清学相关性,统计抗原相关性R值;并应用部分禽胚原代细胞及哺乳动物传代细胞对这3种病毒的培养特性进行了初步研究。结果表明,3种病毒株之间的R值很小,抗原相关性较低;三者具有广泛的细胞亲嗜性,能在多种细胞中增殖,并产生细胞病变,但病毒致细胞病变特征有所差异,ARV和NDRV均以巨融合为主,而MDRV则以细胞圆缩坏死为主。上述结果表明导致禽类不同疾病的ARV、MDRV和NDRV三者之间的抗原相关性较低,病毒的细胞培养特性也不同,细胞病变类型的差别提供了一种初步鉴别禽类呼肠孤病毒的方法。     

番鸭呼肠孤病毒非结构基因的克隆和序列分析

参考GenBank禽呼肠孤病毒(Avian Reovirus,ARV)和番鸭呼肠孤病毒(Muscovy Duck Reovirus,MDRV)非结构基因(NS)序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒S14和C4株NS基因进行RT-PCR扩增,克隆到pMD18-T载体中,并对克隆产物进行酶切鉴定和测序;番鸭呼肠孤病毒NS基因由1 291 bp核苷酸组成,与禽呼肠孤病毒NS基因相比,在非编码区第1155位少一个碱基,本文第一次证实1291bp是番鸭呼肠孤病毒NS基因特有的长度;番鸭呼肠孤病毒S14和C4株NS基因的5'末端和3'末端分别为5‘GCTTTT和TCATC-3',是禽类呼肠孤病毒基因末端特有的碱基序列,S14和C4株NS基因的的有效阅读框(24～1127bp)编码367个氨基酸组成的蛋白,分子量约为40kDa;番鸭呼肠孤病毒S14和C4株NS蛋白等电点分别是7.3和7.0,GC含量分别为54.26%和53.71%,番鸭呼肠孤病毒S14和C4株NS基因间核苷酸同源性为99.3%,仅有4个氨基酸差异,S14和C4与法国番鸭呼肠孤病毒89026株NS基因核苷酸同源性分别为87.8%和87.9%,与鸡关节炎病毒S1133 NS基因同源性分别为79.0%和79.3%;进化树分析表明本研究中的两株番鸭呼肠孤病毒非结构基因(NS)与番鸭呼肠孤病毒的亲缘关系比禽呼肠孤病毒近的多,建议番鸭呼肠孤病毒应归属为正呼肠孤病毒属第二个亚群中不同于禽和内尔森贝海湾呼肠病毒独立基因群.     

番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因片段的克隆及序列分析

参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovy duck reovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT-PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序.结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反应鉴定后克隆到pGEM-Teasy载体中,核苷酸序列经BLAST软件分析表明:番鸭呼肠孤病毒MW9170株S1基因的目的片段与番鸭呼肠孤病毒法国89026株同源性为91.7%,与鸡关节炎病毒S2基因同源性为68.7%,结果提示番鸭呼肠孤病毒MW9710株与鸡关节炎病毒亲缘距离较远.     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒（DRV）氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒（ARV）及番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

应用RT-PCR技术检测番鸭呼肠孤病毒

参考 Gen Bank中番鸭呼肠孤病毒 (m uscovy duck reovirus,MDRV ) S1基因序列 ,用计算机设计并合成了 1对引物 HP11、HP12 ,以此引物用 RT- PCR对番鸭呼肠孤病毒 S1基因进行了特异性扩增。结果表明 :引物 HP11、HP12能从所有供试的 4株分离毒 MDRV- MW9710、MW980 6、MW980 9、MW9810扩增出 30 0 bp S1基因 c DNA片段 ,而不能从禽呼肠孤病毒 (ARV) S1133株和番鸭胚成纤维 (MDEF)细胞培养物中扩增出任何片段 ;该 RT- PCR的检测灵敏度为 1pg的病毒核酸 ,特异性强 ,重复性好 ,对含毒细胞培养液和尿囊液只需用氯仿进行简单处理 ,即能检测出 MDRV核酸。因此认为 ,该 RT- PCR可以用于番鸭呼肠孤病毒的快速检测     

广东新型鸭呼肠孤病毒σB蛋白基因克隆及序列分析

为研究广东新型呼肠孤病毒（NDRV）的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒（ARV）和番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。     

Phylogenetic analysis of the sigma 2 protein gene of turkey reoviruses

The open reading frame of the S3 segment encoding the sigma2 protein of four turkey reovirus field isolates was analyzed for sequence heterogeneity. The turkey reoviruses we present here have a 97% amino acid identity to turkey NC 98. The S3 nucleotide and amino acid sequence similarity was < or =61% and 78%-80%, respectively, when compared to the chicken reovirus isolates. Comparison of amino acid sequences from chickens and turkeys with that of a duck isolate revealed a 53% and 55% similarity, respectively. Phylogenetic analyses, based on both nucleotide and amino acid sequence, resulted in three major groups among the avian reoviruses; these groups were clearly separated by species. The results of this study provide further evidence, based on the deduced sigma2 sequence, that turkey reoviruses form a distinct, separate group relative to chicken and duck isolates. In addition, as a result of the limited sequence identity with their avian counterparts, turkey reoviruses could potentially be considered a separate virus species within subgroup 2 of the Orthoreovirus genus.     

中国禽(番鸭)呼肠孤病毒YB株S4基因序列分析

应用非免疫番鸭胚增殖中国禽(番鸭)呼肠孤病毒YB分离株,用LSTRIAZOL提取病毒RNA,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增中国禽(番鸭)呼肠孤病毒YB分离株S4基因节段cDNA.将S4cDNA克隆到PMDl8-T载体上,并进行了鉴定和核苷酸序列测定.序列分析结果,克隆的S4cDNA共1 124bp,包括非编码区和完整的阅读框架.分子进化系统分析表明该毒株与禽呼肠孤病毒(鸡呼肠孤病毒)的亲缘关系较远,DRV-YB与DRV-89330同缘率为93.3%.     

间接免疫荧光方法快速检测番鸭呼肠孤病毒病

本研究应用具有免疫荧光特性的抗番鸭呼肠孤病毒病单克隆抗体(MDRV 237-11)建立了检测番鸭呼肠孤病毒病抗原的间接免疫荧光(Mab-IFA)方法。结果显示人工感染MDRVMW9710株病毒后发病和死亡番鸭组织切片均可检出阳性病灶;且组织匀浆经尿囊腔途径接种12日龄番鸭胚,取死亡胚心制作冰冻切片进行IFA鉴定呈阳性结果。表明该方法特异性好、可用于快速检测番鸭呼肠孤病毒病。     

番鸭呼肠孤病毒套式RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上发表的鸭呼肠孤病毒基因组序列,利用生物学软件设计合成内外2对引物,建立了检测番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)的套式RT-PCR检测方法,并运用建立的检测方法对分离病毒与其他禽病病毒进行检测。结果显示,该方法能从MDRV中扩增到与预期大小相符的特异性目的片段,检测灵敏度达到0.1 pg病毒RNA,对禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)、鸡传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)、番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)、鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)、鸭病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus,DHV)等病毒样品的扩增结果均为阴性。因此,本研究为番鸭呼肠孤病毒病的快速检测及诊断研究提供参考。     

番鸭脂肪酸合成酶基因的克隆及填饲对其mRNA水平的影响简

本研究以番鸭肝脏为试验材料,通过RT-PCR扩增出番鸭脂肪酸合成酶（fatty acid synthase,FAS）部分CDS序列,利用相关分子生物学软件对其进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术检测FAS基因在成年番鸭各组织中的表达特性及填饲对番鸭肝脏和腹脂中该基因表达的影响。结果表明,克隆出的番鸭FAS基因CDS片段大小为1122 bp,编码374个氨基酸,与近缘物种禽类核苷酸同源性为92%～99%;实时荧光定量PCR结果表明,番鸭FAS基因在肝脏和腹脂中高表达,说明FAS具有组织表达特异性;填饲导致肝脏中FAS基因表达显著升高（P＜0.05）。本试验结果可为进一步研究FAS基因在番鸭肝脏脂质代谢中的作用奠定基础。     

Isolation and characterization of a reovirus causing spleen necrosis in Pekin ducklings

High rates of mortality for Pekin ducklings have been recorded in several duck farms in China since 2006. Dead ducklings were characterized by spleen necrosis, suggesting microbial infection as a cause of disease. Laboratory investigations led to the isolation of a virus strain from the spleen tissues of dead ducklings, designated DRV-HC. Subsequent experimental infections with DRV-HC resulted in marked spleen necrosis in the ducklings similar to those observed in the natural outbreaks. Electron microscopy of the cultured DRV-HC revealed viral particles that were non-enveloped and icosahedral with a mean diameter of approximately 72 nm. Agar gel precipitating tests showed that the isolate shared a common group-specific antigen with chicken reovirus S1133. DNA sequencing revealed that this isolate was closely related to Muscovy duck reoviruses. Experimental infection with DRV-HC resulted in death of young chicks with necrotic foci in the liver and spleen. To the best of our knowledge, this is the first report of the isolation of a duck reovirus with high virulence in Pekin ducklings and SPF chickens.