黄瓜花叶病毒亚组I和Ⅱ分离物外壳蛋白基因的序列分析与比较

对我国分离的经生物学和血清学鉴定为黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）亚组Ｉ和Ⅱ的各一分离物（ＧＢ、ＸＢ）的外壳蛋白（ＣＰ）基因进行了序列分析和比较。以提纯病毒ＲＮＡ为模板,进行逆转录及ＰＣＲ扩增,并通过常规基因克隆方法得到插入ＣＰ基因片段的重组克隆。对插入ＧＢ和ＸＢ两个分离物ＣＰ基因片段的重组克隆进行全序列测定,结果表明重组克隆序列长分别为７７７ｂｐ和７９２ｂｐ均只含一个开放读框（ＯＲＦ）,长度为６５７ｎｔ,     

黄瓜花叶病毒亚组Ⅰ和Ⅱ分离物外壳蛋白基因的序列分析与比较

对我国分离的经生物学和血清学鉴定为黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）亚组Ⅰ和Ⅱ的各一分离物（ＧＢ、ＸＢ）的外壳蛋白（ＣＰ）基因进行了序列分析和比较。以提纯病毒ＲＮＡ为模板,进行逆转录及ＰＣＲ扩增,并通过常规基因克隆方法得到插入ＣＰ基因片段的重组克隆。对插入ＧＢ和ＸＢ两个分离物ＣＰ基因片段的重组克隆进行全序列测定,结果表明重组克隆序列长分别为７７７ｂｐ和７９２ｂｐ,均只含一个开放读框（ＯＲＦ）,长度为６５７ｎｔ,可编码２１８个氨基酸;两个分离物的ＣＰ基因核苷酸序列同源率为７７５％,氨基酸序列同源率为８２６％。与我国已报道的７个ＣＭＶ分离物的ＣＰ基因序列比较,分离物ＧＢ的同源率为９１３％～９７３％,分离物ＸＢ的同源率为７６６％～７８４％。与国际上已报道部分ＣＭＶ株系的ＣＰ基因序列相比较,分离物ＧＢ与亚组Ⅰ株系有更密切的亲缘关系,而分离物ＸＢ则与亚组Ⅱ株系的亲缘关系更密切。     

表达黄瓜花叶病毒外壳蛋白的转基因番茄抗黄瓜花叶病毒侵染

通过土壤农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导将黄瓜花叶病毒外壳蛋白(CMV CP)的cDNA成功地引入番茄(Lycopersicon esculentum)植株中,并得到转基因植株。用强致病力CMV株系接种后,表达CMV外壳蛋白的转基因植株表现出对CMV侵染的抗性。转基因植株RI代的抗性基因以接近3:1比例分离。对R_1代接种CMV后,表达CMV CP的植株病症减轻,发病率、病情指数及病毒积累量明显低于对照。病症出现推迟1个多月。     

大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析

我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组ＲＮＡ为模板合成了３＇末端部分ｃＤＮＡ。从中选出一批插入片段在２．０ｋｂ以上的重组克隆,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ点杂交分析证实了所选克隆与基因组ＲＮＡ同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆ｐＧＭ４９５,其插入片段的长度约为２．４ｋｂ,３′末端存有一个Ｐｏｌｙ（Ａ）结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个ｃＤＮＡ片段全长为２３７９ｂｐ,其中含有与酶切图谱分析结果相符的ＥｅｏＲＩ、ＰｓｔＩ及ＢａｍＨＩ酶切位点。第一个终止密码子ＴＡＡ与３′ｇ末端相距２６４ｂｐ,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Ｐｏｔｙｖｉｒｕｓ的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于３′末端上游的１１７０ｂｐ处,共编码３０２个氨基酸,其分子量为３６ｋＤ,略大于ＳＤＳ－ＰＡＧＥ所测定的３３ｋＤ,非编码区域长２６４ｂｐ,富含ＡＴ,并有多个终止密码子的存在。趾３′末端３２～２７ｂｐ处有一个ＡＡＴＡＡ序列。     

侵染西番莲属(Passiflora)植物的五个黄瓜花叶病毒分离物的特性比较

从紫果西番莲（Ｐａｓｉｆｌｏｒａｅｄｕｌｉｓ）、杂交种西番莲（Ｐ．ｅｄｕｌｉｓＸＰ．ｅｄｕｌｉｓｖａｒ．ｆｌａｖｉｃａｒｐａ）、黄果西番莲（Ｐ．ｅｄｕｌｉｓｖａｒ．ｆｌａｖｉｃａｒｐａ）、转心莲（Ｐ．ｃａｅｒｕｌｅａ）及龙珠果（Ｐ．ｆｏｅｔｉｄａ）分离到的５个黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）分离物（ＰＥ、ＰＥ２、ＰＥｆ、ＰＣ、ＰＦ）所作的生物学性质、理化特性和血清学关系的比较研究结果表明,５个分离物在寄主反应及血清学性质上存在不同,而在病毒粒体形态、体外抗性、蚜虫传毒和病毒外壳蛋白分子量方面无明显差异。根据５个分离物的寄主反应和血清学关系,可将其区分为ＣＭＶ的两个亚组,其中ＰＥ、ＰＥ２、ＰＣ和ＰＦ属ＣＭＶ亚组Ｉ,ＰＥｆ属ＣＭＶ亚组Ｉ。     

侵染西番莲属(Passiflora)植物的五个黄瓜花叶病毒分离物的特性比较

从紫果西番莲(Passiflora edulis)、杂交种西番莲(P. edulis X P.edulis var. flavicarpa)、黄果西番莲(P.edulis var. flavicarpa)、转心莲(P.caerulea)及龙珠果(P.foetida)分离到的5个黄瓜花叶病毒(CMV)分离物(PE、PE2、PEf、PC、PF)所作的生物学性质、理化特性和血清学关系的比较研究结果表明,5个分离物在寄主反应及血清学性质上存在不同,而在病毒粒体形态、体外抗性、蚜虫传毒和病毒外壳蛋白分子量方面无明显差异.根据5个分离物的寄主反应和血清学关系,可将其区分为CMV的两个亚组,其中PE、PE2、PC和PF属CMV亚组I,PEf属CMV亚组II.     

甘蔗花叶病毒3‘末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV－CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaⅠ位点上,筛选得到多个重组质粒,选取其中一个克隆SCMV－CA54进行测序,得到一个全长为1296bp的苷酸序列,这段序列由一个长为1044bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279bp的3‘末端非编码区序列（3‘-UTR)及poly（A）尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白（b(NIb）基因序列,将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离的CP核苷酸序列的同源性介于63.7％－77.6％之间,氨基酸的同源性介于64％－89％之间。根据马玲薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV－CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系进分标准之间,这是我国首次报道SCMV CP基因序列。     

云南五个不同地区烟草花叶病毒外壳蛋白基因的序列比较

烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)中的典型成员,具有极广的寄主范围,可以侵染30个科的310多种植物,为单组份正链ssRNA病毒,TMV基因组RNA由6395个核苷酸组成,共有4个ORF,分别编码183kDa、126 kDa、30 kDa和17.5 kDa蛋白[1,2].     

云南五个不同地区烟草花叶病毒外壳蛋白基因的序列比较

Five Tobacco mosaic virus isolates, obtained from tobacco leaves showing typical symptom in Qujing, Honghe, Dali, Chuxiong and Yuxi in Yunnan province, were selected and studied from 637 TMV samples. Using a pair of primers specific for TMV-U1 strain, a specific fragment of 530bp including the TMV coat protein gene was amplified using IC-PCR. The products of PCR were cloned and sequenced. The nucleotide and amino acid sequences of the coat protein of the five isolates were found to be very similar each other and have more than 90% sequence identity with TMV-U1, TMV-B,TMV-P, TMV-FUJIAN, although minor differences existed among them. The results showed that the five isolates from Yunnan province belong toTMV-U1 strain.     

利用酵母双杂交系统筛选与黄瓜花叶病毒外壳蛋白互作的寄主蛋白

利用酵母双杂交系统,以黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的外壳蛋白(coat protein,CP)为诱饵,从番茄叶片c DNA文库中筛选与其互作的蛋白。结果显示,诱饵载体pBT3-SUC-CMV-CP均能在酵母细胞中正确表达,无自激活活性而且对酵母无毒性;通过对酵母双杂交文库的筛选和回转验证,共获得了98个阳性克隆,分别编码67个可能与CMV-CP相互作用的蛋白,分别参与植物防御反应、光合作用、物质转运、信号转导、能量代谢、氨基酸代谢、细胞壁的形态建成、植物的激素代谢等。本研究结果表明,CMV CP可同时调控寄主的多个代谢过程,在CMV的致病过程中有多重功能。     

Coat Protein Gene of Cymbidium mosaic virus from Vanilla fragrans in Reunion Island

Nucleotide and amino acid sequences of the coat protein (CP) of 12 isolates of Cymbidium mosaic virus from Vanilla fragrans in Reunion Island (CyMV‐R) were compared with each other and with those of previously described Asian strains. Alignment revealed that CyMV‐R isolates were highly homologous, suggesting that one strain is prevalent in Reunion. This strain also showed high homology with the Korean CyMV‐K2 and Singapore CyMV‐S2 strains, but nucleotide additions resulted in the carboxy‐terminal ends of the CP sequences differing from those of the Korean CyMV‐K1 and Singapore CyMV‐K1 strains.     

Genetic Diversities of Cymbidium mosaic virus and Odontoglossum ringspot virus Isolates Based on the Coat Protein Genes from Orchids in Guangdong Province,China

Orchids are some of the most important ornamental flowers. Cymbidium mosaic virus (CymMV) and Odontoglossum ringspot virus (ORSV) are the most prevalent and economically important viruses affecting orchids in China. In this study, 20 CymMV and 28 ORSV isolates were selected for genetic diversity analysis. The CymMV isolates shared 84.6–100% and 89.5–100% identities of coat protein (CP) at the nucleotide (nt) and amino acid (aa) levels, respectively. The identities of ORSV isolates were 96.4–100% (nt) and 92.5–99.4% (aa). The CP genes of CymMV were found to have genetic diversity, and the CP genes of ORSV were genetically conservative. These results can aid in designing effective disease‐control strategies.     

长梗木霉纤维素酶基因的克隆及序列分析

从富含纤维素环境筛选获得一株纤维素降解菌株FU05,通过形态学特征及ITS序列分析确定其为长梗木霉(Trichoderma longibrachiatum)。PCR扩增获得该菌株的bgl2、cbh2和eg1。序列分析表明,这3种纤维素酶基因与GenBank上其他木霉同种纤维素酶基因具有较高同源性:bgl2基因与里氏木霉bgl2基因(AB003110)同源性达91%;cbh2基因与康宁木霉cbh2基因(DQ504304)同源性达99%;eg1基因与长梗木霉eg1基因(X60652)同源性达95%。3种纤维素酶基因编码的相应氨基酸序列与其他木霉纤维素酶的氨基酸序列相似性也非常高。对上述纤维素酶基因编码的相应蛋白进行PROSITE motif search,对其N端糖基化位点、纤维素结合区、糖基水解酶家族特征结构区等进行了定位。     

嗜冷弧菌2693菌株的天冬氨酸转氨基甲酰酶基因克隆及测序

对嗜冷弧菌２６９３菌株编码天冬氨酸氨甲酰基转移酶的基因进行了克隆,并对其核苷酸序列进行了分析。菌株２６９３的ＡＴＣａｓｅ由ｐｒｙＢＩ操纵子ｐｙｒＢ编码催化链,ｐｙｒＩ编码调节莲。催化及调节多肽链由一条单一的双顺反操纵子编码,在同一启动基因控制之下进行转录。