牛病毒性腹泻病毒和牛轮状病毒TaqMan二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

根据牛病毒性腹泻病毒（BVDV）5′端非编码区和牛轮状病毒（BRV）VP6基因序列,设计特异性引物和探针。通过对引物和探针浓度、Mg2＋浓度、dNTP浓度和Taq酶用量以及反应条件等因素的优化筛选,建立了能同时鉴别BVDV和BRV的二重荧光RT-PCR方法。该方法特异性好,与其他病原如CSFV、MB和IBRV不发生交叉反应;敏感性高,能够检测100个BVDV RNA和100个BRV RNA;稳定性好,批内重复和批间重复变异系数小;干扰性试验表明该方法能同时检测2个模板的不同浓度组合。本研究建立的二重荧光RT-PCR方法可用于BVDV和BRV检测,具有特异、敏感、快速、稳定等优点,是BVDV和BRV基础研究、流行病学调查和临床检测的良好工具。     

牛结节性皮肤病病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立与应用

牛结节性皮肤病(lumpy skin disease, LSD)是近年来我国新出现的一种牛传染性疾病。本研究根据LSD病毒(LSDV)的LSD022基因保守区域,设计出引物和探针,经过反应条件优化,建立了TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,测试了其敏感性、特异性和重复性。结果发现,本方法敏感性达到15 copies/μL,不与其他牛病病毒和山羊痘弱毒疫苗AV41发生反应,变异系数均小于3%。用本方法和OIE推荐的普通PCR方法检测发病牛场94份临床样品,LSDV检出率分别为62%和37%,其中阳性样品2种方法检测符合率为96.7%,说明本方法敏感性、特异性和重复性较好,可用于LSDV检测。     

牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区核苷酸序列,设计引物和TaqMan荧光探针,建立了BVDV的实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法只能检测到BVDV,而与CSFV、BRV、MT及IBRV没有交叉反应,具有高度的特异性,在1010~102模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.991,最低可检测到100个拷贝的阳性质粒。所建立的BVDV实时荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、灵敏等特点。     

牛轮状病毒VP7基因荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立快速特异的定量检测牛轮状病毒(BRV) VP7基因的荧光定量PCR检测方法,本研究设计扩增BRV VP7基因的特异性引物,将扩增的VP7基因片段(342 bp)克隆于pMD 18-T载体中(pMD-VP7),作为重组质粒标准品,建立EvaGreen荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法.经反应条件优化,结果表明该方法的最低检测量为8.03拷贝/μL.该方法对牛病毒性腹泻病毒、牛冠状病毒、猪流行性腹泻病毒及牛结核分枝杆菌的检测结果均为阴性,表明其具有良好的特异性.批内和批间重复变异系数均小于3％.采用该方法对12份ELISA阳性样本检测出10份阳性,符合率83.33％.本研究建立的BVR VP7 qRT-PCR检测方法具有特异、灵敏、快速和对标本的检测能力较强等特点,可以用于临床诊断和流行病学调查.     

猪流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究选取猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的NP基因序列设计引物和探针,建立了检测SIV的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有SIV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。2.0×10⁸至2.0×10²拷贝/μL 7个数量级的范围内定量PCR有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为20个拷贝/μL。根据病毒拷贝数与Ct值的关系绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、口蹄疫病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒核酸都没有扩增反应。本研究建立的实时定量PCR方法,灵敏度高、特异性好,可以进行定量分析,在猪流感的快速检测上具有重要意义。     

牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

以牛支原体p80基因为靶基因,设计特异性引物与探针,优化反应体系,建立了牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR(TaqMan real-time PCR)检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性评估以及临床样本检测。结果显示,特异性试验中,牛支原体2个菌株Cq值均小于18,其余13个非牛支原体菌株Cq值均大于36;敏感性试验中,最低可检3.89拷贝/μL靶DNA,是普通PCR的10~4倍(普通PCR 3.89×10~4拷贝/μL);重复性试验中,组内、组间重复的变异系数均小于1%;44份牛的临床样品利用TaqMan real time PCR检出6份阳性(阳性率为13.64%),分离培养鉴定检出7份阳性,普通PCR检测全部阴性。本研究建立了一种敏感、特异、稳定的牛支原体TaqMan real time PCR检测方法,可用于牛支原体的快速诊断和核酸定量检测。     

猪源盖塔病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

猪盖塔病毒感染是由盖塔病毒(GETV)引起母猪妊娠初期胎儿死亡、初生仔猪发病的一种繁殖障碍性疾病。猪是自然界中GETV的主要扩增宿主,可以产生足够高的病毒血症滴度来感染叮咬的蚊子并维持GETV的传播周期,所以定期对猪群进行GETV监测对于预防潜在的GETV暴发具有重要意义。本研究通过分析GETV E2蛋白基因特征,设计特异性引物和探针,条件优化后建立检测GETV感染的Taq Man实时荧光定量PCR方法。结果表明：以阳性质粒为标准品建立的标准曲线在1×10²～1×10⁷ copies/μL内呈现良好的线性关系,扩增效率为1.61;该检测方法的最低检出限低至3.16 TCID₅₀/mL,远远低于普通PCR的检测限3.16×10³ TCID₅₀/m L;组内、组间重复性试验的变异系数均小于2%,具有良好的重复性和稳定性。本研究建立的方法能够快速有效的检测和定量GETV,为猪群中GETV监测提供可靠的检测方法。     

胞内劳森菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立用于检测临床粪便样品中胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,L.intracellularis)的TaqMan荧光定量PCR方法,本研究参考GenBank中发表的L.intracellularis PHE/MN1-00株基因组序列设计50对引物,通过SYBR GreenⅠ荧光染料法PCR验证引物的特异性,针对扩增效率最好的特异性上、下游引物合成相应的TaqMan探针,优化反应条件,对其线性范围、敏感性和重复性进行验证,系统的完成了该方法的建立。结果表明,所建立的TaqMan荧光定量PCR方法,特异性强;在靶标核酸为2.95×10¹～2.95×10⁶拷贝/μL区间线性关系良好,相关系数R²=0.998 1,扩增效率为96.51%;最低检测浓度为5拷贝/μL;批间和批内的CV均小于2%,重复性好。使用普通PCR方法与本方法对2020年10月至2021年2月采自江西地区猪场的373份粪便样品进行检测,L.intracellularis的总检出率分别为21.4%(80/373)和27.6%(103/...     

牛腺病毒5型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

建立针对牛腺病毒5型六邻体(Hexon)基因的实时荧光定量TaqMan PCR检测方法。根据牛腺病毒5型Hexon基因高度保守区设计引物和TaqMan探针,绘制标准曲线,对其灵敏度、特异性、重复性进行验证,建立牛腺病毒5型实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法。结果显示,构建的重组质粒pUC57-BAV5,标准曲线在10~2～10~7拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.975 2,建立检测方法的最低检测限为32拷贝/μL;应用建立的方法检测牛传染性鼻气管炎病毒、牛轮状病毒、牛呼吸道合胞体病毒无交叉反应;重复性试验表明,同一浓度的20个平行样品的变异系数为1.4%。牛腺病毒5型TaqMan探针荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可以用于牛腺病毒5型的快速、准确的检测。     

牛肠道病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立快速、准确地检测牛肠道病毒(BEV)及对北京周边地区牛群中BEV感染情况进行检测,本研究通过设计合成扩增BEV 5＇UTR序列的引物及探针建立了检测BEV的通用型TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测方法并对反应条件进行了优化.该方法对BEV的最小检测量为0.1 TCID50/0.1mL,敏感性比病毒分离法高10倍.而且该方法对其他牛相关病毒均无交叉反应.用3批试剂对3个稀释度的BEV培养物进行批内和批间重复性试验,其变异系数均小于1.1％,表明该方法具有良好的重复性.采用该方法对北京周边地区牛群采集的852份临床样品进行检测,并与病毒分离方法比较,两种方法检测结果完全一致.因此,本研究所建立的BEVTaqMan RT-PCR检测方法具有快速、准确、特异性强、敏感性高、重复性好的优点,为国内BEV的检测提供了有力的技术支持.本研究首次通过病毒核酸检测证明了我国部分地区的牛群中存在BEV感染.     

实时荧光定量RT-PCR检测猪水疱病病毒的研究

按照猪水疱病病毒结构蛋白VP1基因序列,设计合成引物和探针,经各反应条件的优化,建立了实时荧光定量RT-PCR技术,对猪水疱病病毒进行了特异性、敏感性和重复性试验。结果表明,实时荧光TaqManRT-PCR可检测到每个反应相当于1×102拷贝病毒RNA;与FMDV、VSV等其他水疱性病毒不发生交叉反应;制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系且线性范围宽,相关系数为0.993;与常规的RT-PCR比较,该方法具有快速、特异、敏感、重复性好、可同时检测大量样品等优点。     

应用实时荧光定量TaqMan RT-PCR检测口蹄疫病毒

按照口蹄疫病毒(FMDV)聚合酶3D基因序列,设计合成了引物和探针,经各反应务件的优化,建立了实时荧光定量RT-PcR技术,对细胞培养物、水泡液、水泡皮及分泌物、血液中的FMDV进行了特异性检测和敏感性试验。结果,用300nmol／L的引物浓度和200nmol／L探针浓度,获得的CT值较小,而△Rn最大;可检测到相当于9．1TCID50的病毒RNA;与VSV和其他水泡性病毒不发生交叉反应;制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系,且线性范围宽,相关系数为0．984;组内和组间试验重复性的变异系数(CV)分别为5．4％和6．7％;与常规RT-PCR相比较,该方法具有快速、特异、敏感、可定量,并可同时检测大量样品等优点。     

定量检测马动脉炎病毒方法的建立

为建立快速、敏感、准确的马动脉炎病毒检测方法,笔者选取病毒基因组中高度保守的ORF7序列设计引物和TaqMan探针,分别使用马动脉炎病毒的总RNA和含有选定检测序列的克隆标准品进行一步法实时定量RT-PCR,绘制扩增曲线,两曲线斜率之差小于0.1,证明两者的扩增效率相同,可用选定检测序列的克隆标准品对马动脉炎病毒进行定量检测。     

TaqMan探针荧光RT-PCR检测狂犬病病毒

根据GenBank已公布的狂犬病病毒(rabies virus,RV)核蛋白(N)基因序列设计并合成一对特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的荧光RT-PCR检测狂犬病病毒方法。对狂犬病疫苗提取核酸后进行RT-PCR扩增,将目的条带切胶回收,克隆测序,重组质粒作为标准阳性对照。对建立的TaqMan探针荧光RT-PCR方法做灵敏度、特异性、重复性及稳定性试验。结果显示,该方法可以达到10拷贝/μL的灵敏度,可以将狂犬病病毒与犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒和犬副流感病毒分开,方法重复性好,稳定可靠。     

应用RT-PCR检测猪传染性胃肠炎病毒的研究

根据GenBank已发表的猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)N蛋白的基因序列,设计合成1对引物,扩增片段长度为730 bp,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了检测TGEV的RT-PCR检测方法,并用该方法对疑似TGEV的猪群临床腹泻疾病进行了诊断检测和分析。本研究建立的TGEV检测方法,特异、灵敏、可靠,为该病的诊断和流行病学调查研究提供了技术保障。     

实时定量RT-PCR检测马动脉炎病毒

选取马动脉炎病毒(EAV)基因组中高度保守的开放阅读框7(ORF7)序列，设计了特异性引物和TaqMan探针，利用一步法的实时定量RT-PCR来定量检测EAV。使用含有选定检测序列的克隆标准品做标准曲线，证明该方法可以检测出含有5(4．77)个RNA分子，即可从组织培养液(TCF)中检出一般含有5PFU／μL病毒拷贝。对猪生殖呼吸道综合征病毒、马疱疹病毒无交叉反应，特异性好。用疫苗用种毒(Bucyrus标准株)肌肉注射于马驹后，定量RT-PCR比病毒分离试验更能灵敏地检出呼吸道排出的病毒。对456份临床鼻腔分泌物样品检测，定量RT—PCR检出6份阳性，而病毒分离只检出2份阳性。一步法实时定量RT—PCR检测样品中的EAV，在快捷、准确、方便和高通量方面优于细胞培养病毒分离的检测方法，可以作为检测马病毒性动脉炎(EVA)病毒的快速方法。     

马动脉炎病毒实时RT-PCR检测方法的建立

选取马动脉炎病毒基因组中高度保守的开放阅读框7序列,设计了特异性引物和TaqMan探针,利用一步法的实时定量RT-PCR来定量检测马动脉炎病毒.分别使用马动脉炎病毒的总RNA和含有选定检测序列的克隆标准品做扩增曲线,两曲线斜率之差小于0.1,证明两者的扩增效率相同,可用选定检测序列的克隆标准品对马动脉炎病毒进行定量检测.该方法敏感,快速,准确,且无交叉污染,能满足海关及检疫部门对马动脉炎病毒快速、准确的检测要求.     

牛轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立

建立一种适用于牛轮状病毒(BRV)的反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)的快速检测方法。根据GenBank中登录的BRV VP7基因序列,针对其保守区设计了4条引物,利用RT-LAMP方法进行检测,并优化了反应体系与反应时间,检测了该方法的特异性和灵敏度。结果表明,该方法在等温条件下只需要50min就能检测出结果,与普通RT-PCR相比,具有较短的检测时间、良好的特异性和较高的灵敏度。论文针对BRV建立的RT-LAMP快速检测方法操作简便、无需昂贵设备、结果可视,适用于BRV在基层的快速检测。     

逆转录—聚合酶链反应（RT—PCR）检测轮状病毒

为了给轮状病毒感染的诊断和流行病学研究提供更为敏感和可靠的手段,选取Ａ组轮状病毒ＶＰ７基因上的２段高度保守序列作为引物,在优化逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）条件的基础上,建立了检测轮状病毒的ＲＴ－ＰＣＲ方法。通过对比试验,确定了ＰＣＲ的最优模式：９４℃变性１ｍｉｎ→５５℃退火１ｍｉｎ→７２℃延伸２ｍｉｎ,３０个循环后再在７２℃下延伸１０ｍｉｎ。用此模式进行了ＲＴ－ＰＣＲ的特异性和敏感性试验。检测的６株轮状病毒分离株（牛ＨＮ－７、ＢＲＶ００７、ＢＲＶ０１４、ＢＲＶ６５５５、猪Ｌｉ９９、Ｎａｎ８６）及２株参考株（牛ＮＣＤＶ、猴ＳＡ１１）,都能扩增出唯一的３４２ｂｐ的目的条带;对猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）及传染性胃肠炎病毒（ＴＧＥＶ）感染猪的粪样、正常ＭＡ１０４细胞检测结果均呈阴性;检测的敏感度可达１ｐｇ水平。对４０份猪、牛、兔的腹泻粪样检测,３０份呈阳性,而用作平行对照的夹心ＥＬＩＳＡ法检测,有２５份呈阳性,两者符合率为８７．５％。两法检测不符的５份粪样的ＰＣＲ扩增产物,用地高辛标记探针进行了斑点杂交,结果均呈阳性,表明ＲＴ－ＰＣＲ法比ＥＬＩＳＡ法敏感性高。     

应用反转录多聚酶链反应（RT－PCR）对鸡传染性法氏囊病毒的基因检测研究

参考Ｃｕｌ株核酸序列自行设计一对２０ｂｐ序列为引物，经反转录和ＰＣＲ扩增传染性法氏囊病毒（ＩＢＤＶ）核酸高度保守的Ｖｐ４编码区中１５０ｂｐ的片段，用于检测ＩＢＤＶ。对德国Ｃｕｌ株、美国标准强毒ＳＴＣ和变异株１０８４Ｅ、中国ｑ８０１以及７个国内野外分离株分别进行扩增，同时对新城疫病毒（ＮＤＶ）、马立克氏病毒（ＭＤＶ）、禽呼肠孤病毒（ＲＥＯＶ）、禽腺病毒（ＨＡＡ）、Ｖｅｒｏ细胞、ＳＰＦ鸡法氏囊组织进行扩增后，２％琼脂糖凝胶电泳分析，１１株ＩＢＤＶ都出现分子量大小与设计相符合的ＤＮＡ扩增带，４种其他病毒、囊组织和Ｖｅｒｏ细胞都未出现任何扩增带。建立了直接采用细胞毒或组织毒进行ＰＣＲ的快速简便的核酸提取方法，应用二级ＰＣＲ扩增出了与一级ＰＣＲ相符的更加清晰的扩增带。