冠心病患者血液外泌体mRNA、lncRNA及circRNA差异表达谱及竞争性内源RNA网络的构建

目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱作差异表达分析,使用TargetScan和miRanda数据库共同预测和差异表达mRNA结合的微小RNA(miRNA),使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表达circRNA结合的miRNA。对3组miRNA两两取交集,保留与差异表达mRNA、lncRNA、circRNA两者及以上均结合的miRNA,构建ceRNA网络,使用Cytoscape软件可视化,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:冠心病患者外周血外泌体中差异表达mRNA为569种,差异表达lncRNA为1408种,差异表达circRNA为282种。其中与差异表达mRNA相结合的miRNA有178种,与差异表达lncRNA结合的miRNA有207种,与差异表达circRNA结合的miRNA有328种,两两取交集,共保留120个共有的miRNA成功构建ceRNA网络,GO分析的结果主要富集在磷酸化、去磷酸化和脂质磷酸化等功能,KEGG分析的结果主要富集在甘油脂代谢和甘油磷脂代谢通路。结论:本研究成功构建冠心病患者血液外泌体中的ceRNA调控网络,为冠心病的诊断治疗提供新靶点。     

食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析

目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。     

食管鳞癌中miR-204、miR-205相关ceRNA网络构建及部分lncRNA功能分析

目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能。结果以log FC2且P0.05为标准,筛选出和miR-204、miR-205相关差异表达mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点。     

exoRBase数据库外泌体基因在冠心病中的差异表达及意义

目的通过对exoRBase外泌体数据库中筛选出的冠心病(CHD)患者外周血外泌体差异表达基因的分析和CeRNA网络的构建,挖掘导致冠心病发病和疾病进展中的关键基因和调控机制,通过对差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析,研究冠心病差异表达mRNA参与的分子功能和生物学过程。方法应用R语言筛选出在exoRBase外泌体数据库冠心病患者外周血中差异表达的外泌体基因,通过在线数据库和Cytoscape软件构建CeRNA网络,对关键基因进行可视化分析,并对差异表达的mRNA关键基因进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出冠心病患者外周血中差异表达的外泌体mRNA 312个,lncRNA 43个,circRNA 85个;通过构建CeRNA网络,发现mRNA、lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA,且与miRNA相结合的lncRNA表达均显著上调,而mRNA和circRNA的表达则大多数呈现显著下调的趋势;差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析结果显示,这些关键基因主要与“磷酸酶激活活动”和“磷酸酶调节活动”功能相关。结论由exoRBase数据库筛选出的冠心病患者外周血外泌体与健康人群具有显著差异性,且mRNA、lncRNA和circRNA可以竞争性地和与冠心病显著相关的miRNA相结合,并以之实现相互调控作用。这些基因可能参与了冠心病的发生和发展,可以作为其调控点和治疗药物靶点。     

大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA调控网络研究

目的构建大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选血管新生内膜形成中的关键调控基因。方法首先建立大鼠颈动脉球囊损伤模型。将12只SD大鼠随机分为2组(每组6只):手术组,利用2F取栓球囊于左颈总动脉行球囊损伤术;假手术组:夹闭左颈总动脉,使血流阻断时间接近球囊损伤术操作时间。术后14 d取颈总动脉血管组织,提取总RNA,进行长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA,mRNA)测序。应用生物信息学方法进行差异表达lncRNA和mRNA共表达分析、基因功能(Gene Ontology,GO)和信号通路(Pathway)分析;通过数据库预测微小RNA(microRNA,miRNA)与lncRNA及mRNA的结合关系,并从中筛选已报道在大鼠血管内膜增生过程中有生物学功能的miRNA相关的结合关系,得到最终的ceRNA网络。结果与假手术组相比,手术组鉴定出1731个差异表达的mRNAs和99个差异表达的lncRNAs;GO和Pathway分析显示,差异表达的mRNA主要参与调节免疫反应、细胞迁移、细胞黏附等。ceRNA分析构建了由46个mRNAs、18个lncRNAs和16个miRNAs组成的ceRNA网络,其中AABR07073245.1、Col6a3、AABR07071659.2和AABR07067310.2所介导的ceRNA调控轴可能在大鼠血管新生内膜形成中具有重要调控作用。结论本研究系统分析大鼠颈动脉球囊损伤模型表达谱,构建的ceRNA调控网络可能在大鼠血管内膜增生过程中具有重要调控作用,有望为动脉粥样硬化的防治提供新的靶点与分子标志物。     

宫颈鳞癌预后相关lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络构建与分析

目的 拟筛选宫颈鳞癌预后相关的miRNAs分子并探索其可能的作用机制，为改善宫颈鳞癌预后提供实验依据。方法 通过生物信息学方法比较分析宫颈鳞癌患者和正常对照的基因表达情况，获得差异表达的miRNA;然后进行生存分析，找到与预后相关的关键miRNA;最后通过构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA(ceRNA)网络及基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析，探索预后相关的ceRNA网络。结果 共获得宫颈鳞癌中差异表达的miRNA 106个，其中，9个miRNAs(hsa-miR-425-5p、hsa-miR-145-3p、hsa-miR-1307-3p、hsa-miR-200c-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-210-5p、hsa-miR-142-3p)与预后显著相关。成功构建了一个宫颈鳞癌预后相关的ceRNA网络，其中包括5个miRNA节点、132个mRNA节点、44个lncRNA节点和181条边。最后，GO和KEGG分析显示该网络主要涉及蛋白结合、生长因子结合、转录因子的...     

氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制

目的 基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌（HCC）进展的枢纽基因，并分析其circ＿0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法 通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ＿0031450的miRNA靶点，利用Cytoscape软件构建ceRNA网络。通过STRING网站构建蛋白—蛋白互作（PPI）网络文件，并导入Cytoscape软件进行可视化，利用MCODE插件筛选关键基因并创建其子网络。利用R软件基于CIBERSORT算法，筛选免疫浸润相关性最显著的基因LCK作为枢纽基因。对LCK进行免疫检查点相关性分析及基因集富集分析（GSEA分析）；通过GEPIA2数据库预测与LCK相关的前150个基因，通过R软件对其进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；比较LCK高、低表达组的总生存期（OS），对氧化苦参碱及LCK进行分子对接。结果 共得到3个miRNA(miR-548c-5p、miR-548d-5p及miR-648)作为circ＿0031450的靶点，得到28个mRNA作为miRNA及氧化苦...     

肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析

［摘要］　目的　构建肾嫌色细胞癌（CRCC）的内源竞争性RNA（ceRNA）调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA（mRNA）、长非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）,为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法　提取TCGA数据库中CRCC样本（65例）和正常肾样本（24例）的转录组数据,以错误发现率（FDR）<0.05,差异倍数的对数绝对值（log₂|FC|）>2为条件筛选差异表达（DE）的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果　共筛选出3 679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5 914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA（DEPDC1、SLC7A11和E2F7）和1个DEmiRNA（miR-26b-5p）与CRCC预后存在关联（P<0.05）。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA（TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7）参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论　该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。     

小鼠日本血吸虫感染及吡喹酮治疗过程中全转录组及关键基因调控网络分析

目的　利用全转录组测序技术研究日本血吸虫感染及吡喹酮治疗过程中长链非编码RNA（lncRNA）⁃微小RNA（miRNA）⁃信使RNA（mRNA）的交互作用,分析其中发挥调控作用的关键基因网络。方法　110只C57BL/6小鼠随机分为对照组、感染组和治疗组,感染组和治疗组以腹部贴片法感染日本血吸虫尾蚴后,第3、6、8周分别取10只小鼠肝脏组织;治疗组在第8周后开始吡喹酮治疗,治疗后第2、4、6、8、10周分别取10只小鼠肝脏组织。所有肝脏样本提取总RNA并构建转录组文库,进行全转录组高通量测序,对显著变化的差异表达基因进行功能注释、基因本体（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用R语言中Corrplot包和Himsc包对肝脏标本进行相关性分析,利用R语言中的MixOmics包和Himsc包对lncRNA⁃miRNA⁃mRNA进行多组学交互网络分析。结果　感染组与对照组间共有差异表达miRNA基因 1 176个、差异表达mRNA基因5 270个、差异表达lncRNA基因 2 682个;治疗组与感染组间共有差异表达miRNA基因1 289个、差异表达mRNA基因7个、差异表达lncRNA基因69个;治疗组与对照组间共有差异表达miRNA基因1 210个、差异表达mRNA基因4 456个、差异表达lncRNA基因2 016个。相关性分析显示,治疗组与对照组基因表达相关性更高。主成分分析显示,感染组与治疗组出现了明显分别聚类。具有显著相关性的基因主要富集在花生四烯酸代谢、异生分解代谢、不饱和脂肪酸代谢、异生代谢、长链脂肪酸代谢等24个GO条目和胆固醇代谢、酪氨酸代谢、亚油酸代谢、雷丁醇代谢、类固醇激素生物代谢等8条KEGG代谢途径。结论　Cyp2b9等23个mRNA和 Rmrpr等14个lncRNA处于基因调控网络核心位置,可能在血吸虫感染及吡喹酮治疗过程中发挥关键调控作用;miR⁃8105等9个miRNA具有作为血吸虫感染诊断分子标志物的潜力。     

基于生物信息学的胃癌核心miRNA筛选和调控网络分析

背景:Micro RNAs(miRNA)是多种真核生物基因表达的负调节因子,在RNA沉默和基因转录后调控中发挥作用。几乎所有类型的恶性肿瘤中均发生miRNA失调,可影响多种基因表达。目的:构建胃癌核心miRNA调控网络,为解析miRNA在胃癌发生、发展中的分子机制提供理论依据。方法:利用miRNA和m RNA表达谱芯片筛选差异表达miRNA和m RNA,应用miRWalk 2. 0预测miRNA相互作用的基因,并与表达谱芯片筛选出的基因进行交叉匹配,确定核心差异表达miRNA,构建miRNA-m RNA调控网络。对靶基因进行GO分析和KEGG分析。结果:表达谱芯片筛选出21个上调miRNA和36个下调miRNA,交叉匹配后发现1 042个低表达基因和711个高表达基因,最终确定10个核心miRNA-m RNA调控网络。受核心miRNA调控的差异表达基因主要参与肿瘤相关通路,高表达基因主要富集于ECM-受体作用通路等9个信号通路,而低表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用等5个信号通路。GO分析结果显示上调基因涉及315个功能、下调基因涉及88个功能,其中细胞外基质组织的相关性最高。结论:基于生物信息学的miRNA-m RNA调控网络分析为研究胃癌提供了新的视角,有助于系统性阐明miRNA在胃癌发生、发展中的分子作用机制,可为胃癌诊断标志物的筛选和药物治疗精准靶点的选择提供理论基础。     

长链非编码RNA的竞争性内源RNA调控模式在动脉粥样硬化中的研究进展

动脉粥样硬化是一种缓慢进行性的血管炎症性病变。越来越多的研究表明长链非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)与微小RNA(miRNA)结合,通过ceRNA网络调控靶基因信使RNA(mRNA)分子的表达水平和功能,在动脉粥样硬化的病理生理过程中发挥重要作用。lncRNA、miRNA和mRNA之间的互作调控机制复杂。本文综述了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络在动脉粥样硬化发病机制中的调控关系,阐述该调控网络在内皮细胞功能障碍、血管平滑肌细胞表型转化、巨噬细胞激活以及脂质代谢异常等病变中的重要作用,为动脉粥样硬化临床诊疗提供新思路。     

狂犬病病毒感染小鼠脑组织中lncRNA表达谱分析

目的通过RNA测序的方法研究狂犬病病毒(RABV)小鼠脑组织中lncRNA的表达谱和功能。方法用RABV CVS11株感染小鼠脑组织并提取总RNA,构建文库,上机测序分析获得CVS11毒株感染小鼠脑组织mRNA和lncRNA表达谱,并进行实时荧光定量PCR验证,通过GO和KEGG分析差异表达lncRNA和mRNA的功能。结果与未感染组相比,CVS11感染组有88个lncRNA差异表达,2648个mRNA差异表达(FC≥2,P0.05)。采用实时定量PCR验证差异表达,结果与RNA-seq结果相一致。GO分析差异表达的lncRNA共定位基因高度富集在如氮化合物的解毒,氮化合物的细胞解毒和硝基苯的代谢过程等生物过程中;KEGG分析差异表达的lncRNA靶点参与Toll样受体,NF-κB,MAPK,趋化因子,单纯疱疹和流感A感染等重要信号通路。结论 lncRNA在RABV感染期间参与调节免疫反应,因此可作为狂犬病预防和治疗的潜在靶点。通过高通量RNA测序研究感染小鼠脑组织中lncRNA和mRNA概况。     

小鼠高脂血症模型的竞争性内源RNA调控网络研究

目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正常饮食和高脂饮食分别诱导ApoE-/-小鼠12周,建立高脂血症模型;进行肝脏全转录组测序,筛选差异表达的lncRNAs、微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和信使RNAs(messenger RNAs,mRNAs);对差异表达的mRNAs进行基因功能(Gene Ontology,GO)分析和信号通路(KEGG)注释;结合并分析lncRNA-mRNA共表达关系、miRNA-mRNA靶向关系、lncRNA-miRNA共表达和靶向关系,构建lncRNA介导的ceRNA网络并筛选关键ceRNA调控轴。结果高脂血症小鼠肝脏全转录组测序筛选出117个差异表达lncRNAs、53个差异表达miRNAs和1689个差异表达mRNAs;差异表达的mRNAs主要参与脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程和类固醇代谢过程等生物学功能,涉及PPAR信号通路和不饱和脂肪酸合成等途径;构建的ceRNA调控网络包括16个lncRNAs节点、18个miRNAs节点和33个mRNAs节点,其中lnc-Dubr介导的ceRNA调控轴可能对血脂异常具有重要调控作用。结论成功绘制出高脂血症小鼠肝脏lncRNA介导的ceRNA调控网络,并筛选出具有潜在生物学作用的ceRNA调控轴,有望为高脂血症及其他心血管疾病的发生发展和治疗提供新的线索和思路。     

基于高通量测序的肝癌circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建及功能富集分析

目的本研究基于肝癌相关非编码RNA高通量测序数据,构建互作网络及功能富集分析,筛选可能通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制参与肝癌发生发展的环状RNA(circRNA)。方法利用GEO数据库中的肝癌非编码RNA高通量测序数据,依据ceRNA理论构建circRNA-miRNA-mRNA网络。随后,进行了基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,用于具有ceRNA潜在功能的circRNA的探索及功能注释。结果从GEO数据库中最终筛选了9个共表达circRNAs、20个共表达miRNAs以及153个共表达mRNAs,成功构建肝癌相关circRNA-miRNA-mRNA网络。GO分析结果揭示了90个生物过程,其主要涉及12个功能簇,主要包括肝细胞分化、细胞周期相变调节、转录因子活性负调控等功能,KEGG分析表明这些共表达circRNAs还参与p53、PI3K-Akt信号通路。结论本研究为circRNA通过ceRNA机制介导肝癌发生发展提供了新的见解。     

心肌梗死相关miRNA-mRNA调控网络及其作用

目的 探讨心肌梗死相关的微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络,并分析其对心肌梗死发生发展的调控作用。方法 从基因表达数据库下载微阵列数据（GSE61741）,用R语言进行差异分析,并对获得的差异表达miRNA进行上游转录因子及下游靶基因的预测;从GEO中获取GSE66360数据集,用R语言进行差异分析,将差异表达基因与靶基因取交集获得目标基因;对目标基因进行基因本体（GO）生物学功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,构建蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选出Hub基因及核心miRNA。结果 共得到17个差异表达miRNA,其中4个表达上调、13个表达下调,其主要转录因子为2级POU结构域转录因子1、特异性蛋白1、早期生长反应1。差异表达miRNA靶基因与差异表达mRNA取交集共得到165个目标基因。GO富集分析发现其主要与细菌来源分子的反应、三级颗粒、细胞因子活性、趋化因子活性等生物过程和分子功能相关;KEGG通路富集分析显示目标基因主要聚集在TNF、IL-17、NF-κB等信号通路。miRNA-mRNA网络筛选出7个核心基因（JUN、CXCL8...     

原发性高血压患者血浆基因表达谱的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法分析原发性高血压(EH)患者与正常血压成人差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA),从分子水平探讨EH的发病机制,为研究EH提供新思路。方法从美国国立生物技术信息中心公共数据平台下载包含5份EH患者和5份正常血压者(对照组)的血浆样本基因芯片数据集GSE76845(为了降低个体差异,每三个人的血浆混合为一份样本),使用R语言包寻找差异基因,进行基因集合富集分析(GSEA),使用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测靶向微小RNA(miRNA)和mRNA并构建内源竞争RNA(ceRNA)调控网络。结果与对照组比较,EH组共筛选出191个差异lncRNA(90个上调、101个下调)和1 187个差异mRNA(533个上调、654个下调),GSEA分析得到泛醌和其他萜烯类醌的生物合成,甲状旁腺激素的合成、分泌及作用,脂肪酸代谢和甾体激素生物合成等17条通路可能参与高血压的发生。构建了包含150个节点和488个交互对的ceRNA网络。结论采用生物信息学方法分析EH,为EH发生发展的分子机制和治疗靶点研究提供了研究方向和理论依据。     

TCGA数据库中肝癌相关差异长链非编码RNA筛选和功能预测

目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(fold Change)≥2,P 0. 01。结果在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352. 1、AL359878. 1、AP002478. 1、C2orf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络。结论通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点。     

基于miRNA表达谱解析细粒棘球蚴病患者体内Th17/Treg失衡机制

目的　观察细粒棘球蚴病患者血清微小RNA（miRNA）表达水平、探讨miRNA对辅助性T 细胞17（Th17）/调节性T细胞（Treg）失衡的影响,以阐明细粒棘球蚴慢性感染并长期致病的机制。方法　提取细粒棘球蚴病患者与健康对照者血清总RNA,采用Illumina测序平台进行高通量测序。分别采用miRBase数据库和miRDeep2工具进行已知miRNA注释和新miRNA预测,并进行差异分析。采用miRanda软件和TargetScan软件分别预测差异表达miRNA靶基因后取交集,进行基因本体（GO）富集分析以及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。在差异表达变化倍数居前20位的miRNA中,匹配可靶向决定Th17细胞和Treg细胞生成的关键转录因子（RORC和FOXP3）或重要调控通路（PI3K⁃Akt和mTOR通路）相关基因的miRNA。结果　细粒棘球蚴病患者与健康对照血清中共有53个差异表达miRNA,其中47个上调表达miRNA、6个下调表达miRNA。GO富集分析显示,差异表达miRNA功能涉及DNA转录翻译、细胞成分、细胞形态、神经发育及代谢分解等过程。KEGG富集分析显示,这些差异表达miRNA靶基因涉及的主要信号通路包括MAPK、PI3K⁃Akt、mTOR等信号通路。在差异表达变化倍数居前20位的miRNA中,有3个潜在靶向调控RORC的miRNA、15个潜在靶向PI3K⁃Akt、mTOR信号通路的miRNA。结论　细粒棘球蚴感染后可使患者血清miRNA表达谱出现明显改变,差异表达miRNA可能通过靶向Th17/Treg关键转录因子或PI3K⁃Akt、mTOR通路而导致Th17/Treg免疫失衡,进而利于细粒棘球蚴在宿主体内长期寄生并慢性致病。     

lncRNA HULC对肝癌细胞miRNA差异表达谱及ceRNA调控网络的影响

［摘要］　目的　探究长链非编码RNA（lncRNA）肝癌高表达转录本（HULC）对肝癌细胞微小RNA（miRNA）差异表达谱及竞争内源性RNA（ceRNA）调控网络的影响。方法　选取人肝癌细胞系BEL-7402,瞬时转染HULC siRNA以降低lncRNA HULC的表达。通过高通量测序选取表达具有差异的miRNA,并通过实时荧光定量PCR进行验证。基于参考基因组,预测新miRNA。通过基因富集分析及ceRNA调控网络,研究这些基因的潜在功能。结果　经敲低lncRNA HULC表达后,通过高通量测序挑选出了9个表达差异显著的miRNA。5个miRNA表达下调,4个miRNA表达上调。通过miRDeep2打分,挑选出了15个分值较高的新miRNA。基因富集分析结果显示,表达下调的miRNA的靶基因的分子功能与丝氨酸tRNA连接酶活性、蛋白激酶活性、阳离子通道活性、钙转运ATP酶活性等有关;表达上调的miRNA的靶基因与硒代半胱氨酸裂解酶活性、过氧化物酶体机制靶向信号1结合、过氧化物酶体靶向序列结合、蛋白质N-末端结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合等有关。miRNA-靶基因互作网络、显著富集功能-功能互作网络揭示靶基因与miRNA的关联性以及功能间的相关性。结论　在肝癌细胞系BEL-7402中lncRNA HULC具有调节多个表达差异的miRNA的作用,通过ceRNA调控网络模式,影响肝癌的发生、发展。     

CTHRC1基因在胃癌中ceRNA调控网络构建及免疫相关性分析

目的 构建CTHRC1基因在胃癌中的ceRNA调控网络，并进行免疫相关性分析。方法 利用TCGA数据库，下载胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织全基因组测序信息和临床信息，通过R软件分析CTHRC1基因的表达与患者预后的临床相关性，同时进行多数据库和PCR实验进行相互验证。通过starBase数据库寻找与CTHRC1基因结合的靶向miRNA、lncRNA,从而筛选出对患者总体生存率有影响的关键miRNA和lncRNA,并构建ceRNA调控网络。对CTHRC1基因的表达情况与免疫细胞的浸润量、肿瘤微环境、甲基化、肿瘤干细胞指数等多组学的相关性进行探讨。构建CTHRC1基因的PPI网络，并进行基因通路富集分析。结果 胃癌患者肿瘤组织中CTHRC1基因表达量明显高于正常组织，高表达CTHRC1基因组患者总体生存时间明显短于低表达组。Cox回归分析发现CTHRC1基因表达量是影响胃癌患者总体生存时间的独立危险因素。共筛选到3个关键miRNA(hsa-let-7g-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-30b-5p)和3个关键lncRNA(MIR99AHG、CARMN、PWAR5),构建了3条...