烟草种子附生真菌群落结构与多样性

为了解烟草种子附生真菌的群落结构和多样性。采用Illumina MiSeq高通量测序技术测定K326、云烟85、L8、301种子的附生真菌。结果表明K326种子的优势属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）、隐球菌属（Cryptococcus）、镰刀菌属（Fusarium）及红酵母属（Rhodotorula）等;云烟85的优势属为赤霉菌属、小画线壳属（Monographella）、链格孢属、红酵母属及镰刀菌属;301的优势属为链格孢属;L8的优势属为链格孢属、曲霉菌属、镰刀菌属、赤霉菌属及隐球菌属等。      

烟草种子内生真菌群落结构和多样性分析

种子内生菌对种子的生长发育具有重要作用。为深入了解烟草种子内生真菌群落结构与多样性,以ITS区的rDNA为靶标序列,采用Illumina MiSeq测序技术对K326、云烟85和云烟87烟草种子内生真菌群落结构组成和多样性进行测定分析。结果表明,3个品种烟草种子共获得342 264条序列,聚类到110个分类操作单元（OTU）,分别属于5个门、13个纲、24个目、34个科、56个属。品种K326和云烟85种子内生真菌群落结构相似,多样性均高于云烟87。其中赤霉菌属Gibberella、小画线壳属Monographella、链格孢菌属Alternaria、镰刀菌属Fusarium、红酵母菌属Rhodotorula、炭疽菌属Colletotrichum、隐球菌属Cryptococcus和曲霉菌属Aspergillus等在烟草种子中丰度较高。FUNGuild功能预测结果显示,烟草种子内生真菌包括以下功能菌群：植物病原菌、动物病原菌、内生菌、木材腐生菌、地衣寄生菌、土壤腐生菌、木材腐生菌等。烟草种子有丰富的内生真菌定殖,其中潜在的有益功能菌群包括镰刀菌、炭疽菌、隐球酵母菌、赤霉菌、曲霉菌等。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性,采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明,感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）;真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）;优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属;优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

感染白粉病烟株典型病级叶际真菌群落结构与多样性分析

为明确感染白粉病烟株的典型病级烟叶叶际真菌群落结构与多样性的变化,在同一烟株上采集3级病级烟叶(BFn)和9级病级烟叶(BFl)样品,采用Illumina MiSeq测序技术对叶际真菌群落进行高通量测序,并分析了各样品的真菌群落结构与多样性.结果表明:①感染白粉病3级病叶真菌群落丰富度高于9级病叶;②在门水平上,所有样...     

健康与感染黑胫病烟株根际土壤与茎秆细菌群落结构与多样性

  背景和目的  黑胫病为烟草常见土传病害,当环境条件适宜时,土壤中的病原菌便会侵染烟株导致发病。  目的  研究感染黑胫病前后烟株根际土壤、发病茎秆以及病健交界茎秆细菌群落结构与多样性。  方法  以健康与感染黑胫病烟株根际土壤和茎秆为研究对象,通过PCR技术扩增样本中细菌16S rRNA基因的V3-V4可变区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,分析健康与感染黑胫病烟株不同部位细菌群落结构与多样性。  结果  感染黑胫病烟株根际土壤细菌群落较健康烟株丰富度增加,但多样性略有降低;发病烟株茎秆发病部位和病健交界部位的细菌群落丰富度和多样性较健康烟株均有增加,发病茎秆病健交界部位增幅显著。门水平上,变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）以及放线菌门（Actinobacteria）等为根际土壤优势菌门,且在健康与感染黑胫病烟株中各优势菌门相对丰度无显著性差异。茎秆样品中变形菌门与蓝细菌门为优势菌门,病健交界茎秆中2者的相对丰度与健康茎秆和发病茎秆存在显著性差异。属水平上,健康与感染黑胫病烟株根际土壤中主要菌属为Candidatus_solibacter、芽单胞菌属（Gemmatimonas）和鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）等。所有茎秆样品中优势菌属为蓝细菌（norank_c_Cyanobacteria）和劳尔氏菌属（Ralstonia）,病健交界茎秆中蓝细菌相对丰度与健康茎秆和发病茎秆差异显著。  结论  感染黑胫病后烟株各部位细菌群落结构发生改变,细菌群落多样性增加;所有样品中均检测到青枯病病原菌茄科劳尔氏菌,表明烟草黑胫病与青枯病存在混合发生的情况。因此在对烟草黑胫病防治的同时也需加强青枯病的防治。      

感染赤星病烟草叶际细菌的多样性分析

为揭示田间感染赤星病烟草叶际细菌属水平上的多样性,提取了感病烟叶样品DNA,PCR扩增样品的16S区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段测序,并对其细菌群落结构进行分析。结果表明,田间感赤星病烟草叶片叶际细菌群落结构较为典型。在门水平上,优势菌门为变形菌门Proteobacteria(71.59%);属水平上,优势菌为泛菌属Pantoea(31.23%)、假单胞菌属Pseudomonas(22.44%)、甲醇杆菌属Methylobacterium(6.17%)、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas(6.02%)、Aureimonas(2.08%)、Falsirhodobacter(1.35%)。因此,感烟草赤星病叶片叶际优势细菌属为泛菌属和假单胞菌属。     

高通量测序解析烟草苗床期基质细菌和真菌群落结构与多样性变化

【背景和目的】烟苗的生长发育状况与育苗基质微生物密切相关,为了解烟苗育苗阶段基质细菌和真菌群落结构与多样性特征。【方法】采用IlluminaMiSeq高通量测序对育苗基质中细菌和真菌群落进行测序与分析。【结果】不同育苗阶段基质（播种后第10～66 d）真菌和细菌在菌群结构及相对丰度均存在差异。基质中优势细菌门均为变形菌门Proteobacteria(65.60%～72.80%)、拟杆菌门Bacteroidetes(16.75%～21.35%)和酸杆菌门Acidobacteria(1.38%～4.67%);优势细菌属均为德沃斯氏菌属Devosia(4.81%～14.20%)、罗河杆菌属Rhodanobacter(1.60%～6.19%)、戴氏菌属Dyella(0.38%～8.92%)等,其中,德沃斯氏菌属和罗河杆菌属在播种第66 d的相对丰度较第10 d分别降低8.6%和3.31%。播种第38 d基质细菌Shannon多样性指数和ACE丰富度指数最低,分别为7.25和1161.10;播种第24 d和66 d基质细菌Shannon多样性指数最高,分别为8.15和8.01。基质中优势真菌门均...     

应用Illumina Miseq测序技术分析传统酸马奶细菌多样性

利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,两者相对丰度可达70%～82%。此外,发现牧民手工酿造酸马奶样品的细菌多样性要显著高于农场生产样品,且两者的细菌群落结构存在明显差异。该研究全面了解传统酸马奶的细菌种群分布,为工业化生产提供理论依据及筛选潜在价值的益生菌提供数据参考。     

龙山豆豉细菌多样性分析及其与当阳豆豉差异性比较

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对湘西土家族苗族自治州龙山县传统发酵豆豉细菌多样性进行研究,并使用多元统计学手段将其与当阳豆豉进行比较。结果表明,龙山豆豉细菌多样性较高,优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其中,Firmicutes为核心菌门,平均相对含量为77.43%;样本中优势细菌属为芽孢杆菌（Bacillus）、魏斯氏菌（Weissella）、片球菌（Pediococcus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、棒状杆菌（Corynebacterium）、肠球菌（Enterococcus）、假单胞菌（Pseudomonas）、明串珠菌（Leuconostoc）、解硫胺素芽孢杆菌（Aneurinibacillus）和Bavariicoccus,其平均相对含量分别为21.46%、15.83%、8.69%、8.38%、7.62%、7.14%、6.69%、4.65%、1.19%和1.10%。龙山豆豉细菌多样性及组内差异性均高于当阳豆豉,且二者差异极显著（P＜0.01）,分析表明造成两个地区豆豉细菌群落结构差异的细菌主要隶属于Bacillus、Pediococcus和Bavariicoccus。     

西藏地区青稞酒曲微生物群落结构及多样性分析

为分析西藏地区青稞酒曲中微生物群落结构组成差异,基于高通量测序技术对西藏7个地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成及多样性进行分析。结果表明,青稞酒曲中富含丰富的微生物类群,且细菌多于真菌;那曲(NQ)样品细菌多样性最高,昌都(CD)样品真菌多样性最高;青稞酒曲中的优势细菌菌群为乳酸杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属,优势真菌菌群为根霉菌属和曲霉菌属,不同地区青稞酒曲中优势微生物类群存在一定的共性和差异性。主成分分析表明,NQ、阿里(AL)、日喀则(RKZ)和山南(SN)样品间细菌群落结构相似,CD、林芝(LZ)和拉萨(LS)样品间细菌群落结构相似;AL、NQ、LS、LZ和SN样品中的真菌群落聚为一类,而CD和RKZ各聚为一类。LEfSe差异判别分析表明,不同地区青稞酒曲中均有各自的标志性细菌类群,真菌菌群除SN样品外,其它地区均有标志性真菌类群。结论:西藏不同地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成存在明显差异。本研究为进一步开发利用益生微生物类群和复合型酒曲的制备提供了理论依据。     

烟草成熟期土壤细菌群落结构及多样性

为研究烟草成熟期(下部叶采收期) 根际及非根际土壤细菌群落结构和多样性,利用PCR-DGGE 技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5 个烟草根际土样和5 个非根际土样进行分析。结果表明,非根际与根际土壤细菌群落结构差异显著,非根际土壤的细菌多样性甚至超越根际, 表明烟草成熟期根际效应没有显现,并且有减弱甚至负向效应出现,这可能与烟草成熟期根系分泌物的影响有关。条带克隆测序表明,根际土壤中优势细菌的群落结构更为丰富,而非根际土壤中则相对较弱。Steroidobacter菌是烟田土壤中的优势细菌;硝化螺菌属(Nitrospira) 细菌、Rhizobiales 目下未定类细菌等为烟草根际土壤中优势细菌;放线菌目(Actinomycetales) 未定类放线菌和Chitinophagaceae 科未定类细菌为非根际土壤中优势细菌。研究证明成熟期的烟草根际效应出现一定程度减弱。      

烤烟轮作与连作土壤细菌群落多样性比较

为了解烤烟轮作和连作对土壤细菌群落多样性的影响,分别提取轮作和连作土壤总DNA,用细菌16S rDNA特异引物扩增出细菌16S rDNA,建立克隆文库。用限制性内切酶Hae III和Afa I进行PCR-RFLP分析,分别得到177和147个酶切类型,采用多样性指数对试验结果进行分析统计表明,香农多样性指数和丰富度指数均表现为轮作大于连作。通过构建两克隆文库的系统发育树,并分析主要种群的组成表明:连作文库的优势种群主要集中在酸杆菌门,轮作文库的优势种群主要分布在酸杆菌门、γ-变形菌门、α-变形菌门。说明轮作方式可提高植烟土壤细菌群落的多样性,而连作使植烟土壤细菌群落结构趋于简单,从而导致微生物群落功能失调,可能是引发连作障碍的原因之一。     

烤烟种质资源遗传多样性和群体结构及亚群特异性研究

筛选多态性丰富的16对SRAP引物,对不同地理来源的276份烤烟资源的遗传变异进行分析,结果表明:16对SRAP引物共检测出611个等位位点,平均每对引物对38.19个,多态性较高;国外烤烟品种遗传多样性高于国内品种,贵州烤烟品种遗传多样性水平较低;NJ法聚类、PCA分析和STRUCTURE群体结构分析结果相互吻合,证明烤烟是与地理来源和亲缘关系密切相关的资源群,贵州烤烟资源形成了独立的组群,其遗传背景独特;各烤烟群体拥有独立的特有和特缺等位位点,群体间互补等位位点丰富,利用国外品种来拓宽国内烤烟品种的遗传基础最具潜力。     

231份烤烟种质资源SSR标记遗传多样性及其与农艺性状和化学成分的关联分析

本文旨在分析烤烟种质资源遗传多样性,通过关联分析寻找与烤烟农艺性状和化学成分相关联的分子标记,为分子标记辅助选择育种和提高烤烟育种效率奠定基础。利用均匀分布于烟草24个连锁群上的120个SSR标记分析了231份烤烟种质资源的遗传多样性及群体遗传结构,在此基础上采用TASSEL 5.0 GLM（general linear model）和MLM （mixed linear model）方法进行标记与表型性状变异（8个农艺性状和5个化学成分）的关联分析。通过遗传多样性分析,共检测出403个等位变异,变异范围2-21个,平均每个标记3.36个;引物的多态性信息含量（PIC）为0.036~0.785,平均值为0.408;供试材料间遗传距离为0.003~0.371,平均值为0.148。通过非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,在遗传距离（GD）值为0.153水平上可将231份烤烟材料聚为4大类。通过群体遗传结构分析将供试材料划分成3个亚群,且每个亚群分别包含117、38和76份烤烟材料。通过GLM_Q和MLM_Q+K两种关联分析模型,分别检测出17个和9个与13个表型性状显著相关,其中9个标记在两个年份和两种模型中均被检测到与同一性状在P < 0.001水平上极显著相关,且MLM_Q+K未能检测到新的关联标记;3个株高相关标记（TM10481、PT54964和TM20580）、2个叶数相关标记（TM10846和PT60728）、1个茎围相关标记（TM25276）和1个叶长相关标记（TM11215）与已报道的QTL定位结果一致,可应用于烤烟分子标记辅助选择育种。      

低温保存对超干烟草种子活力的影响

将在低温条件下保存的超干烟草种子的活力与在原干燥器内和常温常湿（自然条件）下继续保存的种子进行比较,结果表明超干燥的烟草种子最适合在４℃下继续保存,其次是在－８℃低温下保存,再其次是在干燥器内继续保存,最不利于在常温常湿下继续保存。由此说明超干烟草种子可以安全地向低温冷藏库转移,而且其种子寿命长于继续进行超干燥保存的种子,而经过超干燥处理后的烟草种子不宜在自然条件下保存。     

催芽型包衣种对漂浮育苗中烟苗生长的影响

试验比较了两个烤烟品种K326、云烟85的催芽型烤烟包衣种和常规包衣种对漂浮育苗中出苗时间、出苗率以及根系、叶片干鲜重、根系活力等的影响.结果表明,催芽包衣种能显著提高漂浮育苗的出苗率,特别对提高出苗的速度和整齐度,缩短出苗时间有较好的效果;催芽包衣种可以增加烟苗的株高,促进根系的生长发育;催芽包衣种的烟苗地上部和地下部干物质积累量都明显高于常规包衣种的烟苗;催芽包衣种对漂浮育苗烟苗的根系活力有明显的增加作用.     

氮离子注入烟草种子的初步研究

用不同剂量的氮离子注入不同烟草品种的种子,对种子发芽率进行了测定。结果表明,不同品种间、不同处理剂量间种子发芽率的差异均达极显著水平。品种与处理剂量互作效应间差异也达极显著水平。４×１０１６Ｎ＋／ｃｍ２的处理剂量有促进烟草种子萌发的作用     

四川冬菜及发酵液中产酸菌的多样性和群落结构

采用6种培养基对四川冬菜和发酵液中的产酸菌进行分离纯化,挑选出37株作为供试菌株。通过对37株菌株发酵产酸能力的测定、乳酸定性分析以及16S rDNA RCP-RFLP分析结果,最终选择17株菌株进行测序,并构建系统发育树。实验结果表明,所有供试菌株均有一定的产酸能力,其中大部分菌株产酸能力较好,且70%的菌株发酵过程中会产生乳酸。冬菜和发酵液中的产酸菌具有一定的多样性,主要为乳酸菌中的戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)和肠球菌(Enterococcus)及普通细菌葡萄球菌(Staphylococcus)。另外,腌制时间对冬菜和发酵液中产酸菌的菌相组成影响很大,在腌制4年的冬菜(H)中还检测出与致病性溶血性葡萄球菌相似性很高的菌株,说明腌制时间过长的冬菜其品质难以保证。