福建省商业猪种MUC13、IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析

选择决定新生仔猪ETEC F4ac腹泻抗性的黏附素13(MUC13)基因,影响生长速度和背膘厚的IGF2内含子3 g.3072G＞A,决定氟烷敏感性的RYR1 c.1843C＞T等3个对养猪生产具有显著影响的基因位点,采用PCR-RFLP或PCR-SNaPshot方法,对福建省6家大型种猪场的杜洛克、长白、大白核心育种群进行基因型判定.结果表明:杜洛克、长白、大白的MUC13有利等位基因频率分别为0.892、0.643、0.638,IGF2有利等位基因频率分别为0.933、0.742、0.826,RYR1有利基因型频率很高,分别为:0.896、0.982、0.968.RYR1、IGF2与MUC13的有利等位基因型组合个体比例在各品种中差异较大,以杜洛克最高(65.4％),大白其次(28.4％),长白最低(19.9％).因此,与常规育种技术相结合,需经过多世代选育才能将此3个主效位点的有利等位基因在受试种群中选育纯合.     

我国部分引进猪种IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析

胰岛素样生长因子2(Insulin-like growth factor2,IGF2)是一类多功能细胞增殖调控因子。它在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用。猪IGF2基因第3内含子3072G>A突变是迄今少数几个被确证的影响农业动物数量性状的主效突变位点(Quantitative Traits Nucleotide,QTN)。兰定尼受体基因(RYR1)c.1843C>T突变位点是造成猪应激综合症的主效基因位点。本研究采用PCR-RFLP及PCR-SSCP的方法,检测了深圳、江苏、江西等4个猪场5个引进猪种(品系)的323头种猪个体在IGF2的第3内含子3072G>A位点突变和RYR1基因的c.1843C>T突变位点的基因型,以此指导猪的育种实践,提高猪产肉量和经济效益,剔除氟烷应激敏感基因,选育抗应激种群。     

杜洛克猪PHKG1基因多态性及其与生产性状的关联性分析

PHKG1基因g.8283 C>A位点是影响猪肉糖原酵解潜能及系水力的因果突变位点。为评估该位点是否对其他生产性状有影响,采用RFLP技术检测该基因位点在153头杜洛克猪群体中的多态性,并分析不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积及瘦肉率的影响。结果表明：PHKG1 g.8283 C>A位点CC、AC、AA 3种基因型频率分布分别为0.320、0.536、0.144,优势等位基因C的频率为0.588,劣势等位基因A的频率为0.412;PHKG1不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积、瘦肉率均无显著影响（P>0.05）。据此,为提高肉质性状,在兼顾体型外貌及性能测定的前提下,可尽快提高优势等位基因C的频率。     

可乐猪RYR1基因的群体遗传特性分析

氟烷基因(RYR1基因)是使猪产生劣质肉及应激综合征的主要因素之一。本研究采用PCR-RFLP技术对45头可乐猪RYR1基因的多态性进行了检测,并通过直接测序对检测结果进行了验证。结果表明:试验猪群体中仅存在显性纯合(HalNN)和杂合(HalNn)两种基因型,不存在隐性纯合基因型(Halnn)。其中,HalNN为优势基因型,频率为0.9111;HalN为优势等位基因,频率为0.955 6。同时,在可乐猪群体中,RYR1基因的变异位点为低度多态(PIC<0.25),并偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究结果为可乐猪的选育及开发利用提供了理论依据。     

苏淮猪抗腹泻MUC13基因rs319699771位点多态性 及其与经济性状的关联

【背景】MUC13基因是调控致使仔猪断奶前腹泻的产肠毒素大肠杆菌F4ac感染的主效基因,该基因上rs319699771位点（G/A突变）能准确鉴别易感和抗性个体,其中GG型是抗腹泻基因型,苏淮猪抗腹泻性能分子选育是通过选留GG型个体来实现。但在选留抗腹泻GG型个体时是否会对苏淮猪其它重要经济性状如生长、胴体、肉质产生不利影响尚未明晰。【目的】旨在分析该位点是否与其它性状关联,以确定基于MUC13基因rs319699771位点抗腹泻性能的分子选育是否会对苏淮猪其它经济性状产生不利影响。【方法】以313头体重为87.61±0.54 kg的苏淮育肥猪为试验动物,屠宰测定其胴体和肉质性状,以261头日龄为161.1±0.5 d苏淮后备猪为试验动物,测定其生长、体尺性状,同时采集相应苏淮育肥猪和后备猪群耳组织样提取组织DNA,经过多重PCR反应进行MUC13基因rs319699771位点多态性检测,采用SAS软件中一般线性模型分析MUC13基因rs319699771位点多态性基因型和苏淮猪肉质、胴体和生长性状的关联性。【结果】MUC13基因rs319699771位点多态性检测结果显示,苏淮猪育肥群公、母猪群体MUC13基因rs319699771位点的抗腹泻G等位基因频率分别为0.695和0.634,抗腹泻优势GG型频率在苏淮猪育肥群公、母群体中分别为0.467和0.373;该位点抗腹泻G等位基因频率在苏淮后备群公、母猪群体分别为0.690和0.705,抗腹泻优势GG型频率在后备群公、母猪群体中分别为0.508和0.480,说明苏淮猪抗腹泻等位基因频率较高,通过分子选育提升苏淮猪抗腹泻GG型频率的可行性强。MUC13基因rs319699771位点多态性与苏淮猪经济性状关联分析结果显示：育肥猪群体该位点多态性与胴体、肉质性状均无显著关联（P>0.05）,可见在苏淮猪育肥猪群体内加大对抗腹泻MUC13基因rs319699771位点的选育不会影响到苏淮育肥猪的胴体和肉质性状;苏淮后备猪群体该位点多态性与腿臀围指标存在极显著关联（P<0.01）,该位点GG型个体腿臀围平均比比AG型个体腿臀围长1.46 cm,比AA型个体腿臀围长3 cm;与日增重和结测体重的关联性分析有关联趋势（P<0.10）,GG型个体相较于AA、AG型个体有提升趋势,对于这三个性状来说,有利基因型都是GG型,说明选留该位点GG型进行苏淮后备猪抗腹泻选育的同时还可以提升苏淮后备猪生长相关性状。【结论】据此,苏淮猪群体MUC13基因rs319699771位点抗腹泻等位基因频率较高,进行抗腹泻选育的可行性强,同时对于苏淮猪群体,不仅可通过选留提升MUC13基因rs319699771位点GG型频率来提高抗腹泻能力,还能同时实现对苏淮猪群腿臀围、日增重的选育提升。     

从江香猪RYR1基因2个SNP位点的多态性

兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因的n等位基因是导致猪应激综合征的主效基因。为探明主产区从江香猪群体中是否存在n等位基因的污染,采用PCR-RFLP和AS-PCR方法对贵州从江香猪群体中n等位基因的多态性进行了检测。结果表明:从江香猪血液基因组DNA经扩增得到659bp的DNA片段,200头从江香猪的基因型均为纯合NN型,N等位基因频率为100%;对659bp扩增片段克隆测序发现1个新的变异位点(T1922C),导致成熟肽V641A替换。T1922C位点基因型均为TC杂合型,T等位基因和C等位基因频率均为50%。经三维结构预测,V641A替换位于RYR1蛋白SPRY1结构域的上游,T1922C变异对猪的兰尼定受体功能可能没有直接影响。     

鸡IGF1R基因多态性与生长和体组成性状的相关性研究

类胰岛素生长因子1型受体对细胞的生长、分化、增殖有重要调控作用,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为研究对象,采用PCR-RFLP方法,对鸡IGF1R基因外显子4的C→G(919C→G)和外显子13的T→C(2761T→C)两个突变进行多态性检测。结果表明,919C→G对股骨重有极显著影响(P<0.01),对5周龄体重有显著影响(P<0.05),对龙骨长、胫骨长和胫骨重有一定影响(P<0.1)。2761T→C突变位点对跖骨围、胫爪比率有极显著影响(P<0.01),对胫爪重、股骨重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定影响(P<0.1)。群体遗传学分析表明,919C→G、2761T→C两个位点的等位基因频率在两系间分布差异极显著(P<0.01)。因此初步推断IGF1R基因可能是控制鸡5周龄体重、骨骼生长发育的主(效)基因或与主(效)基因紧密连锁。     

影响猪、羊繁殖性状主效基因的研究进展

主基因是指能对数量性状产生巨大效应的单个基因或座位。家畜繁殖性状属低遗传力数量性状,通过对家畜繁殖性状主效基因或其候选基因的定位、研究,有利于进一步认识繁殖性状遗传机理,加快对繁殖性状的改良速度。目前,对影响猪繁殖率的FSHβ基因、ESR基因和影响羊繁殖率的GDF9基因、BMP15基因的研究较多。对影响猪和羊繁殖率的FSHβ、ESR、GDF9、BMP15基因的研究现状进行了综述。     

MUC13、FUT1基因在2个种猪核心群中的分子标记辅助选择研究

【目的】MUC13、FUT1基因分别为大肠埃希菌引起的断奶前和断奶后仔猪腹泻的主效基因,通过探索2个基因在不同种猪群中的分子标记辅助选择方法,提高种猪抗病性的选育效率.【方法】利用PCR-SNa Pshot和PCRRFLP的方法分别检测影响断奶前仔猪腹泻的MUC13基因及断奶后仔猪腹泻的FUT1基因在温氏集团2个专门化父系群体(666头杜洛克和512头皮特兰)中的基因分布情况.【结果和结论】MUC13基因频率在2个群体中表现出明显的群体特异性,有利等位基因频率分别为0.890和0.180,而FUT1基因则相差不大,分别为0.754和0.677.MUC13与FUT1基因的有利等位基因型组合个体比例在2个群体中差异较大,在杜洛克群体中达36.75%,而在皮特兰群体中仅为3.49%.通过基因型与选育性状表型的相关分析,发现优势基因型对皮特兰群体的体型外貌负面影响较大,但却不影响杜洛克群体.综合现场育种实践,建议杜洛克群体先实现MUC13基因的辅助选育纯化,再启动FUT1基因的选育工作.皮特兰群体有利等位基因型组合个体比例太低,暂时不宜进行抗腹泻基因纯化选育.     

小麦抗源Holdfast和Flinor抗条锈病主效、微效基因的遗传分析

【目的】Holdfast、Flinor是国际上已经报道在生产上具有持久抗条锈性表现的小麦品种，在成株期对中国条中29、30、31号小种表现出免疫或近免疫的抗性水平。【方法】本文采用常规杂交分析和潜育期变温处理方法，分别在常温（昼18℃/夜10℃）和高温（昼24℃/夜15℃）两种温域下，对其主效和微效抗条锈病基因进行遗传分析。【结果】品种Flinor中至少含有1显1隐2对主效和2对温敏微效抗条锈基因，Holdfast中至少含有2对显性主效和2对温敏微效抗条锈基因。主效基因均互补控制其抗条锈性,微效基因呈隐性，具累加效应，受高温诱导表达，控制中度抗性水平。【结论】Flinor和Holdfast均含有全生育期主效抗条锈病基因和对高温敏感的微效抗条锈基因，建议在抗病育种中加以有效利用，并提供了温敏微效抗条锈基因的快捷检测方法。     

猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析

根据GeneBank 上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因.结果表明,PPV-TA NS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPV NS1基因核苷酸同源性在98.3 %～99.9 %之间.PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异.PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同.NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近.PPV-TA VP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3 %～99.8 %之间.PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的.但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的.PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性.VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近.     

猪CRHR1、CRHR2基因的全长编码序列的克隆及分析

应激时,下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)轴兴奋,促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)分泌增加.CRH在应激时对HPA轴调节具有重要作用,而CRH是与促肾上腺皮质激素释放激素受体(CRHR)相互结合发挥其作用的.本文以猪为研究对象,利用同源克隆与电子克隆相结合的方法首次从猪脑组织中克隆得到CRHR1、CRHR2基因的全长编码序列(CDS).CRHR1基因包含一个长为1 248 bp的开放阅读框,编码415个氨基酸.CRHR2基因包含一个长为1 236 bp的开放阅读框,编码411个氨基酸.结合已有的数据库对这两个基因的序列进行分析.发现了6个单核苷酸多态性(SNP)位点.     

猪FABP1和FABP2基因的分子特征及组织表达分析

【目的】明确脂肪酸结合蛋白(FABPs)对香苏杂交猪脂肪沉积的影响,为后续进一步探究猪脂肪细胞内FABP1和FABP2基因对脂肪酸代谢的调控作用打下基础。【方法】采集香苏杂交猪和柯乐猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠、背最长肌及脂肪等组织样品提取总RNA,利用PCR克隆香苏杂交猪FABP1和FABP2基因编码区(CDS)序列,通过ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORT Ⅱ Preadict及SignalP-5.0等在线软件进行生物信息学分析,并采用实时荧光定量PCR检测FABP1和FABP2基因在香苏杂交猪和柯乐猪各组织中的表达情况。【结果】香苏杂交猪FABP1和FABP2基因CDS序列分别为384和399 bp,分别编码127和132个氨基酸残基,对应的编码蛋白相对分子量为14107.23和15217.34 Da,均为亲水性蛋白;其二、三级结构均以β-折叠和无规则卷曲为主,无信号肽剪切位点,主要定位于细胞质。香苏杂交猪FABP1和FABP2氨基酸序列表现为与人类、牛、山羊的FABP1和FABP2氨基酸序列高度同源,对应的相似性均在80.0%以上,除斑马鱼外,与其他参考物种的相似性也在74.0%以上,故推测FABP1和FABP2基因序列的保守性较高;STRING预测结果显示,与这2个蛋白可能互作的蛋白有FABP5、FABP7、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、猪载脂蛋白A4(APOA4)、APOA1及脂酰辅酶A氧化酶1(ACOX1)等。FABP1和FABP2基因在香苏杂交猪和柯乐猪的各组织中均有表达,且以在肝脏、小肠和脂肪中的相对表达量较高,而背最长肌中的相对表达量最低;此外,FABP1和FABP2基因在香苏杂交猪肝脏和小肠中的相对表达量极显著高于其在柯乐猪对应组织中的相对表达量(P<0.01)。【结论】FABP1和FABP2基因在猪的各组织中均有表达,且以在甘油三酯和脂肪酸合成代谢的相关组织(肝脏、小肠和脂肪)中特异性高表达,可能对脂肪的合成代谢起重要调控作用。     

基于线粒体ND1基因和核糖体ITS2基因对猪疥螨的分子鉴定

本研究为了探究广东省疥螨猪变种(Sarcoptes.scabiei var.suis)的基因型及与其他疥螨变种的进化关系,通过提取疥螨基因组DNA,利用PCR扩增、Sanger测序获取线粒体的ND1基因和核糖体DNA的ITS2基因,对两个目标基因核苷酸应用生物信息学分析工具BLAST和MEGA-X进行同源性分析并构建系...     

猪圆环病毒2型贵州株ORF1基因的生物信息学分析

为了解猪圆环病毒2型贵州株(PCV2-GZ)ORF1基因的生物学特性,针对ORF1基因设计1对特异性引物,取PCV2阳性病料DNA为模板进行PCR扩增,克隆测序后进行生物信息学分析。结果表明:PCV2-GZ ORF1基因序列与GenBank登录的14株PCV2(06-06274,CC1,HUB-5,HUN-11,JX-1,LN-3,P710-1,PCV2HERD D,SC-10,SVP-321,SX-1,VOS 2689006,ZJ-38,N1)相应序列核苷酸的同源性为96.8%~99.7%,与国内HUB-5和ZJ-38的同源性最高,均为99.7%;PCV2-GZ编码的Rep蛋白与P710-1、HUB-5、SC-10、ZJ-38株的氨基酸序列同源性较高,均为99.4%。PCV2-GZ Rep蛋白可形成优势抗原表位,且不存在跨膜结构和信号肽,推测可进行PCV2 ORF1基因的全基因表达。     

猪IFIT1基因的克隆、生物信息学和组织表达分析

采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法,对荣昌猪IFIT1基因进行克隆测序,利用生物信息学方法分析其结够和功能,并用Real-ti me PCR方法分析初生个体和1月龄个体11个不同组织(肺、心、肾、舌头、膀胱、卵巢、脾、肝、肌肉、胃和小肠)的表达情况.结果表明:IFIT1基因cDNA序列为1971 bp(GenBank登录号:HQ679904),包含5 UTR48 bp,全部CDS序列1437 bp和3 UTR487 bp,编码478个氨基酸,相对分子质量为55 232.9×103,等电点为6.18.其二级结构以α-螺旋和无归卷曲为主,三级结构具有典型的三角四肽和螺旋转角螺旋重复结构.荧光定量结果显示IFIT1表达量在初生个体和1月龄个体各组织间均存在着显著性差异(p<0.01),初生个体在脾脏中的表达量高于其它各组织(p<0.01),1月龄个体在肌肉中的表达量高于其它组织(p<0.01).     

CACNA2D1基因第19内含子的SNP与猪腿臀肌电导率的相关分析

采用PCR-SSCP检测猪CACNA2D1基因第19外显子和内含子在6个猪群中的DNA多态性,对纯合子个体测序检测,发现在CACNA2D1基因第19内含子中存在1个多态位点(C 2667 T,FJ156361).x2独立性检验结果表明,CACNA2D1基因扩增片段基因型在大白猪和皮特兰猪及金华和野猪猪群间分布差异不显著(P>0.05),而在其它猪群间的分布差异极显著(P<0.01).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行该多态位点的基因型判定,并分析不同基因型对猪腿臀肌电导率的遗传效应,结果显示:TT基因型猪腿臀肌电导率最小二乘均数分别比CC和CT基因型猪大2.58和2.44,差异显著(P<0.05).     

从江香猪CYP1A2基因4个外显子的多态性

为探明从江香猪细胞色素P450氧化酶CYP1A2基因的标签SNPs,以及积累从江香猪药物代谢酶的基础资料,采用直接测序法对从江香猪CYP1A2基因外显子1、4、5和6进行多态性分析。结果表明:第1外显子存在11个多态位点(g.98G→A、g.147C→G、g.189C→T、g.198C→T、g.211A→G、g.231C→T、g.328T→C、g.338C→A、g.352T→C、g.458G→A和g.778G→A),优势基因型分别为GG、CC、TT、CC、GG、CC、CC、AA、CC、AA和AA,优势等位基因分别为G、C、T、C、G、C、C、A、C、A和A,多态信息含量为0.073 2~0.160 0,有效等位基因数为1.082 3~1.212 7,纯合度为0.827 3~0.920 9,杂合度为0.079 1~0.172 7,香农信息指数为0.166 6~0.318 7,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。第4外显子存在1个多态位点g.1087C→G,优势基因型为CC,优势等位基因为C,多态信息含量为0.3642,有效等位基因数为1.918 8,纯合度为0.673 8,杂合度为0.326 2,香农信息指数为0.671 8,群体偏离HardyWeinberg平衡(P0.05)。第5、6外显子未发现多态性。从江香猪CYP1A2基因第1外显子多态位点丰富,位点纯合度高、变异性小,具备药物代谢动物模型开发的良好基础,但多态信息含量不足,连锁分析或关联分析时需谨慎选择。第4外显子多态位点少,但位点的多态信息含量合适,可用作连锁分析及关联分析的标签SNP。     

猪CACNA2D1基因定位及与相关遗传图谱的整合分析

【目的】定位猪CACNA2D1基因并分析该基因是否可作为影响猪某些生产性状的候选基因。【方法】扩增并测定猪CACNA2D1基因的部分序列,运用辐射杂种细胞系对其进行定位并将定位结果与相关遗传图谱进行整合分析。【结果】将猪CACNA2D1基因定位在猪9号染色体79.3~86.7 cM的位置上,发现在CACNA2D1基因定位区域有3个分别影响母猪发情期排卵数、胴体肩胛重以及10周龄体重的QTL,在定位区域附近有影响猪屠宰24 h后肌肉pH值的QTL。【结论】猪CACNA2D1基因可作为猪繁殖性状、胴体性状、生长性状甚至肉质性状的候选基因进行进一步的研究。     

猪嵌合RNA BCL2L2-PABPN1剪接调控、表达与亚细胞定位分析

相邻基因间顺式剪接（cis-splicing of adjacent gene,cis-SAGe）产生的嵌合RNA在细胞生长、疾病发生等生理活动中发挥重要作用,为探究cis-SAGe剪接调控机制,研究在前期克隆BCL2L2-PABPN1(BP)基础上,利用minigene、定点突变、瞬时转染、半定量RT-PCR以及生物信息学分析等方法分析BP转录后剪接的调控元件,发现thyroid hormone receptor exon 9、gh-1 intron 3、srp40-exonic splicing enhancer、β-tropomyosin exon 6b等剪接增强子元件在嵌合子形成中发挥重要作用。同时比较分析BP与两个亲本基因组织表达以及亚细胞定位情况。研究结果将为进一步揭示BP转录后调控机制及功能提供基础。