基于网络药理学的“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台筛选“土茯苓-绵萆薢”药对的潜在活性成分,通过检索文献补充绵萆薢活性成分,利用SwissADME数据库根据类药五原则评估各成分的药代动力学参数,筛选绵萆薢有效活性成分。通过SwissTargetPrediction数据库预测绵萆薢有效活性成分的作用靶点。检索GeneCards和OMIM数据库获得的银屑病相关靶点,通过Venny 2.1获得“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的潜在作用靶点,构建活性成分-靶点网络。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点和Hub靶点。应用David数据库和OmicShare tools对关键靶点进行GO富集与KEGG分析,并构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,应用分子对接技术对重要成分和重要靶点的相互作用进行验证,系统阐释“土茯苓-绵萆薢”药对治疗银屑病的作用机制。结果 共获得“土茯苓-绵萆薢”药对25个潜在活性成分和356个作用靶点,通过与银屑病相关靶点进行映射,获得111个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“土茯...     

基于网络药理学的"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.     

“鸡血藤-海风藤”抗风湿作用机理的网络药理学研究

目的:通过数据挖掘“鸡血藤-海风藤”抗风湿的物质基础及作用机理。方法:通过TCMSP数据库获取“鸡血藤-海风藤”药对的成分,并以OB≥30%、DL≥0.18进行筛选,获取筛选后有效成分的基因靶点,在OMIM、TTD、CTD、Gene Cards等数据库中以“rheumatoid”为关键词进行疾病靶点检索,两者取交集,利用Cytoscape-v 3.8.2软件绘制网络图,利用R语言进行GO和KEGG富集分析,并分析相关数据。结果:共获得45个有效成分和24个共有关键靶点。通过药物-成分-疾病-靶点网络结果分析,其有效成分可能为木犀草素、芒柄花黄素、β-谷甾醇;关键靶点可能是PTGS2、PTGS1、MAPK14,主要富集于TH17细胞分化、PI3K-Art和TNF等信号通路。结论:“鸡血藤-海风藤”药对中的木犀草素、芒柄花黄素、β-谷甾醇等成分很可能通过PTGS2、PTGS1、MAPK14等靶点作用于TH17细胞分化、PI3K-Art和TNF等多条信号通路发挥抗风湿作用。     

药对“虎杖-土茯苓”治疗痛风性关节炎的网络药理学研究

目的:采用网络药理学、分子对接技术预测药对"虎杖-土茯苓"治疗痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)的潜在机理。方法:利用TCMSP平台检索收集药对化学成分、对应靶点;借助五大疾病数据库获取GA已知靶点;利用Venny 2.1.0得到药对与GA两者间的交集靶点;运用SRTING数据库、CytoHubba插件构建交集靶点PPI网络;采用DAVID平台对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;最后将筛选出的核心成分、关键靶点进行分子对接。结果:共获得23个化学成分,199个靶点,其中治疗GA的潜在靶点有76个。预测得知核心成分为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇,关键靶点为JUN、TNF、RELA、IL6。GO功能富集分析显示,药对治疗GA的生物功能共287个(生物过程172个、细胞组分42个、分子功能73个);KEGG通路富集共筛选出信号通路共122条。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇与JUN、TNF有良好的结合活力。结论:药对"虎杖-土茯苓"通过槲皮素、木犀草素等成分,作用于JUN、TNF等靶点,在癌症通路、TNF信号通路等通路的参与下,发挥了抗炎、抗凋亡等治疗GA的作用。     

基于网络药理学研究土茯苓的活性成分及药理机制

目的:基于网络药理学研究土茯苓的活性成分及药理作用机制。方法:首先从TCMSP数据库中获取并筛选土茯苓活性成分,提取出相关作用靶点;然后将靶点数据导入CTD数据库分析获取相关疾病;接着,采用DAVID在线分析工具进行KEGG通路分析;最后运用Cytoscape软件构建网络图,并应用Network Analyzer插件进行网络分析,形成系统结果并进行评价。结果:共获得土茯苓的活性成分31个,通过进一步的筛选,确定15个主要活性成分进行进一步研究,提取出作用靶点323个,相关疾病618种,分属于28个疾病种类。发现土茯苓可能通过作用于炎症反应、肿瘤的发生发展及机体的自我保护与调节能力等方面发挥临床疗效,尤其在肿瘤、心血管、消化系统、神经系统及免疫系统等相关疾病治疗中更具优势,并预测肿瘤坏死因子(TNF)可能是其治疗效应的关键靶点,同时推测其主要作用机制可能与pathways in cancer,PI3K-Akt signaling pathway,hepatitis B,proteoglycans in cancer,prostate cancer等信号通路相关。结论:通过网络药理学方法系统性探索了其主要活性成分及药理作用机制,直观阐述了土茯苓的多成分、多靶点、多通路作用机制,为进一步的临床、实验研究及新药研发提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨黄柏-土茯苓治疗慢性前列腺炎的机制研究

目的：运用网络药理学方法探讨黄柏-土茯苓治疗慢性前列腺炎的作用机制。方法：根据药物性质和口服生物利用度,利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集两味药的化合物和有效靶点进行分析,采用Cytoscape 3.9.0构建化合物-靶点网络结构;从GeneCards中获得慢性前列腺炎相关基因的靶点,结合黄柏-土茯苓有效成分对上述靶点进行韦恩分析,并筛选出交集靶点。利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络;在DAVID数据库中进行基因本体（GO）功能富集分析和与京都基因和基因组数据库（KEGG）通路富集分析。结果：获得活性化合物36个,药物靶点218个,疾病靶点2 204个,交集靶点157个。获得白细胞介素（Interleukin,IL）-4、IL-6、IL-10、C-C基序趋化因子配体2(C-C Motif Chemokine Ligand2,CCL2)、C-X-C基序趋化因子配体（C-X-C Motif Chemokine Ligand,CXCL）2、CXCL10、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）等48个关键靶点,KEGG通路富集分析...     

基于网络药理学的仙鹤草-鸡血藤治疗原发免疫性血小板减少症的作用机制研究

目的：基于网络药理学方法研究仙鹤草-鸡血藤治疗原发免疫性血小板减少症(ITP)的作用机制。方法：通过TCMSP平台筛选仙鹤草-鸡血藤的活性成分及其对应的靶基因,搜索疾病靶点、仙鹤草-鸡血藤治疗ITP的共同靶标基因,构建仙鹤草-鸡血藤活性成分-ITP靶标基因关系网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：获得仙鹤草-鸡血藤活性成分29种,作用靶点663个,疾病相关靶点1001个,成分-疾病-靶点47个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子、白介素-6、白介素-1β、信号转导及转录激活蛋白3等靶点与仙鹤草-鸡血藤治疗ITP的关系最为密切。GO功能富集分析中,生物过程主要集中在对炎症反应、细胞对有机化合物的反应、对脂多糖的反应等;分子功能主要集中在蛋白结合、细胞因子活性、相同的蛋白质结合等;细胞组分主要集中在细胞外间隙、等离子膜外侧、细胞外区域等。KEGG通路富集分析主要包括肿瘤坏死因子信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸-苏氨酸激酶信号通路等。结论：仙鹤草-鸡血藤可通过多靶...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学知母-黄柏药对治疗糖尿病作用机制

目的:探讨知母-黄柏药对治疗糖尿病（DM）的作用机制。方法：通过TCMSP、化学专业数据库检索知母、黄柏化学成分和作用靶点,并在UniProt数据库中进行靶点与基因转换,通过OMIM、Drugbank数据库查询现有DM相关基因。进而运用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点网络、靶点相互作用（PPI）网络并进行网络拓扑分析,最后通过Omicshare进行基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,研究其作用机制。结果：成分-靶点网络共有127个化合物和107个靶点,其中关键化合物涉及槲皮素、豆甾醇、山柰酚等。PPI网络包含107个蛋白,其中关键靶蛋白涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到2 612个条目（P<0.05）,其中生物过程（BP）条目2 125个,分子功能（CC）条目138个,细胞组成（MF）条目349个。KEGG通路富集分析筛选到157个信号通路（P<0.05）,涉及到MAPK信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路。结论：知母-黄柏中的主要治疗糖尿病活性成分是槲皮素、豆甾醇、山柰酚,靶点主要涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等,通过MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路协同治疗DM。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

基于网络药理学探讨土茯苓治疗痛风的作用机制

目的运用网络药理学预测土茯苓抗痛风有效成分的作用靶点及通路。方法通过TCMSP数据库和Drugbank数据库获取土茯苓有效成分及作用靶点,并运用Cytoscape软件构建靶点间相互作用网络并进行交联分析,筛选出土茯苓治疗痛风的有效成分及作用靶点,采用MAS3.0生物分子功能系统获取通路的相关信息并制成靶点通路网络模型。结果预测得到土茯苓治疗痛风的有效成分11个和有效靶点39个,并推断其作用机制可能与脂肪细胞因子信号通路、ERbB信号通路,Toll样受体信号通路等有关,且MAPK1、RELA、PTGS2等靶点基因可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学探讨了土茯苓治疗痛风多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展土茯苓治疗痛风作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓治疗痛风的机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法 利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果 经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论 土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。     

基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的：基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy, DR)的干预机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索枸杞子、菊花的活性成分及相关靶点。利用Cytoscape 3.9.1绘制“药对-活性成分-作用靶点”网络图,并进行拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的主要活性成分。利用GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库及药物靶标数据库检索DR相关靶点。将活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1在线平台,绘制韦恩图,交集靶点即为枸杞子-菊花药对治疗DR的潜在靶点。将潜在靶点上传至STRING数据库构建PPI网络关系,导入Cytoscape 3.9.1软件进行可视化,PPI网络拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的核心靶点。将核心靶点输入Metascape在线平台进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析及京都基因与基因组百...     

基于网络药理学的“川芎-延胡索”药对作用机制研究

目的:运用网络药理学理念和技术研究"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点和药理学作用机制。方法:通过检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出川芎和延胡索的主要成分、靶点信息,采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,获取的靶点信息,筛选核心靶点。利用DAVID在线分析工具对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果:从"川芎-延胡索"药对中筛选得到58个主要活性成分相关作用于靶点220个,主要涉及在癌症、信号传导、免疫、细胞通讯及凋亡等生物学过程中的多条信号通路。结论:本研究初步揭示了"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点及协同作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供了参考。     

木贼-青葙子药对治疗糖尿病视网膜病变作用机制网络药理学研究

目的 运用网络药理学方法 探讨木贼-青葙子药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制.方法 应用TCMSP、ETCM、Uniprot数据库检索木贼和青葙子药物成分及靶点,应用GeneCards、OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变基因,通过Venny软件获得交集靶点,利用Cytoscape3.6.1软件构建靶点关系网络,录入St...     

基于网络药理学探讨牛膝-钩藤药对治疗糖尿病合并高血压的作用机制

目的：基于网络药理学技术研究牛膝-钩藤药对治疗糖尿病合并高血压的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索牛膝、钩藤的活性成分及相关作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”相互作用网络图;在人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、DrugBank数据库及疗效药靶数据库(therapeutic target database, TTD)中筛选糖尿病、高血压的相关靶点,与活性成分靶点进行映射,并绘制“活性成分-疾病”交集靶点韦恩图。利用STRING在线分析平台分析交集靶点的相互作用关系,利用CentiScaPe 2.2插件进行网络拓扑分析,筛选出牛膝-钩藤治疗糖尿病合并高血压的潜在核心靶点。采用基因注释和资源分析数据库(Metascape)对潜在核心靶点进行基因本...     

真武汤治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法探讨经方真武汤治疗糖尿病肾病(DKD)的核心作用靶标基因以及潜在通路机制，旨在指导临床用药同时为更深入的实验研究提供依据。方法：通过TCMSP数据库检索真武汤所含药物的有效成分、潜在作用靶点，在Genecards、OMIM、DisGeNET数据库筛选与糖尿病肾病有关的疾病靶点，借助Cytoscape3.7.2绘制并构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化交互网络。利用STRING平台绘制关键靶点PPI网络，在David数据库里针对关键靶点蛋白开展GO基因功能、KEGG信号通路富集分析。结果：检索查筛出真武汤中有效活性成分59个、潜在靶点108个，其中涉及DKD的关键靶点47个，从蛋白互作网络中分析发现TNF、ATK1、JUN、RELA、IL6、MAPK8、CASP8、NOS2可能是真武汤治疗糖尿病肾病的核心靶点。GO富集分析得到180个条目，主要涉及细胞增殖、代谢、凋亡及脂肪细胞因子、葡萄糖稳态等。KEGG信号通路富集分析得到94条信号通路，主要涉及TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。结论：本研究初步验证真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制涉及多成分、多靶点、多信号通路，给予真武汤的临床应用及更深层次对糖尿病肾病的研究以一定理论依据。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制.方法:本研究通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取黄芪中含有的活性成分及成分所对应的靶点,通过GeneCards数据库挖掘糖尿病肾病疾病靶点,结合化合物及疾病靶点,构建成分-靶点网络图,并针对靶点进行基因本体(GO)富集分析及KEGG通路富集分析.结果:黄芪中含有24...     

基于网络药理学探讨青风藤治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:运用网络药理学对青风藤治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制进行研究.方法:通过TC-MSP数据库筛查出青风藤的活性成分以及作用靶点,并在TTD、DrugBank、DisGeNet数据库中共同筛选出DN的基因靶点,通过Venny 2.1.0得出青风藤和DN基因靶点的交集,运用STRING 11.0数据库和Cyto-sc...