DNA条形码技术在中药材鉴定中的应用

DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,它能弥补传统化学方法和形态学方法鉴定中药材的不足之处。通过查阅文献,在分析DNA条形码技术的原理、发展的基础上,对目前一些热门的DNA条形码候选序列ITS、ITS2、psbA-trnh、rbcL、matK展开讨论,重点分析其在植物类和动物类中药材鉴定中的应用,为中药材的鉴定提供新的思路。     

DNA条形码技术在蛇类鉴别中的应用

从NCBI中GenBank数据库下载蛇类细胞色素b基因(Cytb)序列7 329条,以MT765098.1序列为标准进行对比和修剪,获得蛇类Cytb序列4 665条。对蛇类Cytb序列进行核苷酸饱和度、遗传多样性、种内和种间遗传距离计算,构建系统发育树。结果表明,基于Kimura–2–Parameter模型,蛇类平均种内遗传距离为3.3%,普遍小于6.7%,而平均种间遗传距离为19.96%,普遍高于9.3%,说明蛇类物种间遗传距离存在较大差异。根据蛇类物种间遗传距离,识别出蛇类23个物种的亚种,Pareas和Hydrophis属物种含有复合体,Atractus dunni、A. iridescen和A. occidentali互为姐妹物种。     

DNA条形码技术在真菌上的研究与应用

DNA条形码技术通过标准化的小片段DNA序列对物种进行快速鉴定分析,在动植物和微生物分类鉴定中得到广泛应用,而在真菌鉴定研究中相对滞后.综述了DNA条形码的起源、发展及其在真菌研究中的应用,并探讨分析了DNA条形码技术存在的问题以及未来的发展.     

DNA条形码技术在病原真菌分类鉴定中的应用

病原真菌是一种具有致病性的真菌,对植物有极大的危害。DNA条形码技术是通过对足够变异、短、能够作为标准目的基因的DNA序列进行分析,并进一步对未知物种进行快速、高效地分类和鉴定或者发现新物种的一项新技术。在介绍DNA条形码技术概况的基础上,对DNA条形码技术在病原真菌分类鉴定中的应用前景进行展望,以推进我国病原真菌DNA条形码在相关研究和应用领域的发展。     

DNA条形码技术及其在畜牧产品中的应用前景

近年来,随着国际上DNA条形码技术的发展,中国也越来越多的将DNA条形码技术应用到植物及中药材的鉴定及相关研究中,然而此技术在畜牧产品中的应用却还少见报道。本文综述了DNA条形码技术的原理、方法流程及其在动物研究中的应用,并对DNA条形码在畜牧产品中的应用前景进行展望。     

DNA条形码技术在生物分类学中的应用前景

DNA条形码(DNA barcoding)技术作为近年来发展起来的一门物种鉴定的新兴技术,已引起越来越多的关注。这一技术的主要目的是鉴定已知物种和发现的新物种。DNA条形码提供了可信息化的分类学标准和更加敏感的分子差别模式,相对于传统生物鉴定的优势在于可以揭示隐存种,鉴定缺少形态数据或形态不易区分的种类,为物种鉴定提供简单有效的工具。综述了DNA条形码技术的产生、发展和基本原理以及在生物分类学中的应用及存在的问题。     

DNA条形码技术在海马物种鉴定中的应用分析

海马具有重要的药用和观赏价值,但因其可供鉴定的形态特征较少,应用形态学对海马进行种水平的鉴定时经常会遇到很多困难。DNA条形码技术为海马物种鉴定提供了重要的鉴定方法。通过检索生命条形码数据库（BOLD）和GenBank数据库中海马的DNA条形码信息,应用MEGA软件计算海马种间遗传距离,分析DNA条形码在海马物种鉴定中的应用效果。结果表明,COI基因条码可以有效鉴别大部分种以上阶元的海马,但对亲缘关系较近的海马难以获得准确的鉴定结果。还有一些海马尚无相关的基因信息,也无法通过基因条形码进行鉴别。因此,应用DNA条形码鉴定海马物种尚有一定的局限性。     

DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用

水生动物是一类主要生活于水中的动物类群,其具有种类多样、分布广泛、复杂难辨等特点,但是对于水产动物的物种鉴定长期以来一直困扰着相关方面的专家和学者.随着DNA条形码技术的提出,其已被成功地应用于水生动物的物种鉴定.整理总结了国内外使用DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用.     

DNA条形码技术在部分菱属植物分子鉴定中的应用

为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。     

浙江沿海斑尾刺虾虎鱼的DNA条形码

刺虾虎鱼是西太平洋沿岸的本地物种,常栖息于河口咸淡水交汇处。为了准确了解浙江沿海刺虾虎鱼的物种多样性,本文采用线粒体细胞色素C亚基I （COI） DNA序列对浙江沿岸的刺虾虎鱼进行条形码研究。从获得的30个个体615 bp 的COI DNA序列中,检测出10个多态性核苷酸位点;单倍型多样性指数（Hd）为0.69;核苷酸多样性指数（π）为0.0033;根据Kimura双参数模型计算的遗传距离得知,刺虾虎鱼种内的遗传距离为0.002～0.013（平均值0.007）,刺虾虎鱼属内种间遗传距离为0.158～0.217（平均值0.186）,属内种间的距离显著大于种内的距离（约27倍）。条形码结果显示,浙江沿海30个刺虾虎鱼样本共有7个单倍型（在GenBank登录号：KF642947-KF642953）,都属于斑尾刺虾虎,它们与斑尾复虾虎和矛尾刺虾虎共同形成一个亲缘关系很近的单系群。     

DNA分子标记技术应用于海藻遗传育种研究的新进展

对近10年来DNA分子标记技术在海藻遗传育种研究中的应用进行了综述,主要描述了DNA分子标记技术在遗传多样性分析方面应用较多,而在海藻遗传图谱构建、目的基因定位和分子辅助选育等方面的应用还较少的现状,并在此基础上对应用DNA分子标记技术辅助海藻遗传育种的前景进行了展望。     

应用DNA条形码技术鉴定24种入境有瓣蝇类

[目的]应用 DNA条形码技术对宁波口岸入境的24种有瓣蝇类进行分类研究。[方法]对有瓣蝇类样品的 CO I基因片段进行了序列测定、比对和分析,使用 MEGA6.0软件进行系统发育分析。[结果]24种有瓣蝇类 CO I基因片段系统发育情况在科、属的水平上基本与形态学分类相同,在种的水平上不能够完全区分近缘种。[结论]单独用 DNA条形码技术进行有瓣蝇类分类鉴定是不妥当的,需与形态学分类方法相密合,可作为形态分类方法的有益补充。     

5种楠木木材DNA的提取与条形码鉴定

以楠属的闽楠、桢楠、紫楠和润楠属的建润楠、刨花润楠为研究对象,分别采用Qiagen试剂盒法、CTAB法和SDS-CTAB法提取木材总DNA,对比不同DNA提取方法的提取效果,探索适合楠木木材DNA提取的方法,尝试用DNA条形码的手段识别几种木材。结果表明：3种方法均可提取出质量较好的新鲜木材的DNA。其中,试剂盒提取的DNA有少量蛋白残留,CTAB法和SDS-CTAB法提取的DNA总体质量较好,有少量RNA存在,但二者提取效果差异不显著。将楠木木材分别经过30、70 ℃和103 ℃干燥后进行DNA提取,发现干燥后的DNA提取量明显下降,其中103 ℃干燥后仅提取出微量DNA,但仍可以满足PCR扩增的需求。综合来看,CTAB法是楠木木材DNA提取的最优方法。在此基础上,分别对5个树种matK、trnL-trnF、trnL-intron和rpoB的4段DNA条形码序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列比对分析。4段DNA条形码均不能完全区分5个树种。其中,测序所得5个树种的trnL-intron序列共有5个多态性位点,根据其差异可将楠属和润楠属区分开来,建润楠和刨花润楠也能区分开,但是楠属的3个树种之间不能区分。5个树种的matK序列共有3个多态性位点,可将楠属和润楠属区分,建润楠和刨花润楠也能区分开,但是楠属的3个树种之间不能区分。rpoB和trnL-trnF两段序列的比对结果都显示有2个多态性位点,可以将2个属区分开来,属内种间难以区分。总之,从trnL-intron序列构建的系统发育树来看,几个树种基本可以正确聚类。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

水中藻类污染物及其藻毒素分析方法研究进展

介绍了主要藻类污染物、藻毒素的性质及分类,论述了其危害,综述了水中藻类污染物及其藻毒素分析方法,分析了不同方法的优缺点。     

紫菜属DNA条形码的研究进展

文中综述了DNA条形码作为一种新兴分类学技术的发展状况,介绍了其与传统分类学相比的优缺点,以及其在大型海藻中的应用现状,并总结了大型海藻中常用到的一些DNA条形码作为紫菜属物种分类鉴定工具的适用性和有效性。     

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。     

6种蟹类DNA条形码鉴定技术研究

[目的]研究蟹类DNA条形码技术。[方法]利用PCR技术对浙江沿海6种常见蟹类(n=34)mt DNA COI基因进行扩增,最终获得688 bp基因片段。[结果]7个红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)样品中检测出5个单倍型,5个锐齿蟳(Charybdis acuta)样品中检测出5个单倍型,锈斑蟳(C.feriatus)、日本蟳(C.japonica)、绵蟹(Dromia dehaani)、三疣梭子蟹(P.trituberculatus)样品中检测出单倍型数分别为3、2、2、1;6种蟹类COI基因T、C、A、G的平均含量分别为25.3%、18.2%、36.2%和20.3%,A+T含量为58.5%64.1%;种内变异较小,遗传距离处于0.0000.004,种间遗传距离为0.1430.235;使用最大似然法构建的分子进化树揭示相同物种个体首先聚类,不存在不同物种个体交叉聚类。[结论]COI-L1490/H2198通用引物在蟹类条形码研究中具有普遍适用性,mt DNA COI基因能够作为6种蟹类有效鉴别的DNA条形码,且区分度高、支持形态学分类结果。