东方田鼠微卫星标记的富集筛选与初步应用

根据生物素与链霉亲和素的亲和原理, 利用磁珠富集法筛选东方田鼠(Microtus fortis)微卫星分子标记。链霉亲和素磁珠捕获生物素标记的微卫星探针, 然后与连有接头的单链限制性酶切片段复性结合, 获得含有微卫星的单链片段, PCR扩增形成双链, 连接T载体并转化感受态细胞, 得到东方田鼠微卫星富集文库。随机挑选70个阳性克隆, 经测序分析, 获得微卫星序列92个。设计合成27对微卫星引物并成功筛选出21对可用引物, 取其中10对引物, 荧光标记后对3个人工驯养及野生东方田鼠种群进行遗传多样性分析。结果显示, 文章所构建的东方田鼠微卫星文库的阳性克隆率较高, 初步筛选的10个微卫星标记均为具有高度多态性的微卫星标记。在3个东方田鼠种群中, 野生湖南种群的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均最高, 人工驯养的湖南种群次之, 人工驯养的宁夏种群最低。     

PCR筛选BAC文库和直接BAC末端测序方法的建立

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦BAC DNA 文库和直接对 BAC DNA进行末端测序的方法.用PCR技术进行大麦BAC DNA 文库(含816个平板,每个平板含384个克隆)的筛选分4步进行.在实验中,建立了两个水平的BAC DNA池(一级池和二级池).一个二级池由一个平板(含有384个克隆)的DNA 组成,一个一级池由连续10个稀释100倍的二级池的DNA混合而成(如1～10,11～20等),共82个一级池.BAC DNA 文库筛选的第一步是对82个一级池的筛选.得到阳性一级池后(如2号一级池),对其所含的10个二级池(从11～20)进行第二步筛选.得到阳性二级池后,培养相应的阳性平板的所有克隆(384个),从头开始(左上侧),每相邻的4个克隆为一组,在96孔板上(4 X 96=384) 进行第三轮PCR反应;之后对筛选结果为阳性的4个克隆分别进行菌落 PCR(第四轮)得到单一阳性克隆.根据BAC DNA Hind III 酶切指纹图谱,对同一引物筛选的BACs进行重叠群作图(Contig).对代表contig 的两端的BAC DNA直接进行末端测序并对测序结果Blast,以检测其在大麦中是否属于单拷贝序列.根据测序和Blast结果设计引物,用中国春附加系(附加大麦染色体)对来自BAC克隆的引物进行染色体定位并用分离群体进行遗传学作图,以确定是否可以用作下一步的染色体步行.     

东方田鼠肝脏cDNA 文库的构建及部分克隆序列分析

东方田鼠(Microtus fortis)隶属于啮齿目仓鼠科(Cricetidae)田鼠亚科(Microtinae)田鼠属(Microtus),主要分布于我国西北、东北及南方16个省区.     

中国美利奴细毛羊BAC文库的三维PCR筛选

本研究利用中国美利奴细毛羊全基因组BAC文库,构建了可供快速筛选的两级水平的混合池,一级混合池和二级混合池(Primary pools and secondary pools).一级混合池基于每一384-well盘而构建,由盘、行,列三维混合池组成,二级混合池基于整个BAC文库而构建.设计了一种基于PCR技术的快速筛选方法,先筛选二级混合池m再根据结果筛选相应的一级混合池.利用此方法只需一步共66个PCR反应即可从BAC丈库中7.4万个克隆中筛选出1个阳性克隆,或三步100个以内的PCR反应筛选出多个阳性克隆.以绵羊基因组多态性分子标记BF94-1为引物,用一步共66个PCR反应成功筛选到1个阳性克隆373D13.     

日本血吸虫童虫裂解物对东方田鼠肝脏T7噬菌体展示cDNA文库的筛选及阳性克隆分析

东方田鼠对血吸虫具有天然抗性。为筛选和分析东方田鼠抗血吸虫抗性相关基因, 以日本血吸虫童虫可溶性裂解物为探针, 筛选东方田鼠肝脏噬菌体展示cDNA文库。经三轮筛选, 特异性噬菌体得到有效富集(375倍)。随机挑取92个克隆进行序列测定, 获得了19条有效EST序列。其中13个条EST序列与已知基因或表达序列标签同源, 6个EST序列与已知基因或表达序列标签均无同源性, 为新的表达序列标签。将19个EST序列的阳性噬菌体克隆和血吸虫童虫共培养, 其中4号(GenBank Accession No.: EW968294)、13号(GenBank Accession No.: EW968303)、14号(GenBank Accession No.: EW968304)、15号(GenBank Accession No.: EW968305)、18号(GenBank Accession No.: EW968308)克隆均诱导了显著的杀虫效果。综合生物信息学分析结果及体外杀伤试验结果, 编码CASP8和FADD类似性细胞程序性死亡调节蛋白、a-2-HS-糖蛋白、M4蛋白、具有R3H结构域的一种mRNA结合蛋白以及三种未知蛋白的编码基因(14、15、18号克隆)可能是东方田鼠抗血吸虫病抗性相关基因。为进一步研究东方田鼠抗血吸虫机理奠定了基础。     

日本血吸虫童虫裂解物对东方田鼠肝脏T7噬菌体展示cDNA文库的筛选及阳性克隆分析

东方田鼠对血吸虫具有天然抗性。为筛选和分析东方田鼠抗血吸虫抗性相关基因, 以日本血吸虫童虫可溶性裂解物为探针, 筛选东方田鼠肝脏噬菌体展示cDNA文库。经三轮筛选, 特异性噬菌体得到有效富集(375倍)。随机挑取92个克隆进行序列测定, 获得了19条有效EST序列。其中13个条EST序列与已知基因或表达序列标签同源, 6个EST序列与已知基因或表达序列标签均无同源性, 为新的表达序列标签。将19个EST序列的阳性噬菌体克隆和血吸虫童虫共培养, 其中4号(GenBank Accession No.: EW968294)、13号(GenBank Accession No.: EW968303)、14号(GenBank Accession No.: EW968304)、15号(GenBank Accession No.: EW968305)、18号(GenBank Accession No.: EW968308)克隆均诱导了显著的杀虫效果。综合生物信息学分析结果及体外杀伤试验结果, 编码CASP8和FADD类似性细胞程序性死亡调节蛋白、a-2-HS-糖蛋白、M4蛋白、具有R3H结构域的一种mRNA结合蛋白以及三种未知蛋白的编码基因(14、15、18号克隆)可能是东方田鼠抗血吸虫病抗性相关基因。为进一步研究东方田鼠抗血吸虫机理奠定了基础。     

山羊瘤胃微生物宏基因组BAC文库的构建与分析

从山羊瘤胃液中提取混合微生物DNA,经BamHI部分酶切得到50kb～800kb的DNA片段后,将其连接到pCCIBAC载体上,转化E．coliEPI300,建立山羊瘤胃微生物BAC文库。经RFLP鉴定分析,该文库12672个克隆,平均插入片段为6lkb。该文库的构建为后续新型基因的筛选提供了材料,为进一步研究山羊瘤胃微生物奠定了基础。     

野生一粒小麦BAC文库的构建和鉴定

以细菌人工染色体pECBAC1为载体,构建了野生一粒小麦(Triticum boeoticum B oiss)的基因组BAC文库.该文库共包含约17万个克隆,平均插入片段长度为104 kb,按野生一粒小麦基因组为5 600 Mb计算,文库覆盖了约3倍的该物种基因组.用大麦叶绿体psb A基因和玉米线粒体atp6基因作混合探针,检测发现该文库中含细胞器基因组同源序列的克隆数小于1% .该文库的建成,为小麦基因的克隆及基因组学研究提供了技术平台.     

野生一粒小麦BAC文库的构建和鉴定

以细菌人工染色体pECBAC1为载体 ,构建了野生一粒小麦 (TriticumboeoticumBoiss)的基因组BAC文库。该文库共包含约 17万个克隆 ,平均插入片段长度为 10 4kb ,按野生一粒小麦基因组为 5 6 0 0Mb计算 ,文库覆盖了约 3倍的该物种基因组。用大麦叶绿体psbA基因和玉米线粒体atp6基因作混合探针 ,检测发现该文库中含细胞器基因组同源序列的克隆数小于 1%。该文库的建成 ,为小麦基因的克隆及基因组学研究提供了技术平台     

珍稀濒危树种毛红椿微卫星DNA分离及SSR反应体系优化

本研究以江西宜丰种源毛红椿为材料,成功提取其基因组DNA。利用改良的链亲和素磁珠法亲和捕捉出毛红椿基因组微卫星DNA片断,并构建了富含微卫星的基因组文库。从构建的基因组文库中随机挑选了63个单克隆进行测序,其中50个单克隆成功测序,含有微卫星的单克隆有18个,并根据测序结果设计并合成SSR引物18对。利用所合成的引物优化SSR反应体系,对影响SSR反应的各个因子进行了探讨。确定了模板DNA浓度最适浓度为30ng;dNTP的最适浓度为0.3mmol·L-1;0.3μmol·L-1是引物在反应体系中的最合适浓度。建立了重复性好、稳定性好的SSR反应体系,为下一步进行毛红椿群体遗传结构和遗传变异研究提供了技术支持。     

东方田鼠长江亚种和指名亚种基因组DNA序列比较分析

根据东方田鼠基因组DNA序列片段(CenBank登录号：AF277394),通过PCR方法扩增东方田鼠长江亚种(Microtus fortis calamorum)和宁夏指名亚种(Microtus fortis fortis)基因组DNA,得到-670bp左右的特异扩增片段。将PCR扩增产物克隆到pGEM-Teasy裁体,进行DNA序列分析,并用生物信息学方法比较东方田鼠长江亚种与指名亚种之间该序列的差异。结果表明：在东方田鼠两个亚种中共发现19个不同的等位基因,不同的个体在该序列存在广泛的单个核苷酸多态性(SNP),多态性位点多达25个;变换类型包括：转换(G→A、A→G、T→C、C→T)、颠换(G→T、A→T、T→A、C→A)、插入(CA)和缺失(TGTTTT)。东方田鼠长江亚种和指名亚种两个种群之间存在明显差别,尤其是在146、192、223、224、235位,但两种群间同源性仍高达98％。同时采用系统发育树(phylogenetic tree)分析方法,对两个亚种的亲缘关系进行了分析和比较,结果显示,东方田鼠长江亚种和宁夏指名亚种基因组DNA明显的分为两大组别。     

封闭繁殖的成年东方田鼠心电图分析

记录并分析24例麻醉东方田鼠体表心电图。结果表明,（1）Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、aVF导联波形较稳定,主波向上,各波较明显;（2）aVR及部分aVL导联主波向下多见,QRS波群形态多样复杂;（3）各导联T波不对称,无明显S－T段,且不在等电位线上;（4）与大鼠相比各导联波幅值均低较,心率较快。     

东方田鼠乳酸脱氢酶同工酶的研究

目的研究乳酸脱氢同工酶在3种东方田鼠不同器官的分布.方法以大鼠和小鼠作对照,用聚丙烯酰胺凝胶电泳对3个不同地区的东方田鼠(Microtusfortis)血清、红细胞、肝脏、肾脏、肺中乳酸脱氢酶(LDH)同工酶进行分析.结果东方田鼠血浆中只有LDH5,血清中湖南洞庭湖地区、宁夏青铜峡地区的东方田鼠也只有LDH5,而东北地区的东方田鼠则含有LDH1和LDH5,3个地区的东方田鼠肾脏和肺中都有5种LDH同工酶,肝脏中除东北地区的东方田鼠含5种LDH同工酶外,其余两种东方田鼠均以LDH5为主(LDH5占95%以上).结论东北地区东方田鼠乳酸脱氢酶同工酶谱与其他两地的东方田鼠不相同.     

东方田鼠感染血清免疫筛选日本血吸虫成虫cDNA文库

东方田鼠 (Microtusfortis ,Mf)对日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)感染具有抗性 .为探讨Mf感染Sj后是否产生针对虫体某些特异抗原分子的免疫应答 ,用Mf感染血清对Sj成虫cDNA文库进行免疫筛选 .经初筛和复筛 ,共筛选出 12个阳性克隆 .这些阳性克隆经辅助噬菌体自动剪切后PCR扩增显示 ,插入的SjcDNA片段大小在 3 0 0bp至 1 8kb之间 ,其中 1 8kb片段 5个 ,1kb片段 1个 ,3 0 0bp片段6个 .经DNA测序分析 ,鉴定出 3个未曾报道过的Sj新基因 ,分别命名为Sj Mf1、Sj Mf2和Sj胞质氨基肽酶 ,并在GenBank登记注册 .结果说明 ,Mf感染血清可识别Sj的特异性抗原分子 ,这些抗原分子的免疫保护作用值得进一步研究 .     

人工饲养条件下东方田鼠指名亚种繁殖特性及其幼仔的生长发育

在实验室饲养条件下, 对东方田鼠指名亚种繁殖特性和幼仔生长发育进行了初步观察。该鼠全年均可繁殖, 平均每胎产仔3.8 ±1.5 只, 妊娠期20～21 d , 繁殖间隔期39.3 ±26.4 d , 雌雄比为1.48。幼鼠3 日龄耳壳完全直立, 4 日龄开始长下门齿, 5 日龄长上门齿, 7～8 日龄睁眼, 20 日龄可断奶, 55 日龄左右性成熟。3 种生长模型(Logistic 方程、Gompertz 方程和Von Bertalanffy 方程) 对体重、体长、尾和后足的生长过程的拟合优度均很高,择优选用Von Bertalanffy 方程对体重、体长和尾长进行描述, 选用Logistic 方程对后足长的生长过程进行描述。将该鼠的生长发育过程划分为4 个阶段, 乳鼠阶段: 初生至10 日龄; 幼鼠阶段: 11 日龄至20 日龄; 亚成年阶段: 21至55 日龄; 成年阶段: 56 日龄以后。对指名亚种和长江亚种生长、繁殖特性异同亦作了初步分析。     

东方田鼠胚胎成纤维细胞的分离培养及生物学特性

目的对影响东方田鼠胚胎成纤维细胞（MfEF）分离和培养的因素进行探索,并观察其生物学特性。方法取室内繁殖饲养不同胎龄的东方田鼠胚胎分离成纤维细胞,通过原代和继代培养,分析比较不同胎龄、不同血清浓度、不同胰蛋白酶浓度等因素对MfEF分离及培养的影响,观察MfEF的生长形态及其生物学特性。结果 MfEF为贴壁型生长,细胞形态多样,呈梭形、不规则多边形;采用0.125%的胰蛋白酶室温消化12～13 d胚胎组织5 min,以DMEM培养基添加15%小牛血清分离培养MfEF的效果最佳;MfEF2～7代增殖最旺盛。结论获得了实验室分离、培养MfEF的有效方法 ,为进一步深入研究东方田鼠抗日本血吸虫机制以及开展不同动物成纤维细胞间比较研究奠定了基础。     

封闭群东方田鼠的病理学特征观察

观察了东方田鼠封闭群在不同年龄阶段各种病理学变化的特征,为建立东方田鼠相关标准创造条件。采用常规病理学技术,结合电镜方法,对不同年龄的46只封闭繁育的东方田鼠进行了研究和观察。结果封闭群东方田鼠的病理变化主要集中在肺脏与肝脏;个别东方田鼠有乳腺癌和隐睾,东方田鼠乳腺癌的电镜特征与昆明小鼠有所不同;封闭繁育的东方田鼠主要病变有8种;不同年龄的东方田鼠病变的发生率亦不相同。因此,封闭群东方田鼠应加强病理监测,根据病理监测结果,有目的地分离病原生物体。