新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的探讨2013年新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化,及其编码蛋白重要氨基酸位点的变异情况。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)下载不同年代、不同地区甲型流感病毒N9亚型的NA基因序列,利用MEGA 5.05和BioEdit软件对基因的核苷酸序列和氨基酸序列进行分析。结果 2013年新型甲型H7N9流感病毒NA基因与2010年捷克共和国H11N9禽流感病毒的相似性达到96%;新型流感病毒存在5个氨基酸的缺失;其中1株新型病毒可能的酶活性位点发生了变异。结论 2013年新型甲型H7N9流感病毒的NA基因可能是由H11N9进化而来;氨基酸的缺失可能是造成人感染和较高病死率的原因。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

中国甲型流感病毒血凝素基因进化分析

目的 探索甲型流感的暴发规律及毒株血凝素（hemagglutinin,HA）基因的进化.方法 通过分析中国采集并公布的甲型流感病毒基因数据,对中国大陆所有宿主为人、禽类和哺乳动物的HA基因氨基酸序列进行多序列比对,并用于构建HA的系统发育树,同时对中国香港地区的HA基因蛋白序列同样处理;分析不同宿主的HA基因的受选择压力.结果 选择中国大陆1 252个HA基因和香港485个HA基因,对其分析发现,自2002年以来,禽流感的暴发次数和频率多于历史记录;系统发育树结果显示中国大陆和香港地的HA基因邻接树的拓扑结构一致;宿主为人的HA基因受选择大于禽类宿主的HA基因.结论 不同宿主的HA基因受选择有差异,提示HA基因的快速进化可能会对人类健康产生潜在威胁.     

人感染H7 N9禽流感3例诊疗分析

目的：：分析确诊人感染H7 N9禽流感3例患者的临床特点,并对治疗方法进行探讨。方法：3例患者均行流行病学调查、实验室检查和胸部CT或X线胸片检查,2例有明确的活禽接触史。确诊后给予氧疗、无创呼吸、有创机械通气、奥司他韦、抗感染药物和免疫球蛋白等治疗。结果：2例救治成功,1例死亡。胸部影像学有2例表现短期进展快的双肺磨玻璃影,发病初均有发热、咳嗽及迅速发展的肺炎,血白细胞明显下降,乳酸脱氢酶、肌酸激酶及D-二聚体升高。结论：人感染H7 N9禽流感临床进展快,以肺部损伤为主,60岁以上及合并有急性呼吸窘迫综合征预后差,发病早期干预预后好。     

新型甲型H7N9流感病毒PB1-F2蛋白基因进化和变异分析

目的：对新型甲型H7N9流感病毒PB1-F2蛋白基因的进化和变异进行分析,为进一步研究致病性禽流感的致病机制和毒力因子奠定基础。方法：从IRD数据库中下载2013年2月19日至2013年10月31日的H7N9流感病毒PBl基因序列63条,运用MEGA5．2．1软件进行序列分析,用邻接法构建基因进化树;通过氨基酸序列分析PB1基因95～367片段的PB1-F2蛋白氨基酸位点变化;应用Excel表格对氨基酸构成进行计算;运用Predictive Analytics Software（PASW）18．0软件对氨基酸构成改变进行统计分析。结果：63株甲型H7N9毒株中有17株毒株的PB1-F2蛋白在其氨基酸序列第25位后发生断裂。新型甲型H7N9的进化主要分为两个系别,系别I主要由完整型PB1-F2蛋白毒株构成,系别Ⅱ主要由52aa截短型PB1-F2蛋白毒株构成。完整型PB1-F2蛋白与截短型PB1-F2蛋白各类氨基酸构成存在差异。结论：H7N9流感毒株中存在着截短型PB1-F2蛋白毒株,并且H7N9流感病毒毒株PB1-F2蛋白断裂位点均在25位氨基酸后,这将成为H7N9流感毒株进化过程中重要的特征。完整型PB1-F2蛋白与截短型PB1-F2蛋白氨基酸构成的差异对于甲型H7N9流感病毒致病性的影响有待进一步研究。     

新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.     

甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律.方法:通过NCBI数据库下载最新收录的甲型H1N1流感病毒基因序列(中国的北京、四川、山东、福建、台湾,美国的纽约和得克萨斯州,俄罗斯),采用DNAstar软件排列和修剪病毒各段基因序列并构建进化树.结果:不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性(99%~100%),同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远,尤其是中国和俄罗斯的关系最远,相近月份亲缘关系近.结论:此次新型甲型H1N1流感病毒来自同一传染源,且病毒到目前没有发生变异.     

2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85％,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA 4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005~2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5％~97.6％),与1930~2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。     

福州市甲型H1N1流感病毒血凝素基因遗传特性研究

目的探究福州市甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的遗传变异特点及种系进化分布,为研究甲型H1N1流感病毒进化、致病性和流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞培养法和real-time PCR法进行流感病毒分离、鉴定。采用逆转录-聚合酶链反应扩增流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果福州市甲型H1N1流感病毒与参考株A/California/04/2009相比具有高度同源性,HA蛋白有4个位点氨基酸发生了替换,与猪流感代表株A/swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。福州市甲型H1N1流感病毒株都有8个糖基化位点,其中6个位于HA1区,分离株HA蛋白不具有多碱基裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与美国流感病毒A/California/04/2009(H1N1)株共聚类为一个独立的小分支,进化关系最近,甲型H1N1流感病毒的HA源于古典型猪H1N1流感病毒,与A/swine/Iowa/1/1976(H1...     

甲型流感病毒H9N2亚型毒株血凝素基因特性的研究

目的　了解人甲型流感病毒H9N2亚型毒株的来源及从分子生物学角度来弄清不同宿主来源的H9N2亚型毒株间相互关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,从收获的尿囊液中提取病毒粒RNA ,通过逆转录合成cDNA。cDNA通过PCR进行扩增 ,接着PCR产物用纯化试剂盒进行纯化。而后 ,RNA序列测定是采用双脱氧链末端终止和克隆法。最后用MegAlign( 1.0 3版 )和Editseq( 3.69版 )软件进行种系发生学分析。结果　从中国所分离出的H9N2亚型毒株。它们的HA1与HA2间裂解部位的氨基酸序列均为R S S R ,除一株鸽病毒其HA蛋白分子上仅含 7个潜在的糖基化位点外 ,而其余的均含 8个。 6株H9N2毒株HA蛋白分子上氨基酸序列有 2 - 16个不同 ,这些不同分布在 2 4个不同的位点上。近来在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2亚型毒株。结论　人甲型流感病毒H9N2亚型毒株可能性最大来自鸡的H9N2毒株 ,而不是来源于鸽的H9N2毒株。但 ,H9N2毒株是否具有人传人能力 ,至今仍不清楚。在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2毒株。     

Characterization of hemagglutinin gene of influenza A virus subtype H9N2

Objective　To determine the origin of human influenza A (H9N2) virus and the relationship among H9N2 strains isolated from different hosts, on the basis of molecular biology. Methods　Viruses were passed in embryonated hen eggs, and virion RNA was extracted from allantoic fluid and reverse transcribed to synthesize cDNA. cDNA was amplified by PCR and the PCR product was purified with a purification kit. Afterwards RNA sequence analysis was performed by dideoxynucleotide chain termination and a cloning method. Finally, phylogenetic analysis of the sequencing data was performed with MegAlign (version 1.03) and Editseg (version 3.69) softwares. Results　The amino acid sequences at the cleavage site between HA1 and HA2 domains of H9N2 viruses isolated in China are R-S-S-R. One pigeon strain contains seven potential glycosylation sites on the HA protein molecule, while all others have eight. There are 2 to 15 differences of amino acid sequences distributed at 24 different positions on the HA protein molecules among six H9N2 viruses. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes were co-circulating in China recently. Conclusion　The highest possibility is that human influenza A (H9N2) virus was derived from Chicken H9N2 virus, and not derived from pigeon H9N2 virus. However, it is still unknown whether the H9N2 virus could transmit from person to person. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes are co-circulating in China.     

认识甲型H7N9禽流感

自2013年3月31日中国疾病预防控制中心首次自3个不明原因肺炎患者标本中分离出甲型H7N9禽流感病毒,并对该病毒进行进一步研究,描述该病毒的基因结构,首次在中国发现并确诊了甲型H7N9禽流感患者。H7N9禽流感对禽类致病性低,而对人类致病性高,目前尚无人间传播的证据。本文就目前对甲型H7N9禽流感的资料进行总结、分析,从临床的角度对甲型H7N9禽流感的病原学、临床及流行病学资料进行整理、分析。     

Bedside chest radiography of novel influenza A （H7N9） virus infections and follow-up findings after short-time treatment

Background Influenza A （H7Ng） virus infections were first observed in China in March 2013.This type virus can cause severe illness and deaths,the situation raises many urgent questions and global public health concerns.Our purpose was to investigate bedside chest radiography findings for patients with novel influenza A （H7Ng） virus infections and the followup appearances after short-time treatment.Methods Eight hospitalized patients infected with the novel influenza A （H7Ng） virus were included in our study.All of the patients underwent bedside chest radiography after admission,and all had follow-up bedside chest radiography during their first ten days,using AXIOM Aristos MX and/or AMX-Ⅳ portable X-ray units.The exposure dose was generally 90 kV and 5 mAs,and was slightly adjusted according to the weight of the patients.The initial radiography data were evaluated for radiological patterns （ground glass opacity,consolidation,and reticulation）,distribution type （focal,multifocal,and diffuse）,lung zones involved,and appearance at follow-up while the patients underwent therapy.Results All patients presented with bilateral multiple lung involvement.Two patients had bilateral diffuse lesions,three patients had unilateral diffuse lesions of the right lobe with multifocal lesions of the left lobe,and the remaining three had bilateral multifocal lung lesions.The lesions were present throughout bilateral lung zones in three patients,the whole right lung zone in three patients with additional involvement in the left middle and/or lower lung zone（s）,both lower and middle lung zones in one patient,and the right middle and lower in combination with the left lower lung zones in one patient.The most common abnormal radiographic patterns were ground glass opacity （8/8）,and consolidation （8/8）.In three cases examined by CT we also found the pattern of reticulation in combination with CT images.Four patients had bilateral and four had unilateral pleural effusion.After a short period of treatment the pneumonia in one patient had significantly improved and three cases demonstrated disease progression.In four cases the severity of the pneumonia fluctuated.Conclusions In patients with influenza A （H7N9） virus infection,the distribution of the lung lesions are extensive,and the disease usually involves both lung zones.The most common imaging findings are a mixture of ground glass opacity and consolidation.Pleural effusion is common.Most cases have a poor short-time treatment response,and seem to have either rapid progressive radiographic deterioration or fluctuating radiographic changes.Chest radiography is helpful for evaluating patients with severe clinical symptoms and for follow-up evaluation.     

H7N9禽流感的病毒特征及其对人类健康的潜在威胁

H7N9病毒是一种来自鸟类的禽流感病毒毒株基因重配的新型病毒。H7N9病毒的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)在种间传播、病毒复制和致病性等方面起着重要作用。新型H7N9病毒最显著的特征之一是在家禽中无明显致病性,却能感染人类并引起较高的病死率。H7亚型禽流感病毒可有不同的NA亚型,具有较强的兼容性,已引起多次人类的感染事件。可以预见这种影响还将会持续并引起严重的公共卫生问题,必须对此加以高度关注。健全的防控网络的建立有助于最大限度地减少禽流感对人类健康和生命的危害。     

A broadly neutralizing human monoclonal antibody against the hemagglutinin of avian influenza virus H7N9

Background: The new emerging avian influenza A H7N9 virus, causing severe human infection with a mortality rate of around 41%. This study aims to provide a novel treatment option for the prevention and control of H7N9.Methods: H7 hemagglutinin (HA)-specific B cells were isolated from peripheral blood plasma cells of the patients previously infected by H7N9 in Jiangsu Province, China. The human monoclonal antibodies (mAbs) were generated by amplification and cloning of these HA-specific B cells. ...     

An overview of the recent outbreaks of the avian-origin influenza A (H7N9) virus in the human

Since the first human infection with influenza A (H7N9) viruses have been identified in Shanghai on March 31, 2013, the latest variant of the avian flu virus has spread across four Chinese provinces recently. Human infections with avian influenza are rare and this is the first time that human infection with a low pathogenic avian influenza A virus has been associated with fatal outcome. To date (May 5^th, 2013), China had reported 128 confirmed H7N9 infections in human, among 27 died. Most reported cases have severe respiratory illness resulting in severe pneumonia and in some cases have died. No evidence of sustained human-to -humans at this time, however, there is one family cluster with two confirmed cases for which human-to-human transmission cannot be ruled out. Recent evidence showed that the gene sequences of this novel H7N9 virus is primarily zoonotic and may be better adapted than other avian influenza viruses to infect human. Effective global infection control is urgently needed, and further surveillance and analyses should be undertaken to identify the source and mode of transmission of these viruses.