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相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 15 毫秒
1.
目的 基于RNA测序技术筛选肝细胞癌(HCC)中差异表达的环状RNAs(circRNAs),检测其在HCC组织中的表达变化,并探讨其与临床特征及预后的关系,为HCC提供潜在的分子标志物和治疗靶点。方法 选取56对HCC组织及其癌旁组织进行RNA测序,筛选出具有差异表达的circRNAs;采用RT-qPCR法在另外选取的15对HCC组织和配对的癌旁组织中对circRNA进行差异表达的验证;分别运用卡方、Cox比例风险模型及Kaplan-Meier法分析circRNA与HCC患者临床特征及预后的相关性;采用ROC曲线评估circRNA对HCC患者无复发生存期和总体生存期的预测价值。结果 基于56对HCC组织及其癌旁组织的RNA测序数据分析显示:在HCC组织中显著上调的circRNAs有17个,显著下调的circRNAs有45个(P<0.05);其中circRNA hsa_circ_0006834在HCC中异常低表达,并在另外15对HCC组织及其癌旁组织中进一步验证其在癌组织中显著低表达(P<0.05)。结合临床数据分析显示hsa_circ_0006834的表达与HCC患者的血管...  相似文献   

2.
目的 探讨环状RNA(circRNA)hsa_circ_0008591在乳腺癌中的表达及其对乳腺癌细胞生物学行为的影响。方法 运用高通量芯片数据分析筛选在乳腺癌组织中差异表达的circRNAs,确定hsa_circ_0008591为研究对象,并通过Sanger测序、核糖核酸酶R(RNaseR)处理等对其进行表征。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测hsa_circ_0008591在乳腺癌组织和细胞中的表达;进一步将质粒或小干扰RNA(siRNA)转染至乳腺癌细胞,采用实时无标记细胞分析技术(RTCA)、CCK-8增殖实验、EdU增殖实验和平板克隆形成实验检测hsa_circ_0008591对细胞增殖能力的影响。运用TargetScan等数据库预测互相作用的微小RNA(miRNA)和蛋白,同时进行功能富集分析;并运用Cytoscape软件绘制竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。结果 与癌旁组织比较,hsa_circ_0008591在乳腺癌组织中呈低表达(P=0.007 6);与人正常乳腺上皮细胞比较,hsa_circ_0008591在6种乳腺癌细胞株中的表达水平明显下调(P&...  相似文献   

3.
目的 探讨hsa_circ_0000073在骨肉瘤组织中的表达及其对骨肉瘤细胞脂质代谢的影响。方法 收集2020年1月至2022年1月贵州省人民医院就诊且经病理证实的10例骨肉瘤患者的肿瘤组织及癌旁组织,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测hsa_circ_0000073的表达水平。骨肉瘤细胞转染sh-NC和sh-hsa_circ_0000073,通过G418构建稳转细胞株,荧光显微镜和qRT-PCR验证干扰效率。使用GeneChip基因芯片筛选出差异表达基因并进行GO分析,R语言(3.6.3版本)的“clusterProfiler”包用于数据分析,“ggplot2”包用于数据可视化。骨肉瘤细胞和裸鼠异种移植双重模型上进行油红实验、尼罗红实验评估hsa_circ_0000073对骨肉瘤细胞脂质代谢的影响。结果 与癌旁组织比较,骨肉瘤组织hsa_circ_0000073表达水平升高(P<0.05)。转染sh-RNAs后,circ_0000073干扰组hsa_circ_0000073表达水平低于对照组(P<0.05)。干扰hsa_circ_0000073后,GeneCh...  相似文献   

4.
目的 检测circ_0000620在肺腺癌患者组织中的表达并且分析其与患者化疗耐药的相关性。方法 选取2018年1月至2020年1月在郑州大学第一附属医院确诊的120例肺腺癌患者的癌组织及癌旁组织,其中男73例,女47例,年龄≥55岁者71例,<55岁者49例,化疗耐药者28例,化疗敏感者92例。采用环状RNA(circRNA)高通量测序技术筛选出差异性表达的circRNA;使用divergent primer和测序技术证明circ_0000620在肺腺癌组织中是否存在且为环状;采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测人肺腺癌组织、癌旁组织、肺腺癌细胞株(A549、PC-9、SPC-A-1、NCI-H1299、NCI-H1395)和正常人支气管上皮细胞(NHBE)中circ_0000620的表达情况。结果 circ_0000620在肺腺癌组织中存在且为环状;肺腺癌组织中circ_0000620的表达水平高于其配对癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05);与化疗敏感组相比,化疗耐药组circ_0000620的表达水平升高,差异有统计学意义(P<0.05...  相似文献   

5.
目的 大多数环状RNA(circular RNA,circRNA)在肝癌中的潜在机制和特定功能仍不清楚。本研究通过生物信息学分析和临床肝癌组织与细胞系研究hsa_circ_0032664在肝癌中的差异表达,并探讨hsa_circ_0032664在肝癌中的生物学功能。方法 从基因表达数据库(GEO)中下载与肝癌相关的circRNA数据集(GSE164803和GSE97332),然后利用Rstudio软件进行差异表达分析。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测hsa_circ_0032664在肝癌组织和肝癌细胞系的表达水平,设计干扰片段siRNA干扰hsa_circ_0032664在肝癌细胞系(HepG2、MHCC97H)的表达,通过CCK8实验、细胞划痕实验、Transwell侵袭实验验证hsa_circ_0032664在肝癌中的生物学功能。结果 生物信息学分析发现hsa_circ_0032664在肝癌中低表达,qRT-PCR结果显示hsa_circ_0032664在肝癌组织和肝癌细胞系中低表达。干扰hsa_circ_0032664在HepG2、MHCC97H细胞中的表达后可促进肝癌细...  相似文献   

6.
目的 通过高通量测序技术筛选铝致认知障碍人群和正常人血液中差异表达的环状RNA(circRNA),以探讨circRNA在铝致认知障碍中的作用。方法 运用简易智力状态检查量表(mimi-mental state examination, MMSE)判断铝矿区老年人群认知水平,采集血液并测定血铝含量,选取高血铝水平认知正常人群为对照组(NC组),高血铝水平认知功能障碍人群为实验组(CI组),基于高通量测序技术获得差异表达的circRNA,运用生物信息学方法对上调最显著的circRNA可能结合的微小RNA(miRNA)及其可能参与铝致认知障碍的调控通路进行预估。结果 研究人员共收集十二个老年人的血液样品,其中3例高血铝认知正常,3例高血铝认知障碍,共筛查出差异表达的circRNA 539个,其中在CI组上调最突出的四种circRNA,依次为novel_circ_000349、novel_circ_004316、novel_circ_011663、novel_circ_017724,对其中结合匹配值最高的16个miRNA家族位点进行了分析,GO分析显示这些靶基因与转录调控、神经元的生长发育及神...  相似文献   

7.
目的 探究环状RNA hsa_circ_0006135在胃癌增殖、侵袭以及细胞上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)中的作用,及其影响胃癌进展的具体机制。方法 收集江苏大学附属人民医院普外科收治的45名胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织标本,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测hsa_circ_0006135在胃癌组织及胃癌细胞株(HGC-27和MGC-803)中的表达情况。体外培养胃癌细胞株HGC-27和MGC-803,分别敲减和(或)过表达hsa_circ_0006135、miR-1236-3p,克隆形成实验检测细胞增殖能力,Transwell小室检测细胞侵袭能力,并以Western blot检测各组细胞E-cadherin、Vimentin、N-cadherin、MTA2(metastasis-associated tumor gene family 2)蛋白表达情况。建立小鼠异种移植皮下瘤模型,观察敲减hsa_circ_0006135对胃癌细胞HGC-27体内成瘤的影响。结果 hsa_circ_0006135在胃癌组织和胃...  相似文献   

8.
目的 :探讨环状RNA hsa_circ_0002185对乳腺癌细胞瘤细胞活力和侵袭能力的影响及其作用机制。方法 :收集2018年1月至2020年1月在宁夏医科大学总医院接受根治性手术治疗的20对乳腺癌组织及癌旁,通过qRT-PCR检测hsa_circ_0002185和hsa-miR-1248在人乳腺上皮细胞MCF10A和人乳腺癌细胞(MCF-7、T47D、BT-474和SK-BR-3)中m RNA的表达水平。构建T47D-siCirc(hsa_circ_0002185沉默)和T47D-NC(空载体对照)细胞株系,并以T47D作为空白对照,qRT-PCR检测hsa_circ_0002185 m RNA的表达水平;分别采用CCK-8细胞活性实验、划痕实验和Transwell实验检测hsa_circ_0002185对T47D细胞的增殖、迁移和侵袭能力;免疫荧光实验检测E-cadherin和Vimentin表达;使用生物信息学网站Circular RNA Interactome预测hsa_circ_0002185可互补结合的miRNA,再根据Targetscan网站预测相应miRNA可靶向结...  相似文献   

9.
目的 探讨hsa_circ_0009043在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达及其临床意义。方法 采用实时定量PCR测定hsa_circ_0009043在OSCC细胞系及组织中的表达水平,并分析其与临床病理特征的相关性。用受试者操作特征(ROC)曲线评估hsa_circ_0009043在OSCC诊断中的价值。基于生物信息学分析预测hsa_circ_0009043的潜在功能。结果 hsa_circ_0009043在OSCC细胞系及OSCC组织中的表达水平低于癌旁组织及正常口腔角质细胞(均P <0.05),其表达水平与肿瘤大小及淋巴结转移有显著相关性(P=0.01,P=0.037)。ROC曲线下面积为0.676 9。基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及hsa_circ_0009043/miRNA/mRNA调控网络显示,hsa_circ_0009043与OSCC进展存在一定相关性。结论 hsa_circ_0009043可能成为一种OSCC的生物标志物,并参与OSCC的发生、发展。  相似文献   

10.
目的 探讨circRNA_0031269调控mi R-127-3p影响宫颈癌细胞的增殖及迁移。方法 选取深圳市南山区前海蛇口自贸区医院2020年3月—2021年4月妇科肿瘤专科收治的40例宫颈癌患者,经手术治疗切除的癌组织和癌旁组织。采用实时荧光定量聚合酶联反应(quantitativereal-time PCR,q RT-PCR)检测不同组织中circ RNA_0031269和mi R-127-3p的相对表达;双荧光素酶报告基因检测观察circRNA_0031269和miR-127-3p的靶向关系。采用MTT、Transwell细胞实验检测宫颈癌细胞增殖、迁移能力。结果 癌组织中circ RNA_0031269表达高于癌旁组织,mi R-127-3p表达低于癌旁组织(P<0.05);miR-127-3p过表达可降低WT-circ RNA0031269的荧光酶活性,与anti-miR-NC组比较,差异具有统计学意义(P<0.05);anti-miR-127-3p过表达可抑制He La细胞增殖、迁移,与anti-miR-NC组比较,差异具有统计学意义(P<0.05);抑...  相似文献   

11.
目的 探讨外周血hsa_circ_0105035表达水平与急性缺血性脑卒中(AIS)发生的关系,以及与脑梗死体积和临床检测指标的关联。方法 纳入AIS患者310例为病例组,另选择同期年龄与病例组相匹配的无脑卒中、冠心病等心脑血管疾病史的社区人群310例为对照组,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)测定所有研究对象外周血hsa_circ_0105035的表达水平,以Sanger测序和线性消化酶(RNase R)实验验证其环状结构,以核质分离实验明确其亚细胞定位。通过Image J软件计算得到AIS患者的脑梗死体积。结果 hsa_circ_0105035主要分布于细胞质。病例组患者的外周血hsa_circ_0105035表达水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。AIS患者外周血hsa_circ_0105035的表达水平与脑梗死体积呈负相关(rs=-0.127,P=0.045)。hsa_circ_0105035低表达组AIS患者的血小板体积分布宽度、乳酸脱氢酶含量高于hsa_circ_0105035高表达组,差异均有统计学意义(均P<0.05...  相似文献   

12.
目的 探讨环状RNA(hsa_circ_0000741)对乳腺癌癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及分子机制。方法 通过R语言limma包分析GSE182471和GSE165884数据集;通过常规培养乳腺癌细胞系MCF-7、MDA-MB-231和正常细胞系MCF-10A,提取细胞总RNA,逆转录后进行qRT-PCR测定目的基因表达量;通过lipo2000转染si-hsa_circ_0000741对目的基因进行敲减,将其编为si-hsa_circ_000074组,转染si-nc后将其编为si-nc组,并用qRT-PCR实验检验转染效率,之后进行集落和CCK-8实验对于si-hsa_circ_000074组和si-nc组之间的细胞增殖速率进行检验;开展划痕和侵袭实验对于si-hsa_circ_000074组和si-nc组之间的细胞迁移和侵袭能力进行进行检验。结果 GSE182471和GSE165884数据集取交集得出has_circ_0000741在两个数据集中癌组织组均显著上调;qRT-PCR实验发现hsa_circ_0000741在正常细胞系中表达量低于癌细胞系,在三阴性细胞系MDA-MB-...  相似文献   

13.
目的:利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of esophagogastric junc-tion,AEG)增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法:提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常黏膜组织的RNA。采用RNA高通量测序(测序深度200×),利用生物信息分析云平台进行差异基因筛选,同时对差异表达的基因构建共表达网络和circRNAs-miRNAs-mRNAs间的内源性RNA竞争机制(ceRNA)网络;利用RNA图谱共表达网络构建和内源性竞争RNA负相关分析,筛选出在AEG发生过程中可能发挥关键作用的circRNAs。并预测可与该circRNA存在ceRNA关系的miRNAs和mRNAs;通过qRT-PCR等方法对该circRNA在胃癌组织、癌旁组织中的表达进行验证。结果:通过RNA高通量测序,共预测得到46 553个circRNAs,对测序数据进行严格质控,得到26个差异表达的circRNAs(fold change≥2或fold change≤0.5,false discovery rate<0.05),其中10个circRNAs表达上调,16个circRNAs 表达下调。对组织样本进行mRNA和miRNA测序分析,构建circRNAs-miRNAs-mRNAs间的ceRNA网络、RNA图谱共表达网络和内源性竞争RNA负相关分析。结果表明,has_circ_0007766在AEG肿瘤组织中特异性高表达,可能在AEG发生发展过程中起关键作用;同时发现,miR4492与circRNA0007766和MET mRNA均有结合位点。结论:has_circ_0007766可能通过miR4492-circRNA0007766-MET mRNA的ceRNA网调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭,是AEG发生发展的关键circRNA。  相似文献   

14.
目的:探讨hsa_circ_0001479在胃癌(gastric cancer,GC)组织中的表达情况及其对胃癌细胞生物学行为的影响。方法:建立实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测hsa_circ_0001479表达量的方法并进行方法学性能评价;通过RT-qPCR检测76对胃癌组织和配对癌旁组织中hsa_circ_0001479的表达水平并分析其表达量与临床病理参数的关系;构建针对hsa_circ_0001479的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)和过表达载体,转染至胃癌细胞株,通过CCK-8实验、克隆形成实验检测细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞周期分布,划痕实验检测细胞横向迁移能力,Transwell实验检测细胞侵袭和迁移能力。结果:RT-qPCR检测hsa_circ_0001479表达量的方法具有良好的精密度、正确度和线性;hsa_circ_0001479在胃癌组织中表达增高且表达水平与肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期和CA19-9水平有关;细胞功能实验显示,在胃癌细胞株中干扰hsa_circ_0001479的表达可抑制胃癌细胞的增...  相似文献   

15.
目的 :明确环状RNA 0629(circRNA_0629)在胆囊癌(gaubladder carcinoma,GBC)患者中的临床意义及其与预后的关系。方法 :采用生物信息学分析GSE100363与GSE121714芯片结果,筛选出可能与GBC转移相关的circRNAs。收集110例GBC患者的癌组织与癌旁组织,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证circRNAs的表达水平。采用卡方检验分析circRNAs表达与临床病理特征的关系。采用卡普兰-迈耶(K-M)法和时序检验分析circRNAs表达与总体生存期(OS)的关系。采用Cox比例风险回归模型分析GBC预后的影响因素。采用受试者工作特征(ROC)曲线评估circRNAs诊断GBC肝转移和TNM分期的曲线下面积(AUC)值。结果 :共筛选出3种circRNAs,分别为circRNA_049637、circRNA_402458、circRNA_0629。癌组织中circRNA_0629表达较癌旁组织升高。癌组织中circRNA_049637和circRNA_402458表达与癌旁组织比较,差异无统计学意义。circRNA_06...  相似文献   

16.
目的 检测环状RNA-IARS(hsa_circ_0087493,circRNA-IARS)在胰腺癌组织中的表达水平并探讨其表达与临床病理特征及预后的关系.方法 利用环状RNA(circular RNA,circRNA)芯片比较胰腺癌Hs 766T与Hs 766T-L2细胞circRNA表达差异,并用实时定量PCR (qRT-PCR)验证,结合生物信息学分析选择circRNA-IARS;用qRT-PCR检测25对胰腺癌组织及配对癌旁组织中circRNA-IARS和linar-IARS(线性IARS)的表达水平;同时检测115例胰腺癌中circRNA-IARS表达水平,并分析其与胰腺癌临床病例特征和预后的关系.结果 circRNA芯片示Hs 66T-L2细胞中28条circRNA表达上调.circRNA-IARS在胰腺癌组织表达水平明显高于癌旁组织中(P<0.05),linar-IARS表达无差异(P>0.05);circRNA-IARS表达水平与淋巴结侵袭、血管侵袭、肝转移及肿瘤TNM分期有关(P<0.05),linar-IARS表达与临床病理特征无关(P>0.05);circRNA-IARS高表达组患者术后生存时间明显短于低表达组(P<0.05).结论 circRNA-IARS在胰腺癌组织中高表达,与肿瘤淋巴结侵袭、血管侵犯、肝转移及TNM分期有关,并影响患者预后.  相似文献   

17.
目的:探究circ_0000515在乳腺癌进展中的可能作用机制。方法:通过GEO数据库下载乳腺癌circRNA芯片数据集(GSE101123)并采用R语言进行表达差异分析,筛选出目标circRNA分子作为研究对象并检测其在乳腺癌细胞株和组织中的表达;生物信息学分析与选择该circRNA的目的miRNA,及后者对应的靶向mRNA,并采用双荧光素酶实验和蛋白质印迹进行验证;将目标circRNA的siRNA转染人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞,CCK-8实验和划痕实验观察细胞的增殖和迁移,荧光定量PCR(qRT-PCR)检测RNA表达,蛋白质印迹实验检测mRNA编码蛋白的表达。结果:选择和下载GSE101123数据集后用R语言筛选出5个高表达的circRNA分子,选定其中的circ_0000515作为研究对象,生物信息学分析得出circ_0000515、miR-1296-5p和细胞周期蛋白依赖性激酶2(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)三者之间可能存在靶向关系。qRT-PCR结果显示,circ_0000515中乳腺癌细胞株MCF-7和MDA-MB-23...  相似文献   

18.
目的:检测环状RNA(circularRNA,circRNA)在结直肠癌组织及对应癌旁组织中的表达谱变化?方法:应用高通量circRNA芯片技术筛选6例人结直肠癌组织及对应癌旁组织中circRNA表达谱差异,经过对原始数据进行预处理?归一化后,筛选出差异表达的circRNA,并对其进行聚类分析?结果:结直肠癌组织与癌旁组织之间存在892种circRNA的差异表达,其中在肿瘤组织中高表达的有412条,低表达的有480条(变化>2倍且P < 0.05)?结论:结直肠癌组织与对应癌旁组织比较,circRNA表达谱发生了显著变化,提示这些差异表达的circRNA可能与结直肠癌的发生发展密切相关?  相似文献   

19.
王冰  吕艳玲 《海南医学》2022,(14):1769-1773
目的 探讨右美托咪定对直肠癌细胞增殖、凋亡的影响及分子机制。方法 收集2017年1月至2021年1月宝鸡市人民医院收治的88例直肠癌患者的癌组织及癌旁组织标本。采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测肠癌组织和细胞中circ_0072995的表达水平;分析circ_0072995表达与临床病理关系。SW480细胞分为con组、Dex1μmol/L组、Dex 2μmol/L组、Dex 5μmol/L组、si-circ_0072995组、si-NC组、Dex+pcDNA-circ_0072995组、Dex+pcDNA组;MTT法检测细胞增殖抑制率;克隆形成实验检测克隆形成数;流式细胞术检测细胞凋亡率。结果 直肠癌组织中circ_0072995表达水平为2.36±0.15,明显高于癌旁组织的1.00±0.02,差异有统计学意义(P<0.05);circ_0072995表达水平与TNM分期及淋巴结转移有关(P<0.05);不同浓度右美托咪定处理后SW480细胞增殖抑制率和凋亡率升高,克隆形成数减少,circ_0072995表达水平降低,呈浓度依赖性,差异均有统计学意义(P&l...  相似文献   

20.
目的: 探讨Graves病患者外周血单个核细胞(PBMCs)中环状RNA(circRNA)的表达谱及其潜在的诊断价值。方法: 选取5例Graves病患者和5例健康对照者,采用二代高通量测序技术分析PBMCs中circRNA表达谱。另选取40例Graves病患者和40例健康对照者验证差异表达的circRNA;根据CircInteractome数据库预测可能与差异表达的circRNA相结合的微小RNA(miRNA);运用生物信息学分析差异表达的circRNA潜在的生物学功能;ROC 曲线分析差异表达的circRNA对Graves病的诊断价值。结果: 二代高通量测序数据显示,与健康对照相比,Graves病患者PBMCs中circRNA有23 215个表达上调,13 695个表达下调,其中显著差异表达(差异倍数≥2, P≤0.05)的有669个,包括360个上调和309个下调的circRNA。实时荧光定量PCR验证显示hsa_circ_0114427、hsa_circ_0007470、hsa_circ_0048232、hsa_circ_0002672表达水平与高通量测序结果一致,且两组间差异具有统计学意义(P<0.01和P<0.05),hsa_circ_0039161和hsa_circ_0002600表达两组间无明显差异。GO富集分析显示,上调的circRNA与高分子代谢、细胞内膜结合细胞器、转移酶激活等过程关系密切。KEGG分析显示,差异表达的circRNA可能参与甲状腺激素信号、磷脂酰肌醇信号系统、非小细胞肺癌等相关信号通路。ROC曲线显示hsa_circ_0114427具有较大的曲线下面积。结论: Graves病患者PBMCs中存在明确差异表达的circRNA,hsa_circ_0114427可能与Graves病的发生发展有关。  相似文献   

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