烟草根黑腐病菌ISSR标记的遗传多样性分析

为从分子水平揭示烟草根黑腐病菌的群体遗传学特性,应用简单重复性序列间区(ISSR)分子技术对我国重庆、甘肃、贵州、河南及云南5个不同烟草根黑腐病菌地理种群54株菌株进行了遗传多样性和分化研究。结果表明:用筛选的5个多态性引物扩增ISSR条带平均为9.6条(8~12条),其中多态性条带平均3.6条(2~5条)。总样本Nei's指数h为0.350 7,香农指数I为0.521 5;基因分化系数GST为0.338 9,基因流Nm为0.975 6。5个种群的遗传距离在0.113 4~0.275 2之间,河南种群和其他4个地理种群的遗传相似度均较高,遗传距离较近;贵州种群除与河南种群遗传相似度较高外(0.804 8),与其余种群的相似度均较低。NTsys 2.10e聚类分析结果显示,不同菌株遗传相似系数为0.82~1.00,当相似系数为0.84时,菌株聚为5支。说明我国烟草根黑腐病菌基因多样性较高,不同种群存在遗传分化现象,种群间基因流动大。     

烟草种质资源遗传多样性与群体结构分析

发掘优良基因,为改良烟草品种提供理论依据。采用ABI-3500xl遗传分析仪对87份烟草种质材料进行多态性检测。在87份烟草种质中,41对SSR引物共检测出241条多态性位点,平均为5.88个位点。遗传相似系数为0.47~0.91,PIC值为0.23~0.91,平均为0.63。群体结构分析表明,当K=2时,△K值最大,即87份烟草材料可划分为2个类群P1和P2,P1类群又可划分为5个亚类,P2类群可划分为2个亚类。烟草种质资源遗传多样性丰富,群体结构划分与种质类型不完全相关。     

云南省烟草镰刀菌根腐病菌遗传多样性分析

【背景和目的】尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）引起的根腐病是烟草主要的土传病害,在云南烟区普遍发生。为分析云南省不同地理来源尖孢镰刀菌的遗传差异性和亲缘关系。【方法】采用ISSR(inter-simple sequence repeat)和SRAP(sequencerelated amplified polymorphism)分子标记技术分析40株菌株遗传多样性。【结果】（1）采用ISSR技术,供试的7条引物共扩增出53条条带,其中多态性条带44条,平均多态性条带83.02%。菌株间的遗传相似系数为0.49～0.96,存在遗传背景差异。遗传相似系数为0.68时,40株菌株可分为3个类群。（2）采用SRAP技术,供试的7对引物共扩增出44条条带,其中多态性条带32条,平均多态性条带72.73%,菌株间的遗传相似系数为0.55～0.96。遗传相似系数为0.70时,40株菌株可分为3个类群,结果与ISSR一致。【结论】云南省烟草尖孢镰刀菌菌株间遗传差异大,ISSR和SRAP分子标记技术可用于烟草尖孢镰刀菌的遗传多样性分析。     

豫南烟区烟草青枯病菌的致病力及遗传多样性分析

为有效防控豫南烟区烟草青枯病,对来自信阳市罗山县、驻马店市确山县和遂平县的烟草青枯病菌的致病力和遗传多样性进行了测定分析。人工接种试验表明,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力分为强、中和弱3种,不同寄主来源的烟草青枯病菌具有显著的致病力差异。从100个随机引物中筛选出8个扩增条带清晰且具有丰富多态性的引物用于不同地区烟草青枯病菌菌株DNA的RAPD分析,共扩增出720条带,其中多态性带占88.9%。聚类结果和遗传相似系数分析显示,供试菌株可分为A、B两大类,遗传相似系数范围为0.49~1.00,且供试菌株间的遗传相似性与其地理来源有一定的相关性。综上所述,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力存在明显差异且其DNA具有丰富的遗传多样性。     

河南植烟区烟草黑胫病菌生理小种的鉴定及遗传多样性分析

为了探索河南主要烟草种植区烟草黑胫病菌生理小种及遗传分化关系,采用实验室组织培养瓶鉴定法对从河南烟叶产区分离到的28株黑胫病菌进行了生理小种鉴定,同时利用RAPD熔解曲线分析法(McRAPD)对28株烟草黑胫病菌进行了遗传多样性分析。结果表明:1从28个烟草黑胫病菌分离株中准确鉴定出25株1号生理小种,占供试菌株的89.2%,其余3株黑胫病菌的生理小种类型尚未确定;2采用非加权组平均法(UPGMA),以遗传距离0.79将供试的28个菌株划分为6个遗传聚类组,除部分同一或临近烟区的菌株被划分为同一遗传聚类组外,大多数菌株的遗传分化与地理位置远近没有直接的相关性,与生理小种类型的划分也没有直接的相关性。     

烟草黑胫病菌研究进展(Ⅲ)

综述了烟草黑胫病菌抗甲霜灵菌株群体动态及抗性水平 ,抗药性产生的原因 ,抗甲霜灵菌株的生物学性状遗传与变异 ,甲霜灵对烟草黑胫病菌的毒性作用方式 ,烟草黑胫病菌对甲霜灵抗性的遗传稳定性 ,对甲霜灵的抗药性治理策略和核酸分子杂交技术、PCR、RAPD、RFLP、ELISA技术在烟草黑胫病菌研究中的应用以及烟草黑胫病菌毒性遗传等方面的最新研究进展。     

基于SSR分子标记的普通菜豆种质遗传多样性分析

建立SSR-PCR反应体系对69份菜豆种质资源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA法进行聚类分析及类群划分。17对SSR标记共检测获得等位变异位点55个,变幅2～5个,平均每对检测到标记3.24个;17对引物的多态性位点数17个,多态性百分含量100%。根据聚类分析结果：材料间遗传相似性系数（GS）变异范围0.392～0.963,平均值为0.659;在遗传相似系数0.67水平上将69份菜豆种子材料分为4个类群,说明普通菜豆种质遗传多样性丰富。     

23株酵母菌株遗传亲缘关系的SRAP分析

探讨酵母菌株间的遗传亲缘关系以及遗传多样性,为酵母菌株的分类和鉴定提供科学依据.利用44个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对23株酿酒酵母菌株进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性的评价.结果表明,从160个SRAP引物组合中筛选得到44个多态性引物组合,共检测到529条DNA带,其中多态性条带有465个,多态性条带百分率为86.20％,平均每个引物组合产生多态性条带10.1个.各菌株遗传相似系数在0.531～0.813之间,平均遗传相似系数为0.671;根据UPGMA聚类分析,23株酵母菌种在遗传相似系数0.610处被分为两大类群,在遗传相似系数0.705处被进一步划分为6个亚类群.第Ⅰ大类又分为Ⅰ a(包括1、2、4、7、10、11、12、14和13号酵母菌株)、Ⅰ b(包括15、16、19、20和21号酵母菌株)、Ⅰ c(包括17和23号酵母菌株)及Ⅰ d(18号酵母菌株);第Ⅱ大类分为Ⅱa(包括3、8、9和6号酵母菌株)和Ⅱb(包括5和22号酵母菌株).主成分(PCA)分析结果与此一致.这也与形态及生理特性的分类基本相似.SRAP标记技术能很好地用于酿酒酵母遗传亲缘关系、菌种鉴定和分类的研究,是一种经济、有效和可靠的分子标记技术.     

ISSR标记分析油菜黑胫病原菌遗传多样性

利用ISSR分子标记技术分析了油菜黑胫病菌（Leptosphaeria biglobosa）的遗传多样性。分离获得国内菌株84株,并以15株国外（英国、加拿大、波兰）油菜黑胫病菌菌株作为参照,利用筛选出的24条引物对这99株病原菌进行ISSR—PCR扩增。共扩增出245条带,遗传相似性系数为0．65～1．00,国内和国外油菜黑胫病菌菌株很明显被分为两个菌群,中国84株菌基本按地理来源分为5个类群,只有江苏省菌株分布于各个类群。各省的Nei’s基因多样性指数范围是0．1081～0．2527,而香农（Shannon’S）信息指数的范围是0．1575～0．3726,顺序为江苏〉湖北〉安徽〉内蒙古〉上海〉四川。中国与英国和加拿大菌株的遗传一致度分别为0．8343和0．7839。     

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

为准确评价部分烟草种质资源的遗传多样性,利用42对已发表多态性较好的烟草SSR标记引物对38份烤烟种质资源进行分析,筛选出22对引物在这些种质间存在多态性,平均等位位点数为3.68个,Nei's多样性指数平均为0.451,Shannon信息指数平均达0.789。UPGMA聚类分析表明,红花大金元有明显特异性。遗传结构分析显示,参试材料可分为2个类群,类群1和类群2分别包含16份和22份种质材料,且类群1变异范围大于类群2,类群2材料多表现为自然株高在210 cm以下,叶数20~25,茎围10~11 cm,田间赤星病较严重,青枯病发病相对较轻。研究结果为提升SSR分子标记筛选效率和部分烤烟种质创新应用提供理论依据。     

基于ISSR标记的云南紫苏资源的遗传多样性研究

利用14条引物对滇产16份紫苏资源的遗传多样性进行ISSR分析,共扩增出128条条带,其中81条为多态带,平均多态率为62.54%,表明云南紫苏资源的遗传多样性程度较高。采用SPSS16.0软件分析,16份滇产紫苏资源间的Rogers-Tanimoto相似性系数界于0.463～0.882之间。UPGMA法聚类将16份紫苏资源分为5类,分别对应紫苏种下的5个变种,研究结果为云南紫苏种下变种的分类提供了分子水平的依据。     

山西与我国芝麻主产区种质资源遗传多样性比较分析

利用10对AFLP引物对98份山西和主产区河南、安徽等芝麻种质资源进行了检测,共扩增出273条清晰条带,其中多态性条带210条,多态性率为76.9％.不同引物组合的平均多样性信息含量（PIC）在0.164～0.271之间,平均为0.210.不同省份芝麻种质资源的Shannon指数在0.091 ～ 0.454之间,以山西最高.98份资源间的遗传相似系数在0.280～0.996之间,平均为0.798.其中,山西芝麻种质资源的遗传相似系数变化范围最广,平均值最低.聚类结果显示河南、安徽、湖北和江西等4个省份的资源遗传关系较近.群体结构分析将98份材料分为两组,其中一组全部来源于山西.以上结果表明山西芝麻资源与芝麻主产区资源的遗传关系较远,因而应加大对非主产区芝麻种质资源的发掘和利用.     

利用MFLP标记分析栽培种花生遗传多样性

利用5对多态性良好的锚定微卫星片段长度多态性（MFLP）引物,对包含两大亚种四大类型的18份花生栽培种质的遗传多样性进行分析。5对引物共扩增出291条带,其中多态性条带236条,多态率为81.1%。供试材料间的遗传相似系数值在0.3143～0.8286之间,平均为0.5862。UPGMA聚类分析将18份供试材料按照亚种聚为两类（I,II）;在两大类群下,大多数品种基本按照类型聚类,少数存在交叉。本研究结果表明,MFLP分子标记技术能有效检测栽培种花生的遗传变异,且在遗传关系分析及分子分类上有较高的效率。     

利用SRAP标记分析油莎豆遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对14份不同地理来源的油莎豆资源进行分析,研究其遗传基础和遗传多样性。结果表明,38对具有多态性的SRAP引物组合共扩增出375条带,其中多态性带共306条,多态性条带比率为81.6%,平均每对引物组合的多态性条带为8.1条。UPGMA聚类分析表明,14个参试材料间的遗传距离在0.09至0.72之间,平均为0.37;材料8与材料9的遗传距离最大,为0.72,二者具有较高的遗传差异。研究结果表明我国油莎豆种质资源遗传基础较为丰富;有利于在不同地理区域间进行引种、利用以及品种培育等。     

黑龙江省大豆灰斑病菌遗传多样性

从100对AFLP引物组合中筛选出多态性高且稳定性好的10对引物组合,对2006-2009年采自黑龙江省各大豆主要产区的121个大豆灰斑病菌菌株进行AFLP分析,得到148个多态性条带。用UPGMA聚类分析,121个菌株被归类于111个不同单元型（带型）,以彼此间的遗传距离小于0.81为界,将111个单元型划分为6个遗传系谱。其中L03、L05和L06为黑龙江大豆灰斑病的优势系谱。L02分布地域比较狭窄,为黑龙江大豆灰斑病的稀有遗传系谱。     

Genetic diversity of Gram-negative, proteolytic, psychrotrophic bacteria isolated from refrigerated raw milk

The random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting technique was used to assess the genetic diversity of 70 isolates of Gram-negative proteolytic psychrotrophic bacteria that were isolated from refrigerated raw milk. Three oligonucleotides, which generated 87 fragments of polymorphic DNA, were used in the amplification reactions. The genetic distance values calculated using Jaccard's coefficient showed there was high genetic variability among the isolates. Cluster analysis procedures suggested that the genetic variability among isolates belonging to the same species was as high as the variability among different species. Clustering by the UPGMA hierarchical method and data graph dispersion indicated a tendency of the isolates to group according to whether they did or did not ferment glucose.     

Genetic analysis of Turkish rice varieties (Oryza sativa L.) using seed storage proteins and RAPD markers

Due to an increasing demand for rice in Turkey, assessing and maintaining genetic variability in rice cultivars is essential for the success of rice breeding programs. Genetic polymorphisms in seed storage proteins (SSP) and RAPD markers were evaluated among different Turkish cultivars of Oryza sativa L. Twenty-one rice cultivars of Turkish origin and 11 rice cultivars from Bulgaria, France, Italy and Russia were analyzed. SDS-PAGE profiles from SSP of 20 cultivars showed similar expression patterns. Seven polymorphic and reproducible RAPD primers produced 42 bands ranging from 250 to 2,500 bp; 29 were polymorphic (69%) and 13 monomorphic (31%). Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) was performed to generate a pairwise genetic distance (or similarity) matrix. A rooted dendrogram resulted in two main groups based on Jaccard’s coefficients. Sürek-95, Serhat-92, and Rocca were placed in one group, and all other cultivars in another group. Principle coordinate analysis was also conducted and the results supported UPGMA results, where Sürek-95, Serhat-92, and Rocca were distinct from all other cultivars. Our results suggest that the rice cultivars screened in this study exhibit narrow genetic diversity. In addition, RAPD-based genetic characterization can aid in both conservation and selection of desired rice cultivars in future breeding studies.