贵州黔东南侗族不同酸化程度腌鱼的微生物多样性分析

文章探讨贵州黔东南侗族不同酸化程度腌鱼的微生物多样性及群落结构差异,为研究贵州黔东南侗族传统腌鱼过度酸化问题奠定基础。通过高通量测序分析正常腌鱼与过度酸化腌鱼的微生物多样性及群落结构差异,并通过感官对正常腌鱼和过度酸化腌鱼的品质进行评价。结果表明：所有腌鱼样品中,细菌优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌优势菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势细菌为乳酸菌(Lactic acid bacteria, LAB),优势真菌为酵母菌(Yeast)。经α多样性分析,过度酸化腌鱼细菌群落多样性高于正常腌鱼。经群落结构差异分析,S组(过度酸化腌鱼)与W组(正常腌鱼)细菌群落结构差异明显,S组细菌菌群一致性更高,S组中乳植物杆菌属(Lactiplantibacillus)显著高于W组,W组中四联球菌属(Tetragenococcus)显著高于S组。S组中真菌威克汉姆酵母(Wickerhamomyces)显著高于W组,W组的炭疽菌属(Colletotrichum)显著高于S组。通过感官评价,S组腌鱼因过度酸化,煎炸后不能成型,口感差,品质低于W组。结论：过度酸化的腌鱼品质下降,细菌群...     

四川传统腊肉中微生物群落结构研究

为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌;在腊肉样品中共检测出5个细菌门,共有优势门为厚壁菌门(Firmicutes),62个细菌属,共有优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus);4个真菌门,共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),70个真菌属,共有优势属为曲霉属(Aspergillus)。主成分分析结果表明,不同来源的样品间微生物组成有一定差异,为四川传统腊肉的品质控制提供参考依据。     

不同工厂豇豆泡菜发酵过程中理化特性及细菌群落多样性研究

基于高通量测序技术解析了两个不同工厂（J厂和W厂）豇豆泡菜发酵过程中细菌群落动态变化规律。结果表明,发酵第1天,弧菌属（Vibrio）和魏斯氏菌属（Weissella）主导了J厂,而乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）是W厂发酵第1天的主要菌属,在发酵15 d后,乳杆菌属（Lactobacillus）在J厂和W厂均占绝对主导地位。两家工厂发酵初期的细菌群落结构差异较大,但随着发酵进行,菌群结构逐渐相似。从豇豆泡菜的理化指标来看,两家工厂豇豆泡菜的pH和草酸含量逐渐降低而总酸、乳酸和乙酸含量显著增加,J厂总酸和乳酸含量高于W厂,而后者pH、盐度和乙酸含量更高。     

蒙古族奶酪成熟过程中微生物群落多样性分析

以自然发酵蒙古族奶酪为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析蒙古族奶酪成熟过程中微生物群落的多样性及动态变化。结果表明,奶酪成熟10 d时微生物群落丰度和多样性最高,之后多样性先减少后增大。凝乳、奶酪成熟0 d和30 d时微生物群落结构差异较小,凝乳、奶酪成熟10 d和20 d时微生物群落结构差异较大。发酵凝乳及奶酪样品中细菌属以乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）和明串珠菌属（Leuconostoc）为主,其中乳球菌属（Lactococcus）是主要优势细菌,参与整个成熟过程;真菌属以地霉菌属（Geotrichum）、孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母菌（Issatchenkia）、毕赤酵母菌属（Pichia）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为主。此外,在奶酪成熟过程中首次发现拉恩氏菌属（Rahnella）和拉乌尔菌属（Raoultella）,其可能会引起奶酪风味的变化,并对奶酪安全性产生影响。     

应用高通量测序法检测南疆传统酸奶中微生物多样性

采用高通量焦磷酸测序技术和传统培养法对3?份阿图什和1?份乌什传统发酵酸奶进行微生物群落多样性分析。结果表明：4?份样品在3?种培养基上的微生物数量和种类存在差异,即从MRS、YGC及?Lee氏培养基上得到的质量控制后细菌有效序列为20?669条,真菌质量控制后有效序列为293?677?条。在细菌水平上,厚壁菌门（Firmicutes）为各样品中占优势细菌门,丰富度最高,其次为变形菌门（Proteobacteria）;属于厚壁菌门的乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）为其中占优势细菌属。在真菌水平上,子囊菌门（Ascomycota）为占优势真菌门,其次为担子菌门（Basidiomycota）;属于子囊菌门的酵母菌属（Saccharomyces）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为占优势真菌属。本研究结果为新疆传统发酵酸奶微生物资源开发、应用提供了微生物多样性依据。     

高通量测序结合传统微生物培养研究酱醪中微生物多样性及群落变化

为了探究不同发酵时期酱醪中微生物群落结构及其动态变化,采用传统可培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法,研究0～6个月酱醪中的微生物群落多样性和动态变化。结果显示,酱醪发酵整个阶段细菌群落厚壁菌门(Firmicutes)占94.04%,为优势菌门。四联球菌属(Tetragenococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)分别占41.55%和25.84%,为优势菌属。发酵前期非嗜盐乳酸菌含量最高,活菌数达到10⁸ CFU/mL,发酵中期乳酸菌种类和数量逐渐减少,发酵后期以嗜盐乳酸菌为主导。真菌群落主要以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,占99.83%;Starmerella、Candida和Aspergillus为优势真菌属,该研究首次发现Starmerella在酱醪发酵过程中作为主要真菌属。研究表明,酱醪发酵主要参与的微生物是米曲霉、酵母菌和乳酸菌,其中米曲霉仅存在于发酵前期,发酵中期主要以乳酸菌为主要菌属,发酵后期以嗜盐乳酸菌和酵母菌为主。探究酱油酿造中微生物的变化规律,有利于指导人工添加乳酸菌和酵母菌来提高国内酱油的风味和品...     

韶关和衡阳地区自然发酵辣椒微生物群落多样性及功能差异

利用高通量测序技术对衡阳和韶关地区的自然发酵辣椒微生物多样性进行解析,并结合基于标记基因序列来预测功能丰度（phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states 2,PICRUSt2）软件预测菌群功能差异。结果表明,相比韶关地区,衡阳地区自然发酵辣椒具有更多的OTUs数目和更高的多样性。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是衡阳和韶关地区自然发酵辣椒的优势菌门,其两者相对丰度之和大于94%。在属水平上,Rosenbergiella(42.59%～48.77%)、假单胞菌属（Pseudomonas,7.36%～10.24%）和泛菌属（Pantoea,4.94%～6.99%）是衡阳地区自然发酵辣椒的优势菌属;韶关地区自然发酵辣椒中葡萄球菌属的相对丰度最高,可达76.15%～81.67%。PICRUSt2预测结果表明,衡阳和韶关地区自然发酵辣椒在20条二级代谢通路上存在显著差异（P <0.05）,包括碳水化合物代谢、脂质代谢、核苷...     

自然发酵酸鱼中微生物群落多样性与理化性质分析

为探讨自然发酵酸鱼中微生物群落与理化性质的关系,对自然发酵酸鱼的主要理化性质进行测定,并采用高通量测序技术研究酸鱼中的微生物多样性,根据Spearman相关系数探究优势微生物与理化指标的相关性。结果显示,自然发酵酸鱼的pH值、总酸、氨基酸态氮、挥发性盐基氮和丙二醛的含量分别为4.28～4.38、3.37%～3.86%、0.62 g/100 g～0.69 g/100 g、30.51 mg/100 g～37.10 mg/100 g和1.81 mg/kg～2.72 mg/kg;检测出苯乙胺、腐胺、尸胺、组胺和酪胺5种生物胺。微生物多样性结果显示乳杆菌属和梭菌属是主要的细菌属;哈萨克斯坦酵母属是主要的真菌属。相关性分析显示乳杆菌属、哈萨克斯坦酵母属与氨基酸态氮呈正相关,而与挥发性盐基氮、丙二醛、组胺和尸胺均呈负相关。该研究揭示乳杆菌属和哈萨克斯坦酵母属在酸鱼品质形成中发挥着重要作用,为进一步筛选功能性微生物用于酸鱼发酵提供理论基础。     

苗家白酸汤中微生物群落多样性研究及其优势微生物的筛选

以贵州传统特色民族食品苗家白酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对白酸汤中微生物的群落组成及多样性分析;结合传统可培养技术对白酸汤中优势微生物进行筛选,以糯米粉为发酵底物,模拟白酸汤发酵试验筛选发酵性能较好的优势菌株,并对其进行分子生物学鉴定。结果表明:白酸汤中主要优势微生物为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces);共筛选到发酵性能较好的优势菌株20株,其中干酪乳杆菌4株,副干酪乳杆菌2株,细菌菌株2株,酿酒酵母8株、克鲁维酵母2株、毕赤酵母2株。其中干酪乳杆菌MY4-1产酸量最高,达1.392±0.024 g/100 g;酿酒酵母YJ24菌株降糖率达72.84%;干酪乳杆菌TLM3-2、马克斯克鲁维酵母YJ1、曼氏毕赤酵母YX5等菌株感官得分较高。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段(鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束)腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异.结果表明:5个加工阶段分别获得80155、80116、80174、80114、8017...     

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异.结果 表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99.分析...     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明,样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化,发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales）,发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长,根霉属和曲霉属相对丰度都在降低,而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律,为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

夏冬两季青稞酒发酵过程中酒醅微生物菌群多样性分析

运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)研究夏冬两个季节青稞酒醅发酵过程中的微生物菌群结构和生物多样性.结果 显示,在青稞酒醅发酵过程中,夏季酒醅细菌种群多样性要高于冬季,而夏季真菌种群多样性低于冬季;真菌属水平上,夏季微生物组成比冬季更为丰富,在发酵过程中,夏季的青稞酒醅中Pichi...     

基于高通量测序技术分析朝鲜族传统米酒及其酒曲中微生物群落多样性

以吉林延边朝鲜族地区酒曲及其发酵后粗滤和精滤米酒为研究对象,分别采用Illunina MiSeq、Illunina HiSeq高通量测序平台对朝鲜族传统米酒及其酒曲中细菌16S rDNA V3区和真菌ITST1区进行测序,分析其微生物群落结构多样性。结果表明,本次测序深度有效地覆盖其微生物种类,酒曲及米酒中细菌和真菌有丰富多样性;与酒曲相比,米酒中微生物群落结构存在显著差异,粗滤、精滤米酒间微生物群落结构具有一定相似性。在属水平下,酒曲和米酒样品中共鉴定出147 个细菌物种,酒曲中优势菌种为假单胞菌属（Pseudomonas）（5.00%）、肠杆菌属（Enterobacter）（4.28%）,2 种米酒中优势菌均为乳杆菌属（Lactobacillus）（粗滤米酒3.72%、精滤米酒7.73%）和肠杆菌属（粗滤米酒6.31%、精滤米酒4.41%）;在种水平下,真菌菌属共鉴定出12 个物种,酒曲中优势菌为普鲁蓝久浩酵母（Guehomyces pullulans）（10.22%）,2 种米酒中优势菌均为酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）（粗滤米酒49.48%、精滤米酒81.52%）和伯顿丝孢毕赤酵母（Hyphopichia burtonii）（粗滤米酒29.47%、精滤米酒6.43%）。     

鲟鱼发酵过程中微生物的演替变化分析

为了解鲟鱼发酵中细菌群落多样性及动态演替规律,为发酵鲟鱼的品质提供理论数据,利用Illumina HiSeq测序平台,采集鲟鱼发酵过程中的7个阶段的样品,对样品中的细菌16S rDNA V4~V5区进行测序和系统发育分析。结果表明,样品获得序列数平均为46 463条,各个发酵阶段的操作分类单元数目分别为新鲜鱼样1 064,腌制鱼样952;发酵5 d 454,发酵10 d 442,发酵20 d 327,发酵25 d 372和发酵35 d 356。7组样品中总体细菌组成较为复杂,含有38个门、196个科,在新鲜鱼样中,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)占主要优势;在腌制阶段,蓝藻门(Cyanobacteria)占主要优势;从发酵开始至结束,厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势。在科水平上,新鲜鱼样中的主要优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae),腌制样品中的主要优势菌科为肠球菌科(Enterococcaceae);从发酵开始至结束,主要的优势菌科为明串珠菌科(Leuconostocaceae),其次是乳杆菌科(Lactobacillaceae)和链球菌科(Streptococceae)。通过HiSeq测序能够更全面解析鲟鱼发酵过程中的细菌多样性;从测序平台提供的微生物多样性信息中发现,各样品间的菌属丰度存在一定的差异性,说明菌群组成与发酵环境密切相关,这为传统腌鱼发酵提供了理论依据和数据支撑。     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

基于高通量测序技术分析东北豆酱的微生物多样性

为了解东北市售豆酱中的微生物多样性及其结构组成,本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对东北市售5种常见豆酱进行细菌16S rDNA V4区及真菌ITS1~2区基因序列分析,探究其微生物的群落结构组成及其多样性。结果表明,5种豆酱中细菌有效序列共131462条,1732个OUT,真菌有效序列120336条,1040个OUT。样本在门的水平上,优势细菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、芽孢杆菌属(Bacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)。真菌主要为接合酵母属(Zygosaccharomycse)、曲霉属(Aspergillus)、赤霉属(Gibberella)、毛霉菌属(Mucor)、青霉菌属(Penicillium)。经OTU稀释性曲线的验证,能够证明本次实验结果覆盖了样品中绝大多数物种,实验结果较准确。综上所述,通过对豆酱进行高通量测序研究,发现其微生物群落和风味与其地理位置以及加工方式存在一定关系,加深了对成品豆酱中微生物群落结构和多样性的认识,能为今后豆酱的生产、保藏和优良菌种选育提供一定的理论支持。     

基于高通量测序技术分析菜心切口处微生物多样性

研究菜心冷藏期间的腐败微生物,使用高通量测序技术,对冷藏菜心切口处微生物的多样性进行分析,探究冷藏期间微生物菌群相对丰度的动态变化。以4 ℃冷藏菜心为研究对象,分析贮藏早期0 d、中期7 d、后期14 d的菜心切口处细菌的16S rRNA和真菌的ITS序列,比较各组菌群组成和丰度。通过物种注释评估和物种组成分析,明确菜心贮藏过程中切口处的优势菌群。在贮藏早、中、后期,真菌优势菌群均为担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和unclassified Fungi。在贮藏早期,细菌优势菌群为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,而在贮藏中、后期,细菌优势菌群转变为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）。微生物多样性结果显示,真菌的多样性要高于细菌。本研究明确了菜心冷藏期间的微生物多样性发生规律,为后续菜心保鲜剂和保鲜技术的研究提供了理论支撑。     

基于高通量测序的江西特色发酵豆豉中微生物群落多样性及其特征分析

目的:采用高通量测序技术,研究江西特色发酵豆豉中细菌和真菌等微生物的群落多样性及特征,以了解和提高产品质量和食用安全性。方法:采集江西南昌稻香园调味食品有限公司豆豉样品,经gDNA提取,分别对细菌16S rDNA和真菌ITS区域进行PCR扩增及MiSeq测序,根据统计的测序数据进行物种注释、丰富度聚类及α-多样性分析。结果:高通量测序获得细菌Tag数目36633个,OTU数目114个,经物种注释,主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),以蓝细菌门未分类属(Cyanobacteria Chloroplast Unclassified)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主;真菌Tag数目47117个,OTU数目8个,经物种注释,几乎全为接合菌门横梗霉属(Lichtheimia)。结论:江西豆豉细菌具有丰富的微生物群落多样性和特色的菌群组成结构。