二代分子测序在软组织肉瘤中的应用价值分析

  目的  探索中国人群软组织肉瘤常见的基因变异;分析二代基因测序技术（next-generation sequencing,NGS）在软组织肉瘤诊疗中的价值。  方法  本研究纳入北京大学肿瘤医院2018年1月至2020年12月接受NGS检测的软组织肉瘤（soft tissue sarcomas, STS）患者,分析基因变异的频率和分布特点;统计具有临床治疗意义的基因变异情况,包括符合美国国立综合癌症网络（NCCN）或中国临床肿瘤学会指南（CSCO）治疗建议、超适应证治疗药物,或正在招募中的针对特定变异的临床试验;探索STS的肿瘤突变负荷（tumor mutational burden,TMB）水平及微卫星不稳定（microsatellite instability,MSI）状态。  结果  108例患者中有74例（68.5%）的基因变异数≥1。共发现78种不同的基因变异,变异频率排名前10位的基因包括TP53 12.3%（22/179）、MDM2 7.3%（13/179）、CDK4 5.6%（10/179）、CDKNB 3.9%（7/179）,RB1 3.9%（7/179）,ALK 2.8%（5/179）,ATRX 2.8%（5/179）,MCL1 2.8%（5/179）,FGFR1 2.2%（4/179）,PIK3CA 2.2%（4/179）。治疗获益方面,108例患者中有7例（6.5%）的突变基因符合指南治疗建议,31例（28.7%）具有超适应证治疗可能,56例（51.9%）可接受正在招募中的针对变异基因的STS临床试验,62例（57.4%）符合指南治疗建议或存在超适应证治疗可能或符合正在招募中的针对变异基因的STS临床实验。全组中位TMB值为2.42（0～60）muts/Mb,108例患者中有10例（9.3%）TMB值≥10 muts/Mb,24例（22.2%）TMB值5～10 muts/Mb,74例（68.5%）TMB值<5 muts/Mb。89例患者接受了MSI检测,仅1例患者为微卫星高度不稳定（MSI-H）（1.1%）。  结论  软组织肉瘤常见的基因变异包括TP53、MDM2、CDK4、CDKNB和RB1。通过NGS检测获得符合指南治疗建议的比例较低,但获得超适应证用药和临床试验建议的比例较高。TMB值、MSI状态对STS患者的临床意义还需进一步证实。      

二代测序检测乳腺癌易感基因在乳腺癌发病风险预测及临床治疗中的应用

  目的  通过二代测序技术筛选乳腺癌易感基因突变位点,探讨其对乳腺癌风险预测、临床干预及预后指导的意义。  方法  采取2013年11月至2015年7月272例就诊天津医科大学肿瘤医院的乳腺癌患者146例、高危人群71例及健康者55例3组样本的外周血,采用二代测序技术进行DNA检测。采用Amplicon方法筛选BRCA1、BRCA2、PTEN、STK11、TP53及BAP1全外显子区域有价值的突变位点,分析3组的基因突变发生率及乳腺癌患者易感基因突变与临床病理特征之间的相关性。  结果  经筛选获得177个突变位点,去重后共得到67个突变位点,其中包括50个单核苷酸突变（single nucleotide variants,SNVs）、8个无义突变（non-sense mutation）和9个插入缺失突变（insertion-deletions,InDels）。3组突变位点中31个突变位点收录于ExAC数据库,40个突变位点收录于Clin Var数据库。本研究中21个新发现的突变位点在ExAC、Clin Var或db SNP数据库中均未提及。统计分析发现85.1%（57/67）的突变发生于乳腺癌患者及高危人群中,且突变阳性乳腺癌患者有较高的淋巴结转移率（P=0.010）及病理分期（P=0.002）,致病性突变的乳腺癌患者的肿瘤家族史（P=0.005）及三阴性乳腺癌比例（P=0.009）均高于非致病性突变者。  结论  乳腺癌易感基因突变位点在乳腺癌风险预测、临床治疗及预后评价方面具有重要意义。      

二代测序在胰腺癌中的研究进展

胰腺癌是高度恶性的消化系统肿瘤.由于极差的预后及有限的治疗方法,对胰腺癌分子生物学更进一步的了解及研究,可能会明显提高诊断的精确性及治疗的有效性.二代测序(next-generation sequencing,NGS)是对传统测序一次革命性的改变,具有高通量、高敏感性、高自动化程度等优点.利用二代测序技术,筛选胰腺癌致病基因,研究胰腺癌的发病机制,进而指导胰腺癌的诊断及治疗,有望改进胰腺癌的诊疗现状.近年来,二代测序在胰腺癌的应用中取得巨大进展,该文就二代测序及其在胰腺癌中的研究进展作一综述.     

二代测序和荧光原位杂交在骨髓增生异常综合征中的临床价值

目的 探究二代测序(NGS)和荧光原位杂交(FISH)技术在骨髓增生异常综合征(MDS)诊断与治疗中的应用价值.方法 收集郑州金域临床检验中心2019年5月至2020年3月同时进行NGS MDS检测套餐和FISH MDS四项检测的MDS患者共137例.统计并分析不同检验方法的实际发单周期、阳性检出率.结果 137例MD...     

二代测序在家族遗传性高危胃肠肿瘤筛查中的应用

  目的  探索二代测序技术对家族遗传性高危胃肠肿瘤患者进行遗传筛查的意义及高危因素在筛选患者中的价值。  方法  选取2016年3月至2016年4月收治于北京大学肿瘤医院的322例结直肠癌及胃癌患者,筛选出25例遗传性胃肠肿瘤高危患者,运用二代测序技术对患者的外周血白细胞DNA进行42个遗传性肿瘤综合征相关基因的胚系检测。  结果  24%（6/25）患者检测出遗传性肿瘤相关基因的病理性胚系突变,其中50%（3/6）患者肿瘤组织的免疫组织化学检测表现为错配修复蛋白表达缺失,83%（5/6）患者发病年龄≤50岁且具有恶性肿瘤家族史。发生胚系突变的6例遗传性肿瘤相关基因分别为MYH基因错义突变1例,APC基因缺失突变1例和遗传性非息肉病性结直肠癌（hereditary nonpolyposis colorectal cancer,HNPCC）相关基因的突变4例（包括MLH1、MLH3、TGFBR2的错义突变和MSH6的无义突变各1例）,且提供了MLH3的胚系致病突变的家系验证。  结论  通过二代测序技术对本研究入组的25例患者进行家族遗传性肿瘤综合征的筛查,检测出遗传性肿瘤相关基因的胚系致病突变6例,提示运用二代测序技术对家族遗传性高危消化道肿瘤患者进行遗传筛查具有提高检测阳性率的临床应用价值。      

晚期恶性肿瘤基因突变状态二代测序临床意义分析

目的 靶向治疗是晚期恶性肿瘤的重要治疗方法,二代测序能够准确、高通量地检测基因突变情况,对恶性肿瘤治疗有重要意义.本研究运用二代基因测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测晚期恶性肿瘤的基因突变情况,并初步分析错义突变的临床意义.方法 2011-09-01-2016-09-30收集陕西省人民医院肿瘤内科93例晚期恶性肿瘤患者病理组织石蜡标本,利用离子个体化基因检测仪(Ion Personal Genome Machine,Ion Torrent PGM)平台检测标本16个肿瘤相关基因428个常见的突变位点的突变状态,并查询临床试验(Clinical Trails)与美国食品与药物管理局(Food and Drug Administration,FDA)官网数据资料.结果 共发现119个错义突变,其中TP53发生频率最高为34.5％(41/119);除TP53突变在各瘤种中均占较大比例外,肺癌突变频率最高为表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR) 25.7％(9/35),结直肠癌为KRAS 31.6％ (6/19),胃癌为KDR 3/6,卵巢癌为KRAS 2/7,宫颈癌为KDR 3/5.70例(75.3％,70/93)检测发现＞1个的错义突变位点;93.8％(15/16)的被检测基因有正在研发中的小分子抑制剂和(或)单抗类制剂,75.0％(12/16)的被检测基因已有FDA批准用于特定瘤种的靶向药物,68.8％(11/16)的被检测基因有尚未被FDA批准的靶向药物.结论 晚期恶性肿瘤基因错义突变发生率较高,且不同瘤种的突变谱不同,目前基于NGS指导的恶性肿瘤个体化靶向治疗有广阔的应用前景.     

二代测序在急性髓系白血病中的应用

 二代测序（NGS）目前被广泛用于急性髓系白血病（AML）的检测,由于其具有高通量、高灵敏度特性,为AML的诊断、治疗与预后判断带来了新的进展。在第54届美国血液学会（ASH）年会上关于NGS在AML中的应用有大量的报道,反映了NGS这门新技术在现代血液病诊治中的重要地位及对血液病未来发展的影响。     

二代测序技术在血液肿瘤研究中的应用进展:第56届美国血液学会年会报道

与上届会议相比,第56届美国血液学会(ASH)年会增加了更多的二代测序技术对血液系统疾病的研究,包括疾病的诊断和分型、危险度分层、微小残留病(MRD)的检测、克隆演变、预后以及指导治疗.主要选取几篇具有代表性的文章,概述二代测序技术在血液病研究中的应用进展.     

二代测序与分子克隆测序技术在HBV X基因准种变异研究中的应用及差异分析

目的　比较二代测序（next-generation sequencing,NGS）和克隆测序（clone-based sequencing,CBS）两种方法检测乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）X基因准种变异位点的差异。方法 在广西肝癌高危人群队列中选择发展成肝癌的病例（A）和无癌的对照（B）各1例为研究对象。自研究对象进入队列起,每半年采集外周血液5 mL,分离血清备用,直至病例Ａ肝癌发病,共收集研究对象血清12份。提取血清HBV DNA并采用巢式PCR法扩增HBV X基因区。PCR产物同时采用NGS和CBS两种方法检测HBV X基因区核苷酸序列,对两种方法获得的突变位点进行比较分析。结果 NGS共检测到HBV X基因区准种40个变异位点和1段插入突变（nt1649）,CBS共检测到41个变异位点和1段插入突变（nt1672~1673）。两种方法同时检测到的变异位点有29个,NGS检测到而CBS未检测到的变异位点有11个,NGS未检测到而CBS检测到的变异位点有12个。NGS和CBS两种方法均发现在肝病的进展中突变位点发生波动。结论 在研究HBV碱基变异方面,CBS和NGS发现变异位点的能力相当,CBS发现长片段插入和缺失的能力优于NGS,在实际应用时应根据研究目的选择相应的检测方法。     

二代测序技术在原发灶不明肿瘤诊疗中的研究进展

原发灶不明肿瘤（cancer of unknown primary,CUP）是一类罕见且预后不良的恶性肿瘤,分析和寻找原发灶、组织类型或分子免疫特征对改善患者的预后具有重要意义。在精准医疗背景下,二代测序（next-generation sequencing,NGS）可以利用肿瘤组织或外周血标本从基因层面对这类患者进行检测以指导诊断与治疗,延长患者生存期,改善预后。本文针对NGS样本的选择、NGS指导下的CUP患者的组织溯源、分子特征、指导治疗等方面进行综述。     

Upfront Next Generation Sequencing in Non-Small Cell Lung Cancer

In advanced non-small cell lung cancer (NSCLC), patients with actionable genomic alterations may derive additional clinical benefit from targeted treatment compared to cytotoxic chemotherapy. Current guidelines recommend extensive testing with next generation sequencing (NGS) panels. We investigated the impact of using a targeted NGS panel (TruSight Tumor 15, Illumina) as reflex testing for NSCLC samples at a single institution. Molecular analysis examined 15 genes for hotspot mutation variants, including AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET and TP53 genes. Between February 2017 and October 2020, 1460 samples from 1395 patients were analyzed. 1201 patients (86.1%) had at least one variant identified, most frequently TP53 (47.5%), KRAS (32.2%) or EGFR (24.2%). Among these, 994 patients (71.3%) had clinically relevant variants eligible for treatment with approved therapies or clinical trial enrollment. The incremental cost of NGS beyond single gene testing (EGFR, ALK) was CAD $233 per case. Reflex upfront NGS identified at least one actionable variant in more than 70% of patients with NSCLC, with minimal increase in testing cost. Implementation of NGS panels remains essential as treatment paradigms continue to evolve.     

新一代基因测序技术及其在肿瘤研究中的应用

基因测序技术的进步,为分子生物学的发展,起到了巨大的推动作用。传统的基因测序技术的重要代表,是所谓的Sanger测序法,这是一种以末端终止法为原理建立起来的技术[1]。20世纪90年代开始启动的人类基因组计划,就是将Sanger测序法加以自动化的改进之     

Tumor Mutation Burden Prediction Model in Egyptian Breast Cancer patients based on Next Generation Sequencing

Objectives: This study aimed to identify the tumor mutation burden (TMB) value in Egyptian breast cancer (BC) patients. Moreover, to find the best TMB prediction model based on the expression of estrogen (ER), progesterone (PR), human epidermal growth factor receptor 2 (HER-2), and proliferation index Ki-67. Methods: The Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel was used to determine TMB value of 58 Egyptian BC tumor tissues. Different machine learning models were used to select the optimal classification model for prediction of TMB level according to patient’s receptor status. Results: The measured TMB value was between 0 and 8.12/Mb. Positive expression of ER and PR was significantly associated with TMB ≤ 1.25 [(OR =0.35, 95% CI: 0.04–2.98), (OR = 0.17, 95% CI= 0.02-0.44)] respectively. Ki-67 expression positive was significantly associated with TMB >1.25 than those who were Ki-67 expression negative (OR = 9.33, 95% CI= 2.07-42.18). However, no significant differences were observed between HER2 positive and HER2 negative groups. The optimized logistic regression model was TMB = -27.5 -1.82 ER – 0.73 PR + 0.826 HER2 + 2.08 Ki-67. Conclusion: Our findings revealed that TMB value can be predicted based on the expression level of ER, PR, HER-2, and Ki-67.     

“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

目的 探讨“不去重”和“去重”两种方法分析后各NGS相关指标间的差异,研究“去重”在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用。方法 通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测,每例NGS检测数据分别进行“去重”和“不去重”两种方法的生物信息学分析,比较两种方法分析得到的NGS相关指标Mapped Reads（可比对上reads比例）、On Target（靶向区域reads比例）、Mean Depth（平均测序深度）以及Uniformity（均一性）等数据之间的差异。结果 “不去重”和“去重”两种方法分析得到平均Mapped Reads、On Target、Mean Depth和Uniformity值,各组指标间差异均有统计学意义（P<0.001）。“去重”方法分析时,Mapped Reads、On Target和MeanDepth 3个指标均呈现出血浆样本与其他3种类型样本间（FFPE、穿刺和手术）差异有统计学意义,在Uniformity指标上则呈现出4种类型样本间差异均无统计学意义。而“不去重”方法分析后结果正好相反。结论 去除PCR扩增所致重复序列的“去重”步骤在NGS数据分析中具有重要的作用,能够改善结果均一性,真实反映所测样本的DNA模板数量及等位基因频率（AF值,allele frequency）。“去重”后结果更有助于临床决策。     

基于二代测序技术探究胃癌中医证型的基因突变特征

摘 要：［目的］利用二代测序技术研究胃癌中医证型的基因突变特征,从肿瘤基因组层面初步探索胃癌中医证候的客观化指标,指导临床精准治疗。［方法］收集临床病理分期为Ⅰ~Ⅳ期且未经任何治疗的胃癌患者,根据2011年《胃癌中医诊疗方案》进行辨证分型,采用二代测序技术（含450个肿瘤相关突变基因）检测肿瘤细胞的基因突变情况,结合临床资料和中医证型进行生物信息学分析,从而探究胃癌中医证型的基因突变特点。［结果］共有130例Ⅰ～Ⅳ期胃癌患者纳入本研究,辨证分型为脾气虚证、血虚证、热毒证等共8个单证。对中医单证和测序获得的363个突变基因进行分析,得到与各单证相关的高频和驱动基因,脾气虚证多见ARID1A、PIK3CA、APC基因突变;血虚证多见KMT2C基因突变;热毒证多见TGFBR2、HNF1A、ERBB3、KMT2D基因突变。130例患者中共有92例携带与单证证型相关的突变基因,采用无监督层次聚类分析得到脾虚热毒证这一特征证型,该复合证型多有Hippo、TGF-β等信号通路的激活,表现为微卫星高度不稳定（MSI-H）和高肿瘤突变负荷（TMB）的特点。［结论］不同单证的胃癌患者具有不同的基因突变特征,脾气虚证多有PIK3CA、ARID1A、APC基因突变;新发胃癌患者多为虚实夹杂的复合证型,辨证为脾虚热毒证的胃癌患者可能是免疫治疗的适宜人群。