基于EST-SSR标记的野生榧树居群遗传多样性分析

对野生榧树居群进行遗传多样性分析,有利于榧树野生资源的开发和利用。利用基于榧树(Torreya grandis)种仁转录组开发的36对多态性EST-SSR引物,对5个野生榧树居群共142个单株的遗传多样性进行分析。通过聚类分析、STRUCTURER遗传结构分析、分子方差分析(AMOVA)和主坐标分析(PCoA)等方法分析居群遗传结构。结果表明,5个居群的平均等位基因数(N_a)为4.285 7～6.638 9,Shannon’s指数(I)为1.015 0～1.373 6,Nei's遗传多样性指数(H)为0.532 7～0.656 1。36个SSR位点的平均遗传分化指数F_(st)为0.261 9,平均近交系数F_(is)为0.398 1,平均基因流(N_m)为0.704 7。居群成对分析显示,除黄山-嵊州居群间以及嵊州-松阳居群间,其他居群间F_(st)均大于0.15,基因流大于1。分子方差分析表明5个榧树居群的遗传差异主要存在于居群内(72%)。居群的遗传结构分析显示,黎川与松阳居群的遗传结构比较相似,而诸暨居群、嵊州居群及黄山居群等3个居群的遗传结构差异较大。5个野生榧树居群具有较高的遗传多样性,居群遗传结构的分析结果与各居群的地理分布基本一致。     

用第8染色体的SSR标记分析香稻居群遗传多样性

用5对与香味基因连锁的SSR标记对广西种植的香稻、非香地方籼型栽培稻、非香地方粳型栽培稻以及南亚香稻UPRB系列、UPRH系列、B系列共6个居群进行遗传多样性分析。结果表明,6个居群在第8染色体的遗传多样性以南亚香稻B系列居群的最大;聚类表明,南亚香稻居群与广西水稻居群(包括香稻与非香稻居群)各自聚为一类,说明南亚香稻与广西水稻种质在第8染色体上存在遗传差异,证明了南亚香稻类群的独特性。     

绢毛蔷薇居群遗传多样性的SSR分析

以收集的8个绢毛蔷薇居群的80份样本为研究对象,利用SSR技术分析其遗传多样性.80个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为69.66％、0.1425、0.2296.比较8个居群的遗传多样性指标,显示居群间遗传变异55.53％,居群内遗传变异44.47％.茂林居群的遗传多样性最高(H=0.0879,I=0.1331,多态位点百分率为25.84％).聚类分析结果显示,8个居群可聚类为2组.居群遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.5553和0.4005,表明绢毛蔷薇基因分化明显,基因交流受阻.     

峨眉蔷薇居群遗传多样性的SSR分析

以收集的11个峨眉蔷薇群体的88份样本为研究对象,利用SSR技术分析其群体水平遗传多样性.88份样本的多态位点百分率、Nei氏基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为90.48％、0.196 0和0.316 6.比较11个群体的遗传多样性指标,种质间遗传变异44.73％,种质内遗传变异55.27％.东环线的遗传多样性最高(H=0.137 7,I=0.206 8,多态位点百分率为38.78％).聚类分析结果显示,11个群体可聚为4支.群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.447 3和0.617 9,表明峨眉蔷薇基因分化明显,各群体间基因交流受阻.     

平榛居群结构与遗传多样性的初步分析

利用SSR分子标记,对平榛居群结构和遗传多样性进行了初步研究.研究结果表明,平榛克隆繁殖虽然占有优势,但仍具有较高的遗传多样性(H_o=0.714 8);同时确定了平椿的遗传个体,同一株丛(系)内个体基本上为1个独立的遗传个体,相邻的株丛(系)个体基因型基本一致,克隆繁殖比率较大.     

基于SSR标记的同一花序贵州野生白三叶 遗传多样性分析

采用简单重复序列(SSR)分子标记技术,对19份分别来源于同一花序的贵州野生白三叶样品进行遗传多样性及亲缘关系研究。结果表明,利用20对引物共扩增出207个条带,其中178个条带具有多态性。20对引物多态性位点的比例为76. 92%～92. 31%,平均多态性为85. 99%。20对引物对19份白三叶材料SSR的PCR扩增条带的多态信息含量为0. 380 6～0. 499 7,平均为0. 463 2。在相似系数为0. 60时,把19份白三叶材料划分为3大类。第1类是W18,最早被分开独立成一类,从SSR标记来看,W18与其余材料的亲缘关系较远。第2类包括W2和W13,表明这2个居群间亲缘关系较近,遗传差异不大。第3类为剩下的16个品种,居群间的遗传关系较复杂。     

越橘EST-SSR分子标记的开发及其遗传多样性分析

【目的】探讨越橘EST序列中SSR位点的分布规律,开发越橘EST-SSR引物,并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以91份越橘种质为材料,利用越橘果实转录组(RNA-Seq)的测序结果,通过SSRIT在线搜索,利用Primer Premier 5.0软件设计30对引物,并筛选扩增效果理想的引物,用筛选出的引物分析91份种质的多态性,构建91份种质的系统发育树。【结果】34 464条越橘unigene序列中含有SSR位点的序列有829条,SSR位点有913个,其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的SSR类型,分别占全部SSR位点的13.69%和81.27%。不同核苷酸数目重复基元的重复次数差异很大;越橘EST-SSR位点集中在11~15bp;三核苷酸和六核苷酸重基元复种类最多,在所有重复基元中GAA/TTC发生频率最高。设计的30对引物中有17对引物在供试越橘种质中扩增出理想的PCR产物,17对引物均有多态性。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.69时,可以将供试越橘种质分成4组。【结论】EST-SSR标记可以用于越橘品种的鉴定与遗传多样性分析。     

海南益智野生居群表型多样性分析

[目的]分析益智野生居群间的遗传变异。[方法]统计海南野生益智居群的平均株高、单丛茎杆数、单丛果穗数、单穗重等影响产量的形态表型数据并计算其变异系数。[结果]居群间性状差异显著,变异系数差异较大,具有较丰富的遗传多样性。[结论]可以从海南野生益智群体中筛选出一些优良性状以供益智栽培种的品种改良。     

不同地理居群野生菊资源的遗传多样性分析

利用ISSR和SRAP分子标记对11份不同地理居群野生菊的遗传多样性进行了分析。结果发现:25个ISSR引物共扩增到203条扩增带,其中有187条呈多态性,多态性比率平均为91.9%;29对SRAP引物组合共扩增到446条扩增带,其中有435条呈多态性,多态性比率平均为97.5%;11个居群间的Ne′is遗传距离分布在0.088 7~0.615 5之间。聚类分析表明,紫花野菊、野路菊及其变种能很好地区分开来,但是野生菊资源的遗传变异与地理分布相关性似乎并不明显。     

基于EST-SSR标记的油松种子园遗传多样性分析

以河北省平泉七沟油松(Pinus tabulaeformis)良种基地育种群体为研究对象,利用EST-SSR引物对来自4处种源的153个油松无性系进行了遗传多样性分析。在12个位点上共检查到62对等位基因,平均等位基因数为5.17;各位点的平均期望和观测杂合度(He和Ho)分别为0.414和0.403,近交系数(Fis)为0.018 6;4个种源群中大窝铺、东陵和七沟3个群体的平均有效等位基因数(Nea)、等位基因丰富度(AR)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)基本一致,都略高于宽城群体;平均群体差异系数(Fst)偏低,仅为0.015 6;种源群体间的差异系数(Pairwise Fst)极低,仅在0.009 9～0.071 7之间;NJ树图和主成分分析(PCA)的结果,显示各无性系的亲缘关系较为接近。综上,平泉油松种子园育种群体的遗传多样性水平较丰富,但是无性系之间的亲缘关系较近,群体结构不清晰。     

基于SSR标记的玉米群体豫综5号遗传多样性分析

以玉米群体豫综5号轮回选择改良群体的6个世代为材料,通过SSR标记技术对豫综5号群体的6个世代的多态性位点比例、位点的平均杂合度、遗传距离以及基因频率和基因型种类等进行了比较分析,结果表明豫综5号经过改良后,群体仍具有丰富的遗传多样性。     

云南39个野生蔷薇种间遗传多样性的SSR分析

利用简单重复序列SSR(Simple Sequence Repeat)标记技术对蔷薇属39份野生材料的遗传多样性进行了研究.用筛选出的20对SSR引物对39份材料DNA进行PCR扩增,在20个位点上共检测到249个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～19个,平均12.5个.材料间遗传相似系数变化范围为0.142～0.800,表明39个云南野生蔷薇种间具有丰富的遗传多样性.本研究发现,在相似系数为0.34时,基于SSR标记进行UPGMA的聚类分析将39份蔷薇野生种分为10个组,与植物形态学分类结果大体一致.

Abstract：

The genetic diversity of 39 Rosa wild species was studied by SSR (Simple Sequence Repeat).Twenty pairs of primers were used in PCR amplification with genomic DNA as template. A total of 249 alleles were detected at 20 loci. The number of alleles per locus ranged from 6 to 19, with an average of 12.5. The genetic similar coefficient ranged from 0. 142 to 0. 800, which showed that great genetic diversity existed among the 39 Rosa wild species in Yunnan based on SSR molecular markers. UPGMA cluster analysis distinctly classified the 39 wild Rosa species into ten groups at the similar coefficient 0.34, which is consistent with botanical morphological classification.     

云南峨眉蔷薇天然群体的表型多样性

为了从数量上分析峨眉蔷薇(Rosa omeiensis Rolfe)天然居群表型性状在居群间和居群内的变异,对分布在云南的9个峨眉蔷薇天然居群的11个表型性状进行了测量和比较分析.结果表明,11个性状群体间和群体内的F值均达到极显著水平,说明峨眉蔷薇表型性状在群体间和群体内存在着极其丰富的变异.11个性状群体平均表型分化系数为73.55 %,群体间变异(50.65 %)大于群体内变异(17.81 %),说明群体间变异是峨眉蔷薇表型性状的主要变异来源.利用群体间欧氏距离进行的UPGMA聚类分析结果表明,9个天然群体可以划分为3类,群体间的遗传距离关系与群体采种点的生态地理位关系基本上一致.     

不同自然分布区刺梨遗传多样性的RAPD分析

 收集了 4省 30个野生刺梨样品 ,采用 16个随机引物扩增的RAPD标记 ,对不同自然分布区刺梨的遗传多样性进行分析。这些引物共产生 94条带 ,其中 6 2条 (6 5 .96 %)表现多态性 ;样品的多态性百分率、样品组合的相似系数及聚类分析结果都表明 ,来自贵州的样品蕴藏有最丰富的遗传多样性 ,贵州的刺梨是进一步遗传改良最重要的遗传资源 ;而川西的 5个样品的遗传差异性最小 ;来自鄂西高海拔地区的 3个样品具有较高的遗传差异性 ,其果实性状上表现出很大的特异性 ,在刺梨的新品种培育上显示了特殊价值。     

基于SSR标记的黍稷种质资源遗传多样性及亲缘关系研究

【目的】利用SSR标记,分析黍稷种质资源（野生材料和地方品种）的遗传多样性水平,揭示不同来源黍稷种质资源的亲缘关系和遗传群体结构差异,为黍稷起源进化研究奠定基础。【方法】用6份地理差异显著的黍稷种质资源对137对小宗作物课题组开发的具有多态性的SSR引物进行初步筛选,最终筛选103对条带清晰、扩增良好且多态性稳定的SSR引物,利用这103对多态性SSR标记对146份黍稷材料进行PCR扩增,通过遗传参数、聚类、遗传结构等分析,评估不同个体间及不同群体间的遗传多样性,探讨遗传结构差异。【结果】103对SSR标记共检测出308个等位基因（Na）,平均值为2.99,平均Shannon-Weaver指数（I）为0.8478,平均期望杂合度为0.3642,平均多态性信息含量指数（PIC）为0.5544。103对SSR标记的分布区间为0-1、1-2、2-3、3-4和4-5,分辨率范围为0.334-4.002,77.67%的标记分布于区间1-4,具有适度分辨力。国内资源的观测等位基因数（2.9126）、多样性指数（0.8302）、期望杂合度（0.5023）、多态性信息含量指数（0.5278）均高于国外资源,遗传多样性更丰富。12个群体的遗传距离的变化范围为0.0783-0.5762,均值为0.2938;遗传一致度变化范围为0.5620-0.9247,均值为0.75,遗传相似性与地理分布具有一定相关性,地理分布越近,遗传距离越小,遗传一致度越高。聚类分析在遗传距离为0.15处可以把12个群体分为4个组群,其中南美洲和山西资源各自独立分为一支,与其他资源亲缘关系较远。个体间聚类中,国内外资源划分非常显著,在遗传距离为0.63处,146份黍稷资源可分为3大组群,组群Ⅰ和组群Ⅱ为国外资源,组群Ⅲ为国内资源。组群Ⅱ在遗传距离为0.39处又分为3个亚群,组群Ⅲ在遗传距离为0.45处分为5个亚群,其中亚洲与欧洲资源、中国河北与中国山西、中国内蒙古资源的遗传关系较近。遗传结构分析结果显示国内外群体间存在明显的遗传分化,其中5个组群（组群2、组群5、组群6、组群7和组群9）为国内野生资源特有基因型,分布较为分散;2个组群（组群1和组群4）为国外资源特有基因型,分布较为集中。中国宁夏、南美洲资源的群体结构趋向单一化,中国河北、中国黑龙江、亚洲资源的群体结构趋向多元化。UPGMA聚类结果与遗传结构分析结果一致,且不同地区黍稷资源群体间遗传关系远近均与其地理分布相关。【结论】野生资源的遗传多样性高于国外资源,其中中国河北群体的遗传多样性最丰富,中国河北可能是黍稷的起源中心。     

水稻地方品种Pi-ta的3'-UTR遗传多态分析

【目的】分析Pi-ta的3'-UTR区遗传变异与该基因抗性功能之间的关系,了解Pi-ta的抗性决定机制,为培养更持久的抗性品种提供依据。【方法】以遗传多样性极高的云南水稻地方品种为研究对象,收集了137个云南地方水稻品种。育苗后提取三叶一心期的水稻幼苗总DNA,设计引物扩增了Pi-ta的3'-UTR区的DNA序列,并扩增了关键功能位点6 640到终止密码子第6 675处这一段的DNA序列。通过双向序列测定获得了137条3'-UTR区的DNA序列并提交至Gen Bank,通过变异位点检测分析云南水稻地方品种Pi-ta的3'-UTR区的遗传多样性程度,并基于最大简约法构建单倍型网络图,分析不同单倍型之间的谱系关系。同时,联合编码区关键抗病位点6 640的碱基状态对3'-UTR单倍型的分布进行分析,讨论3'-UTR区与Pi-ta抗性功能之间的关系。【结果】云南水稻地方品种Pi-ta的3'-UTR区呈现出高度的遗传多样性,长度为1.1 kb的3'-UTR区共有12个SNP位点,由这些SNP可将137个品种划分成7个单倍型。不同单倍型之间没有重组的信号。Pi-ta的3'-UTR对应的DNA编码区长为1 120bp,是植物基因3'-UTR平均长度(200 bp)的5倍多,G+C含量相对较低,为40.43%,不存在插入或缺失导致的长度多态性。Pi-ta的3'-UTR序列中存在多个非保守的潜在poly A位点,此外,Pi-ta的3'-UTR区还存在非常高频率的TTTT序列,提示Pi-ta在转录终止时可能具有复杂的调控机制;而对Pi-ta的不同转录本的分析也表明3'-UTR对应于DNA编码区序列时呈现复杂多变的剪切方式,3'-UTR这种选择性拼接可能与抗性决定作用有关。对遗传多态的进一步分析表明,3'-UTR的SNP高度多态性都出现在感病品种中,所有抗性品种只共享一种单倍型。有趣的是,唯一的3'-UTR抗性单倍型与Pi-ta编码区唯一的抗性单倍型相对应,也即是6 640G所在单倍型也是3'-UTR唯一抗性单倍型。这表明3'-UTR与其编码区是紧密关联的,在功能上和所受到的选择压力方面是连续和一致的。Pi-ta的抗性单倍型区域已从编码区扩展到了3'-UTR区,在研制广谱抗性品种引入Pi-ta时需要同时保证其3'-UTR区不能有额外的SNP,必须是抗性单倍型特有的SNPs。【结论】Pi-ta的3'-UTR与其编码区紧密连锁,抗性品种的3'-UTR受到纯净化选择,维持单一单倍型,3'-UTR对于Pi-ta的抗性功能具有不可或缺的作用。     

���ݲ�ͬ����Ұ�������ʵƷ�ʷ���

为筛选出果实品质良好的刺梨资源,以收集到的贵州11个县市共242份野生刺梨为材料,测定单果重、可溶性固形物、可滴定酸、可溶性总糖及维生素C含量等品质指标.结果表明:单果重,福泉市刺梨样品最大,平均为(14.04±3.73)g;最小的是绥阳刺梨,为(9.62±2.83)g.平均可溶性固形物含量,遵义样品最高,为(14.07±3.84)％;兴义样品最低,为(10.54±1.34)％.平均可滴定酸含量,福泉市最高,为(0.86±0.20)％;罗甸县的最低,为(0.59±0.12)％.可溶性总糖含量,平坝县的样品最高,平均为(3.25±1.16)％;罗甸县的最低,为(1.96±0.66)％.维生素C含量,遵义样品的最高,平均含量达2318.38 mg/100g;惠水的最低,为(1035.00±96.55)mg/100g.结论:贵州不同地区野生刺梨果实品质表现存在很大的差异,具有筛选出优良或特色资源的巨大潜力,其中盘县、安龙和遵义地区的刺梨可作为良好的资源进行开发利用.     

贵州糯玉米地方品种的SSR遗传多样性分析

为糯玉米种质扩增改良提供依据,利用15对糯玉米核心引物,采用SSR标记技术,对贵州糯玉米品种种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明:15对核心引物在36份糯玉米材料中共检测出205个等位基因,平均每对引物检测出13.66个,每个位点的SSR多态信息量(PIC)平均为0.87;36个糯玉米品种间平均遗传相似性系数为0.64±0.072,变异系数为11.30%;聚类分析与主坐标分析结果一致,36份糯玉米材料共划分为3个类群。     

苎麻自交纯合进度研究

【目的】研究苎麻自交后代群体的遗传多样性和群体结构,探究自交纯合进度,对自交后代群体的纯合趋势进行判断。【方法】以中苎1号为材料,采用筛选出的多态性高的31对SSR引物和48对SRAP引物对3个自交后代群体的基因组DNA进行扩增。通过DNA位点纯合率和遗传多样性参数分析群体的遗传多样性。用Structure、NTSYS和AMOVA软件对群体结构进行分析。并用标记指数来比较SSR和SRAP标记方法的标记效率。【结果】SSR和SRAP标记得到的多样性指标变化明显,从S₃代到S₅代,平均扩增出57条和157条多态性条带,DNA位点纯合率上升了5.2%和4.61%,多态性位点减少了13个和44个,有效等位基因数降低了0.7883个和2.1629个,基因多样性下降了0.1143和0.0684,多样性指数降低了0.0465和0.1207。用Structure软件对群体结构分析表明S₅代群体中蓝色组分最多,均在65%以上。主成分分析表明,S₃群体的分散程度最高,S₄和S₅群体比较集中,而且S₃群体包含了S₄和S₅群体的大部分。2种标记方法得到的群体结构和主成分分析表明,经过连续自交,后代群体的一致性越来越好。用AMOVA软件对群体内和群体间的分子变异情况分析表明2种标记方法都显示群体内变异（94.69%和99.02%）明显大于群体间变异（5.31%和0.98%）,均达到整体变异的94%以上。SSR标记得到的位点平均信息量（H_av=0.4689）高于SRAP的估计值（H_av=0.4197）,而平均有效复合指数（EMR=3.2781）SRAP标记大于SSR标记（EMR=1.8562）,标记效率值SRAP标记（MI=1.3758）大于SSR标记（MI=0.8704）。【结论】SSR和SRAP两种分子标记适于苎麻资源的遗传多样性和群体结构分析。随着自交代数的增多,后代群体的一致性不断提高,杂合度逐渐降低。