中国西北少数民族东乡族的Y染色体微卫星单倍型分析

运用国际法医学界推荐的"最小单倍型"共7个微卫星位点(DYS19,DYS389Ⅰ,DYS389Ⅱ,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393)和1个高多态性微卫星位点DYS385,采用PCR结合银染显色技术,对采自临夏回族自治区东乡县的133个健康男性个体的DNA,进行了Y染色体8个微卫星的等位基因及单倍型分布状况遗传多态性分析.结果显示,东乡族保留着较高的Y-STR遗传多态性,在测出的66个等位基因中共构建了110种单倍型,单倍型多样性为98.9%,表明该系统有较强的个体识别能力.另外,我们的研究可以为东乡族这一穆斯林民族的起源提供有价值的遗传资料.     

上海原住民的Y染色体遗传分析

Y染色体是继线粒体之后的研究人类进化的又一热点,通过对其上的多态性位点研究也证实了非洲起源说.Y染色体上的各单核苷酸多态(SNP)位点组合成的单倍型与民族系统的时间发生尺度比较一致,所以是鉴别民族迄今最恰当的遗传材料.M119C这一SNP突变是百越民族的特色,M119C-M110C和M95T-M88G更是百越的特有种.良渚文化的族属是考古学界的一个争议焦点,有百越和三苗两种说法.良渚文化与马桥文化之间差异极大,其居民遗传上是否继承也是有问题的.本项研究通过对马桥地区良渚时期、马桥时期、战国、明代及现代居民Y染色体若干SNP位点的检测,重点考察了M119位点,发现马桥地区各时期的居民都有较高的M119C和M95T类型,具有典型的百越特征,而没有苗瑶的特征.这说明自古以来马桥地区居民都是越人,并且一脉传承至今.现代上海的原住民"宕傣"人与台湾原住民的遗传结构最接近,其次接近西南部的侗傣民族.主成分分析及主成分与Y染色体单倍型的相关分析发现,单倍型H9和H11区分了东越与西越,H7区分了苗瑶,H8区分出了氐羌,H11与H5区分了濮越系统与非濮越系统.各单倍型能对各民族系统较清晰地区分和代表,是族属分析的良好材料,值得深入研究.     

贵州壮侗语族7个少数民族21个Y-SNP多态性

调查贵州壮侗语族7个少数民族(水族、布依族、侗族、仡佬族、壮族、毛南族、仫佬族)人群Y染色体上21个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点的遗传多态性,并探讨该人群与其他民族以及其他语族之间的遗传关系。采用SNapShot法对445例贵州壮侗语族7个少数民族男性个体21个Y-SNP位点进行复合扩增检测,用直接计数法计算等位基因频率、单倍型频率与单倍群频率,运用SPSS 24软件进行主成分分析。在贵州水族、布依族、侗族、仡佬族、壮族、毛南族和仫佬族中,21个Y-SNP组成的单倍型多态性值(haplotype diversity, HD)分别为0.597 7、0.945 6、0.885 6、0.886 9、0.768 6、0.358 7和0.707 8;与已报道的其他9个民族人群单倍群分布频率进行主成分分析,壮侗语族与苗瑶语族聚在一起。从父系遗传角度分析,壮侗语族与苗瑶语族亲缘关系较近。     

贵州9个少数民族线粒体DNA Region V及Y染色体DYS287位点多态性研究

调查贵州9个世居少数民族线粒体DNA Region V以及Y染色体DYS287位点多态性情况,为贵州相关少数民族的遗传背景研究提供可参考的分子遗传学数据。采用PCR-聚丙烯酰胺凝胶(PCR-SDS PAGE)技术、PCR-琼脂糖凝胶电泳技术检测线粒体RegionV 9 bp序列的缺失、Y染色体DYS287位点多态性。结果显示在本次研究的9个少数民族中线粒体DNA的Region V发现2种多态性,即标准型和缺失性,仡佬族、畲族、壮族、仫佬族、毛南族、蒙古族、回族、羌族、满族线粒体DNA Region V 9 bp缺失频率分别为:26.6%、25%、20%、18.3%、13.3%、10%、8.3%、6.7%、5%;Y染色体DYS287多态显示:仡佬族、仫佬族YAP+携带率分别为20%、1.67%,其余民族全部显示为YAP-。研究获得贵州9个民族人群线粒体DNA Region V及Y染色体DYS287位点多态数据,为各民族群体遗传分析及起源等提供相关遗传背景资料。     

甘肃3个特有少数民族回族和汉族DYS287 DYS19的遗传多态性研究

以中国甘肃的3个特有少数民族,天水汉族、天水回族、临夏回族6人群为研究对象,采用RCR技术及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法,分析了高变染色体特异的微卫星DYS19的等位基因分布规律,共检出7种等位基因.甘肃3个特有少数民族DYS19的等位基因频率存在显著性差异(P＜0.05).通过PCR方法调查了Alu元件插入基因座DYS287的多态性.结果显示,除保安族没有发现Alu插入外,其他人群均发现Alu插入,其中临夏回族表现了较高的插入频率(12.9%).MDS分析表明:裕固族和汉族的遗传关系比较接近,6人群遗传距离和空间距离没有明显的相关性.     

纳西族Y-STR遗传多态性研究

采用荧光引物genescan技术,分析了云南纳西族Y染色体8个微卫星标记,根据8个Y-STR在云南纳西族中的高频等位基因和单倍型组成,对纳西族Y染色体进行多态性分析。纳西族与汉族8个Y-STR基因座进行X检测,差异极显著。并结合历史学、民族学等相关证据来探讨纳西族Y染色体遗传进化历史。     

新疆8个地域维吾尔族群线粒体DNA V区9 bp缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性研究

 为研究新疆8个地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性,分别采用PCR扩增直接测序法和PCR结合琼脂糖凝胶电泳检测法对群线粒体DNA 9 bp缺失频率与Y 染色体DYS287位点多态性进行分析。结果表明在新疆的喀什、和田、库车、且木、哈密、吐鲁番、伊梨和尉梨县的240个无关现代维吾尔族群体中,线粒体DNA 9 bp缺失频率为3.3%,3.3%,6.6%,3.3%,6.6%,3.3%,3.3%,10%。在180个无关现代维吾尔族群男性个体中Y染色体DYS287位点全部显示为YAP-,没有显示为YAP＋。结果提示新疆不同地域现代维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp缺失频率相当低,9 bp缺失不是现代维吾尔族的母系遗传传结构特征,而且不同地域维吾尔族群体线粒体DNA 9 bp缺失频率没有显著性的差异。父系遗传结构单一, YAP+不是现代维吾尔族群体的父系遗传特征。研究获得了新疆不同地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性数据,为不同地域维吾尔族群体遗传关系的分析,法医鉴定及不同地域维吾尔族群体之间的起源关系差异提供了一定的遗传背景资料。     

中国西北部5个民族群体Y染色体遗传分析

研究了来自中国西北部甘肃省的5个民族群体的403个男性个体的Y染色体遗传特征,其中3个为甘肃省特有少数民族:东乡族(133人)、裕固族(56人)、保安族(78人).另外,还有回族(66人)和汉族(70人).研究共涉及Y染色体上的17个遗传多态位点,其中1个是微卫星(DYS19).另外,有16个位点是单核苷酸多态位点,包括M9,92R7,SRY1532,Tat,LLY22g,SRY2627,RPS4Y,12F2,SRY8299,SY81,M20, L1Y,SRY 465,47Z,APT和DYS287(YAP).除了插入片段多态位点DYS287(YAP)使用琼脂糖直接检测外,其余位点均采用PCR-RFLP方法研究.在所研究的5个群体中,仅有7个单核苷酸M9,92R7,SRY1532,RPS4Y,12F2,L1Y和DYS287(YAP)表现为多态,且构成了9种单倍群(单倍群HG1,HG2,HG3,HG4,HG9,HG10,HG13,HG16和HG26).其中:回族拥有全部9种类型,而东乡族和汉族拥有8种,保安族和裕固族占据7种类型.     

普米族Y-STR遗传多态性研究

采用荧光引物genescan技术，分析了云南普米族Y染色体8个微卫星标记，根据8个Y-STR在云南普米族中的高频等位基因和单倍型组成，对普米族Y染色体进行多态性分析。将普米族数据与报导过的汉族3个Y-STR基因座进行X^2检测，差异极为显著。并结合历史学、民族学等相关证据来探讨普米族的Y染色体遗传进化历史。     

贵州壮族人群25个Y-STR基因座遗传多态性

调查贵州黔东南苗族侗族自治州从江县壮族无关男性个体的25个Y-STR基因座的遗传多态性,并探讨与其他12民族群体的遗传关系。采用Y27plex荧光检测试剂盒复合扩增67例样本,采用3130XL遗传分析仪进行毛细管电泳检测,使用Arlequin 3.5、Mega 7.0、SPSS19.0等一系列遗传学软件对基因分型结果进行统计。除2个双拷贝基因座DYS385ab、DYS387S1分别检出8、10个等位基因外,其余23个单拷贝基因座共检出86种等位基因,等位基因个数为2~7不等,等位基因频率为(0.014 9~0.970 1),基因多样性GD值为0.058 8(DYS456)~0.823 6(DYS387S1),25个Y-STR基因座组成的单倍型共检出36种,其中66.7%为唯一单倍型,单倍型多样性HD值为0.957 9。Rst遗传距离矩阵显示:贵州壮族人群父系遗传结构与文献中的福建畲族、内蒙古的蒙古族、山西汉族人群较为相似,与广西壮族、云南哈尼族、新疆维吾尔族、辽宁满族、吉林朝鲜族、萨尔茨堡人群差异明显。而与新疆哈萨克族、安多藏族、西非人群差异显著。25个Y-STR基因座在贵州壮族人群中具有良好的遗传多态性,可应用于父系亲权关系鉴定。     

中国人十四个群体中Gm和Km因子的分布

本文研究了中国昆明汉族、贵州汉族、广西侗族、大连汉族、山东汉族、沈阳朝鲜族、宁夏回族的Gm和Km因子的表型频率及四川、广西、武汉、上海、长春汉族和广西壮族、新疆维吾尔族共十四个群体的Gm单倍型频率、Km基因频率,并用Gm单倍型频率计算了中国14个群体与其他人种国家的3个群体间的遗传距离和这些群体的系统树。结果表明Gm分布不均一,提示早先大陆上存在的两个群体曾发生过迁移和混杂,在新疆维吾尔族和宁夏回族中均发现白种人和黄种人血缘融合的现象。群体中Km频率呈随机分布。     

门巴族ABO血型系统基因频率的检测与分析

本文研究的是中国门巴族人群ABO血型系统遗传多态性与其他17个族群间的遗传关系.采用玻片法检测并分析了西藏100名门巴族人群的ABO血型分布;应用网络生物信息资源,收集了西藏昌都、林芝、拉萨、山南、日喀则、那曲藏族,青海贵南、黄南、西宁藏族,甘肃藏族,云南丽江藏族,内蒙古蒙古族,宁夏回族,陕西、河南、山东汉族等17个族群的相应资料,计算了他们间的遗传距离,并进行了聚类分析.结果表明西藏门巴族ABO血型系统的表型频率为O>B>A>AB(-A=0.2128,-B=0.2523,-O=0.4681,AB=0.0638),基因频率r>q>p(r=0.6770,q=0.1742,p=0.1488),符合我国ABO血型系统分布规律;遗传距离分析显示,门巴族与珞巴族距离较近(0.0851),其次为云南丽江藏族(0.0943)和西藏、青海其他地区藏族,最后是中国其他少数民族的汉、回、蒙古族.聚类分析与遗传距离分析结果基本一致.说明门巴族在遗传上与藏族的关系近于其他少数民族.     

Evolutionary relationships of human populations from an analysis of nuclear DNA polymorphisms

The genetic relationships of human populations have been studied by comparing gene frequency data for protein and blood-group loci of different populations. DNA analysis now promises to be more informative since not only do the DNA coding sequences have more variation than their corresponding proteins but, in addition, noncoding DNA sequences display more extensive polymorphism. We have now studied the frequency of a group of closely linked nuclear DNA polymorphisms (haplotypes) in the beta-globin gene cluster of normal (beta A) chromosomes of individuals from eight diverse populations. We have found that all non-African populations share a limited number of common haplotypes whereas Africans have predominantly a different haplotype not found in other populations. Genetic distance analysis based on these nuclear DNA polymorphisms indicates a major division of human populations into an African and a Eurasian group.     

Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure

The ability to detect recent natural selection in the human population would have profound implications for the study of human history and for medicine. Here, we introduce a framework for detecting the genetic imprint of recent positive selection by analysing long-range haplotypes in human populations. We first identify haplotypes at a locus of interest (core haplotypes). We then assess the age of each core haplotype by the decay of its association to alleles at various distances from the locus, as measured by extended haplotype homozygosity (EHH). Core haplotypes that have unusually high EHH and a high population frequency indicate the presence of a mutation that rose to prominence in the human gene pool faster than expected under neutral evolution. We applied this approach to investigate selection at two genes carrying common variants implicated in resistance to malaria: G6PD and CD40 ligand. At both loci, the core haplotypes carrying the proposed protective mutation stand out and show significant evidence of selection. More generally, the method could be used to scan the entire genome for evidence of recent positive selection.     

An amino-acid substitution involved in phenylketonuria is in linkage disequilibrium with DNA haplotype 2

Phenylketonuria (PKU) is an autosomal recessive human genetic disorder caused by a deficiency of hepatic phenylalanine hydroxylase (PAH, phenylalanine 4-monooxygenase, EC 1.14.16.1). PKU is a common inborn error of amino-acid metabolism in caucasian populations and approximately 1 in 50 individuals are carriers of a PKU allele. To define the molecular basis of PKU, we characterized twelve restriction fragment-length polymorphism (RFLP) haplotypes of the PAH locus in the northern European population and observed that 90% of the PKU alleles in this population are confined to four common RFLP haplotypes. We have recently reported a splicing mutation in the PAH gene that is associated with RFLP haplotype 3 which is present at about 40% of mutant alleles. We now report the molecular lesion associated with the RFLP haplotype 2 mutant allele. This defect is caused by a C-to-T transition in exon 12 resulting in an amino-acid substitution (Arg to Trp) at residue 408 of PAH. Direct hybridization analysis of the point mutation using a specific oligonucleotide probe demonstrated that this mutation is also in linkage disequilibrium with RFLP haplotype 2 alleles that make up about 20% of mutant PAH genes.     

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

家系数据紧密连锁位点的单体型频率估计

在对单体型进行重构或进行连锁不平衡分析时,往往首先要估计单体型频率.针对家系数据,提出了紧密连锁位点的单体型频率估计方法.利用子代信息减少亲代单体型的不确定性,构建家系数据的似然函数,把家系中的个体潜在的单体型看成缺失数据,采用EM迭代算法,给出了家系数据单体型频率的极大似然估计.其结果表明,家系数据紧密连锁位点的单体型频率估计可通过简单的递归迭代进行,后一步的单体型的频率估计即为前一步的加权单体型频率.     

Pseudomonas brassicacearum的数量分布差异及生物防治小麦全蚀病和油菜根腐病

通过3种PCR技术测定基因特征和测定3种生化特征,对来自南澳洲两块对比小麦田土壤中的Pseudomonas brassicacearum种群的菌株进行了分析研究.结果显示,两种不同土壤和两种不同根部区域(根表和根际),该种群具有高度多样性,其基因型和基因组也具有显著差异(P<0.05).所分离到的菌株中,四分之三具有独特的基因组,90%以上的基因组是其原种群所独具有的.所有菌株的基因组的平均同源性比较低(22%),聚类分析不能证明来自不同小麦田和不同根部区域的菌株具有亲缘性.聚类分析显示,种群内的基因流动是受到限制的,菌株基因组的差异是由于基因的随机漂流引起的,由根表得到的基因型是与所采集的对比土壤相关联的.有三分之一的菌株检测到了2,4-二乙酰基均苯三酚(PhlD)生物合成基因,这些菌株形成了一相关联的组群(同源性为60%).4株产生PhlD的菌株(两种野生型,表型不同)对小麦全蚀病和腐霉引起的油菜根腐病具有显著的防治效果,展现出了对这类病原菌引起的根部病害的防治潜能.