| 基于生物信息学和转录组测序分析结直肠癌5-FU耐药关键靶点 |
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| 引用本文： | 谢竹夫1,' target='_blank'>2,姚 菲1,' target='_blank'>2,吴清明1,' target='_blank'>3. 基于生物信息学和转录组测序分析结直肠癌5-FU耐药关键靶点[J]. 现代肿瘤医学, 2022, 0(23): 4226-4232. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2022.23.002 |
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| 作者姓名： | 谢竹夫1 ' target='_blank'>2 姚 菲1 ' target='_blank'>2 吴清明1 ' target='_blank'>3 |
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| 作者单位： | 1.武汉科技大学医学院,湖北 武汉 430070;2.职业危害识别与控制湖北省重点实验室,湖北 武汉 430070;3.武汉科技大学附属天佑医院,湖北 武汉 430061 |
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| 基金项目： | National Natural Science Foundation of China（No.81573239）;国家自然科学基金面上项目(编号:81573239) |
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| 摘 要： | 目的:筛选结直肠癌5-氟尿嘧啶(5-FU)耐药靶基因,并探究该基因对结直肠癌耐药细胞的作用及其作用机制。方法:通过GEO数据库分析GSE28702芯片筛选结直肠癌患者5-FU耐药与5-FU敏感的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);利用GO与KEGG数据库对DEGs进行通路富集分析;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用Cytoscpae的cytohubba工具筛选枢纽基因。构建5-FU耐药细胞株HCT8/5-FU,利用高通量转录组测序鉴定;采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)对诊断价值进行评价并基于TCGA数据库COAD数据集分析关键基因表达及预后;构建TF基因过表达载体转染到HCT8/5-FU细胞系,MTT法检测细胞活力;流式细胞术测定细胞凋亡与细胞周期;qRT-PCR与Western Blot检测基因mRNA和蛋白水平。结果:共筛选出239个DEGs;DEGs主要富集在细胞外囊泡、内吞囊泡腔、药物代谢等通路;PPI得到20个枢纽基因;转录组学显示转铁蛋白(transferrin,TF)在耐药株中显著下调(P<0.05)与生物信息学分析得到的DEGs中TF基因改变趋势相同;与正常结直肠组织相比,癌组织中TF低表达(P<0.05);TF高表达患者总体生存期更长(P<0.05);上调TF表达增强了耐药细胞的5-FU敏感性(P<0.05);上调TF表达增加了5-FU诱导的细胞凋亡与G_(0)/G_(1)期的阻滞(P<0.05);上调TF表达抑制了耐药细胞ABCC1的表达(P<0.05)。结论:基于生物信息学和转录组测序筛选出结直肠癌5-FU耐药靶基因TF,TF基因可能通过调控ABCC1表达降低结直肠癌5-FU的耐药性。
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| 关 键 词： | 5-FU耐药 结直肠癌 生物信息学 转录组测序 转铁蛋白 |
Bioinformatics and transcriptome sequencing analysis of 5-FU resistance key targets in colorectal cancer |
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| XIE Zhufu1,' target='_blank'>2,YAO Fei1,' target='_blank'>2,WU Qingming1,' target='_blank'>3. Bioinformatics and transcriptome sequencing analysis of 5-FU resistance key targets in colorectal cancer[J]. Journal of Modern Oncology, 2022, 0(23): 4226-4232. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2022.23.002 |
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| Authors: | XIE Zhufu1 ' target='_blank'>2 YAO Fei1 ' target='_blank'>2 WU Qingming1 ' target='_blank'>3 |
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| Affiliation: | 1.Colledge of Medicine,Wuhan University of Science and Technology,Hubei Wuhan 430070,China;2.Hubei Province Key Laboratory of Occupational Hazard Identification and Control,Hubei Wuhan 430070,China;3.Tianyou Hospital Affiliated to Wuhan University of Science and Technology,Hubei Wuhan 430061，China. |
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| Abstract: | |
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